Les révèlent que la médecine et l’open data sont deux domaines qui entretiennent des relations nouvelles, complexes, en pleine évolution et parfois apparemment contradictoires. En effet, introduire lopen data dans le monde médical, vise à répondre à deux enjeux parfois a priori opposés : permettre une large ouverture des données de santé ; le faire en respectant l'éthique biomédicale et le droit de la santé, le secret de fabrication, qui sont très contraignants notamment en termes de protection de la confidentialité de certaines données, en particulier les données personnelles, surtout quand elle concerne la santé (Les données de santé sont dans ce cadre les « Les données personnelles de santé en cinq questions » publication de l'ordre national des médecins, Paris, France, novembre 2014) et du secret médical, ce qui suppose un système fiable d’anonymisation des données, assez sophistiqué pour éviter les doubles comptages et d’autres biais lors de l’utilisation de ces données. Un projet de règlement européen retient une définition plus large des données de santé : .
Avec l’émergence du smartphone, des tablettes (utilisés par plus de 3 milliards de personnes) et d’autres objets connectés, ainsi que d’applications médicales ( surveillance du poids, de l’activité physique et sportive, de la qualité du sommeil) et d’une informatique de plus en plus ubiquitaire (17 millions de bracelets et de montres intelligentes auraient été vendus en 2014), des enjeux nouveaux apparaissent, notamment concernant la confidentialité, le stockage et la protection des données médicales personnelles au sein du et « big data ». Se pose aussi la question de leur utilisation par des tiers ou par le secteur privé (Apple, dont l'iOS 8 peut pour la première fois gérer des données personnelles de santé) a ainsi interdit la commercialisation des données de santé HealthKitHermann V (2014), « Apple interdit la commercialisation des données de santé HealthKit », www.nextinpact.com, consulté le 31 décembre 2014).
vignette|upright=1.6|Selon les pays, une part plus ou moins importante de la donnée publique est mise à disposition de tous dans le champ des données ouvertes. Ce mouvement est en expansion, mais seules les données anonymisées peuvent être légalement ouvertes.
Atouts et enjeux Dans le monde entier, l’échange et le partage dématérialisés de données de santé augmentent rapidement. Les socioéconomistes du domaine de la santé admettent qu’en complément des progrès de la prévention et en termes de dossier médical (dossier médical personnel et carte vitale), des technologies intelligentes pourraient aider à résoudre deux grands problèmes en matière de soins de santé : les dépenses excessives dans le monde riche, et le manque d’argent des pays pauvres et qu’une grande partie des problèmes de santé publique ou individuelle sont exacerbés par la pauvreté, et parfois y trouvent leur unique origine. Or, des solutions open source, libres et collaboratives ont prouvé qu’elles peuvent souvent permettre des sauts technologiques ou méthodologiques aboutissant à des résultats plus rapides, moins couteux et souvent plus adaptés aux besoins des utilisateurs (patients, médecins, étudiants en santé, etc. dans le cas présent). L'OCDE encourage ses membres à développer l'''open data dont pour les données de santé considérées comme une ressource qu'il est OCDE, 2013, 13.
Intérêts de l'open data pour la médecine et la santé publique Selon la Commission open data en santé française, les enjeux sont notamment la gouvernance et la Rapport de la commission « open data en santé » remis à la ministre Marisol Touraine, le 9 juillet 2014. (page 5 sur 63). Le Conseil national du numérique a également souligné les opportunités de lopen data en santé dans son rapport sur la Santé, bien commun de la société numérique remis au ministre de la Santé en octobre 2015.
Selon l’ordre national des médecins en France (lequel a consacré un débat à ce sujet lors d’un congrès de l'ordre des médecins, en octobre 2014« Utilisation des données personnelles de santé : faire progresser la qualité, l'efficience et la sécurité des soins » ; source : page intitulée La confidentialité des données, enjeu majeur de la santé mobile, sur le site de l’Ordre des médecins (France), consulté 2014-12-30) l’accès aux données de santé anonymisées est nécessaire au pilotage des politiques de santé publique ; pour mieux répartir l’offre de soins sur les territoires, mieux dépister les effets secondaires de médicaments, améliorer le financement du système de santé, faire progresser la recherche médicale. Il est aussi nécessaire à l’évaluation, et à l’amélioration de la connaissance et de l’information du public. L'open source, déjà très utilisé dans le domaine de la génomique et de l’analyse génétiqueSaldanha, A. J. (2004) « Java Treeview—extensible visualization of microarray data » Bioinformatics 2004;20(17):3246-3248. Kurtz S, Phillippy A, Delcher AL, Smoot M, Shumway M, Antonescu C. & Salzberg SL. « Versatile and open software for comparing large genomes » Genome biology 2004;5(2):R12. où les développements sont souvent trop rapides pour que les systèmes de brevetage ne soient pas des freins. Il a aussi des applications dans le domaine de l’imagerie médicale ( Image J pour les applications biomédicales d’analyse d’imagerie microscopique) ou du calcul en bioinformatique Gentleman RC, Carey VJ, Bates DM, Bolstad B, Dettling M, Dudoit S, Zhang J. « Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics » Genome biology 2004;5(10):R80. Les progrès de la génétique et en particulier du séquençage ont été dopés par les démarches ouvertes qui ont permis des calculs massifs requis, faits par des équipes diverses et complémentaires parfois dispersées dans le monde Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, Costello EK, Knight R. « QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data » Nature methods 2010;7(5):335-336. Le rapport Bras considère que la donnée publique de santé (anonymisée) est (7/128). Il admet que (44/128).
La médecine de catastrophe est chargée, souvent via des ONG de répondre aux tsunamis, tremblements de terre, désastres de guerre ou pandémies, ou désastres socio-écologiques liés aux effets du dérèglement climatique, de sécheresses et famines). Elle doit être très réactive et souvent agir avec peu de moyens dans des régions fonctionnant en « mode dégradé ». Dans ces contextes, elles peuvent déjà bénéficier de cartographies SIG, d'images satellitales et d'autres banques de données ouvertes Garshnek V & Burkle FM, 1999;6(1):26-37. , notamment grâce à un ensemble d’applications ouvertes spécialement dédiées au secteur de l'humanitaire (HFOSS - ) dont le développement s'appuie sur deux communautés, la communauté de l’humanitaire et celle de l’open source Chamindra de Silva (2010), « », décembre 2010 dans un contexte principalement géré par des ONG, agences gouvernementales et groupes de civils ou militaires. Elle peut utiliser des sources et matériels médicaux mais aussi des données et supports ouverts dont notamment OpenStreetMap pour la cartographie collaborative et participative grâce notamment au réseau (lancé en 2009 par les Patrick Meier et Jen Ziemke ; cofondateurs) des « cartographes de crise » ( ; ).
La communauté des développeurs pourrait jouer un rôle clé dans le développement d’une informatique médicale ouverte Willison Donald J, Keshavjee Karim, Nair Kalpana, Goldsmith Charlie, Holbrook Anne M; Computerization of Medical Practices for the Enhancement of Therapeutic Effectiveness investigators. « » BMJ 2003;326(7385):373. http://bmj.com/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=12586673 plus ouverte Eysenbach G. « » BMJ 2000;320(7251):1713–6. .
Larges retombées pour la société Au-delà du secteur médical et des professionnels de santé (qui n'auront en France accès au réseau d'information non anonymisée qu'à certaines conditions et après s'être identifié par leur Carte de professionnel de santé (CPS), toute la société est potentiellement concernée par les retombées directes et indirectes des approches d’innovation ouverte (quand elles sont vraiment « ouvertes »Dahlander, L., & Gann, D. M. (2010). How open is innovation?. Research policy, 39(6), 699-709.) s’appliquent déjà ou pourraient s’appliquer aux patients, aux étudiantsWillinsky, J. (2003). « The nine flavours of open access scholarly publishing”. Journal of Postgraduate Medicine, 49(3), 263.. C'est le cas de certains secteurs de la pharmacie et à toute la recherche biomédicaleRai AK (2005) « Open and collaborative research: A new model for biomedicine ». In: Hahn R, editor. Innovation in frontier industries: Biotech and software. Washington : AEI-Brookings Press, via par exemple le Web 2.0 et ou sémantique ou encore la réalité virtuelle ou augmentée.
Moyens et outils Le Conseil national du numérique propose de mettre l'accent sur l’innovation et la recherche ouvertes dans le champ de la santé, c'est-à-dire d'encourager la constitution de patent pools (ou communautés de brevets) pour les innovations numériques en santé, de promouvoir l’open access pour les publications de recherche financées par des acteurs publics, ou encore stimuler la recherche ouverte en mettant à la disposition des chercheurs des espaces de travail en commun (plateformes de type co-laboratoires distribués, plateformes de publication en open source)
Publications scientifiques et techniques « ouvertes » Les publications en sont un des moyens d'accélérer et élargir la diffusion et l'appropriation des informations et innovations du domaine médical (et d'autres) ; elles facilitent la valorisation et l'amélioration de leur contenu. C'est une stratégie par exemple développée par BioMed Central puis également par la (PLOS), avec , , PLOS En complément de la revue par les pairs (éditorial) . 21 déc. 2006;444(7122):971–2. , c’est aussi un moyen de limiter les fraudes, comme de détecter et corriger plus rapidement les erreurs.
La transparence et la traçabilité souvent associées à l'''open data limitent le risque de biais liés à des conflits d'intérêts.
Plates-formes pédagogiques en ligne La création et l’animation de telles plates-formes en ligneBrunet P, Cuggia M. & Le Beux P. « Collecte et baladodiffusion de ressources médico-pédagogiques à destination des étudiants en médecine de PCEM2 et de DCEM1 à l’université de Rennes 1 » : Systèmes d’information pour l’amélioration de la qualité en santé, Paris, Springer, 2012, 343-352., éventuellement sous forme de e-learning center, et accompagnées de MOOC peut s'appuyer sur les publications ouvertes (ou prépublication Eysenbach G. « Challenges and changing roles for medical journals in the cyberspace age: electronic pre-prints and e-papers » J Med Internet Res. 1999 Dec 31;1(2):E9. ) et bases de données ouvertes.
De telles plates-formes, si elles comprennent des outils collaboratifs et participatifs (dont Wikipédia, Wikibooks et Wikiversité peuvent faire partie) peuvent faciliter un coworking rapide et asynchrone.
Logiciels médicaux libres