Le modèle ruban est une modélisation moléculaire de la structures des protéines..... Un ruban permet de visualiser des éléments de la structure secondaire comme une hélice alpha ou un feuillet bêta et permet de représenter la structure tertiaire. Les divers peptides peuvent être distingués par des couleurs. Les modèles ruban sont utilisés en modélisation moléculaire.. par exemple en . Le modèle a été établi par Jane Richardson en 1980/1981.
Conventions
thumb|Glyoxalase. Structure secondaire Hélice alpha Ruban cylindrique en spirale, le plan du ruban se trouvant approximativement au niveau de la liaison peptidique. Feuillet bêta Flèche d'une épaisseur de 25 % de la largeur, dirigés de l'extrémité N-terminale vers l'extrémité C-terminale. Les feuillets bêta sont constitués de brins β et de boucles β.Brins et autresBrins non répétitifsBrins ronds le long des atomes α C des acides aminés, qui s'amincissent du premier plan vers l'arrière-plan.Connexions entre boucles et hélicesBrins ronds le long des atomes α C des acides aminés, qui s'aplatissent lors du passage à l'hélice alphaAutres caractéristiquesExtrémités N-terminale et C-terminalePetites flèches éventuellement avec lettres. Pour les brins β, la direction de la flèche suffit ; un dégradé de couleurs le long de la séquence d'acides aminés est souvent utilisé à cette fin.Ponts disulfureAvec un double S entrelacé ou avec une ligne en zigzagGroupes prothétiques ou inhibiteursModèle en bâton ou en bouleMétauxBoulesOmbres et couleursLe contraste diminue vers l'arrière-plan
Logiciels Divers programmes ont été développés pour la représentation des protéines dans le modèle ruban, par exemple Molscript de , Karl Hardman et John Priestle., Jmol., DeepView., MolMol, KiNG., . ou PyMOL..
Liens externes Peptide und Proteine
Notes et références
Catégorie:Structure protéique