Après la chute de la dynastie Qing lors de la révolution Xinhai de 1911, Sun Yat-sen, le premier président de la nouvelle république, annonce « l'unification des peuples Han, Hui, Ouïghours (musulmans), Meng (mongols) et Tsang (tibétains)»China White Paper, Tibet:its Ownership and Human Rights Situation, texte du Conseil des affaires de l'État de la république populaire de Chine septembre 1992, reproduit sur le site de Free Tibet Campaign.. Mais lorsqu’à la fin de la guerre civile, et de la guerre sino-japonaise, la république populaire de Chine est proclamée en 1949, toutes les religions sont victimes d'une répression féroce de la part des nouvelles autorités et l'Islam ne fait pas exception. La répression est particulièrement dure pendant la révolution culturelle. À l'heure actuelle, en 2020, l'Islam traverse une période de répression intense en Chine et en particulier dans le Xinjiang.
République de Chine thumb|250px|right|1939, Nord-Ouest de la Chine. Combattants musulmans chinois se rassemblant pour lutter contre les Japonais. Lorsque la révolution Xinhai de 1911 éclate, la communauté musulmane Hui se divise entre ceux qui soutiennent les révolté et ceux qui restent fidèles aux Qing. Ainsi, les Hui du Shaanxi soutiennent les révolutionnaires, tandis que ceux du Gansu soutiennent les Qing. Les Hui de Xi'an (province du Shaanxi) rejoignent les révolutionnaires chinois Han et massacrent la totalité des Mandchous de la cité. Seuls quelques riches Mandchous qui ont été rançonnés et des femmes mandchoues ont survécu. Les riches Chinois capturent des jeunes filles mandchoues pour en faire leurs esclaves, tandis que les plus pauvres les épousent de force. De jeunes filles mandchoues de Xi'an ont également été converties de force à l'Islam par les Hui. De leur côté, les Hui de la province du Gansu, menés par le général Ma Anliang, se rangent du côté des Qing et se préparent à attaquer les révolutionnaires anti-Qing de Xi'an.
Après la chute de la dynastie mandchoue des Qing en 1911, la république de Chine est fondée par Sun Yat-sen. Ce dernier proclame immédiatement que le pays appartient à égalité aux peuples Han, Hui (musulmans), Meng (mongols) et Tsang (tibétains). Cela entraîne une amélioration des relations entre ces différents peuples. La fin de la dynastie Qing marque également la fin de la politique isolationniste des Mandchous et un accroissement des relations entre la Chine et le reste du monde. Cela conduit à une augmentation des contacts entre les minorités musulmanes de Chine et les États islamiques du Moyen-Orient. En 1939, au moins 33 musulmans Hui ont étudié à l'université al-Azhar du Caire. En 1912, la Fédération musulmane chinoise est créée à Nankin, alors capitale de la république chinoise. Des organisations similaires sont créées à Pékin (1912), Shanghai (1925) et Jinan (1934)Gladney (1999), pg. 457. Les activités académiques au sein de la communauté musulmane sont également florissantes. Avant le début de la guerre sino-japonaise de 1937, il existe en Chine plus d'une centaine de périodiques musulmans connus et trente revues sont publiées entre 1911 et 1937. Bien que Linxia reste le principal centre des activités religieuses musulmanes en Chine, Pékin prend une place de plus en plus importante dans ce domaineGladney (1999), pg. 458. Des organisations nationales comme l'Association musulmane chinoise sont créées pour encadrer et aider les musulmans de Chine. Ces derniers sont très présent au sein de l'Armée nationale révolutionnaire et y occupent des postes importants, comme le général Bai Chongxi, qui devient ministre de la défense de la république de Chine.
En se basant sur les recensements et autres archives de la fin de la dynastie Qing, on estime que, durant la première décennie du , il y a de musulmans vivant dans la Chine historique, c'est-à-dire la Chine des Qing à l'exclusion des Mongolies intérieure et extérieure, du tibet, de la Mandchourie et du XinjiangCounting up the number of people of traditionally Muslim nationalities who were enumerated in the 1990 census gives a total of 17.6 million, 96% of whom belong to just three nationalities: Hui 8.6 million, Uyghurs 7.2 million, and Kazakhs 1.1 million. Other nationalities that are traditionally Muslim include Kyrghyz, Tajiks, Uzbeks, Tatars, Salar, Bonan, and Dongxiang. See Dru C. Gladney, "Islam in China: Accommodation or Separatism?", Paper presented at Symposium on Islam in Southeast Asia and China, Hong Kong, 2002. Available at http://www.islamsymposium.cityu.edu.hk . The 2000 census reported a total of 20.3 million members of Muslim nationalities, of which again 96% belonged to just three groups: Hui 9.8 million, Uyghurs 8.4 million, and Kazakhs 1.25 million.... Parmi eux, près de la moitié résident dans le Gansu, plus d'un tiers dans le ShaanxiIl s'agit de la province du Shaanxi, dans ses frontières de la dynastie Qing, qui ont été modifiées depuis et le reste dans le YunnanForbes, Andrew ; Henley, David (1997, 2011). Traders of the Golden Triangle (Hui Muslims of Yunnan). Bangkok: Teak House, 1997; republished Chiang Mai: Cognoscenti Books, 2011. ASIN: B006GMID5K.
Pendant la deuxième guerre sino-japonaise, les Japonais applique ce que l'on appelle une "politique de tuerie" et détruisent de nombreuses mosquées. Selon Wan Lei, « les statistiques montrent que les Japonais ont détruit 220 mosquées et tué d'innombrables Hui en ». Après le massacre de Nankin, les mosquées de la ville sont remplies de cadavres. Les japonais mettent également en place une politique d'oppression économique qui implique la destruction des mosquées et des communautés Hui, un grand nombre de nombreux Hui finissant sans emploi et sans abri. Ils cherchent également a humilier délibérément les Huisː des soldats enduisent les mosquées de graisse de porc, forcent les Hui à abattre des porcs pour nourrir les troupes japonaises, et forcent les jeunes femmes Hui à suivre une formation de geishas et de chanteuses, avant de les utiliser comme esclaves sexuelles. Les cimetières Hui sont détruits pour « raisons militaires ». Le Xian de Dachang, ou vit une importante communauté Hui, est également le théâtre d'un massacre perpétré par les Japonais..
De nombreux Hui combattent au sein des troupes chinoises dans la guerre contre le Japon. En 1937, pendant la bataille de Pékin, le général musulman Ma Bufang de la clique des Ma envoie un télégramme au gouvernement chinois pour signaler qu'il était prêt à combattre les Japonais. Immédiatement après l'incident du pont Marco-Polo, Ma Bufang fait en sorte que la première division de cavalerie du général musulman Ma Biao soit envoyée à l'est pour combattre les Japonais让日军闻风丧胆地回族抗日名将 . Cette division de cavalerie est composée en majorité de musulmans Salar d'origine turque..
Pendant l'occupation militaire Japonaise de la Chine, de 1937 à 1945, les Japonais estimaient qu'il y avait un tiers de Musulmans dans les régions du sud-est de la Chine qu'ils occupaient, dont Canton, Nankin, et Shanghai, et ces Musulmans sont surtout des Huis. Dans le nord de la Chine, dans les régions de Chine occupées par les Japonais, ces derniers observaient surtout de fortes concentrations de Musulmans autour de Pékin, et dans certains quartiers de cette ville.
Après la fin de la guerre civile chinoise, en 1949, environ musulmanes fuient la Chine continentale et s'installent à Taïwan. D'autres restent sur le continent et continuent la lutte contre les communistes, un événement connu sous le nom d'insurrection islamique du Kuomintang. Il s'agit des troupes musulmanes de l'Armée nationale révolutionnaire du Kuomintangprincipalement des troupes de la clique des Ma, du nord-ouest de la Chine, dans le Gansu, le Qinghai, le Ningxia, le Xinjiang, ainsi que dans le Yunnan, qui continuent, une lutte infructueuse contre les communistes de 1950 à 1958, après la fin de la guerre civile proprement dite.
République populaire de Chine
1949 - fin du La république populaire de Chine est fondée en 1949. Au cours des premières années de son existence, le nouveau régime connait de nombreux bouleversements, qui culminent avec la révolution culturelle. Pendant la révolution culturelle, l'Islam, comme toutes les religions, y compris la religion traditionnelle chinoise, est persécuté par les Gardes rouges, qui ont pour consigne de détruire les Quatre Vieilleries. Les temples, monastères, églises, mosquées et autres lieux de cultes des diverses religions présentes en Chine sont victimes de pillages et de destructionsGoldman, Merle (1986). Religion in Post-Mao China, The Annals of the American Academy of Political and Social Science. 483.1:145-56.
En 1975, la communauté Hui en se révoltant, ce qui représente la seule rébellion ethnique à grande échelle pendant la révolution culturelle. Cette révolte s’achève par un massacre à grande échelle perpétré par l'Armée populaire de libération, connu sous le nom de massacre de Shadian. Lors de l'écrasement de la rébellion, l'APL massacre Hui en utilisant des avions de chasse MIG pour tirer des roquettes sur le village. Après la chute de la bande des Quatre, les autorités chinoises présentent des excuses officielles et des compensations sont versées aux familles des victimes.
Après l'avènement de Deng Xiaoping en 1979, les musulmans connaissent une période de libéralisation. Une nouvelle législation donne à toutes les minorités vivant en Chine la liberté d'utiliser leurs propres langues parlées et écrites, de développer leur propre culture et éducation et de pratiquer leur religion. Le nombre de musulmans chinois autorisés à participer au Hadj connaît alors une forte augmentationNew Encyclopedia of Islam, pg. 622-25.
De manière générale, la politique officielle de la Chine envers les religions est placée sous le signe de la répression. L'Islam ne fait pas exception et est réprimé, surtout dans le Xinjiang.
Il existe un mouvement séparatiste ethnique au sein de la minorité ouïghours, qui est un peuple turc ayant sa propre langue. Les séparatistes ouïghours veulent rétablir la république du Turkestan oriental,qui a existé pendant quelques années dans les années 1930 avant de disparaître. Une seconde république du Turkestan oriental existe entre 1944 et 1950, mais ce n'est qu'un État fantoche communiste au service de l'URSS. Pendant la période de rupture sino-soviétique, l'Union soviétique soutient les séparatistes ouïgours contre la Chine. SI cette aide s’arrête avec l'effondrement de l'Union soviétique, la Chine continue de s'inquiéter des objectifs séparatistes potentiels de la majorité musulmane du Xinjiang. En Un accord conclu entre la Russie, le Kazakhstan, le Tadjikistan, le Kirghizistan et la Chine offre une certaine tranquillité a cette dernière, en éloignant le risque d'une intervention étrangère dans la lutte qu'elle mène contre les séparatistes ouïghours, et donc d'un conflit militaire. Par la suite, d'autres États musulmans affirment a leur tour leur volonté de ne pas s'impliquer dans les affaires intérieures de la ChineGladney (1999), pg. 471.
À la suite des réformes économiques intervenues après 1978, le système socialiste de soins médicaux gratuits est aboli et le secteur de la santé Chinois deviennent très majoritairement privé et payant. Ce changement est très critiqué par les musulmans du Nord-Ouest du pays, qui, pour la plupart, ont beaucoup de mal a accéder aux soins dans leurs communautés éloignées du centre du pays.