La franc-maçonnerie sous le Second Empire se retrouve sous la tutelle du pouvoir de l'Empire autoritaire de Napoléon III. Le Second Empire assimile la franc-maçonnerie, et les francs-maçons en général, à une menace et vise soit à la contrôler soit à la faire disparaître. Refusant de se soumettre au pouvoir impérial, des francs-maçons font le choix de l'exil et s'embarquent pour l'Angleterre. Pour subsister, le Grand Orient de France, principale obédience maçonnique, et la franc-maçonnerie française en général se doivent d'accepter de grandes concessions. Pour éviter la dissolution, ils optent pour la solution des chargés d'en prendre la grande maîtrise. La période autoritaire voit l'interdiction des débats politiques, un effacement et une réduction des loges, soumises à une faiblesse des effectifs, avant de connaître de nouvelles dynamiques et un nouvel essor lors de la période libérale du Second Empire.
Durant la guerre de 1870, les obédiences ne soutiennent pas la politique impériale et sont plutôt pacifistes. Après la défaite de Sedan et la proclamation de la République, elles appellent à la lutte contre les armées prussiennes et rompent leurs relations avec la franc-maçonnerie allemande. En 1871, si les obédiences se tiennent à l'écart de la Commune de Paris, une partie des francs-maçons s'engagent ouvertement dans les rangs fédérés, une autre partie appelle à la conciliation pour éviter l'affrontement.
La franc-maçonnerie française fait montre d'habileté pour s'adapter aux contraintes du pouvoir impérial. Cependant, elle est aussi fragmentée, avec des conflits et des dissensions entre loges et entre obédiences, parfois entre générations de francs-maçons, qui se focalisent sur la durée des présidences de loges souvent très longues, ou avec des conflits d’ordre politique entre républicains et anti-républicains. Un courant anticlérical né à la Restauration s'installe sûrement pendant toute cette période. Malgré cette fragmentation, la souplesse des institutions maçonniques et la capacité à s'adapter tant au niveau national que local permettent à la franc-maçonnerie en France de se maintenir au travers d'institutions suffisamment malléables pour s’accommoder de tous les régimes.
Lors de cette période charnière, la franc-maçonnerie française s'engage plus ouvertement dans le débat sociétal. Le Grand Orient de France, tout en restant un ordre initiatique, évolue vers une société philosophique et politique, ayant adopté pour devise le triptyque républicain , préfigurant son engagement dans la société et son action politique durant la Troisième République.
Paysage maçonnique thumb|upright|Louis-Napoléon Bonaparte en 1852.|alt=photo en noir et blanc d'un homme assis dans un fauteuil.
L'élection de Louis-Napoléon Bonaparte, servie par la victoire des partis conservateurs du , propulse une grande partie des francs-maçons dans l'opposition et parfois dans la clandestinité. Le coup d'État du 2 décembre 1851 réduit les républicains des loges maçonniques au silence. Les membres les plus vindicatifs sont arrêtés ou déportés, d'autres sont proscrits ou font le choix de s'exiler en Angleterre.
Le Grand Orient de France (GODF), principale obédience maçonnique française, est déjà en cours de mutation sociologique durant les années qui précèdent le coup d'État. Les nouveaux membres sont souvent proches des courants positivistes ; ils rejoignent d'autres membres saint-simoniens, adeptes du fouriérisme ou encore proudhoniens. Ce mélange de courants libéraux et d'utopie socialiste est muselé pendant l'époque impériale, mais anime une forme de rébellion républicaine au sein de l'ordre maçonnique. Les loges de province sont les plus pénalisées par le nouveau régime ; au cours des années de la période autoritaire, plus de la moitié sont démolies. Les loges parisiennes connaissent aussi une forte réduction bien qu'au même moment se créent des loges proches du pouvoir comme celles aux noms évocateurs de ou de , qui vont réunir les élites et les proches du régime. Toutefois, le brassage de membres issus de milieux divers, où les métiers de l’artisanat et du commerce sont majoritaires, est le germe d'un courant hostile au grand-maître et d'une tendance qui travaille à la chute d'un qu'elle considère comme imposé par le pouvoir.
Le Suprême Conseil de France, seconde obédience française, qui pratique le Rite écossais ancien et accepté, fait état d'un nombre de loges inférieur ; il est très peu implanté en province, mais partage avec le Grand Orient un esprit libéral en ayant cependant un fonctionnement très hiérarchisé et moins démocratique. Il perd une partie de ses loges, les plus progressistes, après s'être abstenu de soutenir l’avènement de la Deuxième République en 1848. En résistant aux injonctions du pouvoir durant la période autoritaire, ces loges évoluent dans le même sens que celles du Grand Orient durant la période libérale. thumb|upright|Léon Richer, franc-maçon et un des fondateurs du féminisme.|alt=Portait en noir et blanc d'un des fondateurs du féminisme, Léon Richer. Le paysage maçonnique sous le Second Empire laisse également apparaitre une franc-maçonnerie mixte qui se maintient au travers de quelques loges ou initiatives. La Grande Loge d'adoption de l'obédience de Misraïm compte ainsi une trentaine de membres au début de l'Empire et pratique une maçonnerie d'adoption. En outre, Luc-Pierre Richard-Gardon fonde le organisme paramaçonnique mixte pratiquant également un rite d'adoption et qui accueille plusieurs personnalités féminines de la bourgeoisie, souvent cultivées et féministes. Des loges et des francs-maçons soutiennent l'affiliation des femmes dans les obédiences maçonniques, mais ces positions ne sont pas soutenues et font l'objet de remontrances. Dans le même temps, les questions sur les droits des femmes principalement dans le cadre familial, font partie des débats au sein des loges : des francs-maçons comme Léon Richer, Jules Simon et Eugène Pelletan militent ouvertement pour un accroissement des droits et une amélioration de la condition des femmes dans la société.
De 1860 à 1870, le Second Empire continue l'expansion coloniale de la France et les loges maçonniques suivent l'installation des colons. En Algérie, la franc-maçonnerie est déjà présente depuis 1831, avec les loges et à Alger. Elles sont essentiellement composées d'officiers de l'armée coloniale. La loge compte plus de 120 membres en 1860 ; elle essaime plusieurs fois et crée de nombreux ateliers dans le pays. Après le coup d'État, en 1852, une dizaine de loges comptent environ . L'implantation maçonnique reste toutefois marginale au regard d'une population de deux millions et demi d’Algériens et de . De 1852 à 1870, le nombre de loges du Grand Orient de France en Algérie ne dépasse pas la douzaine et, à l'instar des loges métropolitaines, elles voient progresser les idées libérales et l’anticléricalisme envers toutes les religions. Le Maroc et la Tunisie voient aussi l'arrivée de loges sur leur territoire à partir des années 1860 dans le même cadre et selon la même sociologie. Comme en Algérie, colons et militaires ne facilitent pas l'entrée en franc-maçonnerie aux musulmans et aux Juifs.
Si la franc-maçonnerie française fait état d'une forme d'adaptabilité durant la période impériale en passant d'un grand maître du Grand Orient de France bonapartiste, en la personne de Lucien Murat en 1852, cousin de l'empereur, homme autoritaire et de religion, qui démolit sans hésiter une partie des loges républicaines, au journaliste Léonide Babaud-Laribière, élu comme grand maître en 1870, laïque et républicain avéré, c'est principalement dû à l'évolution politique et sociale des obédiences françaises entre 1851 et 1870. Malgré cette faculté de s'adapter, la franc-maçonnerie est aussi fragmentée, avec des conflits et des dissensions entre loges et entre obédiences, parfois entre générations de francs-maçons qui se focalisent sur la durée des présidences de loges souvent très longue sous le Second Empire. Une autre source de conflit est d'ordre politique entre républicains et anti-républicains, fréquemment bonapartistes, conservateurs ou plus rarement monarchistes. Malgré cette fragmentation, la souplesse de l'institution maçonnique et sa capacité à s'adapter tant au niveau national que local vont lui permettre de se maintenir au travers d'institutions suffisamment malléables pour traverser cette période en continuant son évolution ..
Historique des obédiences Grand Orient de France thumb|upright|Marie-Auguste Desanlis, grand-maître du Grand Orient à l'avènement du Second Empire.|alt=Portrait en noir et blanc d'un dignitaire franc-maçon. Lors de l’avènement du Second Empire et de Napoléon III le , le Grand Orient de France est dépourvu de grand-maître : Joseph Bonaparte, élu à ce poste le , meurt en 1844 sans avoir rendu sa charge, alors que la vacance de la fonction est constatée depuis 1815, date de son départ en exil. Une élection est toutefois prévue en , après la démission de Marie-Auguste Desanlis. Esprit-Eugène Hubert, nouveau secrétaire du GODF est averti par un membre de sa famille, François Certain de Canrobert, que tous les maçons risquent l'arrestation s'ils se rassemblent pour cette élection. Le préfet de police transmet au GODF l'ordre de suspendre les réunions des loges maçonniques jusqu'au . Dans le même temps, une campagne antimaçonnique se déploie dans le pays. Considérée comme une menace par le pouvoir, la franc-maçonnerie se doit, comme par le passé, d'accepter des concessions pour éviter la dissolution. Plusieurs dignitaires, dont Adolphe Perier secrétaire général, neveu de Casimir Perier, proposent de se tourner vers la solution du . L'accord se fait sur la personne du prince Lucien Murat, initié en Autriche en 1821.
1852 - 1862 : grande maîtrise du prince Murat thumb|upright|Lucien Murat, grand-maître de 1852 à 1862.|alt=Photo en pied et noir et blanc du Prince Murat. Plus subie que choisie, l'élection de Lucien Murat à la grande-maîtrise est accueillie avec circonspection par les francs-maçons du Grand Orient de France. Le conseil de l'ordre et le convent maçonnique du approuvent ce choix , 27 membres opposants à cette nomination forcée ayant quitté l'assemblée avant le vote. Le il est installé grand-maître de l'Ordre maçonnique en France ; le 27, il est élevé du au et dernier degré du Rite écossais ancien et accepté.
Malgré cette nomination, une centaine de loges sont suspendues dans l'année 1852. Les premières initiatives de Lucien Murat ne sont pas largement acceptées : le renvoi du secrétaire Eugène Hubert très apprécié au sein de l'ordre, l'achat de l’hôtel de Richelieu à la rue Cadet en pour la somme de , qui risque de peser lourdement sur les finances, ainsi que la confirmation de son autoritarisme poussent de nombreux membres à s'en tenir à la réserve la plus élémentaire. En 1853, il prend diverses mesures qui visent à renforcer son pouvoir et, en 1854, un convent dote l'obédience d'une dont l'article premier, largement revu, impose pour base et lui accorde de vastes pouvoirs. Cette mise sous tutelle tant fonctionnelle que dogmatique entraîne la chute du nombre de loges : de 327 en 1853, le Grand Orient n'en compte plus que 167 en 1858. Conséquence du césarisme du grand-maître, plusieurs dizaines d'ateliers maçonniques réfractaires à cette soumission au gouvernement cessent de cotiser et se voient suspendus par le conseil du grand-maître.