Le virus d'Usutu, Orthoflavivirus usutuense (anciennement Usutu virus, USUV), est une espèce de virus à ARN, d'origine africaine et considéré comme « émergent »Tetro, J. A. (2017). Is Usutu virus ready for prime time?. (résumé) Ashraf Usama, Jing Ye, Xindi Ruan, Shengfeng Wan, Bibo Zhu & Shengbo Cao, Karyn Johnson (2015) Usutu Virus: An Emerging Flavivirus in Europe ;Viruses. 2015 Jan; 7(1): 219–238. mis en ligne le 19 janvier 2015 ; doi: 10.3390/v7010219 PMCID: PMC4306835. Il fait partie de la famille des Flaviviridae (qui comprend environ pathogènes pour certains animaux, dont l'espèce humaine). Dans ce groupe il s'inscrit dans le complexe de l'encéphalite japonaiseGould EA (2002) Evolution of the Japanese encephalitis serocomplex viruses. Curr Top Microbiol Immunol. ; 267:391-404. .
À ce jour il touche principalement des espèces de passereaux (merle noir, mésanges, moineau domestique, rouge-gorge, étourneau sansonnet) et quelque rapaces (dont des chouettesSchulze, C., Ziegler, U., Schlieben, P., Fast, C., Bock, S., Schüle, A., & Ochs, A. (2017). FATAL SYSTEMIC USUTU VIRUS INFECTION IN TWO JUVENILE GREAT GREY OWLS (STRIX NEBULOSA) FROM A GERMAN ZOOLOGICAL GARDEN Journal of Comparative Pathology, 1(156), 113.). En Europe c'est le merle noir Turdus merula qui semble en être la principale victime (par centaines voire milliers par foyers lors des pics d'épizootie)Virus Usutu : première détection en France chez des merles retrouvés morts Vetitude.fr ; information vétérinaire, publié le 25 septembre 2015, consulté 21 septembre 2016 . Expérimentalement, il se montre très peu pathogène chez des poulets inoculés, et il ne semble pas contagieux de poulet à pouletChvala S, Bakonyi T, Hackl R, Hess M, Nowotny N, Weissenböck H. (2005), Limited pathogenicity of Usutu virus for the domestic chicken (Gallus domesticus). Avian Pathol. Octobre ;34(5):392-5. (le poulet n'est donc pas une bonne pour la détection d'éventuelles épizooties causées par ce virus chez les oiseaux sauvages). Aucun cas de transmission ni de maladie n'a été rapporté à ce jour chez les animaux domestiques (hormis oiseaux en cages).
Les souches d'USUV circulant en Europe sont génétiquement proches les unes des autres. Ce virus étant un arbovirus, il est véhiculé par des arthropodes et sans doute principalement par des moustiques Culex (plus précisément les moustiques du Complexe Culex pipiens). Des oiseaux constitueraient le réservoir du virus. Ce virus pourrait être devenu endémique en Allemagne. Certains écoépidémiologistes estiment qu'il pourrait bientôt devenir une menace pour le continent asiatique.
Il peut être rarement et sporadiquement pathogène pour l'espèce humaine, il constitue alors une impasse épidémiologique. L'infection est plus grave chez les personnes immunodéprimées (chez lesquelles il cause alors des troubles neurologiques).
Histoire écoépidémiologique Il a été formellement identifié pour la première fois en Afrique du Sud en 1959, dans le Swaziland sur le bord de la rivière Usutu (d'où son nom).
Ce virus étant source de zoonose et transmissible par des moustiques hématophages courants, il fait l'objet d'un suivi écoépidémiologique ; c'est-à-dire qu'il est à la fois recherché chez les animaux sauvages ou d'élevage et l'espèce humaine. On cherche dans le même temps à mieux comprendre son cycle de développement.
Pour des raisons encore mal comprises, il a été noté qu'après des foyers infectieux provoquant d'importantes mortalités, le nombre d'oiseaux trouvés malades ou positifs au virus chute de façon spectaculaire, comme en Autriche après 2004. Une hypothèse est qu'une immunité collective se développe rapidement chez les oiseaux survivants. Pour tester cette hypothèse, des sérologies de sauvages de a priori vulnérables au virus ont été analysées en Autriche durant 4 ans consécutifs (de 2003 à 2006). À ce lot ont été ajoutés des échantillons sanguins prélevés chez provenant de centres de soins (collectés avant, pendant et après le pic de mortalité).
En 2003 et 2004, moins de 10 % des oiseaux testés étaient séropositifs au virus. En 2005 et 2006, ils étaient plus de 50 %. Près des 3/4 des hiboux et rapaces diurnes testés présentaient des anticorps avant le moment du pic saisonnier de transmission en 2005, montrant qu'ils avaient déjà été exposés au virus les années précédentes ; Ce suivi a aussi montré d'importantes variations annuelles et saisonnières (et l'existence de nouvelles infections dans la saison en cours chez des oiseaux déjà porteurs d'anticorps). Selon les auteurs, une immunité collective est une explication plausible à la diminution significative de la mortalité des oiseaux après 2006 en AutricheMeister T1, Lussy H, Bakonyi T, Sikutová S, Rudolf I, Vogl W, Winkler H, Frey H, Hubálek Z, Nowotny N, Weissenböck H. (2008) Serological evidence of continuing high Usutu virus (Flaviviridae) activity and establishment of herd immunity in wild birds in Austria ; Vet Microbiol. 2008 Mar 18;127(3-4):237-48. Epub 2007 Aug 19. (résumé).
Pathogénicité Elle est avérée chez l'oiseau. Certaines espèces y semblent nettement plus sensibles, ou momentanément plus sensibles : ainsi en Autriche après un pic de mortalité les oiseaux semblent avoir développé une immunité, ou les variants du virus en circulation sont devenus moins virulents.
La pathogénicité est encore mal cernée pour l'espèce humaine (hormis en cas de déficience immunitaire).
Ce virus n'a pas causé de problèmes de santé publique, mais les virologues le jugent préoccupant et à surveiller à cause de sa pathogénicité potentielle pour l'espèce humaine, mais surtout en raison de similitudes en termes écoépidémiologiques avec d'autres arbovirus régulièrement sources d'épidémies dans certains pays émergents (comme la fièvre du Nil occidentalPoidinger, M., Hall, R.A., Mackenzie, J.S., (1996) Molecular characterization of the Japanese encephalitis serocomplex of the Flavivirus genus. Virology 218, 417–421. ).
Occurrence Dans le monde animal, seuls des cas de mortalité chez des animaux isolés avaient été repérés dans les années 1990. Puis (depuis 1996) plusieurs phénomènes de mortalité massive d'oiseaux ont pu lui être attribués, après un premier foyer chez des oiseaux sauvages (merles principalement) dans les provinces italiennes de Florence et de Pistoia en Toscane.
Répartition géographique L'USUV a été signalée dans plusieurs pays Africains, dont le Sénégal, la République centrafricaine, le Nigeria, l'Ouganda, le Burkina Faso, la Côte d'Ivoire et le Maroc.
Puis un cas a été identifié pour la première fois hors de l'Afrique en 2001 (où le virus a causé une mortalité importante chez des merles à Vienne (Autriche). ).
En Europe Chez l'espèce humaine, mi-2018, seuls 26 cas d’infection avaient été rapporté pour l'Europe entière. Ce nombre est indiscutablement sous-estimé précise Yannick SimoninEnseignant-chercheur à l'université de Montpellier ; spécialiste du virus d'Usutu, car il n'existe pas de test de détection dans le commerce, et les symptômes de l'infection sont encore mal connus des médecins.
Chez les animaux, ce virus y a été repéré depuis les années 1990 lors de mortalités anormales d'oiseaux (HongrieBakonyi T, Erdélyi K, Ursu K, Ferenczi E, Csörgo T, Lussy H, Chvala S, Bukovsky C, Meister T, Weissenböck H, Nowotny N (2007). Emergence of Usutu virus in Hungary. J Clin Microbiol. 2007 Dec;45(12):3870-4. Epub 2007 Oct 3. , Suisse, Italie, Espagne, Allemagne) ou par détection sérologique lors de contrôles de routines (Autriche, Royaume-Uni, Italie, Hongrie, République Tchèque, Pologne) puis Croatie Vilibić-Čavlek T, Barbić Ljubo, Stevanović V, Mlinarić-Galinović G. Lijec Vjesn. 2015 Jan-Feb ; 137(1-2):46-51. . Mais à l'heure actuelle, une centaine de cas seulement ont été confirmés positifs pour l'USUV. Il a d'abord été responsable d'une mortalité subite et importante de merles en 1996 en Toscane Manarolla, G., Bakonyi, T., Gallazzi, D., Crosta, L., Weissenböck, H., Dorrestein, G.M., Nowotny, N., 2010. Usutu virus in wild birds in northern Italy. Veterinary Microbiology 141, 159–163. Weissenböck, H., Bakonyi, T., Rossi, G., Mani, P., Nowotny, N., 2013. Usutu virus, Italy, 1996. Emerging Infectious Diseases 19, 274–277. , avant d'être repéré en Europe centrale Weissenböck, H., Kolodziejek, J., Url, A., Lussy, H., Rebel-Bauder, B., Nowotny, N., 2002. Emergence of Usutu virus, an African mosquito-borne flavivirus of the Japanese encephalitis virus group, central Europe. Emerging Infectious Diseases 8, 652–656. .
En Autriche il a ensuite attiré l'attention en décimant des groupes de merles (mais des sérologies positives ont été signalées chez plusieurs espèces d'oiseaux migrateurs sauvages) avec des foyers détectés en 2003 (92/177), en 2004 (11/224), en 2005 (4/103) et en 2005.
En Hongrie, une surveillance aviaire passive a été mise en place en 2003, qui a détecté 1 cas chez des merles en 2005 puis 6 détections en 2006 Bakonyi, T., Erdélyi, K., Ursu, K., Ferenczi, E., Csörgo, T., Lussy, H., Chvala, S., Bukovsky, C., Meister, T., Weissenböck, H., et al., 2007. Emergence of Usutu virus in Hungary. Journal of Clinical Microbiology 45, 3870–3874 .
En Allemagne il a été trouvé chez des oiseaux captifs Becker, N., Jöst, H., Ziegler, U., Eiden, M., Höper, D., Emmerich, P., Fichet-Calvet, E., Ehichioya, D.U., Czajka, C., Gabriel, M., et al., (2012) Epizootic emergence of Usutu virus in wild and captive birds in Germany. PLoS ONE 7, e32604. Jöst, H., Bialonski, A., Maus, D., Sambri, V., Eiden, M., Groschup, M.H., Günther, S., Becker, N., Schmidt-Chanasit, J., 2011. Isolation of Usutu virus in Germany. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 85, 551–553. , en 2011, des populations de merles sont décimées (dans le Sud-ouest du pays près de Weinheim) avec 72 cas d'USUV formellement confirmés. Des oiseaux sauvages captifs de jardins zoologiques (Mannheim et Heidelberg) meurent aussi. Des analyses faites dans des moustiques d'Allemagne montrent que ce virus de pays chaud peut y survivre l'hiver et réinfecter les oiseaux la saison suivante. L'USUV pourrait être devenu endémique dans certaines régions d'Allemagne et il présente des caractéristiques qui pourraient lui permettre de devenir un pathogène résident en EuropeVazquez A, Jimenez-Clavero M, Franco L, Donoso-Mantke O, Sambri V, Niedrig M, Zeller H, Tenorio A. (2011), Usutu virus: potential risk of human disease in Europe. Euro Surveill. 2011 Aug 4;16(31). pii: 19935. Review. ; (résumé)
En Suisse, une mortalité massive d'oiseaux captifs et sauvages (plus d'une centaine de passeriformes et de strigiformes) est signalée jusqu'en 2008. Aucune mortalité massive n'a été démontrée Steinmetz, H.W., Bakonyi, T., Weissenböck, H., Hatt, J.M., Eulenberger, U., Robert, N., Hoop, R., Nowotny, N., 2011. Emergence and establishment of Usutu virus infection in wild and captive avian species in and around Zurich, Switzerland: Genomic and pathologic comparison to other central European outbreaks. Veterinary Microbiology 148, 207–212. depuis lors.
En Belgique, en , un bouvreuil (Pyrrhula pyrrhula) de trois ans maintenu en captivité toute sa vie et un pic épeiche (Dendrocopos major), adulte sauvage ont été trouvés porteurs de signes neurologiques d’encéphalite virale non suppurative. Ils ont été trouvés dans la vallée de la Meuse entre les villes de Namur et de Huy à 4 km l’un de l’autre et à 5 jours d’intervalle. Une nécrose et une dégénérescence cérébrale ont été observées dans leurs cerveaux et cervelet, avec preuve sérologique d'infection par le virus d'Usutu (antigène et ARN détectés par immunohistochimie et PCR). À ce jour c’étaient les cas les plus occidentaux repérés en Europe. Depuis 2009 le CERVA et l'Institut Royal des Sciences Naturelles (IRSNB) sont mandatés par l'Agence Fédérale pour la Sécurité de la Chaîne Alimentaire (AFSCA) pour une surveillance de ce virus dans la faune aviaire sauvages.