Cette chronologie des extinctions rend compte des espèces qui se sont éteintes au fil du temps durant l'Holocène, époque qui commence il y a environ , avec la fin de la dernière glaciation (dite de Würm-Wisconsin) et le début du réchauffement climatique. Certains auteurs font commencer l'Holocène il y a .

L'activité humaine et le changement climatique sont considérés comme des facteurs expliquant l'extinction des espèces, mais l'importance relative de ces facteurs est sujette à débat. L'établissement de la chronologie des extinctions permet de mieux identifier les corrélations entre les extinctions d'espèces et leurs causes les plus immédiates. Jusqu'aux années 2010, les études scientifiques étaient centrées sur la chronologie des extinctions d'un petit nombre d'espèces dans des zones géographiques restreintes. De nouvelles études macroscopiques ont vu le jour récemment proposant des analyses mondiales qui prennent en compte un grand nombre d'espèces.

Il est souvent difficile de déterminer avec exactitude le moment où une espèce est éteinte : les données fossiles dépendent des conditions de préservation plus ou moins favorables, et des efforts entrepris pour récolter les restes, elles sont donc nécessairement incomplètes. Selon les paléontologues, le dernier enregistrement fossile précède le moment véritable de l'extinction de l'espèce (c'est l'effet Signor-Lipps). Ainsi une marge d'erreur existe dans ce domaine.

Ce qui suit est une liste sélective d'un nombre réduit d'espèces éteintes bien connues de l'histoire récente, principalement de mammifères. Les scientifiques pensent que la grande majorité des extinctions n'est pas documentée. Selon les mesures fondées sur la , le taux d'extinction actuel atteindrait jusqu'à par anS.L. Pimm, G.J. Russell, J.L. Gittleman and T.M. Brooks, The Future of Biodiversity, Science 269: 347–350 (1995). Voir Extinction de l'Holocène pour plus d'informations.

Pour un classement par espèces (non chronologique) voir les Listes des espèces disparues.

millénaire avant l'ère commune vers 9950 avant notre ère - Cuvieronius humboldti , de la famille des gomphothères (mammifères semblables à des éléphants) a survécu au Chili jusqu'à cette date environ. thumb|Reconstitution d'Arctodus simus, très grand ours d'une tonne vers 9680 avant notre ère - Le bovidé Euceratherium collinum a survécu dans l'Utah jusqu'à cette époque. vers 9650 avant notre ère - L'ours Arctotherium tarijense a survécu en Uruguay jusqu'à cette date environ. vers 9530 avant notre ère - L'ours à face courte Arctodus simus a survécu en Ohio jusqu'à cette date environ. vers 9400 avant notre ère - Le canidé corse et sarde Dhole de Sardaigne, Cynotherium sardous, a survécu jusqu'à cette date environ. vers 9390 avant notre ère - Le paresseux terrestre Eremotherium laurillardi a survécu au Brésil jusqu'à cette époque. vers 9380 avant notre ère - Stockoceros a survécu au Nouveau-Mexique jusqu'à cette époque. Le cheval mexicain Equus conversidens a survécu en Alberta jusqu'à cette date environ. vers 9220 avant notre ère - Le mammifère Capromeryx de la famille des Antilocapridés a survécu au Nouveau-Mexique jusqu'à cette époque, Equus scotti a survécu jusqu'à cette date environ. vers 9180 avant notre ère - Bison antiquus a survécu en Alberta jusqu'à cette date environ. vers 9150 avant notre ère - Le bœuf musqué des bois Symbos a survécu au Michigan jusqu'à cette date environ. vers 9135 avant notre ère - Le jaguar Panthera onca mesembrina a survécu jusqu'à cette date environ. vers 9110 avant notre ère - Le pécari à tête plate Platygonus compressus a survécu en Ohio jusqu'à cette date environ. vers 9090 avant notre ère - Le paresseux terrestre Scelidotherium, de la famille des Mylodontidae, et le gomphothère Stegomastodon ont survécu au Brésil jusqu'à cette date environ. vers 9080 avant notre ère - Le Mammouth nain a survécu sur l'île Santa Rosa, en Californie, jusqu'à cette époque. vers 9030 avant notre ère - Le bœuf musqué casqué Bootherium bombifrons a survécu en Alberta jusqu'à cette date environ.

millénaire avant l'ère commune thumb|Le tatou géant Glyptodon (2 tonnes) vers 8920 avant notre ère - La chèvre a survécu en Arizona jusqu'à cette date environ. vers 8735 avant notre ère - Le petit cheval Hippidion saldiasi a survécu au Chili jusqu'à cette date environ. vers 8445 avant notre ère - Le mastodonte Mammut a survécu dans le Michigan jusqu'à cette date environ. vers 8420 avant notre ère - Le lion d'Amérique Panthera leo atrox et la marte Martes nobilis ont survécu jusqu'à cette date environ. vers 8280 avant notre ère - Le castor géant Castoroides et le cerf-orignal Cervalces ont survécu en Ohio jusqu'à cette date environ. vers 8240 avant notre ère - Le tatou géant Glyptodon et le « faux hippopotame » Toxodon ont survécu en Argentine jusqu'à cette date environ.

millénaire avant l'ère commune vers 7930 avant notre ère - La pampathere (proche des tatous) a survécu en Floride jusqu'à cette date environ de même que le paresseux terrestre Glossotherium, le tapir Tapirus veroensis et le camélidé (lama à grandes pattes). thumb|Deux sous-espèces du loup sinistre Canis dirus vers 7890 avant notre ère - Le spécimen du paresseux Nothrotheriops shastensis extrait d'un tunnel de lave au , avec un pelage bien préservé, indique que l'espèce a survécu au Nouveau-Mexique jusqu'à cette époque. vers 7630 avant notre ère - Le paresseux terrestre Catonyx cuvieri a survécu au Brésil jusqu'à cette époque. vers 7490 avant notre ère - Le paresseux géant d'Amérique du Nord Megalonyx jeffersonii a survécu jusqu'à cette date environ. vers 7470 avant notre ère - L'éléphant nain de Chypre s'est éteint à cette époque. vers 7460 avant notre ère - Le pécari Mylohyus a survécu dans le Tennessee jusqu'à cette époque. Smilodon fatalis a survécu jusqu'à cette date environ. vers 7450 avant notre ère - Le loup sinistre Canis dirus a survécu au Missouri jusqu'à cette date environ. Son extinction a probablement été causée par la compétition avec Canis lupus, le loup gris. vers 7290 avant notre ère - L'hippopotame nain de Chypre s'est éteint à peu près à cette époque. vers 7180 avant notre ère - Le Smilodon populator a survécu au Brésil jusqu'à cette date environ.

millénaire avant l'ère commune thumb|Camelops hesternus, 800 kg vers 6960 avant notre ère - Le paresseux chiliensis a survécu au Pérou jusqu'à cette date environ. vers 6910 avant notre ère - Le bison des steppes Bison priscus a survécu dans la péninsule de Taymyr jusqu'à cette époque. vers 6730 avant notre ère - Mammouth de Colomb (Mammuthus columbi) a survécu en Saskatchewan jusqu'à cette date environ. Le grand cheval a survécu en Équateur jusqu'à cette date environ ; la chasse excessive dont il a été victime a probablement entraîné son extinction. vers 6720 avant notre ère - Le , une espèce d'Ochotona proche des lièvres, a survécu dans l'est de l'Amérique du Nord jusqu'à cette époque. vers 6689 avant notre ère - Mylodon, proche du paresseux, a survécu au Chili jusqu'à cette date environ. vers 6577 avant notre ère - Le camélidé proche du lama a survécu au Nevada jusqu'à cette date environ. vers 6290 avant notre ère - Le chameau Camelops a survécu en Arizona jusqu'à cette époque. vers 6050 avant notre ère - Le grand bovidé Megalotragus priscus a survécu en Afrique du Sud jusqu'à cette date environ.

millénaire avant l'ère commune thumb|Megatherium americanum, paresseux géant (4 tonnes) vers 5914 avant notre ère - L'engoulevent pauraqué de Cuba, , a survécu jusqu'à cette date environ. vers 5620 avant notre ère - L'antilope a survécu en Afrique du Sud jusqu'à cette date environ. vers 5370 avant notre ère - Le célèbre paresseux géant Megatherium americanum, un des plus grands mammifères terrestres connus, qui pouvait peser jusqu'à 4 tonnes et mesurer 6 m de longueur de la tête à la queue, a survécu en Argentine jusqu'à cette date environ. vers 5020 avant notre ère - Le cerf géant sarde cazioti a survécu jusqu'à cette époque.

millénaire avant l'ère commune

vers 4950 avant notre ère - Les marsupiaux Dactylopsila kambuaya et Petauroides ayamaruensis ont survécu en Nouvelle-Guinée jusqu'à cette date environ. vers 4866 avant notre ère - Le grand cerf Megaloceros giganteus a survécu dans l'Oural et la Sibérie occidentale jusqu'à cette époque. vers 4605 avant notre ère - Le tatou géant glyptodonte Doedicurus clavicaudatus a survécu en Argentine jusqu'à cette date environ. vers 4180 avant notre ère - L'oiseau Rallus eivissensis a survécu à Ibiza jusqu'à cette époque.

millénaire avant l'ère commune

vers 3010 avant notre ère - Le paresseux Parocnus browni de la famille des a survécu à Cuba jusqu'à cette date environ.

millénaire avant l'ère commune thumb|Le buffle africain Pelorovis antiquus vers 2915 avant notre ère - Le canidé Dusicyon avus a survécu en Argentine jusqu'à cette date environ. vers 2835 avant notre ère - La chèvre des cavernes des îles Baléares s'est éteinte à cette époque. vers 2765 avant notre ère - Le buffle d'Afrique du Nord Pelorovis antiquus a survécu jusqu'à cette époque. Son extinction peut avoir été causée par la compétition pour la nourriture et l'eau avec les bovins domestiques. vers 2550 avant notre ère - Le héron Bennu s'est éteint à cette époque, probablement en raison de la dégradation de son habitat en zone humide. Il a été identifié pour la dernière fois dans la péninsule arabique. vers 2441 avant notre ère - Le paresseux Neocnus survit en Haïti jusqu'à cette époque. vers 2240 avant notre ère - Le paresseux géant Megalocnus rodens, et l'oiseau de la famille des Rallidés ont survécu à Cuba jusqu'à cette époque.

millénaire avant l'ère commune

vers 1780 avant notre ère - La dernière population connue de mammouths laineux sur l'île Wrangel s'est éteinte, peut-être en raison d'une conjonction de changements climatiques et de chasse excessive. vers 1520 avant notre ère - L'oiseau géant inapte au vol Sylviornis neocaledoniae a survécu en Nouvelle-Calédonie jusqu'à cette époque. vers 1380 avant notre ère - Le paresseux Acratocnus odontrigonus, anciennement habitant à Porto Rico et à Antigua, a survécu jusqu'à cette date environ. vers 1300 avant notre ère - Le petit marsupial Thylogale christenseni a survécu en Nouvelle-Guinée jusqu'à cette date environ.

millénaire avant l'ère commune thumb|Vision d'artiste d'Archaeolemur edwardsi vers 790 avant notre ère - L'oiseau mégapode Megapodius alimentum a survécu aux Tonga jusqu'à cette date environ. vers 530 avant notre ère - Microgale macpheei , semblable à une musaraigne, a survécu à Madagascar jusqu'à cette date environ. vers 457 avant notre ère - Le rongeur Elasmodontomys obliquus a survécu à Porto Rico jusqu'à cette date environ. vers 450 avant notre ère - La musaraigne Crocidura balsamifera a survécu en Égypte jusqu'à cette date environ. vers 341 avant notre ère - Le primate Archaeoindris fontoynonti a survécu à Madagascar jusqu'à cette date environ. vers 195 avant notre ère - Le singe de Jamaïque a survécu jusqu'à cette date environ . vers 110 avant notre ère - Le primate Archaeolemur edwardsi a survécu à Madagascar jusqu'à cette date environ. vers 100 avant notre ère - L'éléphant d'Asie Elephas maximus asurus s'éteint en raison d'une chasse excessive à l'ivoire. vers 30 avant notre ère - L'oiseau Coua primaeva a survécu à Madagascar jusqu'à cette date environ. thumb|Apteribis millénaire de l'ère commune

vers 100 - Les oiseaux du genre Apteribis des hautes terres de Maui ont survécu à Maui jusqu'à cette date environ.

vers 200 - Le pigeon Kanaka, la gallinule de Nouvelle-Calédonie, l'oiseau mégapode molistructor et l'Accipiter efficax (une espèce d'aigle)Christophe Sand, Lapita calédonien: Archéologie d’un premier peuplement insulaire océanien, p.286 ont survécu jusqu'à cette date environ. vers 256 - Le primate Mesopropithecus globiceps a survécu à Madagascar jusqu'à cette date environ.