L'église inférieure de la basilique Saint-François d'Assise est l'une des deux structures qui composent la basilique Saint-François à Assise, avec l'église supérieure. Comprenant une crypte (dans laquelle se trouvent les restes du saint et de ses frères les plus proches) et magnifiquement décorée de fresques par certains des plus grands artistes italiens du , elle est accessible depuis la place inférieure de l'édifice, par un portail qui mène de la colline, sur le côté gauche de la nef.
Histoire La construction de la basilique d'Assise commence par la construction de l'église inférieure, sorte d'immense crypte destinée à abriter les reliques du saint. Le pape Grégoire IX en pose la première pierre le lendemain de la canonisation de François d'Assise, le , et elle est achevée, pour l'essentiel, en 1230, lorsque les restes du saint y sont transférés. A cette occasion, Grégoire IX offre pour la décorer un crucifix orné de pierres précieuses et contenant un fragment de la Vraie Croix.
Description générale vignette| Le portail d'entrée. vignette|Intérieur de l'église inférieure. L'entrée de l'église est constituée par un élégant portail à double portes de la seconde moitié du , surmonté d'une rosace et précédé d'un protiro Renaissance du sculpteur Francesco di Bartolomeo da Pietrasanta. Il est composé d'une arche soutenue par deux colonnes avec un fronton décoré de mosaïques (Saint François bénissant) et une frise à deux festons. Le portail gothique a été achevé avant 1271Umbria, cit., ..
Les portes en bois sont de Niccolò Ugolinuccio da Cagli à gauche (1550) et Pompeo Scurscione da Foligno à droite (1573).
L'intérieur se présente sous la forme d'une croix de saint Antoine avec une seule nef comprenant cinq travées, couvertes par des croisées d'ogive, tandis que le transept est fermé par des voûtes en berceau. Bien que le style soit principalement gothique, l'austérité de l'ensemble fait toujours référence au style roman. La première travée est allongée latéralement pour former un long narthex de forme plus résolument gothique, au bout duquel, du côté opposé au portail, se trouve l'abside polygonale de la chapelle Sainte-Catherine (aussi nommée chapelle du Crucifix) et celle, parallèle à la nef, de la chapelle Saint-Antoine Abate.
L'accès aux chapelles latérales est marqué le long de la nef par de grands arcs brisés.
Travée d'entrée La travée d'entrée de la basilique inférieure a été construite en 1271, lorsque deux travées ont été ajoutées à l'église d'origine de 1230. Cette partie de la basilique inférieure est maintenant utilisée pour les célébrations des messes ordinaires et est décorée de peintures de maîtres du .
Immédiatement à gauche du portail, se trouve la petite chapelle Saint-Sébastien, avec une fresque de Girolamo Martelli qui a également peint le retable (1646). Sur le mur adjacent à droite, se trouve la fresque de la Madonna della Salute d'Ottaviano Nelli (1422) et d'autres fresques de Cesare Sermei et Girolamo Martelli (1646-1647). Sur le côté opposé, un monument sépulcral, œuvre du avec un édicule à baldaquin de style gothique, abrite la sépulture de Giovanni dei Cerchi. Elle est surmontée d'un vase en porphyre à deux anses offert par une reine de Chypre, peut-être Isabelle d'Ibelin décédée en 1267. La table d'autel, faite avec une seule dalle de pierre, proviendrait également de l'île grecque.
Près du centre de la travée, presque en ligne avec l'autel principal, la chaire dite « cantoria » fut érigée sur un monument sépulcral du par la famille Nepis en 1458. L'œuvre, d'un artiste local, présente des ornements en majolique et une balustrade du . Le rebord comporte des incrustations de marbre blanc et rouge de Subasio (refaites en 1657) dans lesquelles se trouvent des panneaux avec au-dessus, sculptés en caractères dorés, les textes de trois bulles pontificales qui listent les privilèges de la basilique. La lunette est décorée d'une fresque (Couronnement de la Vierge et l'Éternel) de Girolamo Martelli.
Un peu plus loin se trouve le monument sépulcral de Jean de Brienne, roi titulaire de Jérusalem et empereur de Constantinople (comme le rappellent les armoiries), œuvre d'un sculpteur de la fin du , fortement influencé par le gothique français. Il est décoré par un personnage couronné sur son lit de mort et un autre à cheval sur un lion aux jambes croisées et aux traits vaguement féminins. Les fresques de cette partie de la travée sont de Cesare Sermei (1645)Umbria, cit., ..
Chapelle Saint-Antoine Abbé La chapelle Saint-Antoine Abbé est située dans la partie la plus au nord de la travée de l'entrée et a une forme polygonale. Elle abrite deux monuments sépulcraux, ceux de Blasco Fernandez et de son fils Garcia, tué lors d'une visite au duché de Spolète, en 1367. Les monuments sont l'œuvre d'un artisan local du .
Une ouverture dans le mur de gauche donne accès au cimetière, autrefois un cloître, composé d'un double ordre de galeries conçu par les tailleurs de pierre lombard Pietro et Ambrogio en 1492-1493. Sur le sol et les murs se trouvent des tombes du .
Chapelle Sainte-Catherine Devant l'entrée se trouve la chapelle Sainte-Catherine, ou chapelle du Crucifix, construite avant 1343, dans laquelle le cardinal Egidio Albornoz a été enterré avant que le corps ne soit translaté en Espagne en 1372. La chapelle, également de forme polygonale et recouverte dans le bas de marbre blanc et rouge, est décorée d'un cycle de fresques dédié à sainte Catherine, du bolonais Andrea Bartoli (1368). Le même artiste a peint le Portrait du cardinal Albornoz à genoux devant trois saints. Les fenêtres à meneaux se détachent, avec des vitraux du représentant dix-huit saints, probablement dessinés par Andrea da Bologna lui-même et exécutés par Giovanni di Bonino et ses collaborateurs.
Nef vignette| Maître de San Francesco, Prédication aux oiseaux. L'intérieur de l'église inférieure présente un plan en forme de croix de saint Antoine (ou égyptienne) rappelant un Tau, symbole cher à François. À la fin du , la structure romane initiale a été modifiée (une seule nef comportant quatre travées), les chapelles le long des murs latéraux et le narthex ont été ajoutés. L'introduction des chapelles a obligé à fermer des fenêtres le long de la nef, créant une pénombre qui induit la méditation. Le sol penche légèrement vers le maître-autel.
Des fragments de fresques sont peints sur les murs de la nef centrale représentant des Histoires de la vie de saint François et des Histoires de la Passion du Christ, pour la plupart perdues à la suite de l'ouverture des chapelles latérales. Le cycle des fresques est le plus ancien du complexe de la basilique et remonte à environ 1253. Il est attribué à un maître ombrien, influencé par la peinture de Giunta Pisano (appelé par les critiques d'art le Maître de San Francesco). Il présente un intérêt particulier d'un point de vue iconographique, pour son développement des histoires du saint d'Assise avant les célèbres scènes de la église supérieure.
Les voûtes à croisées d'ogive sont ornées d'un ciel bleu parsemé de grandes étoiles. Sur les nervures, la décoration géométrique aux couleurs vives remonte également au milieu du et présente un intérêt particulier en raison de sa rareté.
Chapelles latérales du côté droit
Chapelle Saint-Étienne La première chapelle sur le côté droit de la nef est nommée Santo Stefano ou San Ludovico. Elle est décorée d'un cycle de fresques de 1575 de Dono Doni d'Assise avec des Histoires de la vie de saint Étienne. L'arc d'entrée présente des fresques allégoriques du de Giacomo Giorgetti (vers 1650), tandis qu'un vitrail du avec le Rédempteur, la Vierge et les Saints, dont la conception est attribuée à Simone Martini et l'exécution à Giovanni di Bonino avec son collaborateur Angeletto da Gubbio est disposé dans la fenêtre à quatre panneauxUmbria, cit., ..
Le passage qui met cette chapelle en relation directe avec la chapelle suivante, constituait autrefois une autre chapelle dédiée à saint Laurent, et est décoré avec des fresques de la fin du attribuées à Andrea da Bologna, représentant le Martyre de saint Laurent, la Prière dans le jardin et l'Arrestation du Christ.
Chapelle Saint-Antoine de Padoue La deuxième chapelle est dédiée à saint Antoine de Padoue, avec des fresques de Cesare Sermei (1610) représentant des saints mineurs (dans l'archivolte), Les Saints François, Bonaventure, Claire et Ludovic (voûte), Saint Antoine prêchant devant le pape et le Miracle de la mule (murs).
La fenêtre à quatre panneaux comporte un vitrail datant d'un peu avant 1317. Probablement conçu par les maîtres giottesques qui ont travaillé sur les fresques des chapelles voisines, il a probablement été réalisé par Giovanni di Bonino.
Chapelle de la Madeleine vignette| Noli me tangere, Chapelle de la Madeleine.
L'évêque d'Assise Tebaldo Pontano, en fonction de 1296 à 1329, a commandé la décoration de la troisième chapelle, appelée chapelle de la Maddalena, à Giotto et à ses collaborateurs, qui y ont probablement travaillé immédiatement après la chapelle Scrovegni de Padoue, à partir de 1305 (probablement en 1307-1308).
L'attribution au maître a été discutée : initialement exclue par la plupart des historiens qui renvoyaient l'ensemble de la décoration à l'atelier ou à des élèves doués avec une date ultérieure, qui peut être située jusqu'aux années vingt du et au-delà, quelques pièces ont ensuite été mises en évidence dans lesquelles la main de Giotto lui-même serait intervenue, notamment la Résurrection de Lazare, le Débarquement à Marseille et Marie Madeleine avec Zosime. Bernard Berenson est même allé jusqu'à interpréter la Cène dans la maison du Pharisien et le clipeus dans la voûte comme des autographes de Giotto. D'autres, à partir de Thode, émettent l'hypothèse d'une conception générale du maître, le projet étant réalisé par l'atelierUmbria, cit., ..
Chapelles du côté gauche
Chapelle Saint-Martin thumb|Simone Martini, fresques de la chapelle Saint-Martin, détail.
La première chapelle sur le côté gauche de la nef est la chapelle Saint-Martin, construite pour le cardinal Gentile Partino da Montefiore et peinte entre 1313 et 1318 environ par le siennois Simone Martini avec les histoires de la vie du saint.
Chapelle Saint-Pierre d'Alcantara Située dans la deuxième baie, sa taille est réduite du fait de la présence du campanile. Aujourd'hui, elle est décorée de sculptures modernes.
Tribune Dans la troisième travée du bas-côté gauche, se trouve la tribune gothique, où une chaire ornée de marbre polychrome, de colonnes torsadées et de mosaïques, œuvre cosmatesque du , fait saillie d'un côté.
La niche au-dessus de la galerie est décorée de fresques attribuées à Puccio Capanna : le Couronnement de Marie (au centre), le Miracle et le Martyre de saint Stanislas (côtés), Stanislas de Szczepanów ayant été proclamé saint à Assise en 1253 par le pape Innocent IV. La Crucifixion est l'œuvre d'un disciple tardif de Giotto.
Sous la galerie, la fresque de la bienheureuse Jacqueline de Septisoles, dont la tombe se trouve dans la crypte, remonte au .
Crypte et tombeau du saint vignette| Tombeau de Saint François.