vignette|redresse=1.5|La cathédrale Sainte-Sophie, siège du Patriarcat médiéval d'Ohrid.
La religion joua un rôle essentiel dans l’édification du Premier Empire bulgare. Alors que l’aristocratie des boilas proto-Bulgares était initialement tengriste (avec la divinité Tangra), les populations soumises (slaves, grecques, valaques, albanaises…) avaient déjà été christianisées durant l’antiquité tardive, sous l’Empire romain d'Orient. Parmi les Slaves, certains étaient restés fidèles à la mythologie slave.
Le christianisme commença à se répandre dans la noblesse proto-Bulgare sous le règne du khan Kroum au début du , mais ce ne fut qu’à la fin de ce siècle que le khan Boris se convertit avec tous ses boilas, non sans révoltes de la part de certainsLes boyards convertis de force se révoltèrent en 865 : Boris les réprima dans le sang et fait exécuter 52 familles de boyards, enfants compris.. Boris hésita entre les formes romaine et byzantine du christianisme cherchant surtout à obtenir la plus grande autonomie possible pour la future Église nationale. Des négociations amorcées avec Rome conduisirent Constantinople à reconnaitre en 870 l’existence d’une Église nationale bulgare (archevêché de Pliska).
La nouvelle Église avait à sa tête un archevêque qui dépendait de Constantinople, ce qui ne satisfaisait pas Siméon , lequel aspirait au titre d’empereur. Après la bataille d’Anchialos de 917, il convoqua un concile qui éleva l’archevêque Léonce au rang de patriarche, décision que n’acceptèrent les Byzantins que sous le successeur de celui-ci. Lors de la chute finale du Premier Empire bulgare en 1081, le patriarcat fut aboli, son titulaire rétrogradé au rang d’archevêque (entre-temps établi à Ohrid), mais conserva une certaine autonomie en étant placé sous la juridiction personnelle de l’empereur byzantin et non du patriarche de Constantinople.
Sous le règne de l’empereur Pierre se développa un christianisme d'inspiration paulicienne, le bogomilisme, qui essaima dans les Balkans et de là en Italie et en France (patarins, cathares). Il s’agissait d’une version dualiste de la foi, postulant que Dieu avait créé la lumière et le monde invisible, spirituel, tandis qu’on devait à Satan les ténèbres et le monde visible, charnel. Leur doctrine les conduisit à rejeter l’État et à prêcher la désobéissance civile, ce pourquoi ils furent en butte à la persécution des autorités civiles qui ne purent toutefois éradiquer le mouvement.
La Bulgarie païenne thumb|left|Inscription en grec sur pierre portant les mots « kanas bigiom ourtag » (Kanas(u)bigi Omourtag) dans les deux premières lignes (Madara, Bulgarie).
Au cours des deux premiers siècles qui suivirent sa fondation, l’État bulgare demeura païen : proto-Bulgares et Slaves étaient nombreux à continuer de pratiquer leurs religions traditionnelles, respectivement le tengrisme et la religion slaveAngelov et alii (1981) , comme le confirme une inscription sur pierre: « Kanasubigi Omurtag, divin souverain, […] offrit des sacrifices à TangraBesheliev (1992) . Le souverain (khan) jouait un rôle important dans la vie religieuse : il était à la fois le grand-prêtre et celui qui accomplissait les ritesAngelov & alii (1981) . Un important sanctuaire dédié au culte de Tangra existait près du village moderne de Madara. Nous connaissons quelques rituels tengristes, décrits par Ignace le Diacre lorsque l'empereur Léon V l'Arménien (r. 813-820) et le khan Omourtag (r. 814-831) conclurent en 816 une paix de 30 ans, prêtant serment chacun selon les rites de l’autre. Ainsi, Léon V dut verser l’eau d’un vase par terre, mettre à l’envers une selle sur un cheval, toucher une triple bride, jeter une motte de terre vers le ciel et sacrifier des chiens au cours de la cérémonie de signature, ce qui suscita les critiques du clergé chrétien byzantinAndreev & Lalkov (1996) Fine 1991, Selon Louis Bréhier, les deux dirigeants auraient juré chacun selon ses propres rites. Il estime qu'Ignace le Diacre, hostile envers Léon, aurait essayé de le discréditer en l'accusant de s'être adonné à des pratiques païennes.. L’eau versée rappelait que si le serment était brisé, le sang coulerait. La selle à l’envers signifiait que celui qui violerait le serment ne pourrait monter son cheval ou en tomberait mort pendant le combat. La triple bride symbolisait l’irrévocabilité de l’accord. La motte de terre jetée au vent rappelait que l’herbe ne repousserait pas dans le pays de celui qui violerait ce serment. Enfin, sacrifier un animal, le couper en deux et prêter serment entre les deux morceaux était une pratique courante chez les peuples cavaliers : cela scellait le traité selon la formule « que je sois coupé en deux si je m’en dédis ».
thumb|right|Les Gromoviti znaci (signes du tonnerre) sont les symboles du dieu slave Péroun. Gravés sur les poutres des maisons dans les sklavinies (joupanats slaves), ils étaient censés protéger de la foudre.
Pour leur part, les Slaves étaient en partie christianisés, mais Procope signale que certains étaient restés fidèles à leurs propres divinités. Le dieu suprême était celui du tonnerre et des éclairsAndreev & Lalkov (1996) dont nous savons par d’autres sources qu’il se nommait Péroun. Procope note également que les Slaves, même devenus chrétiens, vénéraient les rivières et croyaient aux nymphes, croyances qui se retrouvent dans les traditions populaires bulgares contemporaines, comme les samodivas, halas, vilas, roussalkas, dragons slaves et autres. Au cours des sacrifices, les Slaves pratiquaient la divination. Pour les Slaves christianisés, le culte de Péroun se confondit avec celui du prophète Élie.
thumb|right|Omourtag ordonne le massacre des chrétiens (Skylitzès : chronique de Madrid).
Dans les Balkans, le christianisme était présent depuis le , généralisé au , et commença à se diffuser parmi les Slaves au et parmi les proto-Bulgares au début du . Sa diffusion fut facilitée par les guerres victorieuses du khan Kroum (r. 803-814)Fine (1991) . Son administration comptait de nombreux chrétiens grecs, slaves, albanais, valaques ou arméniens dont certains étaient même assistants du kavhan (sorte de premier ministre) et du ichirgu-boila (sorte de ministre des Affaires étrangères)Fine (1991) Fine (1991) . Beaucoup de ces chrétiens, notamment grecs, maintenaient des liens avec la cour byzantine, ce qui suscitait la méfiance des boilas tengristes, et se traduisit par une persécution à grande échelle des chrétiens sous les règles des khans Omourtag et MalamirFine (1991) .
Omourtag et sa noblesse voyaient dans ces chrétiens des agents d’influence byzantins et craignaient que cette religion, dont la hiérarchie était basée à Constantinople, ne constituât une menace pour l’indépendance bulgare : il y eut des exécutions, notamment celles de deux des cinq strategoi qui servaient sous Kroum, de Léon et Jean, métropolite d’Odrin et évêque de Develthos, et d’autresBozhilov & Gyuzelev (1999) . La liste des martyrs chrétiens parvenue jusqu’à nous comporte des noms slaves ou grecs, mais aussi proto-bulgares (Asfer, Kouber). L’attitude dogmatique de certains chrétiens envers les païens était considérée comme une insulte par l’élite bulgare tengriste. Ainsi Omourtag reprit-il un chrétien durant un entretien : « N’humiliez pas nos dieux, car grand est leur pouvoir. À preuve, nous qui les adorons, avons pris l’ensemble de ce pays » [les Balkans] « à l’État des Romains »Bozhilov & Gyuzelev (1999) . Toutefois, en dépit de toutes ces mesures, le christianisme continua à se diffuser jusqu’au sein de la famille du khan. Enravota, l’aîné d’Omourtag, d’abord simplement favorable au christianisme, fut déshérité, à la suite de quoi, n’ayant plus rien à perdre, il se convertit définitivement. Ayant refusé d’apostasier, il fut exécuté sous l’ordre de son frère Malamir vers 833, devenant le premier saint bulgareBozhilov & Gyuzelev (1999) . L’attitude des dirigeants bulgares à l’endroit de la chrétienté est illustrée par l’inscription dite « de Philippe » du khan Pressiyan (r. 836-852) : […] « Si quelqu’un cherche la vérité, Dieu l’observe. Et si quelqu’un ment, Dieu l’observe aussi. Les Bulgares firent beaucoup de bien aux chrétiens et ceux-ci l’oublièrent. Mais Dieu observe ! »Bozhilov & Gyuzelev (1999) ..
Conversion au christianisme thumb|left|Le baptême de Boris d’après la chronique de Skylitzès de Madrid.
En 863, le successeur de Pressiyan , le khan Boris (r. 852-889) décida de devenir chrétienFine (1991) . Les sources ne donnent pas les raisons de cette conversion, mais une élite bulgare païenne et persécutant ses sujets chrétiens, ne pouvait compter sur leur fidélité et souffrait d’un déficit de reconnaissance politique dans une Europe déjà profondément chrétienne au Whittow (1996) , tandis que sa conversion pourrait en faire un partenaire fréquentable pour les autres États chrétiens. Au cours de la même période, de sérieux indices montrent que la Bulgarie entretenait également des relations avec le monde musulman, soit directement, soit par le truchement de la Bulgarie de la Volga qui avait adopté l’islam à cette même période ; mais la Bulgarie du Danube était trop éloignée d’un quelconque pays musulman pour en tirer un bénéfice politiqueWhittow (1996) . De plus, en faisant du khan un « autocrate » choisi « par la grâce de Dieu », le christianisme permettrait au khan de s’élever au-dessus de la noblesseNew Cambridge Medieval History, vol. 2, (1995) Fine (1991) . Enfin, le christianisme constituait un excellent moyen d’allier l’élite proto-Bulgare et ses sujets chrétiens en un seul peuple uni par une religion commune.
Boris s’enquit donc d’un éventuel baptême auprès de Louis II de Germanie en 863 alors que la Bulgarie était attaquée par l'Empire byzantin et que famines et catastrophes naturelles se multipliaient. Il avait conclu une alliance avec les Francs orientaux en 860, estimant que la grande distance entre les deux royaumes limiterait l’influence franque sur la future Église bulgare, alors que la proximité géographique des Byzantins leur permettrait de s’immiscer dans les affaires religieuses bulgares. L’Empire byzantin souhaitait naturellement placer l’Église bulgare sous la juridiction du patriarcat byzantin, espérant l’utiliser comme levier pour orienter les politiques bulgares en sa faveur et l’empêcher de devenir un outil de la papautéFine (1991) . Au moment où Michel III (r. 842-867) envahit la Bulgarie, l’armée bulgare était déployée au nord-est face à la Grande-Moravie et Boris fut contraint de négocierWhittow (1996) . La seule exigence byzantine fut que Boris adopte le christianisme sous sa forme byzantine et qu’il accepte le clergé byzantin pour évangéliser ses boyards. Boris dut se soumettre et fut baptisé en 864, adoptant le nom de son parrain, MichelFine (1991) .
Les postes les plus importants de la nouvelle Église bulgare furent confiés à des hiérarques grecs. Conscient des dangers qu’une dépendance spirituelle pourrait causer à l’indépendance nationale, Boris préférait assurer l’autonomie de l’Église bulgare en plaçant à sa tête un patriarche slaveFine (1991) . Les Byzantins refusant toute concession sur ce point, Boris se servit de la rivalité existant dans la pentarchie chrétienne entre le patriarcat de Constantinople et la papauté de RomeWhittow (1996) qui ne reconnaissait ni la pentarchie, ni la juridiction constantinopolitaine sur la Bulgarie et la Grèce continentale, car à l’époque justinienne et jusqu’à Léon III l'Isaurien, ces territoires relevaient de l’Église de Rome.