Le FC Flora Tallinn est un club estonien de football évoluant en Meistriliiga et basé à Tallinn. Membre fondateur de la Meistriliiga en 1992, il est, avec le FC Narva Trans, l'un des deux seuls clubs à avoir disputé toutes les éditions de l'élite sans jamais connaître la relégation.
Avec seize titres de champion d'Estonie, neuf Coupes d'Estonie, douze Supercoupes d'Estonie et trois Coupes de Livonie, le FC Flora est le club le plus titré du pays. Sur le plan continental, il est le premier club à avoir atteint la phase de groupe d'une compétition européenne en se qualifiant pour la Ligue Europa Conférence durant la saison 2021-2022.
Le Flora est connu pour avoir une équipe entièrement constituée avec des joueurs ayant la nationalité estoniene. Fondé dans le contexte du réveil nationalisme estonien à la fin de l'ère soviétique, il a pour objectif de développer le football en Estonie. Le club a pour ambition d'avoir un effectif composé à au moins 50 % de joueurs formés au club. Le Flora constitue avec son rival le Levadia l'un des principaux pourvoyeurs d'internationaux estoniens. Les deux clubs sont les plus populaire et les plus titrés du pays et se partage le Lilleküla Stadium ainsi qu'avec l'équipe nationale.
L'équipe possède deux équipes réserves le FC Flora II Tallinn (deuxième division) et le FC Flora III Tallinn (quatrième division).
Historique Génèse et premiers titres (1990-2000) Le FC Flora Tallinn est fondé le par dans le but de développer le football estonien et de contrebalancer la domination russe dans le domaine. Cette création a lieu dans le contexte de la dislocation de l'URSS et de l'affirmation du sentiment national en Estonie. Pour ses débuts l'équipe est essentiellement constituée de joueurs en provenance des équipes de jeunes de Lõvid. Le club s'inscrit directement dans le championnat de la RSS d'Estonie mais termine dernier pour sa première saison et descend en deuxième division. A l'issue de cette saison en deuxième division locale, le FC Flora termine champion.
L'indépendance de l'Estonie est suivie de la création d'un championnat national de première division, après 52 ans de présence dans les championnats de l'URSS. Le FC Flora fait partie des quatorze clubs qui participent à la première édition de le Meistriliiga en 1992 et termine à la place. Pour la deuxième saison, le championnat devient un championnat d'hiver et le FC Flora termine vice-champion de la saison 1992-1993 dernière le FC Norma Tallinn avec huit points de retard. A l'issue de la saison, , anciens entraineur du Lõvid Talinn reprend les rennes de l'équipe
Lors de la saison 1993-1994, alors que le FC Tevalte Tallinn est leader du championnat à une journée de la fin, le FC Tevalte se retrouve exclu à cause d'accusations de tentatives de corruption. A la suite de cette exclusion, le FC Flora termine à égalité à la première place avec le FC Norma Tallinn, les deux équipes ont chacune 36 points, une finale pour le titre est donc organisée le . Le FC Norma Tallinn décide pour protester d'envoyer une équipe constituée de jeunes joueurs. Ce match est remporté sur le score de cinq à deux par le FC Flora qui remporte ainsi son premier titre de champion national.
vignette|gauche|Marek Lemsalu soulevant la première Coupe d'Estonie de l'histoire du club en 1995.
A la suite de ce titre, le FC Flora est qualifié pour la première campagne européenne de son histoire en Coupe UEFA. Cette participation à la Coupe UEFA 1994-1995 s'arrête dès le tour préliminaire après une défaite six zéro sur l'ensemble des deux rencontre contre les danois de Odense Boldklub. Malgré cette déconvenue européenne, le Flora conserve son titre de champion national lors de la saison 1994-1995 en ayant un point d'avance sur le FC Lantana Tallinn. Le club remporte aussi cette saison la première Coupe d'Estonie de son histoire en gagnant en finale sur le score de deux à zéro contre le FC Lantana Tallinn. Cela permet au club de réaliser le premier doublé de son histoire.
Pour sa deuxième campagne européenne pour la Coupe UEFA 1995-1996, le FC Flora se fait éliminer encore une fois dès le tour préliminaire mais en aillant réussi à obtenir une victoire sur le score de un zéro contre Lillestrøm SK, le club se retrouve éliminé sur le score de quatre à un sur l'ensemble des deux matchs. A la suite d'un départ compliqué lors de la saison 1995-1996, le club change d'entraineur et nomme l'islandais Teitur Thórdarson qui remplace . Malgré se changement, le Flora termine à la place, 6 points derrière le FC Lantana Tallinn.
Pour sa troisième campagne européenne pour la Coupe UEFA 1996-1997, le FC Flora résiste contre le FC Haka et ne se fait éliminer que sur le score de trois à deux sur l'ensemble des deux matchs. Le club termine la saison 1996-1997 en tant que vice-champion, une nouvelle fois derrière le FC Lantana Tallinn avec 3 points de retard. Le club reprend le tire de champion lors de la saison 1997-1998 avec 10 points d'avance et se qualifie pour la première fois de son histoire pour les tours préliminaire de la Ligue des champions de l'UEFA. Le club réalise le doublé en gagnant en finale de la Coupe d'Estonie contre le FC Lantana Tallinn.
Pour sa participation à la Ligue des champions 1998-1999, le FC Flora se fait sortir par le Steaua Bucarest malgré une victoire trois à un sur le match retour car le club avait perdu quatre à un en Roumanie. Le format du championnat estonien change car il repasse à un championnat d'été, la saison 1998 est donc plus courte, le FC Flora termine champion avec un seul point d'avance sur le JK Tallinna Sadam. La saison 1999 se passe mal et le FC Flora termine à la place à vingt-six points du titre. La saison 2000 se termine à la place derrière le Levadia avec dix-neuf points de retard.
Nouveau stade et première passage de Pijpers (2001-2004) vignette|L'A. Le Coq Arena, inaugurée en juin 2001, devient la résidence permanente du FC Flora Tallinn.
Pour commencer la saison 2001, le FC Flora change d'entraîneur et nomme le néerlandais Arno Pijpers qui est aussi le sélectionneur de l'équipe nationale d'Estonie. Cette saison voit le FC Flora remporter le cinquième titre de champion de son histoire avec douze points d'avance sur le FC TVMK Tallinn. Au cours de la saison, le club change de stade et s'installe dans le Lilleküla staadion, stade qu'il partage avec l'équipe nationale. Le FC Flora conserve son titre lors de la saison 2002 en ayant seulement deux points d'avance sur le Levadia. Durant la campagne européenne de la Ligue des champions 2002-2003, le club affronte les chypriotes de l'APOEL Nicosie. A l'issue du match aller en Estonie, le score est de zéro partout, le FC Flora ne concède la défaite au match retour que sur le score de un à zéro.
Pour la saison 2003, le FC Flora termine invaincu en remportant vingt-quatre des vingt-huit match de la saison. Le club termine la saison avec 105 buts marqués et son meilleur buteur termine la saison avec 39 buts inscrits. En considérant la saison précédente et la saison suivante, le FC Flora cumule 37 match invaincu consécutif, de plus le club établie une série de douze victoires consécutives en Meistriliiga. Le club échoue de peu une nouvelle fois en Ligue des champions 2003-2004, cette fois-ci contre le Sheriff Tiraspol.
Un mois avant la fin de la saison 2004, l'entraîneur Arno Pijpers met fin à son contrat au FC Flora et à la sélection à la suite d'une dispute avec qui est à la fois président du Flora et de la fédération estonienne de football et avec son adjoint . Il est remplacé à la tête du club par Janno Kivisild. Le club termine la saison à la place avec onze points de retard sur le Levadia.
Période creuse et reconstruction (2005-2009) La saison 2005 s'avère nettement plus compliquée et le FC Flora termine à la place, pour la première fois depuis 1992 et la création de la Meistriliiga, le Flora n'est pas sur le podium. En Coupe UEFA 2005-2006, le club réussit à remporter 2-1 son match aller au Danemark contre l'Esbjerg fB avant de s'effondrer sur le score de six à zéro à domicile. A la fin de la saison, Janno Kivisild est remplacé par le finlandais Pasi Rautiainen.
Sous la conduite du technicien finlandais, le FC Flora termine la saison 2006 à la place, douze points derrière le rival, le Levadia. Cette saison est surtout marquée par le fait que pour la première fois, le Flora franchit un tour préliminaire de Coupe d'Europe, cela se déroule pour la Coupe UEFA 2006-2007, durant laquelle le club élimine le FK Lyn Oslo en faisant deux matchs nuls, 1-1 en Norvège puis 0-0 à domicile. Le FC Flora se qualifie grâce à la règle des buts marqués à l'extérieur et affronte au tour suivant Brøndby IF. Lors de la saison 2007 FC Flora termine à la place avec huit points de retard et se fait éliminer dès le premier tour de la Coupe UEFA 2007-2008 contre le Vålerenga Fotball. Cependant, le club remporte la troisième Coupe d'Estonie de son histoire contre le JK Maag Tammeka Tartu.
Malgré une très belle saison 2008 durant laquelle le FC Flora inscrit 113 buts et ne subit qu'une seule défaite, le club termine à la place, deux points derrière le Levadia. Le club se fait éliminer de la Coupe UEFA 2008-2009 dès le premier tour via la règle des buts marqués à l'extérieur en faisant deux matchs nuls contre le Djurgårdens IF. A l'issue de cette saison Pasi Rautiainen quitte le club et est remplacé par Tarmo Rüütli.
La saison 2009 s'avère décevante, le FC Flora termine à la place, très loin de la course au titre, et se fait éliminer dès le premier tour de la Ligue Europa 2009-2010 par le Brøndby IF. Cependant, cette saison voit aussi le FC Flora remporter une nouvelle Coupe d'Estonie en battant au tirs au but le JK Nõmme Kalju autre club de Tallinn. À l'issue de la saison, Tarmo Rüütli quitte son poste d'entraîneur afin de se consacrer à la sélection nationale
Reconquête des titres (2010-2017) vignette|gauche|Martin Reim, entraîneur du FC Flora lors des titres de 2010 et 2011, ici avec l'équipe nationale en 2019.
Le , il est annoncé que Martin Reim va prendre la tête de l'équipe première. L'entraineur de 38 ans est, à ce moment là, le recordman de sélection avec l'équipe nationale en comptant 157 capes. Il détient aussi, à cette période, le record du nombre de match disputé avec le FC Flora Tallin ayant 354 disputés entre 1992 et 1999 puis entre 2001 et 2009. Pour sa première saison, celle de 2010, il permet au Flora de reprendre le titre avec 5 points d'avance après 7 années sans le remporter, plus longue période de l'histoire du club. L'attaquant Sander Post participe grandement au renouveau du club après son retour de prêt de Go Ahead Eagles durant l'été 2010 en inscrivant 24 buts en 17 matchs de championnat, il termine ainsi meilleur buteur du championnat avant de partir en fin de saison au Aalesunds FK. Le parcours en Ligue Europa 2010-2011 se termine dès le premier tour de qualification après une défaite face au SK Dinamo Tbilissi. Le Flora rate le doublé en perdant en finale de Coupe d'Estonie contre le Levadia.
Pour la saison 2011, le FC Flora remporte son neuvième titre de champion en ayant neuf points d'avance sur le JK Nõmme Kalju. Pour son retour en Ligue des champions 2011-2012, le Flora se fait éliminer 1-0 par les Shamrock Rovers. Le club réalise le doublé en remportant la Coupe d'Estonie contre le JK Narva Trans. Après deux titres consécutifs, la saison 2012 est plus compliqué et Martin Reim décide de quitter l'équipe peu avant la fin du championnat le et est remplacé par le duo Marko Lelov et Norbert Hurt. Le Flora termine à la place se faisant dépasser par le Levadia à la fin de la saison, cependant, le JK Nõmme Kalju obtient son premier titre avec onze points d'avance sur le Flora. Pour la Ligue des champions 2012-2013, le club tombe sur beaucoup plus fort que lui et perd 5-0 sur l'ensemble des deux rencontre contre le FC Bâle.