L'auxanogramme du carbone est l'étude de la croissance d'une souche microbienne en présence d'une source de carbone unique et de facteurs de croissance. Le milieu utilisé est un milieu de culture synthétique.
Usage Ce milieu de culture est entièrement synthétique, sa composition est exactement connue. Il ne contient pas de source de carbone (glucides, acides aminés…) autres que ceux étudiés. Il permet la détermination, par la culture, de l'auxanogramme du carbone de chaque molécule et d'obtenir la liste des sources de carbone que le microorganisme est capable d'utiliser pour sa croissance dans les conditions du milieu, c'est-à-dire avec les facteurs de croissance présents s'il est auxotrophe pour certains.
Un milieu permet d'apprécier la consommation d'une source de carbone comme seul substrat carboné, le milieu Citrate de Simmons, mais la culture impose au microorganisme de n'avoir besoin d'aucun facteur de croissance.
Le milieu pour auxanogramme contient des éléments essentiels comme des acides aminés, des vitamines (facteurs de croissances) et des sources d'ions minéraux ce qui permet d'étudier un seul facteur limitant : la source de carbone étudiée.
Composition du milieu et du supplément +composition du milieu pour auxanogrammeqsp 1 LSolution oligoéléments
(proposée par l'ATCC)qsp 1 LL-histidine10,0 µgEDTA500 mgDL-méthionine20,0 µgMgSO4 . 7H2O3000 mgDL-tryptophane20,0 µgMnSO4 . H2O500 mgBiotine10,0 µgNaCl1000 mgThiamine1,0 µgFeSO4 . 7H2O100 mgPyridoxine1,0 µgCo(NO3)2 . 6H2O100 mgPantothénate de calcium :1,0 µgCaCl2 (anhydre)100 mgAcide nicotinique1,0 µgZnSO4 . 7H2O100 mgInositol10,0 µgCuSO4 . 5H2O10 mgSulfate d'ammonium500 mgAlK(SO4)2 (anhydre)10 mgChlorure de calcium100 mgH3BO310 mgChlorure de sodium100 mgNa2MoO4 . 2H2O10 mgsolution d'oligoéléments1 mLNa2SeO3 (anhydre),1 mgAgar-agar8 à 12 gNa2WO4 . 2H2O10 mgpH 5,6NiCl2 . 6H2O20 mg Le supplément est la solution de Berthelot dont la composition est introuvable. Elle est remplacée ici par celle de l'ATCC (voir Bibliographie)
Le milieu complet peut avoir la composition suivante (selon Sigma - Alldrich) n'incluant pas tous les oligoéléments cités dans l'ATCC. Composition milieu complet (Sigma)pour 1 LAmmonium sulfate5000 mgL-histidine chlorhydrate10 mgDL-Méthionine20 mgDL-Tryptophane20 mgBiotine2 µgPanthoténate de calcium0,4 mgAcide folique2 µgNiacine0,4 mgAcide 4-aminobenzoïque0,2 mgPyridoxine chlorhydrate0,4 mgRiboflavine0,2 mgThiamine chlorhydrate0,4 mgInositol2 mgAcide borique0,5 mgSulfate de cuivre II40 µgIodure de potassium0,1 mgFer III chlorure0,2 mgManganèse sulfate0,4 mgMolybdate de sodium0,2 mgZinc sulfate0,4 mgDihydrogénophosphate de potassium1000 mgMagnésium sulfate500 mgChlorure de sodium100 mgChlorure de calcium100 mgpH final à 25 °C5,4 ± 0,2
Préparation Deux possibilités : soit le milieu est solide et présenté en boîte de Petri. Après ensemencement, on place des disques de glucides ou d'autres sources de carbone à étudier. Observer alors la culture ou non autour du disque.centré|vignette|300x300px|Auxanogramme du carbone en boite de Petri par la méthode des disques - Pascal FRAPERIE soit le milieu est semi-solide et utilisé dans les galeries API, les cupules de cette dernière contiennent les glucides ou d'autres sources de carbone à étudier. Observer alors la culture dans la cupule (en général dans la zone aérobie de la cupule pour la galerie API20NE).centré|vignette|300x300px|Galerie API 20NE - partie auxanogramme - Pascal FRAPERIE CAP = acide caprique (décanoïque) ADI = acide adipique MLT = acide malique CIT = acide citriqueou dans la galerie API20 C Aux destinée à l'identification des levures, ici Candida albicans : alt=API20C Aux|centré|vignette|800x800px|Candida albicans en galerie API20C Aux - S. Droguet
Lecture La présence d'une culture indique que le microorganisme est capable d'assimiler a source de carbone étudiée (glucide ou autre).
Voir aussi milieu de culture milieux de culture (liste)
Bibliographie
Joffin Jean-Noël, Leyral Guy, Dictionnaire des Techniques, CRDP d'Aquitaine réseau Canopé, 2014, 5e édition, 418 p., Composition de la solution d'oligoéléments de l'ATCC (American Type Culture Collection) Catalogue Sigma Alldricht : milieu de base avec acides aminés pour levures On trouvera un milieu sans acides aminés équivalent sur le site
auxanogramme du carbone, milieu pour