Vestige de l’Empire byzantin ayant résisté à la prise de Constantinople par les croisés en 1204, l’empire de Nicée, le plus étendu des États grecs, occupait, en Asie Mineure occidentale, une large bande de terre s’étendant de la mer Égée à la mer Noire. Si Nicée demeura sa capitale et le siège du patriarcat pendant toute sa brève histoire (), les empereurs établirent leur résidence et le siège du gouvernement à Nymphaion (aujourd’hui Kemalpaşa), ville de Lydie, moins exposée aux armées ennemies. Se défendant à la fois contre les États successeurs et le sultanat seldjoukide, réussit à édifier un État politiquement stable et économiquement viable en Asie Mineure. Ses successeurs, et , étendirent le territoire de l’empire en Europe, encerclant progressivement Constantinople. Après avoir écarté , le successeur légitime de , parvint à reprendre la ville en 1261.
vignette|États successeurs de l'empire byzantin après la quatrième croisade (1204).
Les États successeurs vignette|gauche|Porte de Lefke, İznik (Νίκαια, Nikaia, Nicée). vignette|La Chronique de Nuremberg (1493), Ville de Nicée.
La chute de Constantinople aux mains des croisés laisse l’Empire byzantin divisé entre plusieurs États, grecs et latins : l’empire latin de Constantinople, l’empire de Nicée, l’empire de Trébizonde, le despotat d’ÉpireLe titre de despote est créé par Manuel Comnène en 1163 pour Bella III, héritier présomptif du trône byzantin. Sous les Paléologues, le titre est conféré aux souverains d’apanages importants comme Thessalonique ou la Morée. Cfr ., le royaume de Thessalonique, ainsi que de nombreux États plus petits, fiefs de seigneurs rebelles et d’empereurs déposés.
L’empire latin de Constantinople est lui-même morcelé conformément aux usages de la féodalité occidentale. Boniface de Montferrat, la figure dominante des chevaliers francs pendant la croisade, s’attend à être élu empereur aux termes du traité conclu entre le doge de Venise, Enrico Dandolo, et les chevaliers francs. C'est pourtant Baudouin de Flandre qui est élu et reçut ainsi conformément aux dispositions de l’accord, outre les cinq-huitièmes de Constantinople, la Thrace et la partie nord-ouest de l’Asie Mineure ainsi que diverses îles de la mer Égée comme Lesbos, Chios et Samos. Boniface se voit attribuer le reste de l’Asie Mineure ; mais préférant un territoire européen, il s’empare de Thessalonique, annexant la Macédoine et la Thessalie adjacentes. De là, il se dirigea vers l’Attique et la Béotie où il crée le duché d’Athènes, confié à Otton de la Roche, et vers le Péloponnèse où il établit la principauté d'Achaïe, confiée à Guillaume de Champlitte d’abord, à Godefroy de Villehardouin ensuite. Pendant ce temps, Michel Ier Comnène Doukas, fils illégitime du sébastokratorLe titre de sébaste futt créé par Alexis Comnène pour Isaac Comnène, le frère de l’empereur et ne devait être conféré qu’aux membres de la famille impériale ; il venait immédiatement après celui de basileus et, depuis Manuel Comnène, de despote. . Jean Doukas et cousin d’Isaac II et d’Alexis III, après avoir suivi Boniface de Montferrat à Thessalonique, va s’établir en Épire et fixa sa capitale à Arta où sa famille possède déjà de grands domaines. Il ne porte jamais lui-même le titre de despote mais il étend rapidement son territoire en offrant aux Vénitiens de devenir leur vassal pour l’ensemble de l’Épire. Préoccupés plus de commerce que d’administration, ceux-ci acceptent l’offre avec empressement.
Toutefois, Baudouin ne contrôle pas les territoires qu’on lui a octroyés en Asie Mineure. Plus tôt, le despote Théodore Laskaris, gendre et héritier présomptif d’Alexis III, s’est enfui de Constantinople après la déposition de son beau-père (1203) et s’est installé à Nicée d’où il a étendu son pouvoir sur la Bithynie et les seigneurs locaux. Après la chute de Constantinople, il accueille les Grecs fuyant la ville et entreprend d’organiser la résistance aux Latins, jetant ainsi les bases d’un État grec viable en Asie Mineure.
L’empire de Trébizonde est lui aussi créé quelque peu avant la chute de Constantinople, sans tenir son existence du traité de partage. Après la chute de l’empereur Andronic Comnène en 1185, deux de ses petits-fils, David et Alexis Comnène, se sont réfugiés à la cour de Géorgie où ils sont élevés par la reine Tamar de Géorgie. Avec l’aide de celle-ci et pour continuer la lutte contre la dynastie des Anges, ils prennent d'abord Trébizonde en . Alexis s’y installe avec le titre d’empereur, pendant que David, poursuivant l’expansion du nouvel empire vers l’ouest, réussit à en étendre les frontières jusqu’à Héraclée du Pont.
À cela s’ajoutent nombre de territoires tenus par des nobles byzantins et gouvernés par des monarques déposés ou des seigneurs rebelles. Ainsi, Alexis V, après avoir fui Constantinople, s’est réfugié à Tzurulon (aujourd’hui Çorlu) en Thrace orientale, alors qu’Alexis III, également déposé, règne à Mosynopolis d’où il contrôle la Thrace occidentale et la région de Thessalonique. Léon Sgouros, seigneur rebelle, gouverne la région située autour de Nauplie, Corinthe et Thèbes. Un autre magnat grec, Léon Gabalas, détient l’ile de Rhodes, alors qu’Antalya a été conquise par un condottiere italien, Aldobrandini. En Asie Mineure, la vallée du Méandre est partagée entre Sabas Asidénos autour de Priène, Théodore Mancaphas autour de Philadelphie, et Manuel Maurozomès dans l’Est.
Formation de l’empire de Nicée en Asie Mineure vignette|gauche|Effigie de Théodore Laskaris d'après un manuscrit de la Bibliothèque universitaire de Modène
Ayant fui Constantinople après la déposition de son beau-père Alexis III, Théodore Laskaris (né vers 1174, empereur en 1205, mort en ) qui s’est réfugié en Asie Mineure, à Brousse d’abord, puis à Nicée, avec l’appui du sultan seldjoukide d’Iconium. Cette ville, située à la croisée de routes importantes et à l’extrémité d’un grand lac, bien protégée par des défenses naturelles, pouvant s’enorgueillir d’avoir été le siège de deux conciles œcuméniques, devient bientôt le centre de ralliement des Grecs fuyant les Latins.
Cependant, jouissant de la légitimité impériale, Théodore doit imposer son pouvoir à divers seigneurs en passe de créer des États indépendants dans la région, comme Théodore Mangaphas à Philadelphie, Manuel Maurozomès dans la vallée du Méandre, Sabas Asidénos à Sampson, près de Milet. Il ne parvient cependant pas à reconquérir le Pont, cœur de l'empire de Trébizonde, alors en pleine expansion : David Comnène, frère de l'empereur Alexis, conquiert la Paphlagonie et la côte de la Mer Noire jusqu’à Héraclée du Pont. Quelques mois après la conquête de Constantinople, réalisant l’importance de cette région d’abord dédaignée par Boniface de Montferrat, les Latins sous la conduite de l’empereur Baudouin et de son frère Henri de Flandres, entreprennent de conquérir le territoire. Encore mal organisé, Théodore Laskaris est défait par les forces des Latins, supérieures en nombre, à la bataille de Poimanénon (probablement aujourd’hui Eski Manyas) d’où elles poussent leur avance le long de la côte de Bithynie jusqu’à Brousse.
Le nouvel empereur doit ainsi lutter pour la survie de son État. Théodore bénéficie de la rébellion de l’aristocratie rurale byzantine de Thrace ; le tsar bulgare Kaloyan, appelé par les rebelles, écrase et fait prisonnier l’empereur Baudouin à Andrinople, le . Le frère de Baudouin se replie à Constantinople, et renonce à conquérir les terres nicéennes. Profitant du répit qui lui est ainsi accordé, Théodore reprend les villes perdues, arrête l’avance de David Comnène et soumet les seigneurs rebelles d’Anatolie. Il reconstitue ainsi rapidement l'État byzantin dans les territoires qu'il contrôle ; une trêve, signée en 1207 pour deux années avec le nouvel empereur Henri, assure la reconnaissance de l'empire reconstitué.
Dans le même temps, un synode procède à l’élection d’un nouveau patriarche œcuménique, Jean X Kamateros, le patriarche réfugié à Didymotique, ayant refusé de quitter cette ville. Pour parachever la restauration byzantine qu'il mène, Théodore se fait élire empereur en 1205, puis est couronné, à Pâques 1208, par le nouveau patriarche Michel IV Autorianos.
vignette|alt=sultanat de Roum|droite|Le sultanat seldjoukide de Roum en 1190 montrant la location des batailles de Dorylaeum (1147), de Myriokephalon (1176) et d'Antalya (1207)
La naissance du nouvel empire n’inquiète pas seulement les Latins. Il empêche également les Seldjoukides du sultanat de Roum d’avoir accès à la mer. Aussi, le nouveau sultan Kay Khusraw (il existe plusieurs orthographes dont Gıyaseddin Keyhüsrev ), après avoir réussi à reprendre son trône à Konya, conclut une alliance secrète avec l’empereur latin en 1209 et accueille l’empereur déposé Alexis III revenu de son exil en Italie. Sous prétexte de rétablir l’empereur légitime, Kay Khusraw veut reprendre le combat contre Théodore qui s’est entretemps allié avec le roi de la Petite Arménie, Léon II de Cilicie. En dépit de la faiblesse de ses forces, Théodore défait et tue Kay Khusraw au cours d’un combat singulier lors de la bataille d’Antioche-sur-le Méandre au printemps 1211 ; lors de ce combat, il capture l’empereur déposé Alexis III, relégué dans un monastère.
Ce succès et la reconstitution d’une flotte par Théodore Laskaris alarment Henri de Hainaut, successeur de Baudouin , qui décide d’envahir l’empire de Nicée pour prévenir une attaque sur Constantinople. Affaiblie par les récentes batailles contre les Seldjoukides, l’armée de Théodore ne peut résister et est battue à la bataille du fleuve Rhyndakos le (aujourd’hui Mustafakemalpaşa Çayı). Les Latins prennent ainsi le contrôle de la côte nord-ouest de l’Asie Mineure depuis Nicomédie jusqu’à Adramyttion, coupant ainsi les communications entre Nicée et Smyrne.
En 1214, le successeur de Kay Khusraw, Kay Kâwus , s’allie à Théodore pour attaquer l’empire de Trébizonde où David Comnène vient de mourir. Vainqueurs, les Seldjoukides s’emparent de la partie Est de l’empire, alors que Nicée récupère la partie Ouest.
La même année, Théodore conclut un traité de paix avec l’Empire latin à Nymphaion, qui fixe les frontières entre les deux empires : les Latins conservent l’angle Nord-Ouest de l’Asie Mineure jusqu’à Adramyttion au sud, alors que l’empire de Nicée conserve le reste du pays jusqu’à la frontière seldjoukide. Les deux empires reconnaissent ainsi leur droit mutuel à l’existence ; en 1219, Théodore Laskaris scelle ce traité en épousant en troisièmes noces Marie, fille de Yolande, une nièce des deux premiers empereurs latins.
L’empire de Nicée apparaît ainsi de plus en plus comme le véritable successeur de l’Empire byzantin tant sur le plan politique que religieux. En 1219, Théodore conclut un accord avec Venise qui donne à celle-ci la même liberté de commerce et les mêmes immunités que celles dont elle a joui dans l’ancien Empire byzantin. Et alors qu’Stefan Nemanja a reçu en 1217 sa couronne royale de Rome, c’est vers l’empire de Nicée que se tourne son successeur pour obtenir la consécration d’un archevêque autocéphale de Serbie.