La présence de Juifs à Marseille est attestée dès le par Grégoire de Tours, mais il est probable qu'elle remonte à l'Empire romain.
Pour Augustin Fabre, Marseille fut longtemps l'une des villes les plus accueillantes pour les Israélites, grâce au Hors du royaume de France, les Juifs marseillais n’ont pas à souffrir des expulsions décidées par les rois et ils ne souffrent jusqu'à la fin du Moyen Âge d'aucune persécution.
À partir du , la communauté juive de Marseille participe à l'essor intellectuel et à l'âge d'or du judaïsme provençal avec d'autres villes de la région. Très présents dans la vie socio-économique et le grand commerce de Marseille au Moyen Âge tardif, ils sont considérés comme des citoyens de la ville et les notables juifs sont même traités avec équité par rapport aux chrétiens.
Les Israélites sont finalement expulsés de Provence par le roi de France en 1501, après l'union du comté de Provence au royaume. Quelques familles émigrent dans les États du pape à Avignon ou dans le Comtat-Venaissin, les autres quittent la région ou se convertissent. L'histoire des Juifs à Marseille devient presque silencieuse pendant près de deux siècles.
En 1791 lors de la Révolution française, l'émancipation des Juifs permet leur retour dans la ville et la population israélite ne cesse d'augmenter au cours du . À la veille de la Seconde Guerre mondiale, ils sont déjà plusieurs dizaines de milliers et de toutes origines. Deux mille d'entre eux sont déportés en 1943 vers les camps de la mort au cours de la rafle de Marseille.
Les répercussions de la guerre d'Algérie et la signature des accords d'Évian en 1962 entraînent l'arrivée de nombreux Juifs séfarades réfugiés d'Algérie, qui représentent aujourd'hui la grande majorité de la communauté israélite de la ville devant les Juifs provençaux, les Ashkénazes et les Séfarades orientaux. Preuve en est que le cosmopolitisme et la diversité de Marseille s'étendent même au sein de ses communautés.
Selon le Groupe international pour les droits des minorités, la ville abriterait la deuxième population israélite de France avec , soit plus de 9 % de la population. Cela représenterait la troisième communauté juive d'Europe, après celles de Paris et de Londres.
Antiquité : une présence probable
thumb|188x188px|Lampe à huile juive du découverte à Orgon dans les Bouches-du-Rhône. S'il n'y a aucune source évoquant la présence d'une communauté juive à Massilia (Marseille), des Judéens doivent certainement y vivre sous l'Empire romain. Cette présence serait cependant à relativiser au regard des communautés du bassin méditerranéen oriental. La Gaule a longtemps été vue comme un « bout du monde antique » pour la Judée, que la diaspora n'a pas encore atteint. La présence juive est sans doute faible avant la destruction du second Temple et doit se limiter aux marchands, que l'on mentionne, eux, dans plusieurs villes de la Gaule narbonnaise, dont Marseille.
Léon Poliakov précise que l'on ignore totalement les conditions dans lesquelles sont apparus les premiers foyers juifs en Gaule. Il estime pourtant qu'il est probable que le judaïsme se soit implanté de la même manière que le christianisme, c'est-à-dire essentiellement par les conversions.
Si nous n'avons aucune preuve de la présence juive à Marseille avant le , plusieurs découvertes archéologiques, dont une lampe à huile découverte à Orgon, dans la région, témoignent de la présence de Juifs dans la basse vallée du Rhône entre le et le siècle .
Haut Moyen Âge : un peuplement juif progressif thumb|311x311px|Grégoire de Tours est le premier témoin de la présence de Juifs à Marseille. Il existe également peu de documents décrivant la vie des Juifs à Marseille pendant le Haut Moyen Âge. Le témoignage le plus complet est celui que nous livre l'historien Grégoire de Tours au .
Il raconte que le juif Priscus, serviteur du roi Chilpéric , marie son fils à une juive de Marseille. En 576, des Juifs de Clermont se réfugient à Marseille pour échapper aux conversions. Peu de temps après en 582, lors de la conversion forcée ordonnée par Chilpéric, les Juifs de Marseille semblent être restés en paix. Mais en 591, il déplore le fait que les Juifs de Marseille soient amenés au baptême par la force plutôt que par la prédication. Le pape Grégoire le Grand met d'ailleurs en garde l'évêque Théodore de Marseille contre l'usage de la violence pour les convertir.
On sait qu'à la fin du se trouve un lieu nommé Valle Judaica (« Valla Juissou ») dans le hameau de Sainte-Marthe et qu'un Juif appelé Salomon achète une quantité importante de miel à l'Abbaye Saint-Victor, probablement pour en faire le commerce. Au , on mentionne un vignoble nommé Rua Judaïca.
Avant le deuxième millénaire, les Juifs vivent en dehors de la ville, qui n'est à l'époque composée que du château Babon et du bourg, dans un espace situé entre la Porte de Marseille et la Porte de la Fons (ou Porte du Marché). À partir de l'an mil, la croissance démographique et rurale, ainsi que l'essor du commerce, provoquent la renaissance des villes et leur extension. Marseille voit ainsi ses enceintes s'élargir en 1040, et les Juifs sont englobés dans la cité.
Un centre intellectuel juif du Moyen Âge Dès le début du , Marseille compte des savants rabbiniques influents et devient jusqu'au siècle suivant l'un des lieux phares du judaïsme provençal durant la période des Rishonim. De nombreux érudits Juifs s'y installent, comme dans d'autres villes de Provence et du Languedoc, et jouent un rôle important dans la transmission des savoirs antiques et les débats philosophiques et religieux, notamment grâce à leur maîtrise de la langue arabe, compétence alors peu répandue en France.
Une ville de sages thumb|300x300px|Lors de ses voyages, Benjamin de Tudèle traverse Marseille vers 1165 et la décrit comme une ville de sages.
thumb|337x337px|Le Guide des Égarés de Maimonides est l'une des œuvres philosophiques juives les plus importantes du judaïsme. Traduites par les Juifs de Provence qui connaissent l'arabe, il fera l'objet de longs et intenses débats entre Orthodoxes et amis de la philosophie. Benjamin de Tudèle, qui visite le Midi de la France vers 1165, décrit Marseille comme la ville des geonim (les « éminences ») et des savants. Il admire en outre son école talmudique et témoigne de l'existence de deux communautés juives dans la ville : l'une au bas de la ville sur le bord de mer, l'autre en haut dans une forteresse. Benjamin estime leur nombre à environ 300 et rapporte que la ville compte deux synagogues. Ils sont bien présents dans le commerce et entretiennent des relations étroites avec l'Orient. Globalement, les Juifs semblent vivre en Provence dans la sérénité et l'amitié des Chrétiens.
Au même moment, le Juif marseillais Isaac Ben Abba Mari (v. 1122-v. 1193) écrit Ittur Soferim, un code de loi civile et religieuse qui connait à l'époque un grand succès, mais finalement éclipsé par lArbaa Tourim de Yaakov ben Asher de Tolède (1270-1340), livre où il est fréquemment cité.
Des membres des Tibbonides comme Juda (1120-1190) ou Samuel ibn Tibbon (1150-1230) s'établissent à la fin de leur vie à Marseille et y finissent leurs jours. Le premier, par ailleurs médecin, est le traducteur d'œuvres de philosophie juive pré-maïmonidienne ainsi que des deux grands-œuvres linguistiques de Yona ibn Jannah. Samuel, médecin lui aussi, est principalement connu pour sa traduction du Guide des égarés de Moïse Maïmonide. En 1194, c'est d'ailleurs aux savants de Marseille que Maïmonide envoie ses lettres sur l'astrologie
La centralité intellectuelle juive de Marseille perdure au . Samuel de Marseille (1294-?) y traduit des ouvrages scientifiques arabes en hébreu, dont les commentaires d'Averroès sur La République de Platon et lÉthique à Nicomaque. L'original du commentaire sur La République ayant été perdu, c'est avec la traduction de Samuel que l'on a pu élaborer la version latine padouane.L'influence des tibbonides reste présente au cours de ce siècle, avec Moshe ibn Tibbon, fils de Samuel ibn Tibbon et traducteur de Maïmonide, ou Jacob ibn Tibon (1236-1304), astronome et médecin ayant pris une part importante dans la controverse autour des écrits de Maïmonide. Ils sont tous deux nés à Marseille. Solomon Nasi Ben Isaac Nasi Cayl, enfin, est un poète liturgique dont l'œuvre, piyyuḥ, a été retrouvée dans le mahzor d'Avignon. En 1320, David Kokhabi, un juif natif d'Estella en visite à Marseille, loue la ville comme un grand centre d'études talmudiques, presque deux siècles après Benjamin de Tudèle.
Citons, pour les et siècles, des penseurs juifs marseillais qui perpétuent cet héritage : les philosophes Nissim ben Moshe, Aaron de Camera et Miles de Marseille ; ainsi que les rabbins Joseph ben Johanan et Bonjudas Bondavin.
Les Juifs citoyens de Marseille thumb|Les Chapitres de Paix, signés entre la ville et Charles Ier d'Anjou entre 1252 et 1257, confirment la citoyenneté des Juifs de Marseille. En 1219, à l'issue d'une convention entre la ville et l'évêque de Marseille, les Juifs sont faits « citoyens de Marseille » (cives Massiliæ), position confirmée par les Chapitres de Paix établis entre 1252 et 1257 à la suite de la conquête de la ville par Charles Ier d'Anjou. Ils ne sont toutefois pas égaux aux Chrétiens. Quatre restrictions sont en effet prévues : l'interdiction de témoigner en justice contre un chrétien, celle d'embarquer à plus de quatre juifs sur un navire (et de rejoindre Alexandrie), celle de travailler les dimanches et jours fériés chrétiens, et enfin l'obligation de porter un signe distinctif : la rodeta (« rouelle ») dès l'âge de sept ans et lorales (« voile ») pour les femmes.
Mais en confrontant ces interdictions théoriques avec la réalité des documents de l'époque, on observe une réelle souplesse à l'égard des Juifs et ils sont loin d'être des citoyens de seconde zone. Les notables israélites, par l'intermédiaire de leurs amici chrétiens, ont même voix au Chapitre.
Les seigneurs angevins de Provence ont fait preuve d'une relative tolérance à l'égard des Juifs. Charles d’Anjou, investi sur le trône de Naples par le pape Urbain IV en 1263, comprend le rôle que peut jouer Marseille dans son nouveau « royaume méditerranéen. » Il accorde beaucoup de faveurs aux Israélites de Marseille, qui possèdent d'importants réseaux de commerce local et méditerranéen. Par le traité de , il impose que ceux-ci lui appartiennent et ne payent d’impôts qu’à lui, afin de les protéger des abus des fonctionnaires locaux. En 1270 et en 1276, lorsque Charles d'Anjou impose à tous les juifs de Provence deux taxes de 6 000 et de 15 000 livres tournois, ceux de Marseille en sont exemptés. XIV et XV siècles : l'âge d'or juif à Marseille Au début du Moyen Âge tardif, les Juifs sont à Marseille, puis après la peste noire (1347-1352) pour 10 à , soit environ 10 % de la ville. La ville est alors l'une des trois plus importantes implantations juives du comté de Provence avec Aix et Arles.
Contrairement à d'autres communautés de la diaspora, comme les juifs du Califat abbasside immigrés en Ifriqiya au XIe siècle, les relations inter-communautaires à Marseille ne se fondent pas majoritairement sur l'appartenance religieuse, mais sur des liens d'''amicitia inter-ethniques au sein d'un même rang social élevé. Les notables juifs ne sont peut-être pas égaux aux chrétiens, mais ils sont traités avec équité. L'habituel solidarité et préférence communautaire de la diaspora juive est en partie remplacée par des relations économiques et politiques étroites entre notables israélites et chrétiens. Les Statuts sur les Juifs ne sont par ailleurs que partiellement appliqués et on observe une certaine tolérance envers la communauté de la part du comte et de la ville. Les Juifs dans la cité thumb|La juiverie de la ville basse s'étend près de l'Église Saint-Martin.|300x300px