Une université a été créée à Nîmes à la demande des consuls de la ville par François par lettres patentes datées de Fontainebleau, en . Les lettres patentes de François prévoient la création d'une université et d'un Collège des arts.

Fondation de l'université de Nîmes par François Une école municipale existait à Nîmes. Depuis qu'elle avait été confiée à Imbert PacoletCh. Dardier, Origines de la réforme à Nîmes jusqu'à l'établissement d'un consistoire (1532-1561), dans Bulletin historique et littéraire, Société de l'histoire du protestantisme français, 1880, (lire en ligne), maître ès-arts, en 1534, elle s'était développée sous sa direction et avec d'autres professeurs comme Antoine Alexandre, Antoine Janin et Benoît Cosme. L'école était devenue un collège et souhaitait se transformer en université. Les consuls étaient favorables à ce projet qui devait donner à la ville un prestige supplémentaire. Les premiers développements de la Réforme à Nîmes vont amener des oppositions entre le consulat et l'évêché. Pacolet est refusé par l'évêché comme recteur car soupçonné de luthéranisme, son successeur proposé par les consuls, Gaspard Cavart, est refusé pour les mêmes raisons.

Dès 1535, les consuls ont demandé l'intercession d'Anne de Montmorency, gouverneur du Languedoc et connétable de France, et du sénéchal Charles de Crussol pour obtenir du roi l'autorisation de fonder une université. Cette année là, le premier consul de Nîmes est Antoine Arlier qui est un humaniste et a dû jouer un rôle très actif pour obtenir la création d'une université à Nîmes. En 1536, profitant du passage du roi et de la reine de Navarre, les consuls présentèrent leur projet de création d'une université. En 1539, le viguier Claude Domessargues, le contrôleur des domaines Tannegui le Vallais, et le second consul Jean Combes sont venus à la Cour pour rencontrer François . Ils ont obtenu les lettres patentes de création du collège et de l'université des arts de Nîmes contresignées par Anne de Montmorency : « Par ces présentes nous créons, érigeons, ordonnons et établissons en la ville de Nismes collège, école et université en toutes facultés de grammaire et des arts seulement et pour la conservation et augmentation d'icelle... donnons et octroyons à cette université, collège, facultés, recteur, docteurs, maîtres gradués, étudiants et écoliers, bedeaux, messagers et autres officiers de la dite université présents et avenir... telle et semblable juridiction et puissance, autorité, privilèges, immunités, libertés, exemptions et franchises... qu'ont accoutumé d'avoir les universités de nos bonnes villes de Paris, Poitiers, Toulouse, et autres universités de notre royaume. Et pourront les docteurs, maîtres et gradués d'icelle université, élire, instituer et créer recteurs et tous autres officiers d'icelle université, sauf et réservé le conservateur des privilèges royaux d'icelle, dont l'institution et provision nous appartiendra. Si donnons en mandement par ces mêmes présentes à nos amés et féaux conseillers tenant notre cour de parlement à Toulouse... que ces présentes ils fassent lire, enregistrer et publier... et de l'effet d'icelles ils fassent jouir ladite ville et cité de Nismes. Car tel est notre plaisir. Et afin que ce soit chose ferme et stable à toujours, nous avons fait mettre notre scel à ces dites présentes, sauf ès autres choses notre droit et celui d'autrui en toutes ».

L'université fondée par François n'était pas une université de plein exercice car les lettres patentes la limitent à l'enseignement des arts, c'est-à-dire à celui de la philosophie, de la physique, des mathématiques et des deux langues dans lesquelles ont été écrits les livres saints, à savoir, le grec et l'hébreu. Pour être une université de plein exercice, il lui manque les facultés de théologie, de droit et de médecine.

Échec de la fondation de l'université des arts Pour assurer la reconnaissance des titres donnés par l'université, il lui fallait une bulle pontificale de confirmation. Le François a écrit au pape Paul III et a chargé son ambassadeur à Rome, l'évêque de Rodez, Georges d'Armagnac, de poursuivre le succès de sa demande de reconnaissance de l'université par le pape. En 1547Lettres patentes du roi Henry II, datées de Compiègne, septembre 1547, portant confirmation des lettres de François , établissant « en nostre cyté de Nysmes, collèges, escolles et université en toute facultez de grammaire et des arts seullement » et 1552, sous le règne d'Henri II on a reparlé de l'université, puis, progressivement, on n'a plus parlé que du Collège des arts. La bulle pontificale autorisant la faculté des arts à conférer des grades universitaires était bien arrivée mais il semble que les consuls de la ville ne tenait plus à cet honneur auquel ils avaient tant aspiré, et semblaient soulagés de n'avoir qu'un seul établissement à gérer.

Collège des arts Les premiers recteurs : Claude Baduel et Guillaume Bigot Les lettres patentes ont prévu aussi la création d'un collège des Arts. Celui-ci devait assurer une préparation à l'entrée à l'université. Le premier recteur de l'université de Nîmes a été Claude Baduel qui était aidé par la reine de Navarre après avoir été recommandé par Philippe Mélanchthon et Martin BucerMathieu-Jules Gaufrès, Les Colléges protestants, III, Nimes, (lire en ligne). Il est installé à son poste le . Il a défini le programme des études en reprenant dans le collège de Nîmes la méthode d'enseignement que Jean Sturm avait introduite dans le gymnase de StrasbourgMathieu-Jules Gaufrès, Claude Baduel et la réforme des études au , (lire en ligne)Mathieu-Jules Gaufrès, Les Colléges protestants, III, Nimes, (lire en ligne). Ce programme est publié sous le titre De Collegio & Universitate Nemausensi, Opusculum Claudii Baduelli, publié à Lyon par Sébastien Gryphe. Le , la ville a acquis l'hôpital Saint-Marc auprès des chanoines de la cathédrale en 1540 pour y établir l'auditoire du sénéchal. Le contrat interdisait d'y établir le collège et l'université des arts, mais cette clause a été rapidement oubliée. La même année, pour affermir l'établissement du collège et de l'université des arts, les officiers de justice leur ont attribué tous les biens des confréries d'artisans qui avaient été supprimées.

Claude Baduel assurait l'enseignement des lettres, mais il manquait un maître pour l'enseignement de la philosophie. Baduarl avait eu Guillaume Bigot comme professeur de grec à LouvainMathieu-Jules Gaufrès, Claude Baduel et la réforme des études au , tome 4, . Celui-ci ayant acquis une grande réputation, Baduel a pris le l'initiative d'aller proposer aux consuls sa nomination comme de professeur philosophie et régent de l'université de philosophe et de payer la somme de 200 livres prélevées sur ses propres gagesCorrespondance d'Antoine Arlier, humaniste languedocien, 1527-1545, , note 6 (lire en ligne). Les consuls ont accepté de demander à Guillaume Bigot d'enseigner la philosophie à Nîmes. Guillaume Bigot est à Padoue en où Guillaume Pellicier, ambassadeur de France à Venise, le prévient des offres faites par les consuls de Nîmes. Une nouvelle offre est faite à Guillaume Bigot le . Celui-ci demande un délai pour demander l'avis de Guillaume du Bellay qui l'a soutenu. Le contrat définitif est fait après les conseils du 15 et V. L. Saulnier, Rabelais entre Bigot et Baduel. Sur la correspondance d'Antoine Arlier, dans Études Rabelaisiennes, Librairie Droz, Genève, 1964, tome V, (lire en ligne). Guillaume Bigot est nommé recteur de l'université en 1542, deux mois après sa nomination comme professeurMathieu-Jules Gaufrès, Les Collèges protestants, III, Nimes, (lire en ligne). Cette prééminence de Bigot a entraîné un conflit avec Claude Baduel. Ce conflit a décidé Baduel de quitter le collège de Nîmes. Il écrit une lettre au cardinal Jacques Sardolet, évêque de Carpentras, à l'été 1544 pour lui présenter sa situation au collège de Nîmes qui est publiée sous le titre De officio et munere eorum qui eudiendam iuventutem suscipiunt par Sébastien Gryphe. Le cardinal et les consuls de Carpentras lui ont offert la charge de principal du collège de CarpentrasMathieu-Jules Gaufrès, Les Colléges protestants, III, Nimes, 1874, (lire en ligne). Il est possible que ce départ de Nîmes ait été provoqué par un arrêt du parlement de Toulouse du qui avait interdit « à tous consuls... de commettre ni souffrir aucun précepteur pour régir les écoles publiques, qui ne fussent bien informés de ses qualités et conditions ainsi que de ses vies et mœurs, et des lectures qu'il pouvait faire dans les écoles, afin qu'on n'y lût aucun livre réprouvé et qu'on évitât par cette précaution les pernicieuses suites qu'avait produites la négligence de cet article ». Le parlement de Toulouse envoyait au bûcher les luthériens se trouvant dans son ressort. Le cardinal Jacques Sardolet pouvait lui assurer une protection efficace contre le parlement de Toulouse. Le il écrit à Jean Calvin pour lui expliquer les raisons de son départ de Nîmes et de son installation à Carpentras, mais en Baduel est de retour à Nîmes où il rentre comme professeur au collège. Rapidement le conflit entre Bigot et Baduel reprend doublé de celui entre les consuls de la ville et Bigot concernant ses gages.

Un « acte d'audace et de démence » qui va mettre fin au professorat de Bigot à Nîmes s'est produit le . Ce dernier ayant cru sa femme infidèle, il avait tiré vengeance de celui qu'il accusait d'être le séducteur, Pierre Fontanus. La ville, qui était en procès avec lui, mis fin à son contrat. Les consuls ont alors rappelé Baduel qui s'était réfugié à Montpellier pour le nommer principal du collège. Les enseignants du collège s'étaient regroupés en deux clans, celui des bigotiens partisans de la suprématie de la philosophie sur les lettres avec des professeurs frais émoulus de la scolastique, et celui des partisans de Baduel, favorables aux lettres classiques et à l'esprit de la Renaissance. On décida de profiter des vacances du collège, entre fin août et la Saint-Michel, pour reconstituer le corps professoral. Baduel a alors cherché de nouveaux professeurs, à rappeler ses principes pédagogiques et à rédiger un règlement du collègeMathieu-Jules Gaufrès, Claude Baduel et la réforme des études au , (lire en ligne). Le règlement a été publié sous le titre Instituta litteraria dans les textes accompagnant les Annotationes in Ciceronis orationes pro Milone & pro MarcelloClaudii Baduelli annotationes in M. T. Ciceronis pro Milone & pro M. Marcello orationes. Quibus adiunctae sunt eiusdem Ortiones aliquot, ab eius discipulis in Gymnasio Nemausensi pronuntiatae, quarum Catalogum sequens pagella continent, Apud Seb. Gryphium Lugduni, 1552 publiées à Lyon en 1552 par Sébastien Gryphe. Les articles du règlement montrent que le départ de Bigot avait entraîné en fait, sinon en droit, la fin de l'université de Nîmes en restreignant les cours libres, qui sont les cours d'université, et que seul le collège survivait. Baduel se débarrassait ainsi d'un rivalMathieu-Jules Gaufrès, Les Colléges protestants, III, Nimes, 1875, (lire en ligne)Abbé Pierre Azais, Le collège de Nîmes, (lire en ligne).