Variants du SARS-CoV-2

Le SARS-CoV-2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère) est le virus qui cause la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19). La séquence WIV04 / 2019 serait la séquence d'origine infectant les humains.. Comme tout virus, le SARS-CoV-2 a évolué et a créé des variants. Certains sont considérés comme d'une importance particulière. D614G est probablement la mutation la plus importante et l'une des plus répandues du SARS-CoV-2. Cette mutation empêche un mécanisme d'infection des globules blancs connu sous le nom de facilitation de l'infection par des anticorps.

Les coronavirus sont censés être stables dans la mesure où ils produisent une enzyme correctrice d’erreurs appelée « exoribonucléase ». D’après l’INSERM, le SARS-CoV-2 muterait ainsi deux fois moins rapidement que les virus grippaux.. Dans les faits, le SARS-CoV-2 se révèle assez mutagène...

vignette|Prélèvement nasopharyngé par écouvillon, pour test PCR (test d'amplification des acides nucléiques) de dépistage du SARS-CoV-2, ici à Strasbourg, le 21 août 2020.

Fin 2020 et début , trois variants problématiques sont identifiés : le variant alpha en Angleterre, le variant bêta en Afrique du Sud, et le variant gamma au Brésil. En 2021, au moins sept autres variants ont été recensés par l’OMS comme d’intérêt. Les variants les plus contagieux (de 50 à 75 % par rapport à la souche initiale) ont été successivement le variant alpha durant l', puis le variant delta identifié en Inde à partir du .

Fin 2022, de nouveaux variants dérivant de la souche Omicron circulent dans le monde. : BQ.1.1 en Europe ou XBB en Asie sont "surveillés du fait de leurs mutations sur la protéine Spike, leur conférant un potentiel pouvoir d’échappement immunitaire"https://francais.medscape.com/voirarticle/3609272?src=WNL_mdplsfeat_221102_mscpedit_fr&uac=264901PJ&impID=4820351&faf=1.

Ces variants ne remettent pas en cause l’efficacité des vaccins contre la Covid-19. Seules des combinaisons de mutations bien spécifiques sur la protéine S sont susceptibles en théorie de compromettre l'efficacité des vaccins. Une combinaison déjà identifiée pourrait être le trio de mutations.. : , et .

Nomenclature Aucune nomenclature pour les lignées évolutives du SARS-CoV-2 n'est universellement acceptée "6.8.7 Lineage classification". Genomic sequencing of SARS-CoV-2: a guide to implementation for maximum impact on public health. p. 56. Geneva: World Health Organization. 2021. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. ., cependant en , l’Organisation mondiale de la santé travaille sur une « nomenclature standard pour les variants du SARS-CoV-2 qui ne fait pas référence à une localisation géographique ».. Dans une lettre d'information datée du , l'OMS annonce nommer les variants par une lettre grecque.. L'OMS précise que « ces noms ne remplacent pas les noms scientifiques [attribués par d'autres], qui véhiculent des informations scientifiques importantes ».

Bien qu'il existe plusieurs milliers de variants du SARS-CoV-2, les sous-types du virus peuvent être placés dans des groupes beaucoup plus larges tels que les lignées ou les clades. Plusieurs nomenclatures différentes pour ces sous-types ont été proposées.

Catégorisation des variants variant préoccupant., VOC (variant of concern) variant d'intérêt, ou variant à suivre, VOI (variant of interest) également dénommé VUI (variant under investigation). variant en cours d’évaluation, ou variant sous surveillance, VUM (variant under monitoring)

Différentes nomenclatures Entités réalisant un nommage Nextstrain Nextstrain nomme les clades majeurs par le numéro de l'année et une lettre (les lettres sont successives, depuis « A », chaque nouvelle année)., par exemple : 19A, 19B, 20A. Pour un clade émergent, la notation comporte alors le nom du clade parent, et la mutation de nucléotide qui le définit (attention, la numérotation est par nucléotide, et non par codon), par exemple, 19A/28688C signifie : pour le clade 19A, en position de nucléotide 28688, la base nucléique est maintenant la cytosine (C). Une fois que le clade émergent a atteint les critères nécessaires, il est renommé comme clade majeur, par exemple : 19A/28688C devient 20D.

Les règles de nommage ont été révisées début . pour éviter les nommages géographiques tel 20A.EU1 (variant émergent en Europe). Une notation mixte 20H/501Y.V2 ou 20I/501Y.V1 est alors utilisée avec un numéro d'ordre : V1, V2

Lors de cette révision des règles, les noms des clades ont été conservés (rétrocompatibilité), sauf pour trois noms : 20A.EU1 devient « 20E (EU1) » – 20A.EU1 ayant été élevé au rang de clade (il devrait alors se nommer « 20E » uniquement) ; les parenthèses « (EU1) » établissent le lien entre l'ancien et le nouveau nom ; 20B/501Y.V1 devient 20I/501Y.V1 – nommage plus complexe : 20B/501Y.V1 ayant été élevé au rang de clade (nommé « 20I » uniquement), mais ayant été précédemment défini avec le nom « 501Y.V1 » seul, cette même terminaison a été conservée, sans provoquer de confusion ; 20C/501Y.V2 devient 20H/501Y.V2 – idem.

Le nom d'un clade émergeant s'effectue avec le nom du clade parent et, selon le numéro de nucléotide, la mutation qui le définit, par exemple : 20G/1927C signifie un changement de nucléotide (ici en cytosine – C) à la position 1927, dans le clade 20G. Cependant, afin de pouvoir nommer des mutations au niveau des codons, une règle a été définie pour attribuer des noms par mutation dans chaque cadre de lecture ouvert (ORF) codant chaque protéine, par exemple 20B/S.484K signifie une mutation du codon (ici codage de la lysine – K) à la position 484 dans la protéine S (notation « S. ») du virus. Les numéros de codons sont relatifs à chaque ORF.

thumb|left|500px|Nextstrain, , relations entre les clades .Les derniers clades définis sont 24C à 24I.

Depuis les noms attribués par l'OMS sont indiqués :

Depuis , les lignées Pango sont également indiquées :

GISAID En , GISAID avait défini huit clades. pour les variants du SARS-CoV-2. Les clades sont nommés d'après leur mutation essentielle. Depuis les deux clades initiaux, « S » et « L » (ces noms proviennent d'une étude préalable à celle de GISAID.), les autres clades sont :

Ces clades GISAID peuvent alors être affinés par la définition de lignées, comme celles de Lignées Pango.

Lignées Pango Le système de nomenclature « Lignées Pango » est un système standardisé et dynamique, désignant les variants alarmants du SARS-CoV-2 en fonction de la phylogénie.

Public Health England Lors de la détection d'un variant dans le Kent au sud-est de Londres, l'agence exécutive gouvernementale britannique Public Health England (PHE) a défini une nomenclature.

En , PHE a détecté un variant qui s'est révélé digne d'intérêt en , et l'a appelé, le , « first Variant Under Investigation in December 2020 ». (VUI-202012/01, pour Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01)... Ce variant a été rebaptisé « variant préoccupant » (Variant of Concern, VOC) le , soit alors « VOC-202012/01 »..

Mi-, PHE a modifié ses règles de nommage en : [VOC/VUI] – [deux derniers chiffres de l'année] – [trois caractères du mois] – [numéro de variant dans le mois sur deux digits].. Depuis lors, « VOC-202012/01 » est connu comme « VOC-20DEC-01 ».

Public Health England a également été chargé du séquencement du variant dit « sud-africain », en . Ce variant a alors reçu le nom de « VOC-202012/02 ».. Il est nommé « VOC-20DEC-02 » (synonymes : 501Y.V2, B.1.351)..

Pour les variants dits « brésiliens », Public Health England a effectué le séquençage d'un variant en , nommé « VUI-21JAN-01 » (synonymes : Zêta, ou – descendant de B.1.1.28), et d'un variant détecté au Japon, sur des voyageurs en provenance du Brésil, nommé « VOC-21JAN-02 » (synonymes : Gamma, ou – descendant de B.1.1.28).

Noms et équivalences Depuis le , l'OMS a défini la règle de nommage des variants, et catégorisé ces variants (//). Dans les tableaux suivants, c'est cette qualification qui est retenue.

Cependant, le nommage des variants, et leur catégorisation évolue dans le temps. Ainsi, l'état est ici indiqué pour la dernière publication de l'OMS connue : au .

. : • définition de la règle de nommage ; • publication des « Alpha », « Bêta », « Gamma » et « Delta » ; • publication des « Epsilon », « Zêta », « Êta », « Thêta », « Iota », « Kappa » ;

. : • publication du VOI « Lambda » ;

. : • classification de nouvelles lignées, pour les variants Bêta et Gamma : outre B.1.351, Bêta est maintenant défini comme B.1.351 B.1.351.2 + B.1.351.3 outre P.1, Gamma est maintenant défini comme P.1 P.1.1 + P.1.2 • surveillances additionnelles introduites pour les variants Alpha et Gamma : pour Alpha, surveillance des mutations S:484K et S:452R ; pour Gamma, surveillance de la mutation S:417N ;

. : • surveillances additionnelles introduites pour les variants Bêta et Delta : pour Bêta, surveillance de la mutation S:L18F ; pour Delta, surveillance de la mutation S:417N ; • les variants Epsilon, Zêta, Thêta sont requalifiés de à ; • les variants sont publiés : B.1.427/B.1.429 (ex- ) P.2 (ex- ) P.3 (ex- ) R.1 & R.2 B.1.466.2 B.1.621 AV.1 B.1.1.318 B.1.1.519 AT.1 C.36.3 + C.36.3.1 B.1.214.2

. : • classification d'une nouvelle lignée intégrée au variant Delta : outre B.1.617.2 + AY.1 + AY.2, Delta est maintenant défini comme B.1.617.2 + AY.1 + AY.2 AY.3 • les variants B.1.1.523, B.1.619 et B.1.620 sont ajoutés à la liste des .

. : • dans la liste des , retrait de AV.1 & AT.1, qui ne sont maintenant plus suivis ;

. : • classification de nouvelles lignées, pour des noms de variants existants : outre P.1 + P.1.1 + P.1.2, Gamma est maintenant défini comme P.1 + P.1.1 + P.1.2 P.1.4 + P.1.6 + P.1.7 outre B.1.617.2 + AY.1 + AY.2 + AY.2, Delta est maintenant défini comme B.1.617.2 + AY.1 + AY.2 + AY.3 AY.3.1 • dans la liste des : retrait de (ex- ), (ex- ) et R.2, qui ne sont maintenant plus suivis ; la surveillance de B.1.619 est étendue à celle de B.1.619 B.1.619.1 ; la surveillance de B.1.621 est étendue à celle de B.1.621 B.1.621.1 ;

. : • classification de nouvelles lignées, pour des noms de variants existants : outre B.1.1.7, Alpha est maintenant défini comme B.1.1.7 Q.* (c.-à-d. B.1.1.7.* — « * » signifiant « n'importe quel suffixe » ) ; outre B.1.351, Bêta est maintenant défini comme B.1.351 B.1.351.2 + B.1.351.3 ; Gamma, auparavant défini comme P.1 + P.1.1 + P.1.2 + P.1.4 + P.1.6 + P.1.7, est maintenant réduit à P.1 + P.1.4 + P.1.6 + P.1.7 ; Delta, auparavant défini comme B.1.617.2 + AY.1 + AY.2 + AY.3 + AY.3.1, est maintenant défini comme B.1.617.2 AY.* (c.-à-d. B.1.617.2.*) — « * » signifiant « n'importe quel suffixe » ) ;

. : • classification de nouvelles lignées, pour des noms de variants existants : Gamma, auparavant défini comme P.1 + P.1.4 + P.1.6 + P.1.7, est maintenant réduit à P.1 ; • publication du « Mu » (synonyme de B.1.621) ;

. : • dans la liste des , ajout de C.1.2 ;

. : • les variants Êta, Iota, Kappa ont été requalifiés de à le ;................................

Variants préoccupants (VOC) Les variants Alpha, Bêta, Gamma, Delta et Omicron sont classés par l'OMS comme préoccupants.