Avant le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale, l'Allemagne et l'Union soviétique signent le pacte de non-agression germano-soviétique, concernant la partition et la disposition des États souverains, dont l'Estonie, et en particulier son protocole additionnel secret d'.

La république d'Estonie déclare sa neutralité dans la guerre mais tombe sous la sphère d'influence soviétique en raison du pacte Molotov-Ribbentrop et est occupée par l'Union soviétique en 1940. Des arrestations politiques de masse, des déportations et des exécutions suivent. Lors de la guerre d'été, lors de l'opération allemande Barbarossa en 1941, les Frères de la forêt, pro-indépendance, prennent le sud de l'Estonie au NKVD et à la armée avant l'arrivée de la armée allemande. Dans le même temps, les bataillons de destruction paramilitaires soviétiques mènent des opérations punitives, y compris des pillages et des meurtres, sur la base de la tactique de la terre brûlée proclamée par Joseph Staline. L'Estonie est ensuite occupée par l'Allemagne et incorporée au Reichskommissariat Ostland.

En 1941, les Estoniens sont enrôlés dans le 8e corps de fusiliers estoniens et entre 1941 et 1944 dans les forces allemandes nazies. Les hommes qui évitent ces mobilisations s'enfuient en Finlande pour rejoindre le Régiment d'infanterie finlandais 200. Environ 40% de la flotte estonienne d'avant-guerre est réquisitionnée par les autorités britanniques et utilisée dans les convois de l'Atlantique. Environ 1000 marins estoniens servent dans la , dont 200 comme officiers. Un petit nombre d'Estoniens servent dans la Royal Air Force, dans l'armée britannique et dans l'armée américaineEstonia in World War II by Hannes Walter. Historical Text Archive, Mississippi. Retrieved link on July 6th 2020..

De février à , le détachement de l'armée allemande "Narwa" freine l'opération soviétique estonienne. Après avoir franchi la défense du Corps d'armée de l'autre côté de la rivière Emajõgi et affronté les troupes estoniennes indépendantistes, les forces soviétiques réoccupent l'Estonie continentale en . Après la guerre, l'Estonie reste incorporée à l'Union soviétique sous le nom de république socialiste soviétique d'Estonie jusqu'en 1991, malgré le fait que la Charte de l'Atlantique stipule qu'aucun arrangement territorial n'est fait.

Les pertes de la Seconde Guerre mondiale en Estonie, estimées à environ 25 % de la population, sont parmi les plus élevées d'Europe. Les décès dus à la guerre et à l'occupation sont de dans les rapports actuels. Il s'agit notamment des décès lors des déportations soviétiques en 1941, des exécutions soviétiques, des déportations allemandes et des victimes de l'Holocauste en EstonieThe White Book: Losses inflicted on the Estonian nation by occupation regimes. 1940–1991.

Contexte Avant la Seconde Guerre mondiale, la république d'Estonie et l'URSS signent et ratifient les traités suivants:

Pacte Kellogg-Briand

Le Pacte Kellogg-Briand "renonçant à la guerre comme instrument de politique", est ratifié par l'Estonie et l'URSS le Kellogg-Briand Pact at Yale University.

Traité de non-agression

Le , le traité de non-agression est signé avec l'URSSLeague of Nations Treaty Series, Vol. CXXXI, pp. 297–307..

La Convention pour la définition de l'agression

Le , pour la première fois dans l'histoire des relations internationales, l'agression est définie dans un traité contraignant signé à l'ambassade soviétique à Londres par l'URSS et entre autres, la république d'EstonieAggression Defined at Time MagazineLeague of Nations Treaty Series, 1934, No. 3391..

L'article II définit les formes d'agression. Il est reconnu comme agresseur l'État qui est le premier à avoir commis l'une des actions suivantes :

Chapitres pertinents : Deuxième - invasion par les forces armées du territoire d'un autre État même sans déclaration de guerre. Quatrièmement - un blocus naval des côtes ou des ports d'un autre État.

Déclaration de neutralité

L'Estonie, la Lettonie et la Lituanie déclarent conjointement leur neutralité le , à Riga, lors de la Conférence des ministres des Affaires étrangères baltes, leurs parlements respectifs adoptant des lois sur la neutralité plus tard cette année-là. L'Estonie adopte une loi ratifiant sa neutralité le , sur le modèle de la déclaration de neutralité de la Suède du . Fait également important, l'Estonie affirme sa neutralité dans sa toute première constitution, ainsi que le traité de Tartu conclu en 1920 entre la république d'Estonie et la RSF russe.

Pacte Molotov-Ribbentrop droite|vignette|Divisions prévues et réelles de l'Europe, selon le pacte Molotov-Ribbentrop, avec des ajustements ultérieurs

Tôt le matin du , l'Union soviétique et l'Allemagne nazie signent un pacte de non-agression de 10 ans, appelé le pacte Molotov-Ribbentrop. Le pacte contient un protocole secret, révélé seulement après la défaite de l'Allemagne en 1945, selon lequel les États d'Europe du Nord et de l'Est seraient divisés en «sphères d'influence» allemandes et soviétiquesText of the Nazi-Soviet Non-Aggression Pact, executed August 23, 1939. Au nord, la Finlande, l'Estonie et la Lettonie seraient incorporés à la sphère soviétique, la Pologne serait quant à elle divisée en cas de «réarrangement politique», les régions à l'est du Narew, de la Vistule et du San dépendraient de l'Union soviétique tandis que l'Allemagne occuperait l'ouest. La Lituanie, adjacente à la Prusse orientale, serait dans la sphère d'influence allemande, bien qu'un deuxième protocole secret convenu en attribue la majorité de la Lituanie à l'URSSChristie, Kenneth, Historical Injustice and Democratic Transition in Eastern Asia and Northern Europe: Ghosts at the Table of Democracy, RoutledgeCurzon, 2002, .

Début de la Seconde Guerre mondiale gauche|vignette|L'incident d'Orzel couvert dans le journal estonien Uus Eesti La Seconde Guerre mondiale commence avec l'invasion par l'Allemagne de la Pologne, un allié régional important de l'Estonie. Bien qu'une certaine coordination existe entre l'Allemagne et l'URSS au début de la guerre, l'Union soviétique communique à l'Allemagne nazie sa décision de lancer sa propre invasion dix-sept jours après l'invasion allemande, en raison, en partie, de la rapidité imprévue de l'effondrement militaire polonaisRoberts, Geoffrey The Soviet Decision for a Pact with Nazi Germany Soviet Studies, Vol. 44, No. 1 (1992), pp. 57–78).

Le , l'Allemagne envahit sa partie de la Pologne dans le cadre du pacte Molotov-Ribbentrop. Le , la Grande-Bretagne, la France, l'Australie et la Nouvelle-Zélande déclarent la guerre à l'Allemagne. Le , le sous-marin polonais ORP Orzeł atteint Tallinn, en Estonie. Le , l'Union soviétique envahit sa partie de la Pologne dans le cadre du protocole secret du pacte Molotov-RibbentropMolotov–Ribbentrop Pact's secret additional protocol. Au cours de cette invasion, une étroite coordination des activités militaires allemandes et soviétiques a lieu. Le a lieu l'incident de l'Orzeł; le sous-marin polonais s'échappe de Tallinn et se rend au Royaume-Uni; la neutralité de l'Estonie est alors mise en doute par l'Union soviétique et l'Allemagne.

droite|vignette|L'Armée rouge entre en Estonie en 1939. Le , avec l'imminence de la chute de la Pologne face à l'Allemagne nazie et à l'URSS, et à la lumière de l'incident d'Orzeł, la presse et la radio de Moscou commencent à désigner violemment l'Estonie comme "hostile" à l'Union soviétique. Des navires de guerre de la marine rouge apparaissent au large des ports estoniens et les bombardiers soviétiques commencent des patrouilles menaçantes au-dessus de Tallinn et de la campagne voisineMoscow's Week at Time Magazine on Monday, October 9, 1939. Moscou exige que l'Estonie autorise l'URSS à établir des bases militaires et à stationner sur le sol estonien pendant la durée de la guerre européenne. Le gouvernement estonien accepte l'ultimatum en signant l'accord correspondant le .

Le pacte est alors conclu pour dix ans:

L'Estonie accorde à l'URSS le droit de maintenir des bases navales et des aérodromes protégés par les troupes de l'Armée rouge sur les îles stratégiques dominant Tallinn, le golfe de Finlande et le golfe de Riga; L'Union soviétique accepte d'augmenter ses échanges commerciaux avec l'Estonie, et de donner à l'Estonie des facilités d'accès au ports soviétiques de la mer Noire et de la mer Blanche au cas où la Baltique serait fermée afin de lui permettre de continuer ses échanges commerciaux à l'international; L'URSS et l'Estonie s'engagent à se défendre mutuellement contre «l'agression de toute grande puissance européenne»; Il est déclaré: le pacte "ne devrait pas affecter" les "systèmes économiques et les organisations étatiques" de l'URSS et de l'Estonie.

Il n'y a alors pas de consensus dans la société estonienne sur les décisions que les dirigeants de la république d'Estonie prennent.

Lorsque les troupes soviétiques pénétrent en Estonie, les canons des deux pays se saluent mutuellement et des orchestres jouent à la fois l'hymne estonien et l'Internationale, l'hymne de l'URSS, à l'époqueNegotiator Stalin at Time Magazine on Monday, November 6, 1939.

Des demandes similaires sont transmises à la Finlande, à la Lettonie et à la Lituanie. La Finlande résisteFinnish Finish at Time Magazine on Monday, Nov. 20, 1939, et est attaquée par l'Union soviétique le 36-to-1 at Time Magazine on Monday, Dec. 11, 1939. L'attaque étant jugée illégale, l'Union soviétique est expulsée de la Société des Nations le Minus a Member at Time magazine on Monday, Dec. 25, 1939. La Finlande résiste pendant la guerre d'hiver jusqu'en , date à laquelle le Traité de paix de Moscou est signé.

La première perte de population pour l'Estonie est le rapatriement d'environ à germano-baltes vers l'AllemagneBalts' Return at Time Magazine on Monday, Oct. 23, 1939.

Occupation soviétique

droite|vignette|Schémas du blocus militaire soviétique et de l'invasion de l'Estonie en 1940 Au cours de l'été 1940, l'occupation de l'Estonie est menée comme une opération militaire régulière. , appuyés par 600 chars, se rassemblent pour l'invasion de l'Estonie. Cinq divisions de l'armée de l'air soviétique avec bloquent tout l'espace aérien de la Baltique. La flotte soviétique de la Baltique bloque les mouvements depuis la mer. Le NKVD soviétique reçoit l'ordre d'être prêt pour l'accueil de prisonniers de guerre.

Le , toutes les forces militaires soviétiques basées dans les États baltes sont placées sous le commandement d'Aleksandr Loktionov.

Le , la directive 02622ss/ov est donnée au district militaire de Leningrad de l'Armée rouge par Semion Timochenko pour qu'il soit prêt le à capturer les navires des marines estonienne, lettone et lituanienne dans leurs bases ou en mer; capturer les flottes commerciales estoniennes et lettones ainsi que tous les autres navires; débarquer et envahir Tallinn et Paldiski; fermer le golfe de Riga et bloquer les côtes de l'Estonie et de la Lettonie dans le golfe de Finlande et la mer Baltique; empêcher une évacuation des gouvernements, des forces militaires et des moyens estoniens et lettons; fournir un soutien naval pour une invasion vers Rakvere; et empêcher les avions estoniens et lettons de voler vers la Finlande ou la SuèdePavel Petrov, p. 154.

Le , la flotte soviétique de la Baltique reçoit l'ordre de mettre en œuvre un blocus militaire total de l'EstoniePavel Petrovdocuments publiés des archives d'État de la marine russe.