La domestication des amandiers a été un long processus de sélection d’amandes douces prélevées dans des populations d’amandiers sauvages produisant des fruits amers mais ayant parfois des arbres produisant des fruits non amers. Le caractère doux de l’amande apparaît à la suite d’une mutation et l’amertume étant un trait récessif qui peut par la sélection être éliminé d’une population.

Les amandiers cultivés donnent des amandes douces quoique occasionnellement on trouve dans les vergers traditionnels des arbres à amandes amères. Au Maroc, chez les Bni Boufrah du Rif, les amandes amères sont maintenues ici et là dans les vergers (enquête de terrain de Delplancke, Aumeerruddy-Thomas, 2017). La raison invoquée est qu’elles protégeraient contre le vol, car le voleur d’amande n’a pas le temps de vérifier si les amandes sont douces ou amères. La présence d’amandes amères dans un lot d’amandes fait baisser considérablement son prix. L’huile d'amande amère peut être cependant utilisée pour les cheveux ou pour faire des savons et le lait d’amande amère sert en petite quantité pour combattre le diabète. Dans les terres éloignées des foyers, situées en hauteur, à la limite de la forêt, on trouve des amandiers qui ne sont pas entretenus par l’homme et qui n’ont pas de propriétaire. Ces zones plus sauvages sont associées à une plus grande fréquence d’amandes amères. Autrefois dans cette région du Rif, le mode de multiplication des amandiers le plus courant était le semis dirigé. Les amandes douces étaient semées au milieu des champs de céréales. Aujourd’hui, les paysans préfèrent encourager les semis spontanés issus de graines ainsi que les jeunes drageons issus des racines blessées involontairement par le labour.

En Italie, les amandes amères produites par les amandiers cultivés, sont utilisées pour fabriquer des liqueurs légèrement amères (comme l’amaretto) ou des macarons (l’amaretti).

L’amandier donnant des amandes douces a été nommé Prunus dulcis (Miller) D.A. Webbou par les synonymes Amygdalus communis L. (basionyme), Prunus amygdalus Batch., Amygdalus dulcis Mill.. Il a probablement commencé à être cultivé au Chalcolithique (Zohary et al., 2012), en Méditerranée orientale. La variété produisant des amandes amères a été nommée Prunus dulcis (Mill.) D.A. Webb var. 'amara' (D.C.) Buchheim.

Données botaniques et génétiques

En se basant sur la morphologie et l’habitat, Ladizinsky (1999) proposa de considérer Prunus fenzliana Fritsch., un petit amandier sauvage du Caucase, comme l’ancêtre le plus probable de l’amandier cultivé. Une étude de terrain en Asie centrale (Rivière Tchirtchik et Ferghana), l’amena à reconnaître les formes dites « sauvages » de l’amandier comme des arbres échappés des cultures et naturalisés, semblables en cela aux formes férales des amandiers en zone méditerranéenne. La comparaison de l’amandier avec les Prunus sauvages les plus proches, lui fit retenir P. fenzliana qui est capable de former de grands fourrés de jeunes arbres. Cet arbre est indigène en Arménie, Azerbaïdjan, Turquie du Nord-Est et en Iran, et il peut s’hybrider avec l’amandier. C’est de tous les taxons sauvages celui qui est morphologiquement le plus proche de l’amandier cultivé. En Arménie, il ne rencontra aucun type à amandes douces de P. fenzliana, pays qui à l’époque ne cultivait pas l’amandier. Toutefois des individus particuliers dans ces populations sauvages peuvent être amers. La mutation responsable de la douceur s’exprime de manière dominante chez l’amandier, contrairement aux autres cas de Prunus comme l’abricotier ou le pêcher pour lesquels l’amertume apparaît dominante.

Une étude génétique est venue en 2010 conforter cette hypothèse. Basée sur 26 marqueurs SSR de nombreux cultivars d’amandier et d’espèce sauvages et cultivées de Prunusdu chloroplaste et du noyau de 40 cultivars d’amandier et 14 accessions de Prunus (P. bucharica, P. davidiana, P. fenzliana, etc.) et 4 espèces cultivées de Prunus (P. armeniaca, P. avium, P. mandshurica, P. saliciana), l’étude de Zeinalabedini et al. (2010) apporte des arguments solides pour considérer que Prunus fenzliana, une espèce indigène du nord de l’Iran, est l’ancêtre des amandiers cultivés. Le partitionnement de données regroupe dans le cluster A les cultivars d’amandier et l’accession de P. fenzliana, et dans le cluster B les autres accessions de Prunus. L’étude par la même occasion, facilite l’analyse des flux de gènes entre espèces. L’introgression de gènes exotiques dans les amandiers cultivés a été suggérée dans les années 1990 et récemment il a été établi que la source de l’auto-compatibilité du cultivar italien ‘Tuono’ vient de la population sauvage de Prunus webbii de l’Italie du Sud.

Sources archéologiques Pendant longtemps, les amandes ont probablement étaient cueillies avant que la domestication de l’amandier n’ait eu lieu. Il est difficile de distinguer maintenant les restes archéologiques de coquilles sauvage et de celles d'origine domestique.

Des restes d’amandes carbonisées ont été trouvées à Ohalo II (Israël) datant de , dans les grottes d’Öküzini (Turquie) et dans les grottes Franchthi (Grèce) datant du Mésolithique et Néolithique (Zohary et al., 2012). Il semble qu’à ces époques il s’agissait d’amandes sauvages.

À l’époque du Néolithique précéramique A (entre et ) , on a des restes d’amandes à Netiv Hagdud, vallée du Jourdain (Israël) et Jerf al Ahmar (Syrie). À l’époque suivante du Néolithique précéramique B (de à ) c’est à Çayönü (Turquie). Au Néolithique tardif, de nombreux restes d’amandes ont été découverts à Chypre, en Turquie, en Iran et Grècepour la bibliographie voir Zohary et al., (2012). Parmi les restes de fruits de l’âge du bronze, à Bab edh-Dhra (Jordanie), les amandes qui apparaissent avec des raisins et des olives, proviennent probablement d’arbres domestiqués. Ceux trouvées dans la tombe de Toutankhamon en Égypte datent de ( ).

En conclusion, les amandiers qui peuvent se propager par graines font partie des premiers arbres fruitiers à avoir été domestiqués. Pour Zohary et al. (2012), leur domestication a probablement eu lieu dans la partie orientale du bassin méditerranéen, au Chalcolithique c’est-à-dire entre et , à peu près au même moment que l’olivier, la vigne et le palmier. Sources textuelles du bassin méditerranéen Les amandes sont mentionnées dans les premiers textes culinaires sumériens, ainsi que dans la Bible indiquant la présence des amandiers en Mésopotamie et en pays de Canaan aux alentours occurrences dans la Bible : Dans la Genèse, chapitre 30, il est raconté que Jacob favorisait la sélection naturelle des animaux en sa faveur ; il obtenait des agneaux de la couleur qu'il voulait à l'aide d'un stratagème : il plaçait des branches d'amandier et de platane partiellement écorcées dans les canaux où allaient boire les brebis prêtes à concevoir. Les amandes font partie des « cueillettes du pays » que Jacob envoie comme présent à Pharaon (Genèse 43,11). Le bâton d'Aaron, qui représente la maison de Lévi, se changea en une branche d'amandier fleurie et fructifiante (Nombre 17,23). Ce qui fut interprété comme un signe de faveur divine pour Aaron. Les branches du chandelier du sanctuaire avaient « trois coupes en forme d'amande avec boutons et fleurs » (Exode, 25, 33)..

Le naturaliste grec Théophraste (-371, -288), est le premier « savant » à avoir étudié les plantes en elles-mêmespartout dans le monde, pendant encore des siècles, les plantes ne seront étudiées que pour leurs applications médicinales ou leurs usages agricoles. Dans son ouvrage Histoire des plantes, on trouve 25 occurrences du mot « amandier » (αμυγδαλἠ, amugdalê) dispersées dans le texte, à propos de la description de sa racine, de l’apparition des feuilles, de la structure de ses graines, de ses fleurs, etc. Il donne aussi plusieurs recommandations pour les techniques culturales comme l’indication que les amandiers doivent être plantés plus espacés que les pommiers (Livre II, 5).

Un autre Grec originaire du sud-est de l’Anatolie, Dioscoride a écrit au , le premier traité de matière médicale européen, connu sous le nom latin de De Materia Medica. L’amande broyée sert à faire divers cataplasmes. Prise avec de l’amidon de blé et de la menthe, elle est bonne pour le crachement de sang. L’œuvre de Dioscoride est restée une référence majeure en matière de remèdes jusqu’à l’époque moderne. On retrouvera au cours des siècles suivants, la reprise d'un certain nombre de ses assertions préscientifiques sur les amugdalê (αμυγδαλἠ). Comme par exemple : (MM, I, 123).

L’encyclopédiste romain, Pline (), note l’emploi d’amandes amères pour faire de l’huile (Histoire Naturelle, XV, 26). Comparée à la noix et à la noisette, l’amande est plus ferme et plus âcre (HN, XV, 89). En ce qui concerne l’amandier, il pense qu’ (HN, XV, 90). Nux graeca (étymologiquement « noix grecque ») fut le premier nom donné à l’amande par les Romains mais il a pu désigner antérieurement une « noix venue de Grèce ». Les Romains l’auraient donc connue vers le

Les Romains rapportèrent l’amande en Italie. Les Phéniciens la diffusèrent sur tout le pourtour méditerranéen jusqu'en Ibérie (entre l'an 1200 av. J.-C. jusqu'au avant notre ère). Les conquérants musulmans le diffusèrent aussi jusqu'à Al-Andalous à partir de leur arrivée dans la péninsule Ibérique en 711. Dans le livre Les Mille et Une Nuits on mentionne déjà l'amande pour fabriquer une diversité importante de gâteaux. Tous les textes de l'Antiquité, produits dans le pourtour méditerranéen, sont cohérents avec l’hypothèse de la domestication d’un amandier sauvage du Caucase (P. fenzliana) qui s’est diffusée dans l’Iran, l’Anatolie, et le Levant. Le semis dirigé de ses amandes douces a permis sa diffusion en Grèce puis à Rome et de là dans tout l’empire romain.

En France, une charte de 716 du roi des Francs Chilpéric II, mentionne les amandes avec d'autres épices. En 812, Charlemagne ordonne d'introduire les amandiers dans les fermes impériales. Au Moyen Âge, la consommation des amandes dans la cuisine est très importante et au , elles constituent une part importante du commerce de Venise.

Au milieu du , l'amandier est implanté aux États-Unis, devenu aujourd'hui le premier producteur mondial d'amandes, en particulier avec la Californie.

Sources textuelles chinoises Il convient aussi d’examiner les textes chinois anciens pour confronter ces sources écrites à l’hypothèse suivant laquelle l’Asie centrale et les Tian Shan feraient aussi partie des régions d’origine de l’amandier commun (idée qui persiste par exemple chez Janick, 2007). Cette hypothèse a été avancée par des chercheurs soviétiques (Popov 1929, Pachomova 1961, Zarprjagaeva 1964) qui ont rapporté avoir observé des amandiers communs (P. dulcis) poussant à l’état sauvage en Asie centrale. Ces populations d’amandiers furent par la suite considérées par la plupart des chercheurs en agronomie Grassely en France, Denisov en URSS, Kester en Californie comme le stock sauvage d’où a été extrait l’amandier cultivé. Mais les travaux plus récents ont montré que cette hypothèse n’est plus tenable depuis qu’ont été décrites une abondance d’espèces sauvages du genre Amygdalus L. dans le Levant.

Nous allons voir que les textes chinois ne corroborent pas du tout cette hypothèse d’une origine centrale asiatique des années 1960. Dans l’ouvrage le plus ancien de matière médicale, le Shennong bencao jing, écrit aux alentours du début de notre ère, on trouve un produit bien connu de tous les Chinois, le xingren''' 杏仁 (ou xingheren 杏核仁). Il s’agit de l’amande du noyau de l’abricot, remède réputé rentrant dans de nombreuses formules médicinalesle Shennong bencao jing indique et toujours utilisé en cuisine pour parfumer les pâtisseries ou les boissons. On a aussi une amande du noyau de pêche (桃核仁 taoheren) mais rien qui puisse ressembler à l’amande (de l’amandier commun).