vignette|upright=1.3|Dromadaire (espèce réservoir importante pour le maintien et la diversification d'au moins trois coronavirus partagés avec l’Humain et notamment de plusieurs lignées MERS-CoV dont une lignée recombinante dominante depuis , qui fut source d’épidémies humaines en 2015.. La veille écoépidémiologique faite en Arabie saoudite en 2014-2015 a montré que des virus MERS-CoV et d'une lignée liée au CoV 229E humain co-circulaient à haute prévalence chez le dromadaires (avec des co-infections fréquentes des voies respiratoires supérieures de l’animal). L'ACE2 de cet animal n'est pas compatible avec la protéine spiculaire du SARS-CoV-2. vignette|upright=1.3|Troupeau d'Alpagas (dont le rôle d’« espèce intermédiaire » est encore discuté ; il pourrait aussi avoir été infecté par l’humain et non pas par des chiroptères).. vignette|upright=1.3|Hamster de Chine, espèce facilement infectée par le SARS-CoV-2 ; noter que certains de ses prédateurs (mustélidés et félins) sont également sensibles à ce virus. Cet article traite du cas des infections à SARS-CoV-2 chez les animaux autres que l'Homme.
En début de pandémie, jusqu'en mai-, le SARS-CoV-2 chez les animaux n'a été observé que sporadiquement et ., nécessitant des recherches urgentes.. Des études de séroprévalences sont recommandées chez les animaux côtoyant les humains dans les régions touchées par le COVID-19, pour détecter d'éventuelles infections animales silencieuses (ou non) chez les animaux domestiques et sauvages ou errants (chats, furets et chiens notamment, quand ils appartiennent à des patients COVID-19)..
En , selon la revue Science .
L'ARN du SRAS-CoV-2 a aussi été détecté .. À Wuhan de nombreux chats portaient le virus. Et les analyses génomiques faites dans seize fermes de visons touchées par des foyers de SARS-CoV-2 et chez les humains y vivant ou y travaillant ont montré que le virus y a été introduit par l'homme et y a évolué .
Début 2020, on sait que la glycoprotéine de pointe du SARS-CoV-2 provient d'un SARS-CoV (CoVZXC21 ou CoVZC45) et d'un β-CoV inconnu. (toujours inconnu fin 2020)..
Histoire et contexte écoépidémiologique de 2020
Fin 2018, juste avant la pandémie, des chercheurs chinois avaient déjà alerté la communauté scientifique internationale en écrivant :
Début 2020, il est estimé que le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2), identifié fin 2019, est d'origine animale (chiroptère probablement). Après avoir muté en s'adaptant à l'Homme., il a causé la pandémie de Covid-19.
Il fait partie d'un groupe de centaines de virus, notamment isolés chez des humains, rongeurs et chez des chauves-souris (pour lesquelles les coronavirus semblent très peu pathogènes)..
Il est démontré (ne serait-ce que par les exemples récents du SRAS puis du MERS) que des mutations permettent parfois aux CoVs de franchir la barrière des espèces, probablement depuis des milliers d'années, devenant parfois un pathogène humain important.....
En début de pandémie de Covid-19, quelques cas d'animaux de compagnie, d'élevage ou de jardins zoologiques sont signalés infectés par le SARS-CoV-2. L'infection est le plus souvent bénigne, voire asymptomatique chez les chiens. La mort d'un seul chat a été confirmée et des doutes. puis des preuves de mortalité ont été apportés pour le vison. Des doutes ont concerné un chien hongkongais.. Des chats, chiens, lions, tigres et visons semblent avoir été contaminés par l'être humain. La contamination entre chats et furets a été prouvée expérimentalement... Les premiers mois, les cas animaux semblent rares, mais peu de dépistages ont été faits, et même aucun sur des sujets sauvages.
Mi-2020, selon les autorités sanitaires nationales et internationales (OMS, OIE…), les animaux domestiques ne jouent pas de rôle épidémiologique significatif dans la diffusion du SARS-CoV-2 ; le risque de contamination de l’Homme par ce virus à partir des animaux domestiques est jugé faible, mais non-nul. Le risque inverse (c'est-à-dire de contamination d'un animal par un humain atteint de COVID-19) est démontré, par quelques cas isolés (chiens, chats) mais dans la plupart des cas, au moment des tests, la réplication du virus semblait nulle ou faible, et souvent l'excrétion virale de l'animal domestique était faible.
En mai 2020, les experts restent prudents sur ce sujet, car comme le rappelle alors l'académie de médecine en France, . Début 2020, l'OMS (et divers experts), sur la base des premiers éléments disponibles, ont rapidement déclaré que rien n'indiquait que la maladie puisse se transmettre de l'humain à l'animal. Sur la base de données encore rares, ces experts et d'autres affirment alors que le virus ne toucherait que très peu les chiens et chats et que, le cas échéant, ces animaux présenteraient des taux d'excrétion et risques de contagion faibles.
Début , on ignorait encore dans quelle mesure le virus avait ou non conservé des caractéristiques lui permettant de contaminer d'autres espèces animales. Dans le contexte de la pandémie de Covid-19, le public et des éleveurs se questionnent sur les risques pour leurs animaux. Par ailleurs, pour gérer la pandémie de Covid-19 et pour limiter ou éviter une seconde vague ou d'autres émergences épidémiques ou pandémiques de virus de la même famille, il importe de trouver quelle est l'espèce-intermédiaire (comme on a pu le faire pour le SRAS et le MERS) ; il importe aussi de savoir s'il pourrait y voir d'autres espèces-intermédiaires et de comprendre ce qui peut favoriser d'autres franchissements de la barrière de l'espèce. Il en va de même pour le SRAS qui peut ré-émerger, et le MERS qui n'a pas disparu.
Quelques « hôtes réservoirs » et « espèces intermédiaires » de certains HCoV (coronavirus humains ou humanisés) sont déjà connus. Une meilleure identification des hôtes-animaux est nécessaire à la prévention vétérinaire (et en médecine humaine). En effet, à titre d'exemple : le SARS-CoV et le MERS-CoV sont deux coronavirus hautement pathogènes mais à ce jour mal adaptés aux humains ; leur transmission au sein de l'humanité n'est pas assurée mais ils peuvent se maintenir dans leurs réservoirs zoonotiques et, de là, éventuellement se re-propager vers l'Homme, ;
Dans l'approche « une seule santé », les scientifiques cherchent donc à répondre aux questions suivantes : quelles sont les espèces réservoirs du SARS-CoV-2, quelles sont ses éventuelles espèces vectrices, sauvages et/ou domestiques potentiellement intermédiaires ou amplificatrices potentiels du SARS-CoV-2 ? Comment et à quelles conditions le virus se propage dans le monde animal ? Et avec quels effets sur les animaux et les écosystèmes ou les agroécosystèmes ? Les animaux commensaux ou épisodiquement proches de l'homme jouent-ils ou peuvent-ils jouer un rôle épidémiologique ou écoépidémiologique (via leurs poils, plumes, urines ou fèces, voire leur salive, larmes ou sperme éventuellement) ?
Au , l'OIE estimait que .
En , il est clair que les primates non humains, les félins, les furets, les hamsters, les lapins et les chauves-souris peuvent être infectés par le SRAS-CoV-2. L'ARN du SRAS-CoV-2 a été détecté chez des félidés, des visons et des chiens dans des zoos, élevages, chez des animaux familiers.
Le suivi des mutations du virus montre qu'il a dans ces contextes été introduit par l'homme et a évolué . On admet maintenant que divers animaux (ex : vison, chat, chien) peuvent contaminer l'humain ou jouer un certain rôle de réservoir.
Rappels sur les coronavirus (CoV) vignette|gauche |Vue d'artiste d'un virion de SARS-CoV-2 (taille : .Toutefois le SARS-CoV-2 a aussi été décrit comme mesurant approximativement de à , et comme étant de forme elliptique avec de nombreuses variations ; voir : Cascella M, Rajnik M, Cuomo A, Features, Evaluation and Treatment Coronavirus (COVID-19), in: StatPearls [Internet], StatPearls Publishing, Treasure Island (Floride), janvier 2020, mis à jour le lire en ligne.) Les coronavirus infectent de nombreuses espèces animales et sont parfois zoonotiques (c'est-à-dire capable d'infecter à la fois l'animal et l'Homme). Ils sont probablement très anciens, mais quelques espèces émergentes de coronavirus sont apparues ces dernières décennies, attirant l'attention en raison de coûts sociaux-économiques importants. Historiquement, le premier coronavirus (virus de la bronchite du poulet) a été identifié par un vétérinaire (le Oskar Seifried) en 1931., mais ce groupe de virus a surtout commencé à être identifiés dans la seconde partie du . Ils ne sont connus du grand public que depuis 2003 (quand le SARS-CoV-1 a émergé en causant une épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère chez l'humain).
Avant les pandémies de SRAS (2002-2003), de MERS puis de COVID-19, les coronavirus, réputés bénins, intéressaient peu la médecine humaine, mais ils avaient déjà une importance considérable en santé animale ().. Au , les études sur les CoV strictement « vétérinaires » n'ont porté que sur des virus à forts enjeux technico-économiques pour l'élevage : virus de l'hépatite de la souris (MHV) ; virus de la péritonite infectieuse féline (FIPV) et virus de la bronchite infectieuse des volailles (IBV). Puis au le virus de la diarrhée épidémique porcine (PEDV), parce qu'il entraine une morbidité et une mortalité importantes (et donc des pertes économiques) s'y est ajouté. Des virologistes vétérinaires, bien avant les médecins ont, dans ce cadre, noté que le système nerveux central (SNC) peut être ciblé par certains coronavirus. Ils l'ont démontré avec le virus hémagglutinant de l'encéphalomyélite porcine (ou virus de la maladie du vomissement et du dépérissement dit PHEV), principalement connu de éleveurs porcins comme source d'infection entérique, mais qui peut aussi infecter les neurones du système nerveux central, en provoquant chez le porc une encéphalite, accompagnée de vomissements et d'un dépérissement.. Récemment, un nouveau Alphacoronavirus dit du syndrome de diarrhée aiguë porcine (SADS-CoV) a été décrit chez le porc...
Les vétérinaires s'intéressent d'autant plus aux coronavirus que le double contexte de l'anthropisation de la planète, et de l'élevage industriel mondialisé (élevages d'animaux génétiquement de moins en moins diversifiés, en raison notamment du développement de l'insémination artificielle et d'une sélection drastique des géniteurs) est très favorable à la diffusion de type de virus et à l'apparition de nouveaux coronavirus.
Des coronaviroses sont communes chez de nombreux animaux domestiques et d'élevage ; souvent peu symptomatiques ou asymptomatiques ; mais parfois mortelles.
Dans l'organisme, leur (cellules-cibles et/ou organes-cibles du virus) a longtemps été réputé principalement respiratoire, gastroentérique (tout ou partie du tube digestif) ou hépatique (tout ou partie du foie). et plus rarement neurologiqueG. Dubois, Coronavirus humain OC43, neurovirulence et neuropropagation : Importance de sa protéine d'enveloppe, Doctoral dissertation, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, 2018, voir , chapitre : 1.4.1 Coronavirus infectant les animaux., mais note de plus en plus d'atteintes neurologiques parfois gravesK. V. Holmes et M. M. Lai, Coronaviridae : the viruses and their replication, 1996, . In B. N. Fields, D. M. Knipe, et P. M. Howley (ed.), Fields virology, Raven Press, New York..
Concernant la faune sauvage, de nombreux mammifères sont suspectés de pouvoir être infectés par divers CoV, et notamment par les deux virus émergents et préoccupants que sont le SARS-CoV-1 et le SARS-CoV-2 (on le pense au vu des modélisations de leurs protéines cibles potentielles du virus (simulations par modélisation d'homologie). Le Pangolin et des rongeurs du vaste groupe des Cricetidae, ainsi que des animaux élevés pour leur fourrure (renards, visons) sont concernés. Ces virus pourrait éventuellement avoir des effets important sur une partie de la faune sauvage (grands singes notamment).