La préhistoire de l'Europe du Sud-Est couvre le territoire de la péninsule balkanique élargie (ou Europe du Sud-Est), à savoir les territoires des pays actuels d'Albanie, de Bosnie-Herzégovine, de Bulgarie, de Croatie, de Grèce, du Kosovo, de Macédoine du Nord, de Roumanie, de Moldavie, de Serbie et de Thrace orientale. Elle s'ouvre avec la première trace laissée par l'Homme dans la région, il y a environ 1,5 million d'années (Ma), à Kozarnika, en Bulgarie, et s'achève avec l'apparition des premiers documents écrits en Grèce, au (Époque archaïque).

Le Néolithique fait son apparition dans la région à partir d'environ 6400 av. J.-C. avant de s'étendre progressivement vers l'Ouest.

À l'Âge du cuivre, la culture de Gumelnița-Kodjadermen-Karanovo se caractérise par un développement exceptionnel de la métallurgie.

Paléolithique archaïque Dans les couches profondes de la grotte de Kozarnika, en Bulgarie, datées de 1,6 à 1,4 million d'années par le paléomagnétisme et la paléofaune, les archéologues ont découvert une molaire humaine, considérée comme le plus ancien vestige fossile humain connu à ce jour en Europe. Elle est associée à une industrie lithique à éclats de type oldowayen. On a trouvé un peu plus haut dans la séquence stratigraphique des ossements fossiles d'animaux de plus d'un million d'années portant des incisions régulières, qui pourraient être les plus anciens témoignages connus de comportement symbolique humainNikolay Sirakov, Jean-Luc Guadelli, et al., An ancient continuous human presence in the Balkans and the beginnings of the settlement of western Eurasia. The Lower Pleistocene example of Lower Palaeolithic in Kozarnika cave (North-western Bulgaria), Quaternary International, vol. 223-224, p.94-106, 2010.

Paléolithique moyen À Kozarnika, les couches du Paléolithique moyen, datées d'environ , ont livré des nucléus Levallois, des racloirs et de rares pointes moustériennes, présentant des affinités avec l'est des Balkans, ainsi que quelques pointes foliacées bifacialesNikolay Sirakov, Tsenka Tsanova, Svoboda Sirakova, Stanimira Taneva, Ivaylo Krumov, Irena Dimitrova et Natalia Kovatcheva, « Un nouveau faciès lamellaire du début du Paléolithique supérieur dans les Balkans », PALEO, 19 | 2007, mis en ligne le 23 avril 2009. URL : http://paleo.revues.org/565. Ces industries sont possiblement liées à la présence de groupes de Néandertaliens.

Paléolithique supérieur Au début du Paléolithique supérieur, il y a , l'Europe est peuplée par Homo sapiens. La migration en Europe a probablement suivi deux routes principales: le long de la Méditerranée et le long du couloir fluvial du Danube. Les montagnes des Carpates dans la Roumanie actuelle sont situées à proximité de la deuxième route suggérée, et certains des plus anciens restes d'hommes anatomiquement modernes d'Europe ont été trouvés dans cette région. Les vestiges trouvés dans des grottes du sud-ouest de la Roumanie, tels que « Peștera cu Oase », « Peștera Muierilor » ou « Peștera Cioclovina Uscată », font partie de la poignée d'individus anatomiquement modernes européens âgés de plus de ans qui ont été découverts à ce jour Emma Svensson, Torsten Günther et al., Genome of Peştera Muierii skull shows high diversity and low mutational load in pre-glacial Europe, Current Biology, 18 mai 2021, doi.org/10.1016/j.cub.2021.04.045. Les vestiges humains trouvés dans la grotte de Bacho Kiro, en Bulgarie, datés par le carbone 14 entre avant le présent (AP), en font le plus ancien site connu du peuplement moderne de l'Europe.

Comme dans le reste de l'Europe, Homo sapiens entre en contact avec des populations de Néandertaliens en déclin et les remplace.

Les couches du Paléolithique supérieur de la grotte de Kozarnika ont livré les plus anciens assemblages d'outils lithiques gravettiens connus en Europe, datés de . Le Gravettien, produit par Homo sapiens, parvient en Europe de l'Ouest vers , où il succède progressivement à l'Aurignacien.

Au plus fort de la glaciation de Würm, vers , une grande partie de l'Europe est dépeuplée. Elle est recolonisée à partir d'environ AP depuis les péninsules refuges d'Espagne, d'Italie et des Balkans. Une étude de 2022 a montré que les chasseurs-cueilleurs d'Europe du sud-est étaient séparés génétiquement des chasseurs-cueilleurs d'Europe centrale et occidentale depuis environ 20 000 ans..

Mésolithique

Au Mésolithique, à partir de , les populations conservent un mode de vie semi-nomade. Cependant l'abondance et la diversité des ressources par rapport à l'âge glaciaire favorisent des déplacements sur des territoires plus restreints, selon des rythmes saisonniers. L’emploi de l’arc et de la flèche, en particulier, se généralise sur le continent européen.

La fin du Mésolithique est caractérisée par le passage d'une économie de chasse et de cueillette à une économie agro-pastorale. Le Mésolithique s'achève avec le début de la culture d'Argissa en Thessalie, vers

Néolithique

L'agriculture et l'élevage ont été apportés en Europe par des populations venues d'Anatolie, qui se sont établies en Grèce et dans les Balkans à partir d'environ , avant de s'étendre progressivement vers l'Ouest Nuno M. Silva, Susanne Kreutzer et al., Ancient mitochondrial diversity reveals population homogeneity in Neolithic Greece and identifies population dynamics along the Danubian expansion axis, nature.com, Scientific Reports, volume 12, Article numéro: 13474, 2022, doi.org/10.1038/s41598-022-16745-8. Les deux courants principaux de néolithisation de l'Europe sont issus d'une seule et même source commune ayant connu un mélange mineur avec les chasseurs-cueilleurs rencontrés sur le chemin, probablement dans les Balkans, en amont de leur séparation vers un courant danubien et un courant méditerranéen I. Olalde et al, A common genetic origin for early farmers from Mediterranean Cardial and Central European LBK cultures, Molecular Biology and Evolution, Volume 32, Numéro 12, 2015. Il existe ainsi des preuves directes de mélange entre les deux groupes dans les gorges du Danube en Serbie Zuzana Hofmanová, Carlos S. Reyna-Blanco, Daniel Wegmann et al., Between fishing and farming: palaeogenomic analyses reveal cross-cultural interactions triggered by the arrival of the Neolithic in the Danube Gorges, biorxiv.org, 28 juin 2022, doi.org/10.1101/2022.06.24.497512.

Le courant danubien correspond à l’extension progressive vers l’Ouest de la culture rubanée. Ce courant est issu des Balkans, notamment du nord de la Serbie (site de Lepenski Vir) et de la Bulgarie, et du sud de la Roumanie, autour de .

Les cultures archéologiques du bassin inférieur du Danube ont fourni la base génétique des premiers agriculteurs d'Europe centrale. Ainsi, la culture de Starčevo (-6200 à -5600) du début du néolithique est un jalon majeur de la néolithisation de l'Europe centrale. Sur le site de Lepenski Vir, il existe une phase d'interaction pendant laquelle les populations de chasseurs-cueilleurs et d'agriculteurs utilisent le site simultanément. Cette phase est appelée phase de transformation et est caractérisée notamment par l'apparition de statues à forme de poisson. Petit à petit, les caractères agricoles augmentent sur le site jusqu'à la période pleinement Néolithique entre 5 950 et 5 550 av. JC Maxime Brami, Laura Winkelbach, Ilektra Schulz et al, Was the Fishing Village of Lepenski Vir Built by Europe’s First Farmers?, Journal of World Prehistory, volume 35, pages 109–133, 11 octobre 2022, doi.org/10.1007/s10963-022-09169-9.

Par la suite, les analyses génétiques soutiennent une diffusion des agriculteurs danubiens dans l'ouest de la Hongrie, qui figure sur le couloir de l'expansion néolithique vers l'Ouest.

Le second courant, la culture de la céramique imprimée, apparaît dans le site de Sidari sur l'île grecque de Corfou dans la mer Ionienne vers 6 200 av. J.-C.Tiné V., 2009, Favella. A Neolithic Village in the Sybaris Plain, in Tiné V., Favella, Un villaggio neolitico nella Sibaritide, Istituto Poligrafico e Zecca dello Stato, Roma, p. 581-602, puis à partir de 6000-5900 av. J.-C. dans des sites du sud de la Dalmatie Radić D., Vela Spila : Preliminary Analysis of Early Neolithic and Mesolithic Strata in Test Pit Examined in 2004, Opuscula Archaeologica, vol. 29, 2005, p. 323-348, ainsi qu'en Albanie Guilaine J., Prendi F., Dating the Copper Age of Albania, Antiquity, vol. 65, 1991, p. 574-578.

Âge du cuivre

Au cours des cinquième et quatrième millénaires avant notre ère, des changements technologiques et sociaux majeurs se produisent en Europe du Sud-Est qui transforment profondément les sociétés préhistoriques. La production de métal constitue l'une des innovations les plus importantes; le cuivre est extrait, fondu et utilisé pour fabriquer des haches, des bijoux et de petits outils. La découverte de la nécropole de Varna (4600-4300 AC) sur la côte de la mer Noire a notamment conduit à une réévaluation des inégalités sociales dans la préhistoire humaine, avec de grandes quantités d'or et d'autres symboles de pouvoir et de richesse suggérant des niveaux sans précédent de stratification sociale Sandra Penske, Adam B. Rohrlach, Ainash Childebayeva et al., Early contact between late farming and pastoralist societies in southeastern Europe, Nature, 19 juillet 2023. doi.org/10.1038/s41586-023-06334-8. De nombreux tells sont les témoins des établissements qui ont émergé au cours de l'âge du cuivre (CA, 4900-3800 AC), impliqués dans l'exploitation proto-industrielle du cuivre, de l'or et du sel. Ils mettent en évidence cette organisation sociale avancée et l'épanouissement d'activités sociales, politiques, économiques et artisanales. Les sites de tells éminents incluent Mound Măgura Gorgana près de Pietrele sur le Bas-Danube en Roumanie, associé à la culture de Gumelniţa et en Bulgarie, associé à la culture de Karanovo, ont été occupés pendant plusieurs siècles.

À partir d'environ 4600 avant notre ère, la similitude et le développement continu de la culture matérielle et de l'échange de matières premières dans le soi-disant complexe Gumelniţa – Kodžadermen – Karanovo VI dans le sud de la Roumanie (Gumelniţa), le nord de la Bulgarie (Kodžadermen) et la Thrace (Karanovo) indiquent une connectivité transrégionale et suggèrent un réseau sociopolitique relativement stable. Par conséquent, l'abandon à peu près simultané des nombreux sites et cimetières vers 4250/4200 AC demeure énigmatique. Les circonstances sous-jacentes ne sont pas claires et pourraient avoir impliqué l'épuisement des ressources, la détérioration des sols et peut-être aussi des conflits violents, comme en témoigne l'horizon de destruction du site de Tell Yunat. Historiquement, cette disparition est généralement associée à l'arrivée de nouveaux groupes de la steppe. Néanmoins, l'activité de peuplement au cours des siècles suivants reste rare dans toute la région occidentale de la mer Noire, indiquant un millénaire « sombre » avec, par exemple, une recolonisation du site de Yunatsite qui n'a été effective que 1 000 ans plus tard, au début de l'âge du bronze (EBA).