L'Histoire du département du Jura prend en compte l'histoire complète du territoire qui est devenu le département du Jura en remontant jusqu'à la période préhistorique.
Préhistoire Le sud du massif du Jura qui constitue le Département du Jura actuel (en 2015) a connu une occupation humaine dès le néolithique en particulier avec les implantations palafittes des lacs jurassiens où elle s'est prolongée sur trois millénaires jusqu'à l'âge du bronze : les plus notables sont celles de Clairvaux-les-Lacs et de Chalain, datées de 4000 à 750 Chalain et Clairvaux (Jura) et les sites palafittiques préhistoriques autour des Alpes . Les voies d'échange existaient avec les régions voisines : elles permirent l'importation du cuivre et du bronze (sans doute par Pontarlier et Jougne) et expliquent la diffusion des habitats palafittes sur les deux versants jurassiens (France et Suisse actuelles). Les occupants à la fin de la protohistoire autour des années -700/-500 s'identifieraient aux Ligures mal connusLe Jura et les plaines de Saône aux âges des métaux Par Jacques-Pierre Millotte p. 241 ) .
Période celte et conquête romaine Dans l’Antiquité, au second âge du fer de La Tène, à partir du , le territoire de l’actuel département du Jura est occupé comme le reste de la région par un peuple gaulois les SéquanesLa civilisation gallo-romaine dans le Jura, Musée d'archéologie du Jura, p. 1 à 55 . Ceux-ci sont établis dans une région qui correspond dans les grandes lignes à l'archidiocèse de Besançon de l'époque historique, et qui constituera l'origine de la Franche-Comté : il est délimité à l'ouest par la Saône, au sud par la Bresse éduenne et le Rhône, à l'est les monts Jura jusqu'au Rhin et au nord par les Vosges. Le territoire entre dans la mouvance de la puissance romaine après la conquête de Jules César en 52 ans Certains historiens amateurs soutiennent l'hypothèse d'un Alésia jurassien qu'ils situent à La Chaux-des-Crotenay comme André Berthier . La romanisation se fait par l'implantation de domaines agricoles producteurs de céréales et de vin (les villae de Tourmont, Vadans, Arlay...) et aussi par le développement de l'exploitation du sel (Lons-le-Saunier) : les viandes salées jurassiennes sont connues jusqu'à Rome. On remarque aussi le développement des cultes latins (temple du Mont-Rivel par exemple) qui s'ajoutent aux divinités gauloises comme Épona ou Cernunnos (ainsi le temple au dieu Mars cohabite avec le dieu celte Bellone à Villards d'Héria), mais aussi progressivement l'introduction des divinités orientales comme Cybèle, Osiris, HorusLa civilisation gallo-romaine dans le Jura, Musée d'archéologie du Jura, p. 70. thumb|upright=1.2|Une partie des fouilles sur le site archéologique de Villards-d'Héria Durant cette période gallo-romaine, le territoire jurassien proprement dit est dépourvu d'implantations urbaines de grande ampleur mais il conserve cependant de nombreuses traces de ces siècles gallo-romains. Les secteurs développés sont essentiellement au nord-ouest de la rivière d'Ain, entre Lons-le-Saunier et Salins-les-Bains (par exemple Grozon et Tourmont) d'une part et dans la plaine agricole de Dole. Le premier plateau apparaît peu occupé : on repère cependant le secteur de Champagnole (Saint-Germain-en-Montagne et Mont Rivel) et le secteur d'Orgelet-Chavéria non loin duquel existe du au un centre de pèlerinage séquane important à Villards d'Héria (près de Moirans-en-Montagne). Le deuxième plateau conserve pour sa part presque entièrement ses forêts sauvages jusqu'aux s. La région est parcourue par des voies romaines d'importance comme celle qui relie Dijon à Pontarlier (route du sel qui relie Salins à la Suisse) ou la route Chalon - Besançon par Ponte Dubis (Pontoux ?) dans la plaine de Saône et le long du Doubs. D'autres voies parcourent le Revermont et le Vignoble de Saint-Amour à Besançon par Lons-le-Saunier, Poligny, Arbois/Salins et Mouchard, ou de Champagnole à Orgelet-Arinthod puis Villards d'Hériat et le Bugey en suivant le cours de l'Ain.
Au début de la période gallo-romaine, sous l'empereur Domitien qui règne de 81 à 96, se crée une grande province de Germanie supérieure qui s'étend jusqu'au sud du massif jurassien : celle-ci a Mayence pour capitale et jouit d'une assez grande autonomie. Des périodes prospères alternent alors avec des périodes de difficultés et de troubles (invasions, pestes) qui conduisent à une réorganisation des provinces sous Aurélien (270-275) et surtout Dioclétien (284-305) qui crée la Provincia Maxima Sequanorum ou Grande Séquanie avec pour centre Vesontio (Besançon) : le Jura actuel en fait partie.
Comme ailleurs dans le nord-est de la Gaule et au-delà, la période des Grandes invasions qui ponctuent le déclin de l’empire romain voit l'affaiblissement des peuplements et des activités pour une longue période : la disparition au de l'implantation romaine au pied du Mont Rivel à Saint-Germain-en-Montagne – Vannoz illustre le déclin de la régionLa civilisation gallo-romaine dans le Jura, Musée d'archéologie du Jura, p. 1 à 55. On a retrouvé en 1962 à Meussia, dans le sud du département près de Moirans-en-Montagne, un trésor monétaire datant du qui comprenait 399 monnaies d’argent des époques républicaine et julio-claudienne« Trésors monétaires - Volume XX : Meussia (Jura) et autres trésors de la fin de la République et du début de l'Empire Éditeurs Bibliothèque nationale de France 2003.
Invasions germaniques et Haut Moyen Âge Les invasions germaniques successives ponctuent le déclin de l’empire romain en amenant des destructions et l’abandon de certains peuplements (le Vignoble et par exemple). Le sud de la Grande Séquanie fait ensuite partie des royaumes alamans puis burgondes et francs (Lotharingie). Il semble s'être organisé en pagi (pagus) défensifs aux délimitations approximatives : le pagus Ammaviorum ou Amaous (pays d’Amont ou d’Amour), couvrant le nord du département du Jura et l'extrême sud de la Haute-Saône (cantons de Gray et Marnay, basse vallée de l'Ognon, Dole et la basse vallée du Doubs, basse vallée de la Loue : val d'Amour aujourd'hui, vallée de la Seille ; bordé par la Saône à l'ouest) ; le pagus Warascorum (pays du Varais ou des Varasques ou de Warasch), à l'intérieur de la rivière Doubs, couvrant la majeure part du département du Doubs, plus l'extrême nord-est du département du Jura au nord de Salins ; le pagus Scotingorum (pays d’Escuens ou comté de Scoding), qui couvrait le centre et le sud du département du Jura (Salins, Poligny, Lons, jusqu'aux limites de la Terre de Saint-Claude au sud-est, et du grand Lyonnais/pagus Lugdunensis au sud)..
Lors du démembrement de l'empire de Charlemagne par ses petits-fils en 843 (traité de Verdun) et de l'éclatement du royaume de Lothaire en 855, naît le royaume de Lotharingie. Sur les décombres de la Lotharingie, apparaît un nouveau royaume de Bourgogne en 888, en faveur de Rodolphe Welf, royaume distinct du duché de Bourgogne (qui, lui, se trouve dans le royaume de France ou de Francie occidentale). En effet, après une période troublée (expéditions guerrières des Vikings et des Sarrasins), Rodolphe Ier de Bourgogne se fait élire à Saint-Maurice d'Agaune à la fin du (en l’an 888) et couronner à Toul, roi de la « Bourgogne jurane » et de Lotharingie. Ce royaume de Bourgogne annexera le royaume de Provence vers 933 pour former le royaume des Deux-Bourgognes, lui-même rattaché à l’empire germanique en 1032 par l'empereur Conrad II à la mort du dernier des rois Welf, Rodolphe III. Incluse dans le royaume de Bourgogne né en 888, la Haute-Bourgogne est confiée, par Rodolphe et ses successeurs les rois Welf, au comte de Mâcon, qui s'étend ainsi très largement à l'est de la Saône : d'abord les comtes de Mâcon de la maison de Narbonne, puis ceux de la famille ascanienne d'Ivrée, ex-rois d'Italie, en la personne d'Otte-Guillaume ou Othon-Guillaume († 1026 ; deuxième mari d'Ermentrude de Roucy, il hérite Mâcon et la Haute-Bourgogne du premier époux de celle-ci, Aubry de Mâcon, † 982, en épousant sa veuve). À l'extrême fin du , en 995, la Haute-Bourgogne est érigée, dans le cadre du royaume de Bourgogne mais avec une forte autonomie, en comté héréditaire au profit d'Otte-Guillaume et ses descendants (ils l'auront jusqu'à la Révolution, Louis XVI étant à cet égard le lointain successeur héritier d'Otte-Guillaume !) : le Jura actuel est la partie sud de cette principauté territoriale qui deviendra la Franche-Comté (première mention du nom tardive, en 1366).
Débuts de la christianisation Aux le christianisme s’introduit dans le Jura avec saint Romain et saint Lupicin (1ère moitié du Ve) et plus tard saint Oyand, mort entre 512 et 514, ou saint Colomban qui participe à l’essor du monachisme dans la région depuis Luxeuil : on les appelle communément les Pères du Jura. Naissent alors l'abbaye de Saint-Claude (monastère de Condat fondé par saint Oyand et vivifié par le pèlerinage lié à saint Claude), l’abbaye de Baume-les-Messieurs (à l’origine de Cluny) et au l’abbaye de Château-Chalon, ou au l’Abbaye Saint-Pierre de Gigny. Ces institutions monastiques prendront toute leur importance au qui verra de nombreuses fondations par les Cisterciens, les Clunisiens ou les Chartreux. .
Moyen Âge Fiefs et châteaux-forts
À partir des s s'installent dans le territoire du Jura les fiefs des grands barons comtois page 131.
Les seigneurs jurassiens sont dominés par les Chalon (descendants par les femmes des anciens comtes de Chalon), branche cadette des comtes de Bourgogne (Franche-Comté), de Vienne et de Mâcon, que Jean Ier de Chalon (1190-1267) surnommé l’Antique ou le Sage, sire de Salins en 1237 par échange avec le duc de Bourgogne Hugues IV, met au premier plan, et après lui ses descendants les Chalon d'Arlay. Les puissants sires de Salins, riches du sel, étendent leurs possessions (échange avec le duc de Bourgogne) et construisent de nombreux châteaux comme celui de Nozeroy ou de Bracon. On connaît aussi la maison de Vienne — issue par les femmes des comtes de Bourgogne, de Vienne et de Mâcon, et par les hommes des sires de Neublans — qu'illustrent l'amiral Jean de Vienne et Guillaume de Vienne au , famille dont les fiefs sont adossés aux plateaux jurassiens et courent jusqu'à la plaine de Saône et de Bresse (Ste-Croix, Seurre et St-Georges, Pagny-le-Château, Neublans, Longwy ; Lons, Pymont, Mirebel) ; les Montmorot qui contrôlent le sel de Lons-le-Saunier ; ou les Cuisel qui possèdent la baronnie de Clairvaux-les-Lacs et favorisent la fondation de la chartreuse de Vaucluse et de la Chartreuse de Bonlieu. Plus tard on notera l'importance des Rye, branche cadette de celle de Neublans, ou encore des Watteville venus de Suisse qui héritent de Châteauvilain à Bourg-de-Sirod et Sirod, et dont la lignée compte l'abbé Jean de Watteville au destin aventureux qui marqua la période de la conquête française au .
On retrouve ces noms, mêlés au cours des siècles par les mariages, dans l'attribution des charges ecclésiastiques (archevêques de Besançon, abbés et abbesses)Le clergé de France, ou tableau historique et chronologique Par Hugues Du Tems, 1774.