thumb|Exemple de méthode en conservation des collections : meubles à tiroirs en métal afin d'éviter la prolifération de nuisibles. Sur la photographie : collection ornithologique dans les réserves du musée de Zoologie comparée de l'université Harvard à Cambridge (Massachusetts), aux États-Unis. Une collection scientifique est une collection d'objets liés à une ou plusieurs activités scientifiques, en général dans le domaine des sciences empiriques ou de l'histoire humaine.
Typologie des collections scientifiques En fonction de leur principal objet de recherche, les collections scientifiques sont très diverses et variées, mais d'une manière générale on distingue entre les collections inertes et les collections vivantes :
Collections inertes Les collections inertes se diversifient dans de très nombreux domaines : minéralogie, biologie, zoologie, botanique, ethnologie, archéologie, paléontologie, anthropologie, médecine, pharmacopée, splanchnologie, astronomie... Cela peut représenter un ensemble de tissus organiques conservés dans des bocaux (en splanchnologie, en histologie, en biologie) ou un ensemble d'animaux naturalisés (en zoologie), ou des os ou squelettes (en ostéologie ou anatomie comparée), ou un herbier (pour la botanique), ou une collection de cires anatomiques ou instruments de chirurgie (dans le domaine de la médecine), ou des échantillons lunaires ou de météorites (dans le domaine de l'astronomie), etc.
Les collections scientifiques sont le plus souvent conservées à des fins d'études et/ou pour être exposés dans des musées d'histoire naturelle, dans des laboratoires de recherche, dans des universités, etc.
En taxonomie et en classification des minéraux, les collections scientifiques et les conservateurs et archivistes qui en prennent soin jouent un rôle d'une importance capitale car c'est en leur sein que sont conservés les types nomenclaturaux qui permettent d'établir les différentes nomenclatures scientifiques, entre autres les différentes classifications scientifiques des espèces vivantes (classique ou phylogénétique) ou les classifications de minéraux.
Collections vivantes Les collections vivantes portent sur la biologie ou l'écologie par le biais de la conservation d'individus vivants, principalement des plantes et des animaux. Tout naturellement, la législation évolue régulièrement pour que ces collections vivantes puissent se constituer dans le respect du bien être desdits êtres vivants. Dans le cas de la botanique, les plantes d'un jardin public ou privé ne constituent pas une collection scientifique. Seuls les jardins botaniques, certains jardins d'acclimatation, les arboretums ou les serres à but scientifique peuvent être considérés comme des collections scientifiques vivantes de plantes.
En zoologie les collections vivantes les plus habituellement rencontrées de par le vaste monde sont les parcs zoologiques, les terrariums, les aquariums, les aquaterrariums, les vivariums, ou les insectariums, entre autres dispositifs ou installations possibles.
La diversité des collections Collections botaniques En botanique, le mode de conservation le plus ancien est l'herbier, dans lequel des cartons d'herbier maintiennent à plat des échantillons (fleurs, tiges ou feuilles) qui ont préalablement été pressés et séchés. Au sein d'un herbier, surtout s'il est relativement grand, se trouve aussi parfois une carpothèque (collection de fruits), une séminothèque (collection de graines), un fungarium (collection de champignons), etc.
Les collections de graines vivantes (actives et aptes à la reproduction) sont soit des graineteries, soit des banques de graines. Les graineteries sont des jardins conçus pour obtenir les graines précises de variétés ou cultivars précis. Les banques de graines, où les graines sont même parfois cryogénisées, ont quasiment toujours un but agricole et sont le plus souvent entretenues par des entreprises agronomes.
Collections zoologiques Avant le siècle il était très difficile de naturaliser des animaux d'une taille relativement grande. Les échantillons conservés étaient le plus souvent les os, les peaux, les plumes, les fourrures, les cornes, les coquilles, etc. Certains animaux de petite taille, comme les lézards ou les insectes, pouvaient être séchés et conservé pratiquement entiers. Les organes internes sont parfois conservés dans des bocaux à alcohol, et on parle alors de collection splanchnologique. Les collections d'os ou de squelettes reçoivent le nom de collections ostéologiques, etc.
Collections géologiques et minéralogiques Les collections de pierres, roches et minéraux, surtout lorsqu'il s'agit de gemmes ou de pierres précieuses, se comptent parmi les plus anciennes au monde. Les collections de météorites sont souvent incluses parmi les collections de minéralogie, mais elles peuvent aussi être classées dans une catégorie à part (astronomie ou autre).
Collections paléontologiques Les collections de fossiles se comptent parmi les plus populaires, notamment en paléontologie des vertébrés. Les spécimens les plus sollicitées par le grand public dans les musées sont par exemple les dinosaures, les mammouths, les tigres à dents de sabre, etc.
Histoire des collections scientifiques Dans l'Antiquité et au Moyen Âge, des collections inertes à vocation scientifique ont existé mais cela a été rare voire exceptionnel, ou s'est produit de façon très marginale. Pour ce qui est des collections vivantes, la médecine et les plantes médicinales ont été au Moyen Âge l'impulsion majeur de la création des premiers jardins de simples, c'est-à-dire les jardins où étaient cultivées les simples médecines, nom donné aux plantes médicinales. Ces jardins, collections scientifiques vivantes, sont conçus avant tout dans un but strictement pratique et médical. En ce qui concerne les animaux exotiques vivants, les rois européens en ont conservé dans leurs ménageries pendant tout le Moyen Âge dans le seul but d'y être admirés.
Le concept moderne de collection scientifique a tout de même progressivement germé après le Moyen Âge, à partir de la Renaissance, avec l'apparition des cabinets de curiosités. Il s'agissait principalement de collections privées, réunies par des bourgeois ou des nobles. Les objets exposés dans les cabinets de curiosités n'étaient pas toujours contemplés avec une approche scientifique et il arrivait aussi parfois que ces cabinets continssent des contrefaçons ou des chimères.
Aux et siècles, alors que la mode des cabinets de curiosités se répand dans toute l'Europe, l'un d'eux, le cabinet de curiosités d'Elias Ashmole, s'installe en 1683 dans un bâtiment de l'université d'Oxford et devient lAshmolean Museum, le plus ancien musée encore ouvert à ce jour, quoique pas uniquement consacré à la conservation de collections scientifiques.
Sans doute parce que les végétaux sont plus facile à collecter, à conserver, à observer, à transporter, dont sous forme de graines ou propagules, c'est la botanique qui a d'abord été privilégiée. Ainsi Gaspard Bauhin a rassemblé dans son herbier 400 spécimens d'Europe, d'Afrique et du sous-continent indien, ce qui lui a valu le titre de « législateur de la botanique » Cf. Raymond Dughi, in Tournefort, Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 1957, ; cité par .
La première institution a devenir strictement un lieu officiel de conservation de spécimens scientifiques, aussi bien destinés à la recherche qu'à l'exposition au public, est plus probablement l'actuel Muséum national d'histoire naturelle, dont le siège est situé à Paris, en France. À l'origine cette institution était le Jardin royal des plantes médicinales, dont la fondation est promise en 1626 par des lettres patentes du roi Louis XIII sous les conseils de ses médecins, qui voulaient créer un jardin médicinal d'étatJacques-Antoine Dulaure, Histoire physique, civile et morale de Paris, depuis les premiers temps historiques jusqu'à nos jours (tome IV, ), Guillaume et Compagnie Libraires, Paris, 1821. . Pour créer ce Jardin, Louis XIII fait d'abord acheter en 1633 un petit château et son jardin, modeste propriété terrienne située sur la Terre d'Alez, terre elle-même à l'époque située aux portes de ParisJules Caillet, De l'administration en France sous le ministère du cardinal de Richelieu, 1857, . . Le droguier du roi étant une collection déjà existante, principalement constituée de minéraux et de plantes séchées, le droguier emménage dans ce château quasiment immédiatement et le Jardin est officiellement fondé par un édit royal en Auguste Chevalier (1873-1956), « Le Tricentenaire de la fondation du Jardin des Plantes et le rôle du Muséum en Agriculture coloniale », Journal d'agriculture traditionnelle et de botanique appliquée, année 1935, bulletin numéro 166, . Par métonymie ce bâtiment commence alors à être appelé lui aussi le « droguier du roi », ou le « cabinet des drogues ».
En 1718, à la mort de Louis Poirier, premier médecin de Louis XV, le décret royal du sépare cette charge de celle du surintendant du Jardin royal des plantesYves Laissus, Le Muséum national d'histoire naturelle, Collection Découvertes Gallimard (), Série Culture et société, Gallimard, Paris, juin 1995, 144 pages, ill., sous couverture illustrée, ; ; .. Aussi en 1718, le terme se référant aux plantes médicinales est retiré du nom de l'institution et le Jardin est rebaptisé en « Jardin des plantes du Roi », ou « Jardin du Roi »« L’Histoire de la grande galerie de l’Évolution : Du cabinet du roi à la galerie de Zoologie » (site web officiel du Jardin des plantes). Ce changement de nom correspond en réalité au simple constat que le Jardin est déjà pleinement devenu une institution scientifique vouée à l'histoire naturelle dans son ensemble et non pas seulement à la culture de plantes médicinales pour les soins du roi. Après la mort de Louis XIV, Bernard de Jussieu est Garde des Collections au Jardin du roi et dès 1722 il apporte une classification méthodique des collectionsJacques Fabriès et Henri-Jean Schubnel, « L'Origine et la réorganisation des collections minéralogiques du Muséum national », Bulletin de l'Association Française de Gemmologie, numéro 37, 1973, .. Ces classements méthodiques des collections contribuèrent à ce qu'en 1729 l'ancien « cabinet des drogues » prenne officiellement le titre de « cabinet d'histoire naturelle », reflétant le fait que ses collections sont désormais organisées pour illustrer les trois règnes de la naturePhilippe Jaussaud, Le Jardin des lumières (cours à l'université Lyon 1 : EA4148 S2HEP et UO Lyon 1). Cette date est très importante dans l'histoire des collections scientifiques car pour la première fois une collection scientifique d'état, le cabinet du roi et tout ce qu'il contient, ne se voit plus officiellement consacrée à la vocation pratique de la médecine mais à la vocation théorétique et scientifique de l'histoire naturelle. 1729 est ainsi l'année de naissance des musées d'histoire naturelle tels que ces musées sont compris actuellement en tant que dépositaires de collections scientifiques. En 1739 le célèbre naturaliste Georges-Louis Leclerc de Buffon est nommé surintendant du Jardin du Roi et dès l'année suivante Buffon fait agrandir le bâtiment du cabinet d'histoire naturelle.