Un champignon coprophile est un champignon (supérieur ou inférieur) saprophyteHudson HJ (1972) Fungal saprophytism (No. 32). qui se nourrit exclusivement ou préférentiellement d'excréments animaux (coprophagie)Lepp, Heino; Fagg, Murray. "Dung fungi". Australian National Botanic Gardens. Consulté 2009-03-30.. L'origine étymologique de l'adjectif coprophile est kopros, le mot grec désignant l'excrément et phil qui signifie "qui aime".
Ces champignons produisent des spores épaisses et très résistantes. Ces dernières sont involontairement ingérées par les animaux herbivores lorsqu'ils consomment des végétaux ou par les animaux carnivores qui mangent des herbivores.
Après avoir transités par le tractus digestif de l'animal, éventuellement d'un humain, ces spores sont expulsées avec les excréments. Si les conditions de températureWicklow D.T & Moore V (1974) Effect of incubation temperature on the coprophilous fungal succession. Transactions of the British Mycological Society, 62(2), 411-415 (résumé). et d'humiditéKuthubutheen A.J & Webster J (1986) Effects of water availability on germination, growth and sporulation of coprophilous fungi. Transactions of the British Mycological Society, 86(1), 77-91 (résumé)Harrower, K. M., & Nagy, L. A. (1979). Effects of nutrients and water stress on growth and sporulation of coprophilous fungi. Transactions of the British Mycological Society, 72(3), 459-462 (résumé).Kuthubutheen, A. J., & Webster, J. (1986) Water availability and the coprophilous fungus succession. Transactions of the British Mycological Society, 86(1), 63-76.Kuthubutheen A.J & Webster J (1986) Water availability and the coprophilous fungus succession. Transactions of the British Mycological Society, 86(1), 63-76 (résumé). le permettent, ils pourront alors rapidement se développer avant de libérer leurs spores dans la zone environnante, ce qui permettra au cycle biologique de se poursuivre.
Ces champignons sont largement distribués dans le monde, mais plus ou moins présents et variés selon le taux et la variété de mammifères (herbivores, omnivores et carnivores) présents dans les régions considérées, leur climat, type de végétation et selon le gradient de latitude environnementalEduardo Piontelli L., Rodriguo Cruz C., M. Alicia Toro S. M., 2006. Coprophilous fungal community of wild rabbit in a pak of a hospital (Chile):A Taxonomic Approach. Boléin micologico, Vol 21: 1- 17.
La plupart des champignons coprophiles sont de petite taille, et ne sont pas comestibles. Ils peuvent bioaccumuler les métaux lourds, et quelques espèces sont endophytesSuryanarayanan T.S, Kumaresan V & Johnson J.A (1998) Foliar fungal endophytes from two species of the mangrove Rhizophora. Canadian Journal of Microbiology, 44(10), 1003-1006 (résumé)., toxiques, cytotoxiquesWhyte A.C, Gloer J.B, Scott J.A & Malloch D (1996) Cercophorins AC: novel antifungal and cytotoxic metabolites from the coprophilous fungus Cercophora areolata. Journal of natural products, 59(8), 765-769.(résumé) et/ou hallucinogènes (ex : Psilocybe cubensis et Panaeolus papilionaceus ; les champignons hallucinogènes sont souvent coprophilesChavant L & Amouroux N (2000). Champignons supérieurs et intoxications. Revue française des laboratoires, 2000(323), 57-69.). Certaines espèces peuvent aussi être des mycoparasites facultatifsWeber R.W & Webster J (1997) The coprophilous fungus Sphaeronaemella fimicola, a facultative mycoparasite. Mycologist, 11(2), 50-51. ou nécrotrophesBazyli Czeczuga & Bożenna Mazalska (2000) Zoosporic aquatic fungi growing on avian excrements in various types of water bodies ; Limnologica - Ecology and Management of Inland Waters ; Vol.30, n°4, décembre 2000, Pages 323–330, mis en ligne le 16 aout 2005 (résumé)
Services écosystémiques vignette|Peziza sp vignette|right|Panaeolus semiovatus var. semiovatus en croissance sur un excrément animal vignette|Stropharia semiglobata vignette|Psilocybe coprophila vignette|Microchampignon sur excréments de lapin vignette|Conocybe pubescens sur crottin de cheval vignette|Poronia erici sur des crottins d'ânes vignette|Bolbitius titubans
En contribuant à dégrader, éliminer et recycler les excréments de nombreux animaux, les champignons coprophiles jouent un rôle sanitaire important, et ils contribuent au cycle du carbone ainsi qu'à d'autres cycles biogéochimiques et in fine sont une des principales source d’éléments nutritifs pour les sols des pâturagesRicou G.E (1981) Contribution à l’étude de la dynamique des populations coprophiles : biocénose des fèces en Margeride lozérienne. DES, Université de Rouen, France, 184p. Ce rôle est très visible et important pour les excréments de grande taille (d'éléphant par exempleMasunga, G. S., Andresen, Ø., Taylor, J. E., & Dhillion, S. S. (2006). Elephant dung decomposition and coprophilous fungi in two habitats of semi-arid Botswana. Mycological research, 110(10), 1214-1226.), mais il concerne tous les types d'excréments non-immergés.
Habitats Beaucoup de champignons coprophiles sont ubiquistes, mais souvent associés uniquement à des excréments de carnivores, ou pour d'autres uniquement à des excréments d’herbivores (avec des espèces différentes selon que l'excrément provienne d'un ruminant ou d'un lagomorpheWicklow D.T, Angel K & Lussenhop J (1980) Fungal community expression in lagomorph versus ruminant feces. Mycologia, 1015-1021 (résumé).). La connaissance de ces espèces est encore incomplète, mais quelques espèces semblent strictement inféodées à une seule espèce animale (ou genre ou famille).
Certaines espèces, tel Panaeolus sphinctrinus vivent sur des excréments mais aussi dans divers types de sol, du moment qu'ils soient riche en matière organique.
Certaines de ces espèces (telles que Conocybe rickenii) peuvent être trouvés en grand nombre dans les zones où du fumier a été utilisé comme engrais, dans les champs ou dans les jardinsPegler, p 163 (voir bibliographie).
D'autres sont commensaux et strictement associé à une espèce ou une famille d'espèces, c'est-à-dire ne vivent que dans les excréments d'une seule espèce ou d'un groupe d'espèces proches (ainsi, il semble que Panaeolus sphinctrinus et Coprinus radiatus ou Fimaria equina ne s'épanouissent que sur le crottin de chevalPegler, p 164 (voir bibliographie), qui était aussi utilisé pour faire croître les champignons de Paris. Ascobolus cervinus vit sur les excrément du cerf ; Coprotus aurorus sur ceux de bovin ; et Ascozonus cunicularis sur les excréments du lapin.
Certains champignons coprophiles sont également connus pour se développer sur des excréments d'animaux omnivores (ex : Chaetomium globisporum que l'on trouve par exemple sur des excréments de rats ou Ascodesmis porcina sur les excrément de porc) ou sur des excréments de carnivores (tel Ascobolus croslandii sur les excréments du chien ; ou Chaetomium rajasthanense trouvé sur ceux du tigre)Lodha B.C (1964). "Studies on coprophilous fungi. II; Chaetomium". Antonie van Leeuwenhoek 30 (1): 163–167 ; décembre 1964 Doi:10.1007/BF02046722. ..
Il existe enfin au sein de l'hydromycoflore des champignons aquatiques coprophiles, étudiés par l'hydromycologieBatko 1 (1975) Zarys hydromikologii [An outline of hydromycology] 478 pp. (en Polonais) PWN, Leiden, Pays-Bas mais encore assez mal connus. Ainsi de 1995 à 1997 une étude polonaise a porté sur six plans d'eau différents : une analyse physicochimique de l'eau a été faite tous les trois mois et une fois par mois les champignons aquatiques ont été recherchés sur les excréments de différents oiseaux d'eau : 3 espèces d'oiseaux aquatiques phytophages (Oie cendrée, Ouette des Andes, Cygne muet), 4 espèces carnivores (Héron cendré, Cigogne blanche, Busard des roseaux et Cormoran) et 3 espèces d'oiseaux omnivores (Érismature à barbillons, Colvert et Mouette rieuse). Sur ces excréments échantillonnés dans les 6 plans d'eau, les chercheurs ont pu trouver 36 espèces différentes de champignons : trente d'entre elles étaient des oomycètes et six étaient des chytridiomycètes. La variété de ces champignons étaient la plus élevée sur les fientes d'Érismature à barbillons, de Colverts et de Cygnes muets, alors que les fientes d'Ouette des Andes, de Busard des roseaux et de Cormoran en portaient le moins. Certaines espèces de champignons se sont montrées ubiquistes (trouvées sur les fientes de tous les oiseaux retenus par l'étude) ; ce sont Achlya americana, Aphanomyces laevis, Dictyuchus monosporus, Pythium debaryanum, Pythium rostratum, Saprolegnia asterophora, Saprolegnia parasitica et Saprolegnia ferax. Une information connexes apportée par cette étude est que parmi ces 36 espèces, 11 sont connues comme étant des champignons également parasites ou nécrotrophes de poissons. À cette occasion Rhizophydium ampullaceum et Diasporangium jonesianum ont été détectés pour la première fois en Pologne.
Distribution On les trouve presque partout où vivent des animaux, des zones arctiques froidesBooth T (1982) Taxonomic notes on coprophilous fungi of the Arctic: Churchill, Resolute Bay, and Devon Island. Canadian Journal of Botany, 60(7), 1115-1125 (résumé), semi-aridesAngel, S. K., & Wlcklow, D. T. (1983). Coprophilous fungal communities in semiarid to mesic grasslands. Canadian Journal of Botany, 61(2), 594-602 (résumé). à aridesLocquin-Linard M (1988). 1) Étude de la mycoflore coprophile des zones arides et semi-arides du nord de l'Afrique : 2) Étude de l'amyloeidicite des" huelle cells" chez les emericella (ascomycetes) (Doctoral dissertation, Paris 6)., jusqu'au centre du SaharaFaurel, L., & Schotter, G. (1965). Notes Mycologiques. IV. Champignons coprophiles du Sahara central et notamment de la Tefedest. Revue de Mycologie, 30, 141-165. (sur les excréments de chameau notammentBagy M.M.K, Moharram, A.M & Abdel-Mallek A (1986) Coprophilous fungi of the camel. Bull. Fac. Sci., Assiut Univ, 15(1), 1-10.), mais la distribution de la plupart des espèces est très liée à celle des herbivores et notamment des cervidés, bovins, ovins, caprins, chevauxPiontelli E, Santa-maria M.A.T & Caretta G (1981) Coprophilous fungi of the horse Mycopathologia, 74(2), 89-105 (résumé)., lièvres et lapinsWicklow, D. T., & Yocom, D. H. (1981). Fungal species numbers and decomposition of rabbit faeces. Transactions of the British Mycological Society, 76(1), 29-32 (résumé)..
Cycle de vie Ces champignons relarguent leurs spores autour d'eux, dont sur la végétation qui les entoure. Certains passeront dans le tube digestif d'animaux et germeront après la défécationTrappe J.M & Maser C (1976) Germination of spores of Glomus macrocarpus (Endogonaceae) after passage through a rodent digestive tract. Mycologia, 433-436 (résumé).. Les excréments de divers animaux fournissent à de nombreuses espèces des bactéries, et à plusieurs espèces, genre et familles de champignons un environnement riche en matière azotée et en carbone. Ils ont été en partie stérilisés par les enzymes du système digestif de l'animal. Souvent plusieurs espèces de champignons coprophiles peuvent être présentes (ou se succéderHarper J.E. & Webster J (1964), An experimental analysis of the coprophilous fungus succession ; Transactions of the British Mycological Society Vol.47, n°4, décembre 1964, Pages 511–530 (résumé)Richardson, M. J. (2002) The coprophilous succession. Fungal Diversity, 10, 101-111.Nagy L.A & Harrower K.M (1979) Analysis of two southern hemisphere coprophilous fungus successions. Transactions of the British Mycological Society, 72(1), 69-74 (résumé).) sur un même excrément.