La région Fernandez est une des 35 phytodivisions définies par Armen Takhtajan dans son ouvrage (en français, « Les régions floristiques du monde »). Cette phytorégion fait partie du royaume Holantarctique au même titre que les trois régions suivantes : chilienne-patagonienne, îles subantarctiques du sud et néo-zélandaise. Elle possède un taux d'endémisme de 70 % chez les plantes vasculaires, dont deux familles et 20 genres uniques. Cette région ne comprend qu'une seule province, la province FernandezThe Floristic Regions of The World, Takhtajan, 1986, UC Press, Berkeley, États-Unis, .
Selon la classification du WWF, un seul biome est présent dans cette phytorégion il s'agit des forêts tempérées décidues et mixtes. Selon cette même ONG, deux écorégions s'y trouvent : celle de l'archipel Juan Fernandez (NT0401) et celle des îles Desventuradas (NT0403)..
Géographie Cette phytorégion est composée de deux ensembles d'îles appartenant tous deux au Chili. Le premier est l'Archipel Juan Fernández qui se trouve dans l'océan Pacifique à la même latitude (33° Sud) que la capitale du pays, Santiago. Il est composé de trois îles et de plusieurs cailloux isolés nommés "morros". Les distances qui séparent le port de Valparaiso, sur la côte chilienne, des îles sont entre 670 et . Le second, plus au nord, est l'archipel Desventuradas, composé de 2 îles principales et de deux îlots. Il est distant des côtes chiliennes d'environ .
Ces deux archipels furent découverts en 1574 par un navigateur espagnol, Juan Fernandez Sotomayor, qui donna ses prénoms au premier archipel.
Archipel Juan Fernandez thumb|Île Robinson Crusoe (en haut) et île Santa-Clara (à sa pointe sud-ouest). L'île Robinson Crusoe est la plus proche du continent sud-américain, à seulement . Sa superficie est de La myrtisylve de l'archipel Juan Fernandez (chili), une forêt en voie de disparition rapide, Danton, 2006, Acta botanica Gallica, et c'est sur cette dernière que se trouve le seul village permanent de l'archipel, San Juan Bautista, comptant environ 600 habitantsArchitecture de plantes de l'île Robinson Crusoe, archipel Juan Fernandez,chili, Hallé, Danton, Perrier, 2007, Adansonia, . Son point culminant est le , à une hauteur de . L'île Santa Clara est la plus petite de l'archipel avec une superficie de , son point culminant est à , il s'agit du Cerro Johow. Cette petite île n'est distante de celle de Robinson Crusoé que de . Elle était appelée « île aux chèvres », en référence à sa modification floristique causée par cet animal amené par l'homme. L'île Alejandro Selkirk est la plus grande de l'archipel avec ; son point culminant est le Cerro Los Inncentes à 1 360 mètres. Elle est séparée des deux autres par d'océan. Cette île n'est habitée que huit mois de l'année, par une trentaine de pêcheurs qui logent dans un hameau temporaire nommé "La Colonia". Alexandre Selkirk est un marin écossais qui fut abandonné sur l'île de Robinson Crusoé en 1704 et y vécut jusqu'en 1709, lorsqu’il a été récupéré par un autre navire.
Archipel Desventuradas thumb|Carte des îles Desventuradas.
Ces îles sont aussi parfois nommées îles malheureuses ou îles d'infortune. L'île de San Ambrosio, à du continent, a une superficie de et son point culminant est à . Elle n'est habitée que quelques mois dans l'année par des pêcheurs de langoustes. L'île San Félix a une superficie de et se situe à des côtes chiliennes. Sur cette île se trouve une base militaire de la marine chilienne, mais personne n'y réside de façon permanente. L'îlot Gonzalez mesure et se situe à plus au sud de l'île San Felix, à laquelle il est relié par un rift sous-marin. Le rocher cathédrale mesure et son point culminant est à au-dessus du niveau de l'océan. C'est le plus grand d'un ensemble de rochers reliés à l'île San Felix par un banc de sable noir, couleur caractéristique du sable d'origine volcanique.
Géologie L'archipel de Juan Fernandez tire son origine de la dorsale de Juan Fernandez qui est orientée NO-SE et dont ces 3 îles sont les seuls monts dépassant la surface de l'océan. Cette dorsale est liée à la plaque tectonique de Nazca qui avance d'environ par an. Des deux côtés de cette ride, l'océan est d'une profondeur pouvant atteindre . Ces îles datent de l'ère Cénozoïque et sont presque entièrement constituées de lave basaltique et de tufs, elles étaient à l'époque de leur formation sur un point chaud. Les reliefs de ces îles sont profondément marqués par l'érosion, les plages sont rares et ce sont les hautes falaises qui dominent les paysages côtiers.
L'archipel Desventuradas se trouve aussi sur la plaque de Nazca mais résulte de la dorsal sala y gomezhttp://oceana.org/sites/default/files/reports/Desventuradas_final9-1.pdf qui s'étend sur et qui contient, plus au sud est, les îles de Sala y Gomez et de Pâque. Aucune plage ne se trouve sur ces îles basaltiques, les côtes sont bordées de hautes falaises perpendiculaires. Le tremblement de terre qui s'est produit en 1922 au Chili provoqua sur cet archipel une éruption de gaz qui tua tous les oiseauxJuan Fernandez and Desventuradas, Skottsberg, 1945, Cronica Botanica, .
Climat Pour ce qui est de l'archipel Juan Fernandez, le climat est globalement défini comme étant tempéré plutôt chaud. Il est jugé équivalent à celui de Madère pour les îles de Robinson Crusoé et de Santa Clara. Celui de l'île d'Alejandro Selkirk ressemble plus au climat des Açores.Les îles Fernandez sont qualifiés d'îles hautes car leurs montages respectives sont suffisamment hautes pour que les nuages doivent monter pour passer par-dessus et ce phénomène cause des précipitations qui peuvent être relativement importantes en fonction de l'angle formé entre l'orientation des montagnes et la direction des vents. Ce fait influence l'humidité qui est en moyenne de 75 % mais qui atteint 100 % sur les hauteurs. Cela à une influence directe sur la flore locale par la création de microclimats et de mésoclimats plus ou moins secs ou humides géographiquement très proches.
L'archipel Desventuradas étant très difficile d'accès, aucune description complète de son climat n'a été réalisée. Toutefois, on peut citer Skottsberg qui le décrit simplement comme un climat très sec au niveau de l'océan mais beaucoup moins dans les hauteurs et le WWF qui le définit comme étant méditerranéen.
Le climat de cette phytorégion ne peut être décrit que par les relevés météorologiques de l'unique station météo dans le seul village habité de San Juan Bautista qui n'est pas représentatif des hauteurs des îles et encore moins des îles Desventuradas.
Néanmoins, pour le village de San Juan Bautista les données sont les suivantes :
Flore Selon Takhtajan cette phytorégion se compose de 195 espèces de plantes vasculaires non-introduites dont 98 angiospermes et 17 ptéridophytes endémiques ce qui représente un taux d'endémicité de 70 %. Cependant, des études plus récentes, comme celle de Danton et Perrier en 2006, tendent à augmenter ce nombre à 233 espèces originelles pour l'archipel Juan Fernandez auquel on ajoute les 19 espèces de l'archipel Desventuradas, on obtient donc 252 espèces présentes dans cette phytorégion dont près de 62 % d'endémismeNouveau catalogue de la flore de l'archipel Juan Fernandez (chili), Danton, Perrier et De Reyes, 2006, Acta botanica Gallica.
Si on prend en compte non seulement ces 252 espèces de la flore originelle mais aussi les plantes vasculaires amenées par l'homme durant les siècles qui nous séparent de sa découverte, on arrive à un total de 735 espècesMenaces et perspectives pour la préservation de la biodiversité de l'archipel Juan Fernandez (Chili), Vanhulst, 2009, mémoire, Université de Bruxelles.
Flore des îles Desventuradas Ces îles sont très pauvres d'un point de vue floristique, avec seulement 19 espèces de plantes vasculaires, appartenant à 16 genres de 13 familles. Cette flore est tout de même intéressante puisque 3 genres (, Nesocaryum et ) et 12 espèces sont endémiques à cet archipel. Parmi ces 19 espèces, seules trois se retrouvent sur les deux îles principales, 4 sont propres à l'île San Felix et 12 ne se retrouvent que sur l'île de San Ambrosio. La végétation de cet archipel ne recouvre que 25 % de la surface car les conditions climatiques sont difficiles. Thamnoseris lacerata est le seul arbre présent et s'est adapté à ce climat en perdant ses feuilles en été. Frankenia widalii et Atriplex chapinii sont toutes deux adaptées de par leurs feuilles très étroites diminuant la perte d'eau pendant les hivers arides. Une autre adaptation à ce climat méditerranéen est la succulence et c'est cette stratégie qui a été choisie par exemple par Suaeda nesophila de la famille des Chenopodiaceae.
Flore des îles Juan Fernandez Au niveau de la floristique, la végétation de ces îles ressemble à celle de la région chilienne-patagonienne, en particulier de la province chilienne moyenne et c'est pour cela qu'on l'inclut dans le royaume Holoantarctique et non dans le royaume Néotropical qui se situe plus à l'ouest de ces îles. Durant les grandes glaciations, ces îles ont bien moins été touchées que le sud du continent américain, c'est pourquoi elles ont servi de refuge pour certaines plantes. Les flores des îles de Robinson Crusoé et celle de Santa Clara sont relativement semblables car elles ont bien été préservées. Il s'agit essentiellement de forêts riches. Tandis que sur l'île d'Alejandro Selkirk se caractérise par une végétation de type alpin. C'est ce qui explique que seul un tiers des espèces de cette archipel se trouve sur les trois îles.
On peut diviser la végétation en fonction de l'altitude en 5 zones selon Danton (2006): Zones basse (0 à ) : on y trouve les plages recouvertes presque entièrement de galets ainsi que les morros isolés dans l'océan. Ces endroits ont une végétation clairsemée de plantes adventices introduites principalement. Certains morros servent de refuges pour des plantes endémiques ou locales. Zones habitées (0 à ) : il s'agit essentiellement du village de San Juan Bautista qui est la porte d'entrée des espèces invasives. On y trouve des plantations d'arbres exotiques et les rares plantes endémiques qui y restent sont celles cultivées dans les jardins. On trouve aussi ce type de végétation vers le village temporaire de La Colonia, où il y a des espèces introduites utiles aux pêcheurs comme des essences d'arbres exotiques, une espèce plantée pour la fabrication des casiers à langouste Aristotelia chilensis, des ronces Rubus ulmifolius... Zone moyenne (50 à ) : il faut différencier ici les endroits difficiles d'accès comme les falaises maritimes ou les gorges profondes, endroits dans lesquels il y a encore de nombreuses espèces endémiques car de nombreux micro-climats y sont présents. En ces lieux, la forêt typique de l'archipel est encore visible : la Myrtisylve de basse altitude décrite par Danton (2005). Cependant, dans les zones de plateaux, les Graminées invasives dominent notamment près de l'aérodrome de l'île de Robinson Crusoé. Sur les plateaux, ce sont principalement les lapins introduits qui furent à l'origine d'une perte drastique des espèces locales non habituées aux mammifères dont l'île n'avait pas connaissance avant sa découverte par l'Homme ; les espèces se remettent depuis l’éradication de ce lagomorphe en 2002 comme les genres Adiantum, Apium, dendroceris, Nicotiana, Parietaria, Polypodium, Spergulaia, Wahlenbergia...