thumb|right|Mosaïque de la cathédrale Sainte-Sophie de Constantinople représentant Marie et Jésus entre (à gauche) et son épouse Irène de Hongrie (à droite), .
Les rapports entre l'Église et l’État dans l'Empire byzantin découlaient de la conception que se faisaient les Byzantins de leur empire, lequel reproduisait sur terre le royaume des cieux dans l'au-delà ; Église et État étaient ainsi complémentaires l'un de l'autre. Cet empire se voulait un empire universel englobant ou appelé à englober tous les peuples de la terre (lécoumène) lesquels devraient idéalement appartenir à la seule véritable Église chrétienne, que l'Empire byzantin considérait comme étant l’Église orthodoxe.
Dès lors, l’empereur représentant de Dieu sur la terre, exerce un pouvoir absolu et sans partage, l’un de ses premiers devoirs étant de faire respecter l’orthodoxie..
Il en résulte des rapports souvent tendus avec les papes qui, après la chute de l'Empire romain d'Occident, cessent de soumettre leur nomination à la ratification impériale et, devenus puissance politique aussi bien que spirituelle, en viennent à sacrer un deuxième « empereur des Romains » dans la personne de Charlemagne en 800. Les différences dans la doctrine et la pratique religieuse entre chrétientés occidentale et orientale s’accentuent avec les siècles jusqu’à éclater au grand jour en 1054 en un schisme et à devenir définitives lorsque les Latins souhaitent substituer une Église romaine à l’Église orthodoxe après la chute de Constantinople aux mains des croisés en 1204.
Au sein même de l’empire qu’il contrôle vraiment, c’est-à-dire l'Empire romain d’Orient, l’empereur doit, au cours des premiers siècles après , lutter constamment contre de nombreux mouvement qu'ils considèrent comme des hérésies tel que le nestorianisme, l'arianisme, et le monophysisme. Ces mouvements menacent à la fois l’unité politique et religieuse de l’empire. La crise de l'iconoclasme traduit les tensions entre la partie européenne de l’empire (iconodule) et sa partie asiatique (iconoclaste). La conquête arabe réduit à néant l’influence des patriarcats orientaux d’Antioche, d’Alexandrie et de Jérusalem. Les rapports entre l’Église et l’État traduisent dès lors les relations personnelles entre l’empereur, dont l’un des titres est celui d’épistèmonarque ou protecteur de l’ÉgliseCe terme, utilisé au dans les monastères studites, désignait le moine qui devait rappeler à l’ordre les frères négligents. Il impliquait la responsabilité qu’avait l’empereur de garder l’Église dans le droit chemin ( et )., et le patriarche de Constantinople. À titre d’élu de Dieu, l’empereur se considère supérieur au patriarche qu’il nomme et révoque à sa guise jusqu’à ce que deux patriarches à la personnalité particulièrement forte, Photios (patriarche de à , puis du au ) et Michel Cérulaire (patriarche 1043-1058) parviennent à mieux délimiter juridiction spirituelle et temporelle.
Après la reconquête de Constantinople par les Paléologues, le conflit de juridictionOn notera l’absence au cours de cette période de toute divergence théologique comme celle du « Filioque » qui a servi de prétexte officiel à la rupture de 1054. entre le pape, l’empereur et le patriarche de Constantinople prend un tour nouveau lorsque, à la suite des menaces que font planer diverses puissances sur l’empire, certains empereurs tentent de parvenir à la réunification des Églises orthodoxe et romaine : tentatives de Michel VIII Paléologue, conversion « personnelle » de Jean V, et enfin participation de au Concile de Bâle-Ferrare-Florence-Rome. Il en résulte en 1439 une formule d’ententeLa « Bulla Laetentur caeli (6 Iul. 1439), de unione Graecorum » [en ligne] http://w2.vatican.va/content/eugenius-iv/la/documents/bulla-laetentur-caeli-6-iulii-1439.html, que le clergé orthodoxe présent au concile accepte, à l'exception de Marc d'Éphèse. Cependant, elle est par la suite très vite rejetée par le peuple et le clergé de Constantinople ainsi que par les autorités politiques et religieuses de Moscou.
Évolution historique thumb|left|Le disque de Théodose, empereur qui a fait du christianisme la seule religion autorisée dans l’État.
L’empereur, gardien de l’unité politique et religieuse de l’empire
Par l’édit de Milan en 313, permet la pratique de la religion chrétienne sans pour autant placer celle-ci au-dessus des autres religions : à ce moment, les chrétiens ne représentent qu’environ un-septième de la population de l’empire et sont pratiquement absents de l’armée, pilier du pouvoir impérial. Par l’édit de Thessalonique en 380, fait du christianisme la seule religion autorisée de l’ÉtatCodex Theodosianus, , i, 2.. Un décret impérial, datant de 388 et plus tard incorporé dans le Codex Justinianus, ordonne à la population de l’empire « de prendre le nom de chrétiens catholiques », considérant tous ceux qui ne se pliaient pas à cet édit comme des « personnes égarées et stupides », adeptes de « dogmes hérétiques ». Bientôt cependant, la propagation du christianisme conduit à des divergences d’opinion sur ce que doivent croire les chrétiens. Pour mettre un terme à ces dissensions qui menacent également l’unité politique de l’empire, les empereurs convoquent et président des réunions d’évêques, appelés conciles œcuméniques lorsqu’ils réunissent l’ensemble de la chrétienté, pour définir la doctrine de l’Église, s’abstenant toutefois de s’ingérer dans la définition de cette même doctrine. Au départ donc, alors que les chrétiens sont encore minoritaires dans l’empire, c’est l’Église elle-même qui sollicite l'intervention de l’empereur dans sa vie interne.
Du concile de , convoqué en 325 par à celui de , convoqué en 787 par l’impératrice Irène, sept conciles tentent ainsi de définir le dogme chrétien. Toutefois, aux de nombreuses controverses surgiront conduisant à des schismes comme l’arianisme, le nestorianisme et le monophysisme, plusieurs d’entre eux ayant une dimension politique puisque trouvant leurs adeptes surtout dans la partie orientale de l’empire.
Pendant ce temps, dans la partie occidentale de l’empire, les tribus germaniques, devenues chrétiennes mais de confession arienne, établissent leur propre réseau d’églises et d’évêques, tout en demeurant généralement tolérants à l’endroit des populations locales qui conservent leur allégeance à l’Église impériale. La déposition du dernier empereur d’Occident en 476 ajoute une dimension politique à l’Église face aux nouveaux maitres de l’Italie. Pour une courte période, () parvient à reconquérir l’Italie et à mener une politique active dans les affaires religieuses. Empereur romain, il se conçoit d’abord comme un empereur chrétien, chargé de faire de son empire terrestre l’équivalent du royaume céleste. « Empereur et prêtre », Justinien veut réorganiser l’administration de l’Église universelle et par sa Novelle 123 en confie la direction à cinq patriarches dont les Églises auraient été fondées par des apôtres : Rome, Constantinople, Alexandrie, Antioche et JérusalemDictionnaire de l’Histoire du christianisme (2014).. Mais ces patriarches doivent diriger l’Église sous sa gouverne, « l’empereur [étant] la tête de l’Église en ce sens qu’il a à la fois le droit et le devoir d’en règlementer par ses directives jusqu’aux moindres détails de son culte et de sa discipline, et de définir les vérités théologiques auxquelles elle doit adhérer – Notre traduction..
Le pape s’affranchit de la tutelle impériale
L’Empire romain d’Orient voit rapidement disparaitre les conquêtes de Justinien mais maintient son pouvoir sur Rome, en tant que partie de l’exarchat de Ravenne jusqu’en 751, période décrite comme la « papauté byzantine », période pendant laquelle les papes doivent recevoir l’approbation de l’empereur avant de recevoir la consécration épiscopale et pendant laquelle de nombreux papes sont soit d’anciens apocrisiaires (représentants du pape auprès de la cour impériale) soit des ecclésiastiques venant de la Grèce byzantine, de Syrie ou de Sicile byzantine. Le pape () fut le dernier évêque de Rome à demander au souverain byzantin de ratifier sa nomination. Par la suite, si les papes continuent à reconnaitre la souveraineté temporelle de l’empereur byzantin, ils se refusent à accepter sa juridiction dans le domaine théologique. C’est pourquoi, ils rejettent l’autorité du concile in Trullo ou Quinisexte (691-692) réuni à l’initiative de sans leur approbation, et continuent à prôner la suprématie de l’évêque de Rome sur l’ensemble de l’Église.
thumb|right|L’empire byzantin en 717.
Les conquêtes arabes des territoires sur lesquels sont établis les patriarcats d'Alexandrie, d'Antioche et de Jérusalem, anéantit en pratique le rôle de ceux-ci dans le gouvernement de l’Église, ne laissant face à face que ceux de Rome et de Constantinople.. Le conflit éclate entre les deux sièges lorsque le pape () refuse de reconnaitre tant la doctrine iconoclaste proclamée par l’empereur () que la légitimité du patriarche Anastase, nommé par l’empereur en remplacement du patriarche Germain qui a refusé d’entériner la doctrine impériale. En représailles, l’empereur confisque les propriétés du pape en Sicile et en Calabre, et transfère son autorité sur les territoires occidentaux au patriarche de Constantinople, ajoutant à l’Italie du sud, la Grèce byzantine et les iles de la mer Égée.
La tension entre le pape et l’empereur grandit durant le règne de Maurice (). Voulant se réconcilier les monophysites, l’empereur veut donner au patriarche de Constantinople une autorité sur les autres patriarches et évêques d’Orient similaire à celle que le pape à Rome exerce sur les évêques d’Occident. Il encourage ainsi le patriarche de Constantinople, , à utiliser le titre de « patriarche œcuménique » (οίκουμενικός πατριάρχης), ce qui provoque une réponse outrée du pape, celui-ci prenant le terme d’œcuménique au sens littéral d’universel alors qu'en grec le terme en est venu à simplement désigner l’empire dont Constantinople est effectivement la capitale.
Et le couronnement de Charlemagne le par le pape () qui reconnait ce dernier comme « Imperator Romanorum » met fin à toute illusion d’allégeance de la papauté à l’empereur byzantin.
La fin du conflit qui déchire l’empire pendant toute la période iconoclaste de 730 à 843Voir à ce sujet . permet de tourner les efforts vers l’étranger et de lancer une grande campagne de christianisation des peuples slaves qui ont envahi l’empire au siècle précédent, dans les Balkans d’abord, en Russie ensuite. Cette grande entreprise missionnaire exige une coopération étroite entre pouvoirs civil et religieux, comme le montre l’envoi par l’empereur () des frères Cyrille et Méthode chez les Khazars d’abord, en Grande-Moravie ensuite : c’est l’époque où l’Église de Rome et celle de Constantinople s’affrontent dans une lutte d’influence pour la conduite des affaires religieuses dans l'Est de l’Europe.
L’ère des patriarches Photios et Cérulaire
thumb|left|Saint Photios, icône de la cathédrale Sainte-Sophie de Kiev.
L’artisan de cette lutte est le patriarche Photios (ou Photius, patriarche 858 - 867 ; 877 - 886)Sur ce sujet, voir .. Au moment de sa conversion, le tsar bulgare Boris Ier () tente de jouer Rome contre Constantinople afin d’obtenir la plus grande indépendance possible pour sa nouvelle Église. Le pape envoie alors des légats auprès de Boris, ce qui provoque la colère de l’empereur et du patriarche Photios qui, en affirmant l’autonomie de l’Église byzantine, condamne la prétention du pape à la suprématie sur le plan de la juridiction, tout en accusant le pape d’hérésie au sujet de l’épineuse querelle du Filioque sur le plan de la doctrine.