Le lycée Bonaparte est une institution d'enseignement secondaire et technique de la ville d'Autun. Un pôle d'enseignement général se situe en centre-ville, place du Champ-de-Mars, dans les bâtiments de l'ancien collège jésuite fondé en 1618. Le pôle d'enseignement technologique et professionnel se trouve rue Paul-Cazin.
Histoire du lycée Premières écoles à Autun Les conciles généraux de Vaison en 529, d'Orléans en 797, de Valence en 855, le concile des évêques de la province lyonnaise réuni à Châlon en 813, prévoient la création d'écoles à côté des églises. On ne connaît pas l'état de ces écoles à Autun, mais on trouve dans le Cartulaire de l'église d'Autun un acte daté de 954 donnant les noms deux écolâtres, ou scolasticus, Warnerius et Constantius. Le chroniqueur Guibert de Nogent écrit sur la grande rareté de maîtres d'école dans les campagnes avant l'année 1065, mais que ce nombre a augmenté comme il le constate en 1110. Il existe un recteur des écoles à Autun, en 1251, du nom de maître Guillaume, cité dans une donation au prieuré de Saint-Pierre-le-Moutier. Un acte de cite le recteur des écoles d'Autun, Étienne de Veset. Un de ses successeurs en Jehan le Fils, recteur des écoles d'Autun, cité dans des actes en 1318 et 1321, puis Jehan Moingin en 1370, maître Jacques Pigenat en 1515, Claude Charbonnier en 1526, Jehan Pelletier, maître ès arts, en 1534. Cette école était différente de l'école épiscopale. L'école était située dans la ville basse, dans une maison de la rue Saint-Christophe, désignée sous le nom de grant maison Sainct-Christophe ou grant maison de l'escole, donnée aux religieuses de l'abbaye Saint-Andoche d'Autun au siècle. C'est par un acte du que l'école est devenue propriété de la maison qu'elle occupait depuis si longtemps. Une rue d'Autun qui longeait l'école a pris le nom de rue du Vieux-collègeAnatole de Charmasse, État de l'instruction primaire dans l'ancien diocèse d'Autun pendant les et siècles, Librairie Honoré Champion, Paris, 1878, (lire en ligne). Une ordonnance donnée à Orléans, en 1561, obligeait les églises cathédrales d'affecter le revenu d'une prébende au recteur d'école tenu d'instruire gratuitement les enfants de la ville, et dont le choix devait appartenir à l'évêque, aux chapitres et aux officiers municipaux. Le chapitre de la cathédrale d'Autun s'est opposé à cette ordonnance qui remettait en cause les prérogatives du grand chantre. L'évêque a alors invité le chapitre à se conformer aux ordres du roi, en 1562. Le chapitre a fait remarquer qu'il n'y avait aucune prébende disponible pour se conformer aux ordres du roi et qu'il fallait attendre le décès d'un chanoine pour disposer de sa prébende, mais il a cependant accepté de donner à Gabriel Madier, « principal et modérateur des escholles ». La peste de 1565 à Autun a obligé les écoliers de se retirer à la campagne. En 1566, le manque de professeur a conduit Gabriel Madier à se rendre à Paris pour en recruter. En 1566, un chanoine étant décédé, Jacques Bretagne, un protestant à la tête de la magistrature de la ville a demandé au chapitre que la prébende soit accordée au recteur des écoles de la ville. Cependant, en 1564, Jacques de Bretagne avait obtenu du roi qu'un protestant, Antoine Destamples, soit nommé recteur des écoles. Le chapitre refusa d'accorder cette prébende, mais accepta de payer Gabriel Madier. Il y a eu alors deux écoles, une catholique avec Gabriel Madier comme recteur, l'autre protestante avec Antoine Destamples. Le triomphe de la Ligue catholique à Autun a fait disparaître l'école protestante. En 1573, maître Pierre Maney, bachelier en théologie, a succédé à Gabriel Madier comme principal du collège d'Autun et le parlement de Dijon décida en 1574 que la prébende laissée vacante par la mort de Jacques Charvot. Il est remplacé en 1577 par François Perrin, curé et poète, auteur de la comédie des Escoliers, mais il démissionna en 1580. Pour attirer un principal, la ville décida d'augmenter les subventions au collège. Claude Thouillier a succédé à François Perrin en 1580. En 1583, les magistrats de la ville ont acheté les bâtiments des écoles. En 1587, maître Nicolas Lallemaigne, prêtre, maître ès arts de la faculté de Paris est désigné principal du collège pour six années. Au terme du contrat, en 1593, Nicolas Lallemaigne est remplacé par François Perrin, chanoine de la cathédrale, qui avait déjà exercé cette fonction. Simon Naudot succède à François Perrin en 1595. Il a dû aller devant le parlement pour obtenir que le chapitre lui attribue les revenus d'une prébende. Des écoles libres s'étant ouvertes à Autun, il a demandé qu'elles soient ferméesAnatole de Charmasse, Les jésuites au collège d'Autun, ..
Collège des jésuites (1618-1763) Par son testament signé le à Messine, Antoine de la Croix, habitant d'Autun étant allé chercher fortune à l'étranger, a légué une somme de pour « dresser un collège de Jesuittes audict Ostun, en tant qu'il auroit pleu au roy nostre sire de les restablir en son royaulme, et à leur deffeult aux Capucins ». Quand le conseil de ville est avisé de ce legs, le , l'ordre des jésuites n'est pas autorisé dans le royaume. Seuls les capucins sont en mesure de réclamer ce legs. Pour obtenir que ce legs revienne à la ville d'Autun, les magistrats ont demandé au président Jeannin d'intervenir en leur faveur auprès du roi. Henri IV ayant rétabli l'ordre des jésuites en France par lettres patentes de , enregistrées au parlement de Paris le , les conditions du legs étaient respectées. Il va falloir quatorze ans pour que le collège des jésuites soit ouvert. Pendant ce temps, on constate que le collège de la ville n'a plus d'élèves en 1610.
Par lettres patentes données à Fontainebleau en , le roi autorise l'établissement d'un collège des jésuites à AutunAnatole de Charmasse, Les jésuites au collège d'Autun, . Le conseil de ville décida alors de demander aux jésuites à quelles conditions ils accepteraient de prendre en charge un collège à Autun. Pendant ce temps, le collège de la ville est toujours en fonction. En 1617, Hugues Jondot, principal du collège de la ville demande à être payé pour ses gages.
Le , Simon de Montaigu rend compte devant le conseil de ville des négociations qu'il a eues avec les jésuites, à Dijon, et des propositions faites par la ville d'une somme de par an pour l'établissement de quatre classes, l'usage de la maison du collège dans l'état où elle se trouve, de du legs d'Antoine de la Croix pour faire les réparations nécessaires, et de pour le mobilier. Dans les délibérations, le conseil de ville dut admettre qu'il avait seulement prises sur l'octroi du sel sur les demandées par les jésuites et qu'il était donc nécessaire de demander la substitution d'un octroi de 20 sols sur la sortie de chaque queue de vin à l'octroi de 5 sols sur chaque minot de sel. Les lettres patentes de 1613 n'étant pas encore enregistrées au parlement de Dijon, le conseil de ville décide d'y envoyer un émissaire le . Les lettres patentes sont enregistrées le mais en limitant le nombre de jésuites résidant à Autun à dix pour quatre classes de grammaire, sans qu'ils puissent lire la rhétorique, la philosophie, la théologie ou autre science, de façon à préserver la suprématie du collège de Dijon. La ville s'étant élevée contre les restrictions apportées aux lettres patentes de 1613, elle a obtenu des lettres de jussion le et le parlement a enregistré les lettres patentes sans restriction le .
Les jésuites ont commencé à enseigner dans l'antique collège de la rue Saint-Christophe le . Le collège dépend de la province de Champagne. Le premier recteur est le père Avit David.
Le conseil de ville s'est préoccupé d'assurer les moyens nécessaires au collège. Elle a obtenu la réunion au collège du prieuré Saint-Georges de CouchesAnatole de Charmasse, Les jésuites au collège d'Autun, .. En 1620, aux quatre chaires pour les classes d'humanités et de grammaire, s'est ajoutée une cinquième chaire pour la rhétorique. Le père Avit David est remplacé en 1621 par le père Philippe Plumeret, docteur en théologie. En 1632 est créée une chaire de philosophie. Le père Plumeret est remplacé en 1634 par le père Henry de Saint-Fray qui a créé une deuxième chaire de philosophie en 1639.
thumb|300px|Plan du collège jésuite d'Autun, publié dans Mémoires de la Société éduenne, tome 13, 1884.
Les jésuites, dès leur arrivée, ont jugé les bâtiments insuffisants et ont cherché à s'implanter ailleurs en achetant des maisons entre 1639 et 1709. Dès 1643, ils ont quitté l'ancien collège pour s'établir dans une maison qu'ils venaient d'acquérir. Ils ont aliéné l'ancien collège de la rue Saint-Christophe aux religieuses jacobines pour . Les jésuites ont fait construire une chapelle, bénite par l'évêque d'Autun le .
Dès l'acquisition de la dernière maison nécessaire à la construction du nouveau collège, le , les jésuites entreprirent la démolition des anciennes maisons. Le est posée la première pierre des nouveaux bâtimentsAnatole de Charmasse, Les jésuites au collège d'Autun, .. M. Leseure a écrit en 1789 : « On acheva en trois années les trois corps de bâtiments qu'on avait entrepris. Celui du fond de la cour, celui où se trouve aujourd'hui le réfectoire du pensionnat et celui où sont les cuisines. Toute cette construction coûta ». Une autre aile commencée en , terminée en , a coûté . Cette construction a été assumée entièrement par les jésuites.
thumb|left|180px|La nef et le chœur de l'église Notre-Dame de l'Assomption. C'est sous le père de Rosières, recteur du collège à partir de 1757, qu'a commencé la construction de l'église Notre-Dame du collège sur les plans de l'architecte Jean-Baptiste Caristie. La première pierre de l'église a été posée le . La cloche de l'église a été baptisée . Le gros œuvre de l'église était achevé en 1763 pour un coût de . À cette date paraît l'arrêt royal ordonnant la suppression des maisons et des collèges des jésuites en France. Les jésuites n'ont pas eu le temps de commencer la décoration intérieure de l'église.
L'édit royal de bannissement des jésuites de France est enregistré au parlement de Dijon le . Il est publié au bailliage d'Autun le .
Collège des oratoriens thumb|La grille de la cour d'honneur sur la place du Champ-de-Mars. thumb|Plaque rappelant les études menées dans ce lycée par trois des frères Bonaparte. Au départ des jésuites, la direction du collège a été confiée à des prêtres du diocèse et son administration à un bureau composé de notables de la ville. La première séance du bureau s'est tenue le .
La bénédiction de la chapelle a lieu le . Les décorations intérieures de la chapelle sont décidées en 1772. Les tableaux représentant les mystères de la Vierge ont été peints par Étienne-Guy Charton, peintre autunois, élève d'Oudry, mort à Autun le . Les statues sont du sieur Marlet, sculpteur de Dijon. La grille de fer forgé fermant la cour d'honneur de de longueur et de de hauteur a été commandée au sieur Moine, serrurier à BeauneAnatole de Charmasse, Les jésuites au collège d'Autun, .
La direction de l'école par les prêtres du diocèse a pris fin en 1786. À cette date, l'évêque d'Autun, de Marbeuf, avec l'accord du bureau d'administration, a confié le collège aux pères de l'Oratoire et a obtenu les lettres patentes autorisant ce transfert le . Ils y sont restés jusqu'en . Le , l'évêque d'Autun a érigé en paroisse le collège pour tous les élèves, internes et externes, et tous les domestiques de la maison.