La préfecture du prétoire d'Afrique est l’une des cinq grandes divisions administratives de l'Empire romain d'OrientLes autres préfectures sont celles des Gaules, d'Italie, d'Illyricum et d'Orient, créée après la reconquête de l'Afrique du Nord en 533-536 par l'empereur Justinien Ier. Elle subsiste jusqu'à la fin des années 580, date de son remplacement par l'exarchat d'Afrique.
Formée de sept provinces, la nouvelle préfecture du prétoire mettait ainsi fin à la subordination traditionnelle de l’Afrique à la préfecture du prétoire d'Italie, maintenant aux mains des Ostrogoths. Peu après le départ de Bélisaire, son successeur, Solomon, dut faire face à une première rébellion des tribus maures de Byzacène et de Numidie. Peu aimé de ses soldats, Solomon dut lui-même faire face à une mutinerie en 536-537 qui ne put être réprimée que par le retour de Bélisaire et la nomination d’un cousin de Justinien, Germanus, comme magister militum. La paix régna au cours des années qui suivirent jusqu’à l’apparition d’une épidémie de peste vers 542 et la venue de gouverneurs qui réussirent à se mettre à dos divers leaders maures, lesquels reprirent les raids contre les territoires byzantins, aidés par un ancien officier byzantin devenu chef de la précédente rébellion militaire, Stotzas. Un autre officier byzantin, du nom de Guntharic, duc de Numidie, réussit avec l’aide de tribus maures à s’emparer de Carthage dont il voulait faire un royaume indépendant. Il mourut après un bref règne de la main de soldats loyaux. Justinien envoya alors le général Jean Troglita qui avait déjà servi en Afrique sous Bélisaire et Solomon et qui réussit, après s’être rallié divers chefs maures, à chasser Antalas et ses alliés de Byzacène en 547. Sous , l’Afrique devint l’une des provinces les plus tranquilles de l’empire et la seule à ne pas être l’objet d’attaques venant de l’extérieur. Le seul conflit notable de cette période étant un conflit avec le royaume maure de Garmul. Celui-ci fut vaincu par le magister militum Gennadios qui demeura par la suite en Afrique et devint le premier exarque lorsque l’empereur Maurice remplaça la préfecture du prétoire par un exarchat dans les années 580.
Création vignette|gauche|Les campagnes contre le royaume vandale (533-534)
En 533, l'armée byzantine menée par Bélisaire envahit le royaume vandale, établi sur les terres de l'ancienne Afrique romaine. En , peu après cette conquête, Justinien promulgue une loi à propos de l'organisation administrative de cette nouvelle région. Les vieilles provinces romaines du diocèse d'Afrique n'ont globalement pas été remises en cause par les Vandales. Toutefois, de larges portions de certaines d'entre elles, notamment la quasi-totalité de la Maurétanie tingitane, la majeure partie de la Maurétanie césarienne et de la Maurétanie césarienne (ou sitifienne) ainsi que d'importantes zones de l'intérieur de la Numidie et de la Byzacène sont aux mains de diverses tribus berbères, appelées collectivement Maures. Ainsi, en ce qui concerne la Maurétanie, généralement, seules quelques forteresses côtières sont occupées comme Septem. Néanmoins, Justinien ne renonce pas à ces anciennes divisions administratives mais il élève le gouverneur de Carthage au rang de préfet du prétoire, le plus haut poste de l'administration civile régionale. De ce fait, le diocèse d'Afrique n'est plus subordonné à la préfecture du prétoire d'Italie, alors sous le contrôle du royaume ostrogoth. Au sein de cette nouvelle préfecture, sept provinces, coexistent, quatre ayant rang de consulaires, trois de « gouvernorats » (praesides) :
Code Justinien, I.XXVII.
En ce qui concerne la Maurétanie tingitane, traditionnellement rattachée au diocèse d'Espagne (désormais contrôlée par le royaume wisigoth), elle disparaît en tant que province indépendante et est incorporée à la Maurétanie césarienne pour former une province dirigée depuis Tingis. Quant à la province dite de Maurétanie, elle se réfère probablement à la Maurétanie sitifienneJulien (1931) vol.1, . Enfin, la Sardaigne est détachée de l'Italie et rattachée à la préfecture du prétoire d'Afrique.
Selon John Bagnell Bury, l'intention de Justinien est d'effacer toutes traces de l'occupation vandale et de faire comme si elle n’avait jamais existé. Les églises sont rendues au clergé fidèle au concile de Chalcédoine et les Ariens sont persécutés. Justinien va même jusqu'à modifier le régime de propriété foncière pour retourner les terres à leurs légitimes propriétaires précédant l’arrivée des Vandales. Toutefois, un siècle d’occupation vandale n’avait laissé que peu de titres de propriété; s’ensuivit un chaos juridique et administratif.
Contrairement à d'autres régions de l'empire, Justinien conserve la division entre administration civile et administration militaire. En Afrique, cette dernière est subordonnée à un maître des milices pour l'Afrique assisté d’un magister peditum et de quatre commandants militaires sous l’autorité de duces : Leptis Magna pour la Tripolitaine, Capsa ou Thelepte pour la Byzacène, Cirta pour la Numidie et Césarée pour la MaurétanieJulien (1931) vol. 1, . Cette organisation ne se mettra toutefois que graduellement en place, au fur et à mesure que les Buzantins reprirent les territoires aux mains des Maures.
Les guerres maures
vignette|gauche|Le « Maghreb byzantin »
Lorsque les Byzantins débarquèrent en Afrique, les tribus maures adoptèrent d’abord une politique de prudente neutralité, mais se rallièrent au vu des victoires que remportaient les nouveaux arrivants. Les tribus les plus importantes étaient les Leuathae en Tripolitaine et les Frexi en Byzacène. Les Frexi et leurs alliés étaient dirigés par Antalas, les autres tribus par Cusina. Les Aurasis, tribus des monts de l’Aurès en Numidie étaient commandés par Iaudas, alors que les Maures maurétaniens étaient sous ceux de Mastigas et de Masuna.
Première révolte maure (534-535) thumb|300px|Les trois Maurétanie byzantines : tingitane, césarienne, sitifienne, vers 400.
Bélisaire fut rappelé à Constantinople en 534. Il fut remplacé par son second, le domesticus Solomon de Dara (aujourd'hui Artuklu). Les tribus maures de Byzacène et de Numidie se soulevèrent presque immédiatement. Solomon partit immédiatement à leur rencontre avec ses troupes qui comprenaient certaines tribus maures alliées. La situation était jugée si critique que Solomon obtint à la fois les pouvoirs militaires et civils, remplaçant le premier préfet, Archelaus, à l’automne 534. Il parvint à défaire une première fois les Maures de Byzacène à Mamma et, à nouveau, de façon décisive cette fois, à la bataille du mont Bourgaon au début de 535. À l’été il dirigea ses efforts vers Iaudas et les Aurasii qui ravageaient la Numidie, mais sans toutefois pouvoir les vaincre. Afin de contenir à tout le moins leurs raids, il fit ériger des forts le long des frontières et sur les principales routes.
Mutinerie militaire (536-537) Mais Solomon n’était pas un général apprécié de ses troupes. Aussi, à Pâques 536 éclata une imposante mutinerie parmi celles-ci. Solomon accompagné par son secrétaire, Procope de Césarée, réussit à s’enfuir en Sicile qui venait tout juste d’être reprise par Bélisaire. Il laissait derrière lui ses deux lieutenants, Marinus et Théodore, le premier chargé de rejoindre les troupes de Numidie, le second pour tenir CarthageProcope, Guerre contre les Vandales, II, XIV. Lorsqu’il eut vent de la révolte, Bélisaire accompagné de Solomon et de 100 hommes d’élite fit voile vers l’Afrique. Carthage était assiégée par quelque 9000 rebelles, y compris de nombreux Vandales commandés par Stotzas, ancien garde du corps du général Martin au sein de l'armée commandée par Bélisaire pour envahir le royaume vandale. Théodore était près de capituler lorsque Bélisaire arriva. La seule rumeur de son arrivée suffit pour que les rebelles décident d’abandonner le siège et fassent retraite vers l’ouest. Bien qu’accompagné de seulement 2000 hommes Bélisaire se mit à leur poursuite et réussit à les défaire à Membresa. Toutefois la plupart des rebelles s’échappèrent et continuèrent leur marche vers la Numidie où les troupes locales décidèrent de se joindre à euxProcope, Guerre contre les Vandales, II, XV. Faisant l’objet d’attaques personnelles à la cour, Bélisaire lui-même fut forcé de retourner en Italie et Justinien nomma son cousin Germanus comme magister militum à sa place.
Ce dernier réussit à se rallier nombre de rebelles par ses manières conciliantes, tout en payant les arriérés de leur solde. Finalement, au printemps 537 les deux armées s’affrontèrent à Scalae Veteres; il en résulta une victoire âprement gagné par Germanus. Stotzas dut trouver refuge dans les tribus de Maurétanie. Il fallut à Germanus près de deux ans pour rétablir l’ordre et la discipline au sein de ses forces. Finalement, Justinien jugea la situation suffisamment rétablie et en 539, Solomon retrouva son poste. Celui-ci devait continuer le travail de Germanus en épurant l’armée des soldats suspects de loyauté à l’endroit des rebelles et en continuant la construction de fortifications. Ce travail méthodique lui permit de battre les Aurassi, les forçant à quitter leurs refuges de montagne. Finalement la loi de Constantinople fut rétablie sur la Numidie et la Maurétanie sétifienneProcope, Guerre contre les Vandales, II, XIX-XX.
Deuxième rébellion maure et révolte de Guntharic (543-548) thumb|300px|Les provinces de Numidie et de Byzacène à l’est de la Maurétanie sitifienne, vers 400.
La paix et la prospérité régnèrent pendant les années qui suivirent, interrompues par l’arrivée de la peste vers 542 qui fit de nombreuses victimes. À la même époque, l’attitude arrogante de certains gouverneurs romains aliénèrent les chefs maures comme Antalas en Byzacène qui reprirent leurs raids sur le territoire byzantin. En 544, une bataille entre les forces byzantines et les Maures à Cillium de Byzacène conduisit à la défaite des Byzantins; Solomon lui-même devait y trouver la mortProcope, Guerre contre les Vandales, II, XXI. Il fut remplacé par son neveu, Sergius, dont les capacités limitées et l’impopularité alors qu’il était dux de Tripolitaine avaient provoqué les Maures sous le leadership d’Antalas auxquels se joignit Stotzas et les hommes qui lui restaientProcope, Guerre contre les Vandales, II, XXII. De concert ils réussirent à s’emparer et à piller la ville côtière d’Hadrumète. Un prêtre du nom de Paulus parvint à reprendre la cité avec un petit groupe d’hommes sans l’aide de Sergius qui refusa de se porter contre les Maures. En dépit de cet échec, les rebelles continuèrent à dévaster la province dont la population n’eut d’autre choix que de se réfugier dans les villes fortifiées ou de partir pour la SicileProcope, Guerre contre les Vandales, II, XXIII.
Justinien envoya alors l’époux de sa nièce Praejecta, Areobindus, de rang sénatorial mais sans grande envergure, non pour remplacer Sergius, mais pour commander avec lui. Sergius prit charge de la guerre en Numidie pendant qu’Areobindus entreprit de soumettre la Byzacène, y envoyant le général Jean contre Antalas et Stotzas. Mais faute de l’appui de Sergius, les Byzantins furent défaits à Thacia, non toutefois avant que Jean n’ait pu blesser mortellement Stotzas en combat singulier.
Justinien fut alors forcé de rappeler Sergius et de restaurer l’unité de commandement dans les mains d’AerobindusProcope, Guerre contre les Vandales, II, XXIV. Mais en Areobindus lui-même devait être renversé et assassiné par Guntaric, officier byzantin d'origine germanique, alors duc de Numidie qui, après négociations avec les Maures, ambitionnait de se proclamer souverain indépendant. Toutefois, ce dernier fut renversé par les troupes loyales de l’Arménien Artabanes au début de mai. Artabanes fut alors élevé au rang de magister militum Africae, mais fut rappelé rapidement à ConstantinopleProcope, Guerre contre les Vandales, II, XXV-XXVIII.