Le Douzième Docteur est la douzième incarnation du Docteur, personnage principal de la série télévisée de science-fiction Doctor Who. Il est incarné par l'acteur Peter Capaldi entre 2014 et 2017, succédant ainsi à Matt Smith, l'interprète du Onzième Docteur, lors de l'épisode de Noël L'Heure du Docteur en 2013. Il est, avec le Premier Docteur, l'incarnation la plus âgée physiquement du Docteur.

Il est la seconde et dernière incarnation du Docteur à avoir été écrite par Steven Moffat, producteur-exécutif de la série entre 2010 et 2017. Il se régénère à la fin de l'épisode de Noël 2017, Il était deux fois, pour devenir le Treizième Docteur, incarné par Jodie Whittaker.

Son ère est marquée par une chute certaine des audiences depuis le début de la saison 8 (2014) et par des références au passé de la série beaucoup plus présentes qu'auparavant. On peut d'ailleurs observer que depuis 2014, les saisons n'ont plus 13 épisodes et un épisode de Noël, mais 12 épisodes et un épisode de NoëlListe des épisodes de Doctor Who (2005-2022). Il a été accompagné par Clara Oswald (Jenna Coleman), Nardole (Matt Lucas) et Bill Potts (Pearl Mackie) au cours de ses voyages. C'est aussi la deuxième incarnation de la nouvelle série (depuis 2005) à côtoyer le Maître.

Histoire du personnage gauche|vignette|Jenna Coleman, l'interprète de Clara Oswald, lors de la MagicCity Comic-Con en 2016. Spécial anniversaire (2013) Avant même d'être le Docteur « principal » de la série, le Douzième Docteur fait une très brève apparition dans l'épisode célébrant les 50 ans de la série, Le Jour du Docteur. Il vient aider ses incarnations précédentes à sauver Gallifrey. On le voit seulement tirer le levier de dématérialisation du TARDIS, sans rien dire Doctor Who, « No sir, all THIRTEEN! - Peter Capaldi's 1st Scene as Twelfth Doctor - The Day of the Doctor - BBC », publié sur YouTube, 22 août 2014..

Épisode de Noël (2013) Des reins ! J'ai de nouveaux reins ! Et je n'aime pas leur couleur.Le Douzième Docteur arrive à la suite de la régénération du Onzième Docteur à la fin de L'Heure du Docteur. Ses premiers mots concernant la couleur de ses reins, qu'il dit ne pas aimer, provoquent la surprise de Clara Oswald, présente lors du changement. Tout comme ses prédécesseurs, il est confus, à tel point qu'il oublie comment piloter le TARDIS alors que le vaisseau est en train de s'écraserDoctor Who, « The Eleventh Doctor Regenerates - Matt Smith to Peter Capaldi - Doctor Who - BBC », sur YouTube, publié le 23 août 2014.. Saison 8 (2014)

Durant le premier épisode, le Docteur nouvellement régénéré subit mal son changement et délire fortement, ses souvenirs lui revenant dans le désordre. Il finira par trouver son style vestimentaire et caractériel, ses anciennes habitudes, et reprendra Clara Oswald pour la suite de la saison. Il entre vite en désaccord avec Danny Pink, le petit ami de Clara et le prend pour un simple gêneur, ce qui contrarie Clara. D'aventures en aventures, Clara se rend compte qu'elle devra choisir entre Danny et le Docteur. Elle finit par quitter le Docteur à cause de la mort de Danny dans Mort au paradis, mais elle reviendra dans le TARDIS à la suite des événements de Douce Nuit.

Durant cette saison, le Docteur entre dans un Dalek, rencontre Robin des Bois, braque une banque, combat les dangereux Aliens d'un autre univers et explore ce qui se cache après la mort, tout en revoyant une vieille connaissance...

Épisode de Noël (2014) À la suite des événements de la fin de Mort au paradis, le TARDIS se matérialise sur le toit de l'appartement de Clara Oswald (alors que cette dernière discute avec le Père Noël, incarné par Nick Frost), et le Docteur en sort, ordonnant à cette dernière de rentrer à l'intérieur du vaisseau. Après une discussion rapide avec le Père Noël, le Docteur rejoint Clara dans le TARDIS et les deux amis décollent. Ils atterrissent sur une station au Pôle Nord, où une équipe est présente, enquêtant sur les Crabes à Rêve, des créatures qui n'attaquent que lorsqu'on pense à eux. Pour éviter que Clara ne pense à eux, le Docteur la soumet à un exercice de calcul mental, puis lui parle de Danny Pink, qu'il pense encore en vie. Toute l'équipe est alors réunie dans la même pièce (l'infirmerie) et est sauvée par le Père Noël.

Le Docteur et Clara s'isolent de l'équipe de recherches, et discutent de ce qu'il s'est passé peu avant, et des propos que le Docteur a tenus à propos de Danny (il insinuait qu'il était en train de charmer une autre femme). Clara révèle au Docteur que Danny n'est jamais revenu du monde des morts, et le Docteur révèle à Clara qu'il n'a jamais retrouvé Gallifrey (Missy lui avait menti). Toutefois, plus tard dans l'épisode, Clara se retrouve victime d'un Crabe à Rêve, et rêve qu'elle passe Noël avec Danny. En réalité, pendant qu'elle rêve, sa vie est en péril. Afin de la sauver, le Docteur décide de se faire attaquer volontairement pour la rejoindre dans son rêve et la faire en sortir. Il lui laisse le temps de dire adieu à Danny et d'accepter le fait que ce dernier soit mort. Ils finissent donc par se réveiller et sortir du rêve à temps.

Au vu de la douleur que tout le monde a, le Docteur se rend compte que tout le monde est en réalité dans un rêve, avec le Père Noël. Afin de prouver sa théorie, le Docteur donne un livre à chacun des quatre membres de l'équipe de recherches : Shona, Albert, Ashley et Fiona, et leur demande de lire le premier mot se trouvant à une page choisie au hasard par Clara. La première phrase obtenue ne veut rien dire, mais prouve que les livres sont le fruit du subconscient de chacun. La deuxième phrase obtenue est : « Nous sommes tous morts » (en anglais : ). Le Père Noël leur révèle la vérité et leur propose de les sauver. Chacun se réveille alors de ce rêve, et le Docteur décide d'aller rejoindre Clara dans la réalité, le jour de Noël, et lui enlève le Crabe à Rêve qu'elle a sur le visage. Elle se réveille, et il découvre que cela fait 62 ans que les deux amis ne se sont pas vus. Ils passent alors Noël ensemble, et le Docteur découvre que personne n'a jamais pu remplacer Danny aux yeux de Clara. Le Docteur avoue regretter n'être jamais revenu la voir, et le Père Noël apparaît alors : il était encore en train de rêver.

Le Docteur se réveille alors la réalité, enlève le Crabe à Rêve du visage de Clara, qui est de nouveau jeune, comme avant. Il lui propose donc de repartir voyager avec lui dans le TARDIS, ce que la jeune femme accepte. Les deux amis repartent alors ensemble explorer l'Univers.

Saison 9 (2015) vignette|Maisie Williams, l'interprète d'Ashildr Einarrsdottir, lors de la Comic-Con de San Diego en 2014. Le Docteur revient dans Le Magicien et son Disciple, épisode qui commence par un flashback, où l'on voit un petit garçon courir sur des champs de bataille. Il est soudain coincé par des mines-main, hurle au secours, et le Docteur arrive dans son TARDIS. Le Docteur lui lance son tournevis sonique pour qu'il puisse l'entendre. Avant de le sauver, le Docteur lui dit de lui dire « le nom du petit garçon qui ne mourra pas », ce à quoi le garçon répond qu'il s'appelle... Davros. Le Docteur reste comme gelé dans le temps, comprenant que ce garçon deviendra un de ses pires ennemis, qui a d'ailleurs créé les Daleks. De retour dans le présent, le Docteur a disparu, et sa compagne, Clara Oswald, découvre comme le monde entier que les avions sont gelés. U.N.I.T. convoque alors Clara, pour comprendre ce qui a bien pu arriver à ces 4165 avions. Elle découvre avec Kate Lethbridge-Stewart qu'elles ont un message, sur le canal du Docteur, dont ce dernier ne se sert pourtant jamais. Le message est : « Hey Missy You So Fine / You So Fine / You Blow My Mind / Hey Missy!!! », et Missy, la dernière régénération du Maître, s'adresse à Clara et l'invite à venir la rencontrer à 16 heures. Elles discutent ensemble de la disparition du Docteur, et du fait que Missy ait obtenu le disque de confessions du Docteur, c'est-à-dire ses dernières volontés et son testament. Elles finissent par le retrouver à l'aide d'un algorithme conçu par U.N.I.T. Elles se téléportent donc au Moyen-Âge (en 1138 après J-C), où elles découvrent que le Docteur a organisé une fête; fête qui va être interrompue lorsque Colonie Sarff, le chef de la sécurité rapprochée de Davros, apparaît dans la pièce et menace tout le monde. Il désire que le Docteur vienne avec lui, voir Davros, qui est mourant. Clara et Missy décident de le suivre.

En route vers l'hôpital, le Docteur explique à Clara qui est Davros (elle ne l'a jamais rencontré). Une fois les trois protagonistes arrivés, le Docteur est convoqué par Davros, qui lui rappelle les propos tenus par ses Quatrième (La Genèse des Daleks), Cinquième (Resurrection of the Daleks), Sixième (Revelation of the Daleks), Septième (Remembrance of the Daleks) et Dixième (La Terre volée) incarnations; Missy et Clara restent seules dans une cellule, et trouvent un moyen d'en sortir. Alors qu'elles ne s'attendaient qu'à ne trouver que de l'espace, elles se rendent compte qu'elles sont sur la terre ferme, et que tout le reste de la planète sur laquelle elles sont invisibles. La supercherie se révèle alors : ils sont tous sur la planète Skaro, la planète d'origine des Daleks. Ces mêmes Daleks capturent les deux femmes, les exterminent devant les yeux impuissants du Docteur, et éliminent ensuite le TARDIS. De retour sur le champ de bataille, le Docteur, après avoir fui lorsqu'il a entendu que le jeune garçon s'appelait Davros, revient dans le futur, et menace le jeune Davros d'un canon Dalek. La suite de l'action se déroule dans l'épisode suivant, La Sorcière et son Pantin, où le Docteur, coincé avec Davros, menace de le tuer. Il lui vole son siège, sans lequel il ne peut se déplacer, et va retrouver d'autres Daleks, et leur affirme qu'il est prêt à détruire tout leur empire si Clara Oswald est vraiment morte (ce qu'elle n'est pas, Missy a trouvé un moyen pour elles de s'échapper). Le Docteur est appréhendé par Colonie Sarff, et est ramené dans la chambre de Davros, qui lui montre des câbles qui selon ses dires seraient reliés à tous les Daleks : il pourrait donc d'un simple geste leur donner la mort. Davros lui demande ensuite de se confesser sur la raison de son départ de Gallifrey. Toutefois, lorsque Davros mentionne avoir tué tous les Seigneurs du Temps, le Docteur lui révèle les avoir sauvés, et que bien qu'il ne sache où sa planète est à présent, elle n'a plus rien à craindre. Son ennemi de toujours le félicite alors, jugeant ceci comme une « excellente nouvelle ».