vignette|alt=Description de l'Égypte Frontispiece.|Frontispice de la Description de l'Égypte, , 1809. La Commission des sciences et des arts est créée le avec comme but d'accompagner le général Bonaparte dans sa campagne d'ÉgypteUne lettre du même Bonaparte au général Berthier datant du 17 février 1797 cite explicitement Gaspard Monge comme étant « commissaire des sciences et arts ».
La tâche de la commission n'est pas militaire, mais scientifique. Les savants qui forment la commission sont préalablement chargés d'examiner les œuvres d'art à confisquer en vertu des différents traités politiques (Tolentino, Campo-Formio...).
Au cours de la campagne en Égypte, ils font une étude encyclopédique du pays : son état, ses antiquités, son histoire naturelle, sa géographie, en prévision d'une occupation de longue durée par la France. Ces travaux sont publiés dans une œuvre monumentale : la Description de l'Égypte.
Les préparatifs secrets d'une expédition ambitieuse Après la victoire de l'armée française lors de la campagne d'Italie (1796-1797), l'Angleterre reste le principal ennemi de la France qui peut s'opposer à elle soit en tentant une invasion, soit en intervenant sur ses liaisons avec l'Inde.
Dans un premier temps, entre et , la politique du Directoire s'oriente vers l'invasion. Les généraux Kléber, Desaix, Caffarelli, Bonaparte examinent toutes les possibilités d'un débarquement outre-Manche. Des troupes sont assemblées. Cette Armée d'Angleterre est confiée à Bonaparte le . Le général le général Desaix en assure le commandement par intérim. Le , le Directoire donne l'ordre de construire, à l'échéance du , 170 embarcation susceptibles de transporter jusqu'à 40 000 hommes. Malgré l'avancée des préparations, Bonaparte recommande finalement l'ajournement de l'opération dans un rapport envoyé au Directoire, le , en évoquant les carences de la marine française face à aux flottes anglaises, et la saison devenue inadaptée à une telle entreprise.
En même temps, Talleyrand, ministre des Relations extérieures, remet au Directoire un long mémoire qui expose le détail des relations entre la France et l'Égypte et qui préconise une expédition en Égypte. L'un des arguments clefs avancés par Talleyrand est le fait qu'installés en Égypte, les Français pourraient ouvrir l'isthme de Suez, ce qui détournerait le commerce des Indes, si profitable aux Anglais, aux mains des Français.
Entre la décision d'intervenir en Égypte, le et le départ de la flotte de Toulon, le , Bonaparte et ses officiers se livrent à un véritable exploit : rassembler une armée de et , les équiper d'armes et de chevaux, disposer des bateaux nécessaires : de guerre et de transports. Tout au long de la préparation, très peu de gens sont au courant de la destination finale, ceci afin de leurrer les Anglais sur l'objectif. Les suppositions vont bon train : l'Angleterre, le Portugal, Naples ou le Levant. L'Égypte n'est pas évoquée.
Mais l'expédition n'est pas que militaire, elle est aussi scientifique. Déjà, lors de la campagne d'Italie, Bonaparte s'était fait accompagner par des savants, qui avaient surtout eu pour mission de choisir parmi les prises de guerre ce qui allait enrichir les collections nationales. En Égypte, le but est différent. Bonaparte veut s'adjoindre une Commission de savants à son armée, car il souhaite s'inscrire dans la lignée des grands découvreurs tels que Louis-Antoine de Bougainville, James Cook ou Jean-François de La Pérouse (le frontispice de la première édition de la Description de l'Égypte est un tribut à sa mégalomanie). Les savants doivent étudier et décrire le pays pour mieux connaître son apport aux sciences et aux arts afin d'apporter une information encyclopédique à la France et à l'occident sur les trésors trouvés.
Constitution de la Commission De retour en France après la campagne d'Italie, Bonaparte est désireux de faire partie de la communauté scientifique. Avec l'aide de Gaspard Monge il est élu membre de l'Institut National de France le . Par une présence assidue aux séances, il commence à connaître et à tisser des liens personnels avec les membres influents de la communauté scientifique française.
Le , le Directoire publie un arrêté prescrivant au ministre de l'intérieur de et ainsi constituer une Commission des sciences et des arts. Monge, professeur à l'École polytechnique, qui avait été de la campagne d'Italie, est chargé secrètement de recruter des savants de toutes les disciplines. Aidé de ses collègues Berthollet et Fourier, il convainc, en moins de deux mois, plus de cent cinquante savants, mathématiciens, chimistes, géomètres, médecins, architectes, peintres, botanistes... de participer à une expédition de caractère essentiellement militaire, dont la destination et la durée restaient secrets.
Monge a besoin de gens formés aux disciplines scientifiques. Étant donné les attaches de Monge, Berthollet et Fourier avec l'École polytechnique et la nécessité d'avoir recours à des hommes jeunes et très instruits pour un travail physiquement éprouvant, c'est tout naturellement que des polytechniciens, même encore élèves, sont appelés à y participer. Ils forment un contingent important de la Commission.
La Commission regroupe des spécialistes de toutes disciplines, ce qui montre bien le désir d'aller au-delà de l'étude de l'histoire et de l'architecture, pour s'intéresser au pays contemporain, certainement dans l'hypothèse d'une installation française de longue durée.
Organisation Plus de la moitié des membres sont ingénieurs et techniciens. On dénombre , , , , , , graveurs, sculpteurs, musiciens, et chirurgiens, , , zoologistes, , ingénieurs des mines, , géographes, des Ponts et chaussées, du génie maritime, , , interprètes, , munis de caractères latins, grecs et arabesPhilippe de Meulenare, Bibliographie raisonnée des témoignages de l'Expédition d'Égypte (1798-1801), Paris, Éditions F. et R. Chamonal, 1993. Il donne la liste établie par Jean-Edouard Goby, . Voir aussi Yves Laissus, L'Égypte, une aventure savante 1798-1801, Paris, Fayard, 1998, ..
En militaire, Bonaparte a organisé son corps scientifique comme une armée. Il a divisé les membres de l'expédition en cinq catégories, assignant à chacun un grade militaire et un rôle défini (couchage, nourriture...) en plus de sa fonction scientifique.
Plus d'une vingtaine de ses membres meurent en Égypte de maladie, au combat ou assassinésBonaparte, la campagne d'Égypte. Les découvertes, réal. Fabrice Hourlier, Arte France-Docside/Zed, 2016.
La traversée Après deux mois de préparatifs fébriles les savants s'embarquent avec livres et instruments, comme en témoignent les comptes du général Caffarelli, chargé de l'organisation matérielle de la commission des savants. C'est ainsi que l'on sait que furent achetés des :
vignette|Bonaparte sur l’Orient discutant avec les savants.
La flotte lève l'ancre et quitte Toulon le . Le général Bonaparte est à bord du vaisseau amiral Orient, sur lequel ont également embarqué les principaux savants de la commission. On connait, par les journaux de voyage de quelques-uns des participants à l'expédition d'Égypte, les conditions du voyage ; mais si Reybaud fait état des discussions philosophiques et scientifiques de haut niveau qui se déroulent sur L'Orient entre Bonaparte, Monge et Berthollet. Devilliers embarqué sur Le Franklin se plaint de l'inconfort et du mal de mer ; pour sa part, Malus est surtout sensible à l'ennui d'un long voyage en mer.
La prise de Malte est certainement une heureuse distraction à cet ennui et une opération fructueuse. En effet, le , la flotte arrive en vue de Malte. Les rapports entre la République et l'Ordre de Malte ne sont pas bons, puisque la Révolution a aboli les ordres de chevalerie. De plus, la prise semble facile, l'île étant riche et peu défendue, malgré des fortifications jugées imprenables. Presque sans coup férir, Bonaparte s'empare de l'île en une seule journée et en moins d'une semaine il va se payer largement des peines de la conquête - le butin s'élèvera à plusieurs millions de francs, ce qui aidera bien la campagne en Égypte. Le , la flotte française quitte Malte. L'enthousiasme est revenu à bord des divers navires.
Pendant ce temps, la flotte anglaise, regroupée près de Gibraltar pour éviter une sortie des Français de la Méditerranée vers l'Angleterre, essaie de rattraper la flotte française en Méditerranée orientale. Lorsque les Français quittent Malte, les Anglais n'en sont qu'à ; lorsque la flotte française double la Crète, la distance n'est plus que de . Mais les Anglais sont persuadés que le but des Français est la Turquie. Ils frôlent Alexandrie le , pour remonter ensuite vers Chypre. Le , Bonaparte débarque à Alexandrie.
L'arrivée en Égypte Ce débarquement ne va pas sans mal, car le vent est contraire, mais la crainte du retour des Anglais est très vive et pousse à accélérer les opérations malgré les mauvaises conditions climatiques. Le , Bonaparte fait d'abord débarquer les troupes. Les civils, dont les membres de la Commission, restent à bord. Le , la ville d'Alexandrie est prise, tous les bateaux, y compris les bateaux civils chargés du transport, entrent alors dans la rade d'Alexandrie. Si le débarquement débute le , la commission des savants ne débarque qu'à partir du 19 Messidor - , sur ordre du général en chef Bonaparte.
Le débarquement se poursuit tant bien que mal dans un port dont les capitaines ne connaissent pas les caractéristiques. C'est ainsi que Le Patriote, porteur des instruments scientifiques de la commission des savants, s'empale sur un rocher et coule lentement, ce qui permet de sauver une partie de sa cargaison.
Sur terre, les choses ne se passent pas non plus au mieux pour les membres les moins importants de la Commission, en particulier pour les jeunes polytechniciens qui se retrouvent livrés à eux-mêmes, sans moyens et sans directives, dans une ville inconnue où manger et se loger leur est très difficile. Le premier contact avec l'Égypte se révèle très décevant, et cela d'autant que la chaleur est accablante et la ville d'Alexandrie peu attirante.
De son côté, Bonaparte, après avoir laissé à Kléber le commandement de la place d'Alexandrie et la surveillance de la côte, s'avance à marche forcée vers Le Caire, laissant à Alexandrie et à Rosette des savants désemparés. La marche est difficile et les soldats manquent souvent d'eau et de vivres. Mais après quelques escarmouches, le gros de l'armée d'Égypte arrive en vue du Caire où les Mamelouks se sont concentrés pour arrêter les Français. Le , Bonaparte les écrase à la bataille des Pyramides, (nom plus glorieux pour la postérité que « bataille d'Embabech » où eurent lieu effectivement les combats).
L'armée fait ensuite son entrée au Caire le . La défaite des Mamelouks laisse toute la Basse Égypte sans gouvernement et sans organisation. La première tâche de Bonaparte, comme en Italie, à Malte ou à Alexandrie, est d'organiser sa conquête en mettant sur pied une administration calquée sur l'administration française et en prélevant sur le pays les moyens de la faire vivre.
Le l'amiral Nelson détruit la flotte française dans la bataille d'Aboukir et établit un blocus qui coupe Bonaparte et ses hommes de la France jusqu'à la reddition du général Menou en 1801. Cependant, le travail d'organisation, la conquête militaire et l’œuvre de la Commission des sciences et arts continue.
Les débuts de la Commission en Égypte La plupart des membres de la commission des savants n'ont pas suivi l'armée et sont installés à Rosette pour attendre les événements. La nouvelle de la prise du Caire et de la destruction de la flotte française les poussent à partir pour le Caire qu'ils vont rallier par la voie fluviale, plus confortable et plus rapide que la voie terrestre.
Tout est prêt au Caire pour les accueillir, y compris le nouvel Institut, créé le .