L'histoire de la transidentité est difficile à étudier en raison des différentes conceptions du genre et de limites méthodologiques de la recherche. Cependant, on trouve la trace de personnes vivant sous un autre genre que celui de leur enfance dès les premiers écrits de la Mésopotamie, et ce sur tous les continents. Dans la Rome antique, Héliogabale exige l'utilisation du féminin pour se faire désigner et veut accéder à une « double nature sexuelle » grâce à une incision « à l'avant du corps ».
Le christianisme et la colonisation chrétienne imposent de nouveaux standards, appliqués de façon stricte, et marquent la fin de nombreuses pratiques d'imposition de la binarité de genre. Certains missionnaires acceptent que des femmes vivent comme des hommes et remplissent leurs rôles, comme Njinga du Ndongo et du Matamba, roi du Ndongo et du Matamba, mais la transidentité féminine est très durement réprimée. En 1513, Vasco Núñez de Balboa assassine par exemple trans de l'isthme de Panama pour cause de sodomie. En Asie, entre autres chez les hijras, les colons empêchent les personnes trans d'accéder à leurs emplois spirituels d'origine, les forçant à subsister par la prostitution, ce qui entretient les stéréotypes sur le long cours. En Europe, le travestissement des femmes en hommes est également plus accepté que l'inverse : le moine Eugène, forcé à dévoiler son sexe pour éviter une accusation de viol, est canonisé sous le nom de sainte Eugénie.
De nombreux hommes trans de l'Europe des dix-huitième et dix-neuvième siècles s'engagent comme marins ou soldats. Aux États-Unis, pendant la guerre de sécession, plus de s'engagent dans l'armée en se déguisant. Dans les deux cas, ces identités sont respectées si les hommes trans ou femmes travesties ne révèlent pas leur anatomie, auquel cas on leur attribue de nouveau leur rôle féminin.
Le développement de la chirurgie de réattribution sexuelle et de l'hormonothérapie, créée en Allemagne au plus tard en 1918 et destinée aux personnes trans, se fait en parallèle de tentatives de « guérir » l'homosexualité, telle que la greffe, réalisée en 1916 par Eugen Steinach, d'un testicule d'un homme hétérosexuel vers un homme homosexuel. Le mot travesti est inventé en Allemagne par Magnus Hirschfeld. Une série d'opérations d'affirmation de genre est réalisée en Allemagne au sein de l'Institut Hirschfeld dans les années 1920, avant sa destruction par la Schutzstaffel nazie.
L'histoire de Christine Jorgensen est largement médiatisée à partir de 1952. Elle ouvre la voie à une démocratisation des transitions médicales, qui s'opère de façon très différente selon les pays.
Méthodologie Vocabulaire Le mot travesti est inventé en Allemagne par Magnus Hirschfeld qui l'utilise comme titre de son livre de 1910, Die Transvestiten. Il l'applique aux personnes qui changent d'expression de genre ponctuellement ou en permanence, avec ou sans transition sociale ou médicale. Havelock Ellis, apprenti de Richard von Krafft-Ebing, invente le terme d'éonisme pour décrire le travestissement, sur le modèle de Charles d'Éon de Beaumont. Le terme d'inversion sexuelle, principalement utilisé de la fin du au début du , englobe de nombreux comportements incluant l'homosexualité, le lesbianisme, la bisexualité et la transidentité.
Au milieu du vingtième siècle, le terme de naît pour distinguer les personnes qui changent certains attributs de leur corps par des opérations chirurgicales ou la prise d'hormones. À la fin des années 1960, la militante trans Virginia Prince popularise le terme de pour parler de personnes qui ont transitionné socialement, mais pas médicalement. Cette distinction reste en place plusieurs décennies, mais après la publication du livre Transgender Liberation de Leslie Feinberg en 1992, le mot devient plus généraliste. Il est graduellement remplacé par l'abréviation . L'expression opposée de naît probablement dans les années 1990 voire avant.
Limites à l'étude du genre Si le concept de transidentité comme on l'entend dans le monde moderne n'est pas forcément applicable à l'histoire ancienne, diverses notions d'identités en dehors de la binarité de genre existent partout dans le monde avant la colonisation par les empires occidentaux chrétiens.. Le manque d'autobiographies requiert de plus des historiens qu'ils assignent des identités de genre aux personnalités historiques, ce qui peut laisser place à l'erreur..
Il existe des limites géographiques à l'étude des personnes trans. Les études sur la transidentité en Chine ne naissent que dans les années 1990, de sorte qu'il est difficile de relier les personnes transgenres à l'histoire de la région. La Grande Chine actuelle est considérée par les chercheurs comme très transphobe, ce qui complique l'étude du sujet..
L'idée même de genre attribué à la naissance a des limites : en Angleterre, par exemple, les actes de naissance n'existent pas avant 1837, rendant difficile voire impossible l'identification du sexe de naissance d'une personne.
Genre et orientation sexuelle Il est de plus difficile d'identifier un historique précis de la transidentité alors que le concept de genre et de transidentité contemporain date du vingtième siècle.. ; selon les cultures et les époques, le concept de genre peut être défini différemment, par exemple en le confondant avec l'orientation sexuelle. En 1864, Karl Heinrich Ulrichs se présente par exemple à sa famille à la fois comme une âme de femme bloquée dans un corps d'homme, mais également comme appartenant à une race de sous-hommes aimant les hommes, ce qui confirme son orientation sexuelle mais rend très difficile l'identification de son genre. En 1955, les psychologues américains John Money et John et Joan Hampson expliquent le concept de rôles de genre et affirment que l'orientation sexuelle peut être utilisée comme facteur pour établir le genre d'un enfant intersexe. Au vingt-et-unième siècle, l'ethnographe David Valentine parle avec de nombreuses personnes noires et latinx à New York qui se présentent comme gay plutôt que trans. Afsaneh Najmabadi rencontre un groupe de personnes trans iraniennes qui ne comprennent pas la possibilité d'être une femme trans lesbienne, la transition étant vue comme un moyen de vivre dans un couple hétérosexuel.
Le lesbianisme est également un espace de frontières floues : les lesbiennes butch et les he/him lesbians (lesbiennes il/lui, désignant des femmes lesbiennes qui utilisent des pronoms masculins) font l'objet d'une sous-représentation et peuvent facilement être confondues avec des personnes non-binaires ou hommes trans. Il est donc très difficile de favoriser une appartenance plus qu'une autre dans le cas de doute entre deux identités négligées par l'histoire des personnes LGBT.
Critères académiques de la transidentité de personnages historiques En général, les sources académiques jugent qu'une personnalité historique est transgenre si elles ont des traces d'une motivation intrinsèque à ne pas être conformes à leur genre, si possible sous la forme d'un témoignage personnel. On cherche également une expression de genre appartenant au genre opposé à celui attribué à la naissance. Il arrive que des personnes ne soient pas considérées comme trans simplement parce qu'elles ont vécu avant la création de la terminologie d'aujourd'hui. L'auteur Jason Cromwell propose de répondre à trois questions, auxquelles la réponse doit être positive, pour identifier des hommes transgenres : il faut qu'ils aient dit être des hommes, aient modifié leur corps pour ressembler davantage au corps masculin traditionnel, et qu'ils aient vécu comme des hommes. Genny Beeman différencie les personnes trans et travesties en comptant comme trans seulement celles qui conservent la même identité de genre dans leur vie privée.
Les contraintes associées aux rôles de genre sont également une limite à l'identification des personnes trans. Il existe de nombreux cas de personnes ayant vécu sous l'identité d'un autre genre pour pouvoir pratiquer un certain métier, ce qui est souvent vu comme du travestissement, c'est-à-dire un mensonge pour atteindre des objectifs. Toute motivation intrinsèque à changer de sexe est alors niée. C'est le plus souvent le cas pour des personnes transmasculines, qui ont vécu comme hommes en remplissant un rôle social masculin, souvent politique ou militaire.
Sources non neutres Le problème de l'identification des personnes trans vient également des contextes dans lesquels on connaît leur histoire. Le plus souvent, les preuves reçues de la non-conformité de genre d'une personnalité historique viennent de rapports médicaux ou légaux. Aucun des deux contextes n'est neutre : dans les deux cas, on cherche à construire une narration qui servira nos intérêts personnels. Ainsi, dans le cadre d'un procès, une personne trans pourra se dire travestie ponctuellement pour limiter la sanction ; dans le cadre médical, une personne non-binaire peut insister sur sa binarité de genre pour avoir un accès plus facile à une transition médicale, ce qui est encore le cas au vingt-et-unième siècle. La voix des personnes trans s'exprimant le plus souvent par l'autobiographie ou le témoignage personnel, il devient difficile de trouver des preuves de transidentité à des époques où l'alphabétisation n'est pas encore démocratisée et où la publication d'écrits est difficile.
Transidentités anciennes Afrique L'Égypte antique a un troisième genre qui inclut notamment les eunuques.. Dans le Conte des deux frères, Bata enlève son pénis et dit à sa femme Martin Pehal, Interpreting Ancient Egyptian Narratives: A Structural Analysis of the Tale of Two Brothers (2014).. Les déesses Mout et Sekhmet sont souvent représentées avec un pénis en érection. et Anat porte des vêtements d'homme ou de femme.
Si Néférousobek est la première femme pharaon, plus tard, Hatchepsout porte le costume masculin de la royauté : pagne court, némès et barbe postiche. Néanmoins, les textes religieux utilisent toujours le genre féminin pour parler d'elle, et Hatchepsout naît femme et garde ce rôle jusqu'à la mort des hommes de sa famille.
Amériques droite|vignette|George Catlin (1796-1872), Danse aux berdaches. Représente une cérémonie de danse pour célébrer les personnes deux-esprits parmi les indiens Sauk et Fox. Avant le contact avec l'Occident, certains peuples autochtones d'Amérique reconnaissent la bispiritualité, qui se rapporte à des personnes qui effectuent des tâches et portent des vêtements associés à la fois aux femmes et aux hommes.. Les personnes aux deux esprits peuvent être traitées avec vénération ou méprisées, en fonction du peuple concerné. Il s'agit cependant d'une identité religieuse et non sexuelle : Kaúxuma núpika, par exemple, ne se transforme en homme que par intervention divine et pour mener à bien une mission sacrée.
Le travestissement est une pratique acceptée dans de nombreuses cultures d'Amériques du Sud et centrale, dont les Aztèques et les Mayas...
Les Zapotèques d'Oaxaca ont un troisième genre appelé muxe ou muxhe, des personnes qui vivent selon les normes du sexe opposé..M. Miano, Hombre, mujer y muxe’ en el Istmo de Tehuantepec, (2002, México: Plaza y Valdés)... Elles peuvent épouser une personne de n'importe quel genre. Une personne muxhe peut réaliser certains types de travail des femmes tels que la broderie, mais aussi ceux associés au rôle masculin, comme la fabrication de bijouxStephen, Lynn (2002).MIANO, M. (2002). .. Environ 6 % des hommes de la communauté zapotèque dans l'Isthme de Tehuantepec sont encore muxes au début des années 1970Rymph, David (1974). ..
Asie En Mésopotamie, des textes dès mentionnent des personnalités religieuses connues sous le nom de , des prêtresses considérées comme sacrées et vénérées..