Jean de Chalon peut désigner plusieurs seigneurs du Moyen Âge :
(1190-1267), régent du comté de Bourgogne, auteur de la maison de Chalon dont sont issues les deux branches suivantes : Maison de Chalon-Arlay : (1258-1315), fils de Jean I de Chalon, seigneur d'Arlay (1266-1315), maire et vicomte de Besançon (v. 1293-1315). Jean de Chalon (1300-1335), fils du précédent, évêque de Bâle puis de Langres. Jean II de Chalon-Arlay (1312-1362), fils de Hugues Ier de Chalon-Arlay, petit-fils de , seigneur d'Arlay, vicomte de Besançon. Jean III de Chalon-Arlay (1361-1418), fils de , petit-fils de Jean II de Chalon-Arlay, seigneur d'Arlay et par mariage Prince d'Orange (1393). Jean de Chalon (), fils du précédent, seigneur de Joigny. Jean IV de Chalon-Arlay (1443-1502), fils de Guillaume VII de Chalon, arrière-petit-fils de Jean III, prince d'Orange.
Branche des Chalon-Auxerre-Tonnerre : (1243-1309), fils de Jean I de Chalon. (1292-1361), fils de Guillaume Ier de Chalon-Auxerre, petit-fils de . (1318-1379), fils du précédent. (1337-1370), fils du précédent. (), fils de Tristan de Chalon-Auxerre, petit-fils de Jean II de Chalon-Auxerre. Jean de Chalon (1397-1453), dit bâtard de Chalon ou bâtard de Tonnerre, fils de .
Branche de Chalon-Tonnerre Branche des Chalon-Montaigu /de Chalon, seigneur de Montaigu.