Le variant Gamma. du SARS-CoV-2, aussi appelé variant P.1 est un variant qui a émergé en dans la région brésilienne de Manaus, alors qu'aucune trace de ce variant n'avait été détectée jusqu'en .
Il est responsable d'une seconde vague extrêmement sévère dans la ville de Manaus alors que celle-ci semblait avoir atteint l'immunité collective en après que 76 % de la population avaient apparemment été exposés au SARS-CoV-2 Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic, sur science.sciencemag.org (consulté le 22 janvier 2021).
Mutations et problèmes sous-jacents Le variant P.1, proche du variant B.1.1.248 - détecté au Japon mais provenant également du Brésil, comporte de nombreuses mutations problématiques, plus que le variant VOC-202012/01 britannique (ou anglais). La mutation N501Y le rendrait plus contagieux, à l'instar du VOC-202012/01 et du variant 501.V2 sud-africain. Il présente aussi la mutation E484K, tout comme le variant B.1.1.28 et le variant 501.V2, ce qui pourrait le rendre plus résistant aux anticorps issus d'une infection passée (cette hypothèse semblant être confirmée par le cas de la deuxième vague de Manaus), mais pourrait aussi altérer, et au pire, inactiver, l'efficacité des vaccins à ARN actuellement développés sur les modèles d'autres souches.
La mutation E484K, également présente chez le variant Bêta, est sans doute liée avec un échappement immunitaire.
Au total, le variant Gamma présente 21 mutations, dont 17 mutations faux-sens remplaçant certains acides aminés, 3 délétions (suppression de certaines nucléotides) et même une insertion.
Foyers en dehors du Brésil En dehors du Brésil, en , le principal foyer d'infection est lié à la station de ski canadienne de Whistler en Colombie-Britannique du Canada..
Santé publique France note, le , que ce variant P1-V3 est "majoritaire parmi les souches circulant en Guyane". Du au , le variant brésilien est "à l'origine de plus de 76 % des contaminations dans la région"..
Détection Lors d'un test RT-PCR, le variant Gamma peut être distingué notamment par la mutation E484K, également présente chez le variant Bêta.
Statistiques
Cas par pays (mis à jour le 1 août 2021) GISAIDPaysCas confirmésDernier cas signaléÉtats-Unis21 60529 juin 2021Brésil12 46913 juin 2021Canada8 481Belgique1 5181 juillet 2021Mexique1 28524 juin 2021Chili2 14913 juin 2021Espagne78626 juin 2021Italie55129 juin 2021Pays-Bas51817 juin 2021Colombie3161 juin 2021Allemagne31222 juin 2021France28923 juin 2021Trinité-et-Tobago37515 juin 2021Argentine23612 mai 2021Guyane française22511 juin 2021Royaume-Uni20023 juin 2021Portugal17623 juin 2021Uruguay17115 avril 2021Suisse16221 juin 2021Aruba11620 juin 2021Japon13013 juin 2021Surinam10825 mai 2021Suède7014 juin 2021Paraguay534 mai 2021Danemark4929 juin 2021Haïti4720 mai 2021Luxembourg4721 mai 2021Équateur3618 juin 2021Costa Rica3221 mai 2021Irlande2727 mai 2021Peru5822 February 2021Austria2410 June 2021Malta2421 June 2021Turkey2329 March 2021Bolivia172 June 2021Venezuela1726 May 2021Czech Republic139 June 2021Dominican Republic1210 June 2021Paraiba123 mars 2021Israel1116 May 2021Singapore1011 June 2021Australia1625 April 2021New Zealand731 May 2021Norway715 June 2021Poland719 June 2021Koweït619 janvier 2021Afrique du Sud628 décembre 2020Curaçao628 mai 2021Roumanie625 mai 2021Jordanie528 avril 2021Slovénie431 mai 2021Taïwan428 janvier 2021Lituanie331 mai 2021Corée du Sud33 avril 2021Rio de Janeiro326 janvier 2021Chine217 avril 2021Croatie219 avril 2021République Démocratique du Congo212 février 2021Finlande223 mai 2021Bangladesh118 février 2021Barbade122 mai 2021Îles Caïmans117 juin 2021Îles Féroé112 janvier 2021Guam130 avril 2021Guyane118 janvier 2021Philippines121 février 2021Porto Rico19 juin 2021Liberia120 juin 2021Ghana115 avril 2021Papouasie Nouvelle Guinée15-7 avril 2021Arabie Saoudite131 janvier 2021Amazonas122 juin 2021Espirito Santo127 mai 2021Santa Catarina124 mai 2021Parana123 février 2021Guinea-Bissau222 février 2021Comores129 juin 2021Montserrat116 avril 2021Monde (78 pays)Total : 52 228Total au 1 août 2021
Références
Voir aussi
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