La seconde guerre civile afghane se déroule de 1992 à 1996, elle commence avec la démission du président communiste Mohammad Najibullah. L'État islamique d'Afghanistan est établi par l'accord de Peshawar, un accord de paix et de partage des pouvoirs par lequel tous les partis afghans s'unissent en , hormis le parti Hezb-e-Islami Gulbuddin de Gulbuddin Hekmatyar. Gulbuddin Hekmatyar démarre une campagne de bombardement contre la capitale Kaboul qui marque le début de cette nouvelle phase de la guerre. En contraste direct avec la période soviétique, la campagne conserve un calme relatif pendant cette période tandis que les grandes villes comme Kaboul, Mazar-e Sharif et Kandahar subissent de violents combats. Les Talibans sortent vainqueurs de cette guerre, prennent le pouvoir en 1996 et instaurent un régime islamiste sans toutefois parvenir à contrôler l'ensemble du pays, jusqu'à être chassés en 2001 par une coalition internationale menée par les États-Unis dans la foulée des attentats du 11 septembre 2001.

Contexte Ingérence étrangère Après le retrait des troupes soviétiques en 1989, et l'effondrement du régime communiste de Mohammed Nadjibullah en 1992, les partis politiques afghans conviennent à un accord de paix et de partage du pouvoir, l'accord de Peshawar. L'accord de Peshawar établit l'État islamique d'Afghanistan et nomme un gouvernement intérimaire pour une période de transition suivie d'élections générales. Tous les partis afghans s'entendent sur l'accord de paix et de partage de pouvoir, excepté Gulbuddin Hekmatyar. Hekmatyar cherche à devenir le seul maître du pays.

D'après Peter Tomsen, le Pakistan voisin avait tenté d'installer Gulbuddin Hekmatyar au pouvoir en Afghanistan malgré l'opposition des autres factions et commandants moudjahidines, dès 1990. En , l'Inter-Services Intelligence du Pakistan avait établi un plan afin qu'Hekmatyar dirige un bombardement massif de la capitale Kaboul, alors encore au pouvoir des communistes, avec l'aide possible de renforts pakistanais. Ce plan unilatéral ISI-Hekmatyar vint au jour alors que trente des plus importants commandants moudjahidines étaient convenus d'une conférence incluant tous les groupes afghans sur une stratégie future commune. Peter Tomsen rapporte que la protestation des commandants fut comme une "tempête de feu". Ahmad Zia Massoud, le frère de Ahmad Shah Massoud, déclara que sa faction s'opposait fortement à ce plan et comme d'autres factions prendrait des mesures si des troupes pakistanaises venaient à renforcer Hekmatyar. Abdul Haq fut si irrité par le plan de l'ISI qu'il devint « rouge de colère. » Nabi Mohammad, un autre commandant, remarqua que « les deux millions d'habitants de la capitale ne pourraient échapper à un bombardement de roquettes par Hekmatyar ; ce serait un massacre. » Les représentants de Massoud, Abdul Haq et Amin Wardak déclarèrent que "le bombardement de Kaboul par Hekmatyar... entrainerait un bain de sang civil". Les États-Unis firent finalement pression sur le Pakistan pour empêcher le plan de 1990, qui fut conséquemment mis de côté jusqu'en 1992.

Deux ans plus tard, selon plusieurs études universitaires, bien que ses dirigeants civils aient pris part publiquement à la rédaction de l'accord de Peshawar, le commandement militaire du Pakistan était opposé aux nouveaux développements dans l'Afghanistan voisin. Le spécialiste de l'Afghanistan Neamatollah Nojumi écrit : « ces nouveaux développements politiques et militaires en Afghanistan obligeaient le bureau de renseignement pakistanais ISI à organiser un plan militaire avec les forces appartenant au Hezb-e-Islami Gulbuddin d'Hekmatyar… Ce plan militariste visait à capturer Kaboul et était en pleine vigueur quand… le reste des dirigeants moudjahidines au Pakistan s'accorda sur le plan de paix de l'ONU. À la veille de la mise en œuvre réussie du plan de paix de l'ONU en Afghanistan, l'ISI, par l'entremise d'Hekmatyar et de volontaire non-Afghans, menait des centaines de camions chargés d'armes et de combattants vers la partie sud de Kaboul ».

Le directeur du Centre d'études arabes et islamiques à la Australian National University, Amin Saikal, conclut de manière similaire dans Modern Afghanistan : « Le Pakistan était décidé à préparer une percée en Asie centrale.… Islamabad ne pouvait pas réellement s'attendre à ce que les nouveaux dirigeants du gouvernement islamique… subordonnent leurs propres objectifs nationalistes afin d'aider le Pakistan à réaliser ses ambitions régionales.... Sans le soutien logistique et le ravitaillement d'un grand nombre de roquettes, les forces d'Hekmatyar n'auraient pas été en mesure de cibler et de détruite la moitié de Kaboul. »

Les Nations unies en collaboration avec le nouveau ministre afghan de la Défense, Ahmed Chah Massoud, tentèrent à maintes reprises d'intégrer Hekmatyar au nouveau gouvernement, mais Hekmatyar préférait bombarder Kaboul.

Selon une publication de l'université George-Washington, quand Hekmatyar eut échoué en 1994 à "travailler pour le Pakistan", le Pakistan se tourna vers une nouvelle force : les Talibans. Amin Saikal expose également : « Ainsi l'incapacité d'Hekmatyar à réaliser ce que l'on attendait de lui incita les dirigeants de l'ISI à venir avec une nouvelle force de substitution, les Talibans. » Bien que le Pakistan suivit d'abord une politique de déni en ce qui concerne l'appui aux Talibans, de hauts fonctionnaires pakistanais, comme le ministre de l'Intérieur Naseerullah Babar, déclarèrent par la suite, « nous avons créé les Talibans » et l'ancien président du Pakistan Pervez Musharraf d'écrire : « nous avons pris parti » avec les Talibans pour « sonner le glas » des forces anti-Talibans.

De nombreuses études rapportent que le Pakistan n'était pas la seule puissance régionale s'ingérant dans les affaires afghanes. L'Iran chiite et l'Arabie saoudite sunnite wahabbite, en tant que compétiteurs pour l'hégémonie régionale, encourageaient le conflit violent au sein de deux autres factions : d'un côté les Hazaras chiites du Hezb-e Wahdat d'Abdul Ali Mazari et de l'autre côté les Pachtounes sunnites du Ittihad-e Islami d'. Selon Human Rights Watch, l'Iran soutenait vigoureusement les forces du Hezb-e Wahdat : les officiers du renseignement iranien donnaient leurs ordres directement ; de son côté l'Arabie saoudite soutenait Sayyaf et son parti, le Ittihad-i Islami, pour promouvoir l'influence wahabbite. Le gouvernement par intérim et le Comité international de la Croix-Rouge essayaient à plusieurs reprises de négocier des cessez-le-feu, qui rompaient en seulement quelques jours.

Une autre milice, la Djoumbesh de l'ancien général communiste Abdul Rachid Dostom est appuyée par l'Ouzbékistan. Le président ouzbek Islom Karimov est désireux de voir Dostom contrôler le plus de terrain possible en Afghanistan, et plus spécialement au nord du pays. Dostom changera maintes fois d'allégeances.

Le nouvel État islamique d'Afghanistan, jouissant au début d'un puissant soutien en Afghanistan et plus spécialement à Kaboul et dans les régions du nord et de l'est, ne reçut aucun appui extérieur durant cette période.

Situation interne

300px|thumb|La situation en 1992

En , le gouvernement communiste de Mohammad Najibullah, appuyé par la Russie, ne peut plus se maintenir contre les moujahidines afghans. Avec la fin de l'Union soviétique, le régime de Najibullah perd son meilleur soutien. Après un accord de la Russie établissant la fin des livraisons de carburant vers l'Afghanistan, le régime commence à s'effondrer. Najibullah perd immédiatement tout contrôle, le , au moment où il annonce son intention de démissionner pour faire place à un gouvernement provisoire neutre.

Le , il est confirmé que Ahmad Shah Massoud et les forces du Shura-e Nazar/ Djamiat se sont emparés des villes de Charikar et Jabalussaraj dans la province de Parwan au prix d'un minimum de combatsCorwin, Phillip. "" 1992. Rutgers University Press. (31 janvier 2003), 70. On rapporte à ce moment que Massoud dispose d'environ stationnés au nord de KaboulDoomed in Afghanistan, 71. De plus, la du gouvernement rejoint Massoud. Les moujahidines du commandant Massoud, alliés aux ismaélites de Sayyid Mansor, le Harakat-e Islami et le Djoumbesh de l'ancien général communiste Abdul Rachid Dostom, prennent également la base aérienne de Bagram, au nord de Kaboul. Maintenant que le gouvernement est divisé entre différentes factions, le problème est d'effectuer la transmission du pouvoir. Najibullah tente de s'évader de Kaboul le , mais est arrêté par les troupes de Dostom qui contrôlent l'aéroport international de Kaboul. Najibullah trouve alors refuge à la mission de l'Organisation des Nations unies où il restera hors de danger tant que Massoud aura le contrôle de la zone. Les généraux et fonctionnaires supérieurs communistes agissent en tant qu'autorité transitoire pour transmettre le pouvoir à l'alliance du commandant Massoud. L'autorité provisoire de Kaboul invite Massoud à entrer dans la capitale en tant que nouveau chef de l'État, mais celui-ci reste en arrière. Massoud ordonne à ses troupes, positionnées au nord de Kaboul, de ne pas entrer dans la capitale tant qu'une solution politique n'aura pas été trouvée. Il appelle les hauts dirigeants du parti basés en exil à Peshawar, au Pakistan, à mettre en place une solution politique acceptable par tous les camps et tous les partis.

Pendant ce temps, d'autres factions moujahidines se mettent en marche en direction de Kaboul depuis différents côtés : le Hezb-e-Islami Gulbuddin de Gulbuddin Hekmatyar par le sud, le Ittehad-e Islami d' par l'ouest, le Hezb-e Wahdat d'Abdul Ali Mazari par l'ouest également, et le Hezb-e Islami Khalis d'Abdul Haq par l'est.

La communauté internationale sous la forme de l'Organisation des Nations unies et la plupart des partis politiques afghans décident de mandater un gouvernement national légitime, pour succéder au pouvoir communiste, au travers d'un arrangement d'élite parmi les différents partis de la résistance afghane.

Pendant que les différents chefs de parti afghans se rencontrent à Peshawar, la situation militaire autour de Kaboul impliquant les commandants est tendue. Alors que Massoud soutient le processus de paix de Peshawar en installant un large gouvernement de coalition incluant tous les partis, Hekmatyar cherche à devenir le seul maître de l'Afghanistan et déclare : « Dans notre pays un gouvernement de coalition est impossible, car d'une manière ou d'une autre, il deviendra faible et incapable de stabiliser la situation en Afghanistan ». La réponse de Massoud est la suivante : « Tous les partis ont participé à la guerre sainte en Afghanistan, ils doivent donc tous partager le gouvernement, et la formation de celui-ci. L'Afghanistan est fait de différentes nationalités. Nous redoutions un conflit national impliquant les différentes tribus et nationalités. Afin de donner à chacun ses propres droits et aussi pour éviter un bain de sang dans Kaboul, nous avons laissé la parole aux partis pour qu'ils prennent une décision à l'égard de ce pays. Nous avons déjà dit que le terrain devait être préparé pour une élection générale. »

Une communication radio enregistrée entre les deux commandants montre la division lorsque Massoud demande à Hekmatyar : « Le régime de Kaboul est prêt à se rendre, alors plutôt que se battre nous devrions nous rassembler.... Les dirigeants se rencontrent à Peshawar.... Les troupes ne devraient pas entrer dans Kaboul, elles doivent entrer plus tard en tant que partie du gouvernement. » Réponse d'Hekmatyar : « Nous marcherons sur Kaboul sabre au clair. Personne ne peut nous arrêter.... Pourquoi devrions-nous rencontrer les dirigeants du parti ? » Massoud répond : « Il me semble que tu ne veux pas rejoindre les dirigeants à Peshawar ni de stopper ta menace, et tu as l'intention d'entrer dans Kaboul... dans ce cas je dois défendre le peuple. »