droite|vignette|300x300px| Tourbière de Viru dans le parc national de Lahemaa. Les aires protégées d'Estonie se composent de parcs nationaux (Rahvuspark), de réserves naturelles (Looduskaitseala) et de parcs naturels (Maastikukaitseala). Les aires protégées d'Estonie sont régies par la loi sur la conservation de la nature (Looduskaitseseadus), qui a été adoptée par le Parlement estonien le et est entrée en vigueur le .
L'Estonie compte cinq parcs nationaux, 167 réserves naturelles et 152 parcs naturels. En outre, il existe 116 zones protégées avec un ancien régime de protection issu du droit soviétique et 537 parcs. Cinq aires protégées soviétiques étaient à but scientifique, anciennement nommées zapovedniks : Vilsandi, Viidumäe, Endla, Nigula et Matsalu. Au total, 18,1 % du pays est constitué de zones naturelles protégées, le comté de Lääne ayant le pourcentage le plus élevé (32 %) et le comté de Põlva le pourcentage le plus faible d'aires protégées, avec environ 9 %.
Parcs nationaux
Les parcs nationaux d'Estonie sont un ensemble de cinq parcs nationaux situés en Estonie. Le premier parc, le parc national de Lahemaa est établi en 1971, et fut donc le premier parc national de toute l'URSS. Nom (français) Nom (estonien) Emplacement Fondé en Superficie (km²) Coordonnées Parc national de Karula Karula rahvuspark Comté de Võru, paroisse de Rõuge, Vana-Roosa 1979 Lahemaa rahvuspark Comté de Harju, paroisse de Kuusalu, Valgejõe 1971 Parc national de Matsalu Matsalu rahvuspark Comté de Pärnu, paroisse de Lääneranna, Kelu 1957 Parc national de Soomaa Soomaa rahvuspark Comté de Viljandi, paroisse de Põhja-Sakala, Metsküla 1957 Parc national de Vilsandi Vilsandi rahvuspark Comté de Saare, paroisse de Saaremaa, Rootsiküla 1937
Réserves naturelles Liste des 167 réserves naturelles d'Estonie :