Pendant la dynastie Qing (1644-1911), les dirigeants de la Chine sont des mandchous, et non des Han, et sont donc eux-mêmes une minorité en Chine. La dynastie Qing est témoin de cinq rébellions musulmanes ; la première et la dernière étant provoquées par des luttes intestines sectaires entre des ordres musulmans soufis rivaux.

Révoltes anti-Qing

Loyalistes Ming Musulmans

Lorsque la dynastie Qing envahi le territoire de la dynastie Ming en 1644, les loyalistes Ming du Gansu dirigés par les chefs musulmans Milayin et Ding Guodong déclenchent en 1646 une révolte contre les envahisseurs mandchous afin de les chasser et de faire monter Yanchang Zhu, le prince Ming du Sichuan, sur le trône en tant qu'empereur. Les loyalistes musulmans Ming sont soutenus par le sultan Sa'id Baba de Hami et son fils, le prince Turumtay. Ces révoltés musulmans sont rapidement rejoints par des Tibétains et des Chinois dans leur lutte contre les Qing. Après des combats acharnés et des négociations, un accord de paix est conclu en 1649. Milayan et Ding s'engagent nominalement à prêter allégeance aux Qing et reçoivent des titres en tant de membres de l'armée des Qing. Mais lorsque d'autres loyalistes affiliés aux Ming du sud reprennent le combat et que les Qing sont contraints de retirer leurs forces du Gansu pour les contrer, Milayan et Ding prennent de nouveau les armes et se rebellent contre les Mandchous. Les loyalistes musulmans Ming sont alors écrasés par les Qing et d'entre eux, dont Milayin, Ding Guodong et Turumtay, sont tués au combat.

Ma Zhu (1640-1710), un savant musulman et confucéen qui fait partie du peuple Hui, lutte aux côtés des loyalistes Ming du sud contre les Qing. Zhu Yu'ai, le prince Ming de Gui, est accompagné de réfugiés Hui lorsqu'il s'enfuit de la province du Huguang pour rejoindre la frontière birmane en passant par la province du Yunnan. En signe de défi contre les Qing et de loyauté envers les Ming, ils ont changé leur nom de famille en Ming.

Premières révoltes au Xinjiang, Shaanxi et Gansu

De 1755 à 1757, l'empereur Qianlong est en guerre contre le Khanat dzoungar, qui se trouve à la frontière nord-ouest de la Chine. Après leur victoire et la conquête de la Dzoungarie, les Qing tentent de diviser la région du Xinjiang en quatre sous-Khanats, chacun étant dirigé par un Khan subordonné à l'empereur. De même, les Qing choisissent des membres du clan Ak Taghliq, des Khojas du Turkestan oriental, pour devenir les souverains du bassin du Tarim, au sud des monts Tian Shan. Malgré cette volonté de s'appuyer sur des pouvoirs locaux, en 1758-59 des rébellions éclatent au nord et au sud des monts Tian Shan ; elles sont suivies, en 1765, d'un soulèvement dans l'oasis d'Ush, au sud du Lac Balkhach.

La rébellion d'Ush qui éclate en 1765 est la conséquence directe de l'action des pouvoirs locaux. Les premières années qui suivent la conquête, les fonctionnaires locaux nommés par les Qing, dont 'Abd Allah, le Hakim Beg de Ush, utilisent leur position pour extorquer de l'argent à la population locale. À cette époque également, le surintendant des Qing, Sucheng, et son fils enlèvent des femmes musulmanes et les gardent en captivité pendant des mois, au cours desquels elles sont victimes de viols collectifs. Ces abus de pouvoirs irritent tellement la population musulmane locale qu'il a été rapporté que "les musulmans de Ush ont longtemps voulu dormir sur leurs peaux (de Sucheng et de son fils) et manger leur chair".

En conséquence, en 1765, lorsque Sucheng réquisitionne pour apporter des "cadeaux officiels" (l'équivalent d'un tribut versé au pouvoir central par les autorités locales) à Pékin, les esclaves porteurs et les habitants de la ville se révoltent. Abd Allah, Sucheng, les troupes de la garnison Qing de la ville et d'autres fonctionnaires Qing, sont massacrés et les rebelles s'emparent de la forteresse Qing. En réponse à la révolte, le pouvoir central envoie sur place une armée qui reprend la ville et assiège les rebelles dans le fort pendant plusieurs mois jusqu'à ce qu'ils se rendent. Les Qing exercent ensuite de cruelles représailles contre les rebelles en exécutant plus de et en exilant quelque Millward, Beyond the Pass, Newby, Wang,

En 1781, éclate au Gansu la révolte des Jahriyya, qui naît de la multiplication des violences entre deux confréries soufies appartenant à la tariqa Naqshbandiyya : les Jahriyya et leurs rivaux, les Khafiyya. À ceci se rajoute la mauvaise gestion, la corruption et l'attitude antimusulmane des responsables locaux Qing qui exacerbe les tensions locales. La révolte éclate lorsque Ma Mingxin, le fondateur de la confrérie Jahriyya, est arrêté pour mettre fin aux violences entre les sectes soufies. Ses fidèles tentent de le libérer de force, ce qui provoque son exécution immédiate. Les Jahriyya se révoltent alors, et sont rejoints dans leur lutte par des Chinois, des Hui et des Dongxiang. Mais ils sont rapidement écrasés par les troupes Qing, qui bénéficient de l'aide des Khafiyya, ainsi que d'autres membres des communautés Hui et Dongxiang. Les Jahriyya se révoltent à nouveau en 1784, mais sans plus de réussite qu'en 1781.

Une nouvelle révolte éclate au début du XIXéme siècle dans la Kasgharie, et, comme celle de 1765, elle a lieu à la suite d'une recrudescence de sentiment anti-mandchou. Là aussi, on trouve une affaire de viol perpétré par un autre fonctionnaire mandchou, Binjing, qui, entre 1818 et 1820 agresse sexuellement la fille de Kokan aqsaqal, un politicien et membre éminent de la communauté musulmane locale. Les Qing cherchent alors à dissimuler les affaires de viol de femmes ouïgoures, afin d'éviter la propagation d'un sentiment anti-Mandchous au sein de la population locale. Cette politique est un échec, car la haine des Qing se répand dans la population et, en 1820, Jāhangīr Khoja, un membre de la branche "Āfāqī" des Khoja, lance une guerre sainte contre les QingKim, .. Au début, il ne rencontre guère de succès Levi, ., mais en 1825, Jāhangīr et sa petite troupe tendent une embuscade à un petit détachement chinois, dont la plupart des membres sont tués. Cette petite victoire incite les membres des tribus locales à se rallier aux troupes de Jāhangīr, qui se sent assez fort pour attaquer la ville de Kachgar en 1826. Il réussit à prendre la cité et fait exécuter le gouverneur local. Les troupes chinoises affectées à la protection de cette zone sont trop faibles pour arrêter l'attaque, qui se transforme en révolte générale dans les villes de Yangihissar, Yarkand et Khotan, où des civils chinois sont massacrésTyler, .Kim, .. Pendant ce temps, Jāhangīr assiège la forteresse de Gulbagh avec l'aide de Madali Khan, le dirigeant du Khanat de Kokand, qui prend personnellement le commandement d'une armée de pour venir aider les révoltés. Après être resté , le Khan rentre chez lui en laissant une partie de ses troupes sous le commandement de Jāhangīr. Le , après que les soldats Qing aient épuisé leurs réserves de nourriture, la forteresse de Gulbagh se rend à Jāhangīr.

Le pouvoir central riposte au printemps 1827, en envoyant un corps expéditionnaire de plus de combattre les Āfāqī Khoja et à la fin du mois de mars, ils ont récupéré tous les territoires perdus. Jāhangīr est capturé et emmené à Pékin où il est exécuté. Les Qing ont bénéficié de soutiens locaux dans leur lutte contre les Āfāqī Khoja. Tout d'abord celui des marchands Hui ainsi que des Ishāqi Khojas, les rivaux des Āfāqī qui s'opposent à la "débauche" et au "pillage" des troupes de JāhangīrMillward, Beyond the Pass, p. 171f.Newby, .Kim, .. Ils bénéficient également de l'aide des Dounganes, qui rejoignent les rangs de l'Armée de l'Étendard Vert et de la milice marchande qui défend Kashghar et YarkandCrossley, ..

Pour protéger et défendre l'Altishahr contre de futures attaques, les Qing augmentent le nombre de soldats stationnés dans la région, reconstruisent les villes les plus à l'ouest et érigent des fortifications plus solides. Quant au Khanat de Kokand, il subit de lourdes sanctions commerciales, pour le punir d'avoir participé à la guerre sainte et pour avoir permis aux Āfāqī de se réfugier à KhokandLevi, ..

Ces efforts sont inutiles, car dès l'année suivante, Yousouf Khoja, le frère aîné de Jāhangīr Khoja, reprend le combat, mais sans aide directe de Madali Khan, qui laisse ses généraux aider les révoltés sans pour autant les soutenir officiellement. Comme son frère avant lui, Yousouf s'empare de Kachgar en , puis, laissant ses alliés Kokandiens assiéger la forteresse de Gulbagh, il part avec le gros des troupes essayer de s'emparer de YarkandLevi, .Kim, .. Là, il est repoussé par les défenseurs de la ville qui refusent de sortir, préférant rester à l’abri des fortifications et pilonner à distance les rebelles avec leur artillerieMillward, Beyond the Pass, p. 224f.. Incapable de s'étendre en réalisant de nouvelles conquêtes et ne bénéficiant d'aucune aide ni d'aucun renfort de la part des populations locales, la révolte de Yousouf et de ses alliés s'enlise. Tout prend fin lorsqu'une armée de Qing arrive sur place pour mater la révolte et à la fin du mois de , Yousouf et ce qu'il reste de ses hommes sont obligés de se replier à KokandLevi, ..

Prenant note de l'échec de leur politique de sanctions commerciales contre les autorités du Khanat voisin, les Qing signent un traité avec eux en 1832. Il permet de normaliser les relations diplomatiques entre les deux pays via une amnistie générale des partisans de la guerre sainte, des compensations financières pour compenser les pertes des marchands de Kokand, la levée des sanctions et la mise en place de taxes et tarifs préférentiels pour les marchandises venant de KokandKim, ..

La dernière révolte des Khoja a lieu sous le règne de Wali Khan, un dirigeant connu pour ses excès en tout genre et l'assassinat du célèbre explorateur allemand, Adolf von Schlagintweit. Wali Khan s'empare de la ville de Kachgar en 1857. Durant la période où il a le contrôle de la ville, outre son exécution de l'européen, la population locale est victime de nombreuses exactions. Ces violences donnent naissance à des légendes locales ; dont celle voulant qu'il ait tué tant de musulmans innocents, que quatre ou six minarets auraient été construits à partir des crânes des victimes (kala minara). Son règne prend fin lorsque, quatre mois après la prise de la ville, il est vaincu par les troupes Qing et est forcé de s'enfuir à nouveau à Kokand.

Révolte des Panthay

vignette|drapeau de la révolte des Panthay. La révolte des Panthay dure de 1855 à 1873 et a lieu principalement dans la province du Yunnan, au sud-ouest du pays.

Cette révolte trouve ses racines dans la discrimination exercée par l'administration impériale chinoise à l'encontre des Hui. Même si tout commence à la suite d'un conflit entre des mineurs d'étain Han et Hui en 1853, les tensions entre les deux communautés existent depuis des décennies lorsqu'il survient. C'est ainsi qu'en 1845 a lieu un massacre de Hui par les responsables Han et Qing, qui dure trois jours. Le conflit entre les mineurs n'est donc que l'étincelle qui met le feu aux poudres.