Le protestantisme joue un rôle fondateur dans l’histoire des Pays-Bas, car son développement alimente la révolte contre les Espagnols qui débouche sur l’indépendance du pays obtenue au cours de la Guerre de Quatre-Vingts Ans (1568-1648). À l'issue de cette guerre, les Pays-Bas originels se trouvent divisés entre les Pays-Bas du Sud (grosso modo la Belgique actuelle et les départements français du Nord et du Pas-de-Calais) reconquis par les Espagnols où le catholicisme est imposé par la force, et les Pays-Bas du Nord (le royaume des Pays-Bas actuel) qui deviennent indépendants et protestants essentiellement d’obédience calviniste, où les autres religions restent tolérées, et dont traite le présent article. (Pour la Belgique actuelle, voir l'article sur le protestantisme en Belgique.)
Par la suite le protestantisme hollandais, qui a accueilli entre-temps de forts contingents de réfugiés protestants francophones, connaît plusieurs transformations et divisions, et conduit le pays vers la « pilarisation », un principe de tolérance religieuse qui aboutit à un développement social séparé des communautés religieuses. Il essaime également à travers le monde grâce à ses efforts missionnaires. Au , avec la sécularisation de la société, le protestantisme cesse d’être majoritaire aux Pays-Bas mais reste la référence culturelle du pays. Des minorités protestantes luthériennes et anabaptistes / mennonites ont existé aux Pays-Bas à côté de la majorité réformée, depuis l’époque de la Réforme jusqu’au .
Les débuts Diffusion du luthéranisme Avec leur tradition commerçante et industrielle, les dix-sept provinces des Pays-Bas (Belgique, Hollande, Luxembourg et Nord de la France), qui viennent d’être unifiées par une décision de Charles Quint, la pragmatique sanction de 1549, sont très tôt irriguées par les idées de Luther. De premiers sympathisants se déclarent dès avant 1520, notamment dans les grandes villes du sud des Pays-Bas telles que Valenciennes, Tournai, Gand, Bruxelles et Anvers. Dans cette dernière ville, le prieur du monastère augustin Jacques Praepositus se déclare luthérien en 1519 et le luthéranisme se répand notamment dans la bourgeoisie commerçante d’origine allemande.. Les communautés luthériennes vont toutefois se trouver à la fois dispersées par les persécutions et dépassées par les réformes calvinistes et radicales (anabaptistes) qui vont attirer beaucoup plus le peuple néerlandais et flamand. En définitive, les communautés luthériennes, renforcées ponctuellement de migrants venus d’Allemagne ou d’Autriche, vont rester minoritaires et dispersées sur le territoire néerlandais. Elles ne se fédèreront en une union d’églises qu’en 1818.
Début des persécutions En 1521, Charles Quint, qui entend défendre la religion catholique traditionnelle contre l’"hérésie", interdit les nouvelles doctrines dans tous les Pays-Bas. Dès 1523 les deux premiers martyrs protestants de l’histoire, Henri Voes et Jean Van Eschen, deux frères augustins d’Anvers, meurent sur le bûcher à Bruxelles tandis que leur couvent est rasé... En 1525, le prêtre converti au luthéranisme Jan de Bakker est le premier protestant brûlé vif dans les Pays-Bas du nord, à La Haye. Après une période de relative tolérance dans les années 1540-1545, le très entreprenant prédicateur Pierre Brully, venu de Strasbourg où il avait côtoyé Calvin, périt sur le bûcher en 1545 pour avoir essayé de gagner Tournai et Valenciennes au calvinisme.
Apparition des anabaptistes ou mennonites thumb|Exécution des mennonites Jan Woutersz van Cuyck et Adriaanken Jans à Dordrecht en 1572. (Gravure de Jan Luyken pour l'édition de 1685 du Miroir des martyrs.) Apparu à Zurich autour de Conrad Grebel, un proche d’Ulrich Zwingli, le mouvement anabaptiste prône notamment le baptême des adultes sur profession de foi, d’où le nom « anabaptiste » ou « rebaptiseur » donné aux membres de ce courant religieuxJean Séguy, Les assemblées anabaptistes-mennonites de France, Paris – La Haye, École des Hautes Études en Sciences Sociales – Mouton & Co, 1977, 904 p.. Malgré les errements violents de certains anabaptistes, le mouvement se définit rapidement comme pacifique et opposé à toute violence. C’est un prêtre catholique frison qui a quitté l'Église catholique en , Menno Simons, qui organise le mouvement, l’oriente dans ce sens non-violent et lui transmet, bien involontairement, son nom. En 1544, la régente des Pays-Bas expulse les anabaptistes, mais tolère les mennonites. C'est la première fois que le terme de « mennonite » est employé. Menno Simons est par ailleurs le seul réformateur protestant d’origine néerlandaise.
En 1632, l’Église mennonite néerlandaise adopte une confession de foi dite confession de Dordrecht. Ce document rappelle les fondements du mennonitismeTexte intégral reproduit dans Charles Mathiot et Roger Boigeal, Recherches historiques sur les anabaptistes de l’ancienne principauté de Montbéliard, d’Alsace et du Territoire-de-Belfort, Flavion, Le Phare, 1969, 479 p. : baptême sur profession de foi à l’âge adulte, mariage entre coreligionnaires uniquement, soumission aux autorités mais refus du port des armes et du serment, principe de non-mondanité (« vivre dans le monde sans être du monde ») et observance d’une stricte discipline sous peine d’excommunication (accompagnée d’une exclusion sociale). Pendant la période républicaine, les mennonites seront tolérés tout en étant tenu à l’écart du pouvoir, comme les autres minorités religieuses, mais leur pacifisme leur vaut un certain nombre de difficultésKnippenberg, H. (1992): De religieuze kaart van Nederland — Omvang en geografische spreiding van de godsdienstige gezindten vanaf de Reformatie tot heden, 302 p., (Assen:Van Gorcum). .. Le mennonitisme ne pouvant pas être pratiquée publiquement, les temples sont construits de manière discrète en général dans l’alignement des autres bâtiments voisins.
Développement du calvinisme À partir du milieu du , le calvinisme se répand d’abord dans le sud des Flandres et du Hainaut (où prêchent des pasteurs francophones), puis dans l’ensemble des dix-sept provinces. Vers 1560, Anvers comptait déjà et deux pasteurs : Hermann de Strijker dit Moded pour les néerlandophones et Pierre Datheen pour les francophones.. Philippe II d’Espagne, qui a accédé au trône impérial après l’abdication de son père Charles Quint en 1555, entend lutter contre la diffusion de ce qu’il considère comme une hérésie, y compris par la force : il durcit l’inquisition instaurée par son père aux Pays-Bas, publie des « placards » extrêmement rigoureux qui alimentent le sentiment des Néerlandais d’être gouvernés par un pouvoir absolu et étranger en contradiction avec les traditions de gouvernement et de libertés instituées par les ducs de Bourgogne. En réaction, une révolte se développe en 1566 : elle se manifeste d’abord par une proclamation des nobles en faveur des droits et libertés anciennes, c’est le « compromis des Nobles ». Elle prend ensuite le nom de révolte des Gueux : par dérision envers les mots méprisants du chancelier de Berlaymont, de grands nobles participent à un banquet habillés en paysans. Mais le nom est pertinent car la révolte touche le peuple autant que les nobles ; elle mêle une revendication de liberté religieuse et une revendication d’indépendance par rapport à l’Espagne bien que le pouvoir soit exercé par Marguerite de Parme qui est flamande par sa mère, et elle réunit protestants et catholiques. Parmi les nobles qui s’opposent au roi d’Espagne, plusieurs sont catholiques : le prince Guillaume d'Orange dit le taciturne, le comte d'Egmont, le comte de Hornes, Henri de Brederode… Parmi les protestants, on trouve Philippe de Marnix de Sainte-Aldegonde, Louis de Nassau, tous deux calvinistes convaincus, et Henri de Nassau-Dillenbourg, d’éducation luthérienne, les deux derniers nommés étant des frères cadets du prince d’Orange.
Marguerite de Parme, découragée, est remplacée par le duc d’Albe en 1567. Le pouvoir espagnol, qui vient de gagner une guerre contre la France, engage toute sa puissance militaire dans la répression du protestantisme. En 1567, le siège de Valenciennes se conclut par la prise de la ville par les troupes espagnoles commandées par Philippe de Noircarmes et par l’exécution de plusieurs centaines de protestants. Parmi eux figure le pasteur Guy de Brès (1522-1567) dont la « Confessio Belgica » (1561) deviendra une des confessions de foi réformées fondamentales, adoptée dans tous les Pays-Bas. Puis les Espagnols, commandés par le duc d’Albe reprennent le contrôle de toute la zone correspondant en gros à la Belgique actuelle dont ils tuent ou chassent toute la population protestante. Environ se réfugient en Angleterre, en Allemagne ou dans les Pays-Bas du nord. En 1568, en représailles à une victoire du prince d’Orange, le pouvoir espagnol croit bon d’exécuter deux grands nobles signataires du compromis des nobles bien qu’ils soient très catholiques et membres du Conseil d’État, Egmont et Hornes, ce qui marque la rupture définitive entre le pouvoir et le peuple. La Guerre de Quatre-Vingts Ans s’engage alors. Malgré la supériorité militaire initiale des Espagnols, leur campagne est ponctuée de succès et revers qui auront pour résultat final l’indépendance des 7 provinces du Nord, proclamée unilatéralement par le décret de déchéance voté en 1581, puis par la proclamation de la République des Provinces Unies en 1588, indépendance reconnue de jure par le traité de Münster en 1648. Sous l’effet des persécutions dans la partie sud des Pays-Bas et de la radicalisation de la lutte contre les Espagnols dans la partie nord, la division est aussi religieuse : les 10 provinces méridionales (dont l’Artois, la Flandre, le Hainaut et la Wallonie) qui ont formé l’Union d'Arras restent fidèles au catholicisme alors que les sept Provinces-Unies du Nord (Hollande, Zélande, Gueldre, Utrecht, Frise, Overijssel et Groningue), réunies dans l’Union d'Utrecht, seront en grande majorité protestantes et plus particulièrement calvinistes.
L’établissement du calvinisme Le calvinisme s'établit dans le cadre de la république des Provinces-Unies, une confédération dans laquelle chacune des 7 provinces garde une grande autonomie, la confédération étant dirigée par un « stathouder » responsable de l’armée et un « pensionnaire » responsable des relations extérieures, tout en étant doté d’un parlement, les « États généraux des Provinces-Unies ». L'Église réformée néerlandaise (Nederduitse Gereformeerde Kerk, NGK) est fondée en 1571, au début de la Guerre de Quatre-Vingts Ans, dans la ville d'Emden, en Frise orientale, et elle devient quelques années plus tard l’Église publique de la République, mais non l’Eglise d'État par souci de tolérance et de respect des libertés individuelles. Depuis le sud des Pays-Bas, où sévissent les persécutions de l’inquisition espagnole, un flux important de réfugiés en majorité francophone est venu s’établir dans la république, c’est le premier refuge huguenot (il y en aura d’autres) : ces réfugiés fondent leurs propres églises, dites wallonnes, car le français en était la langue, et leur propre union d’églises, distincte de l'Église réformée néerlandaise, néerlandophone. La famille du prince d’Orange est par ailleurs très proche des wallons, car la épouse de Guillaume d'Orange, qui lui survit après son assassinat en 1584, n'est autre que Louise de Coligny, fille de l’amiral Gaspard de Coligny. Celle-ci fit instituer un poste de pasteur francophone à la Chapelle de la Cour, qui devient le premier pasteur de l’Église wallonne de La Haye. La modeste communauté d’origine wallonne est rapidement rejointe par des membres influents de la Cour et de la vie politique. Ce poste d'aumônier francophone de la maison royale est maintenu jusqu'au .