vignette|Virions du SARS-CoV-2 (colorisés). L'origine du SARS-CoV-2 est incertaine. Le réservoir animal initial se trouve chez une chauve-souris du genre Rhinolophus. Son adaptation à l'humain pourrait résulter d’un passage direct des chauves-souris aux humains ou d’une transmission impliquant un hôte intermédiaire, via un mécanisme de saut de la barrière des espèces. L'hypothèse d'un accident de laboratoire de virologie fait partie des scénarios possibles, même si la zoonose reste l'hypothèse privilégiée. L'identité, le lieu, le temps et le mécanisme de transmission au « patient zéro » doivent encore être élucidés.
Le National Intelligence Council et quatre autres agences estiment n'avoir . En , le département de l'Énergie des États-Unis considère la théorie de l'accident de laboratoire (lab leak theory) comme la source la plus probable de l'origine du Covid-19.. Le Federal Bureau of Investigation (FBI) considère déjà cette hypothèse comme la plus probable en ., bien que de nombreux scientifiques la remettent en cause dû à un manque de preuve allant dans ce sens. En effet, aucune preuve ne démontre que le SARS-CoV-2 ait existé en laboratoire avant la pandémie, ni qu'il y ait eu une quelconque fuite de laboratoire.
Quoi qu'il en soit, l'Académie nationale de médecine émet des recommandations .
Contexte Chronologie de la propagation
En et , une épidémie à pneumopathie éclate en Chine et touche surtout la province du Hubei. Le marché de gros de fruits de mer de Huanan, à Wuhan, est désigné comme épicentre de l'épidémie par les autorités locales le .. Il est fermé le lendemain même, le . Le marché de Huanan a la particularité d'offrir une grande diversité de produits issus de la faune sauvage.. Les premiers symptômes attribuables au SARS-CoV-2 seraient toutefois apparus dès le chez un patient n'ayant pas fréquenté ce marché..
Le premier cas exporté hors de la Chine continentale est découvert le en Thaïlande.. La situation se dégrade rapidement au niveau mondial, et l'épidémie est déclarée urgence de santé publique de portée internationale par l'OMS le .. C'est la sixième fois seulement que l'OMS déclenche ce niveau d'alerte dans son histoire.. Dans les premières semaines de l'épidémie de 2019-2020, le virus se propage via des voyageurs vers différents pays d'Asie..., le en Amérique du Nord., le , en Australie., en Europe.., le en Afrique. et le en Amérique du Sud.. Il s'agit là des premiers cas recensés, en réalité le virus est probablement arrivé plus tôt sur chacun de ces territoires, en y passant inaperçu. Le SARS-CoV-2 circulait probablement en France dès ..
Mi-, le plus important foyer hors de Chine est le paquebot de croisière , en quarantaine dans le port de Yokohama.. Dans la troisième semaine de février des foyers secondaires d'importance émergent en Corée du Sud, en Italie et en Iran., faisant craindre une installation durable de l'épidémie au niveau mondial.. Cette crainte se confirme début mars : le , le directeur général de l'OMS déclare que « la COVID-19 peut être qualifiée de pandémie »..
Question de l'hôte intermédiaire
Il est généralement admis que la transmission zoonotique des coronavirus de la chauve-souris à l'humain passe par une espèce animale intermédiaire. Cet hôte intermédiaire serait un prérequis : les récepteurs comme l'ACE2 sont différents entre un humain et une chauve-souris.. Ainsi il est suggéré que le SARS-CoV-1 a passé la barrière inter-espèce via la civette. Le taux d’identité entre le génome du SARS-CoV-1 humain et celui de la souche de civette la plus proche était de 99,52 %. Concernant le MERS-CoV, il est suggéré que la transmission s'est faite via le dromadaire.
De nombreuses hypothèses ont émergé concernant l'hôte intermédiaire du SARS-CoV-2. Une première hypothèse, reprise par la presse, a suggéré deux espèces de serpents, Bungarus multicinctus et Naja atra., mais cette hypothèse a rapidement été écartée... Aucun coronavirus n'est connu à ce jour chez les animaux à sang froid : ils infectent des oiseaux ou plus souvent des mammifères..
Des experts.. ont avancé l'hypothèse d'un pangolin, un mammifère en danger d'extinction qui fait l'objet d'une consommation illégale en Chine, et qui était en vente sur le marché de Wuhan. On trouve chez le pangolin javanais Manis javanica des coronavirus quasiment identiques, en particulier pour leur spicule protéique.... Néanmoins, le taux d’identité des nucléotides des pangolins dans la région RBD atteint à peine 89 %, un pourcentage bien inférieur aux taux observés entre les souches de virus isolées chez l’humain et celles infectant les derniers intermédiaires animaux lors des précédentes transmissions zoonotiques comme le SARS-CoV-1.
En 2020, il est constaté que de nombreux animaux peuvent être infectés par le SARS-CoV-2 : les singes, les félidés (chats, tigres), les lapins, le chien viverrin, les furets et le hamster. Il est suggéré que l'infection est le plus souvent bénigne, voire asymptomatique. Le vison d'Amérique est capable de retransmettre la Covid à l'humain. Dans des élevages contaminés, 68 % des personnes en contact ont été infectées au SARS-CoV-2 par des visons.. Pour cette raison de visons ont été abattus au Danemark.. Enfin, alors qu’auparavant, le SARS-CoV-2 ne pouvait infecter que des rongeurs transgéniques porteurs du récepteur ACE2 humain, depuis 2021 avec l'apparition des variants anglais, sud-africain et brésilien, il a été constaté que le virus se transmet facilement aux rongeurs « sauvages », faisant craindre une accélération incontrôlable de l'évolution des mutants du SARS-CoV-2...
En , Florence Débarre découvre dans des données génétiques en ligne que celles-ci montrent pour la première fois que des animaux sensibles au coronavirus étaient présents sur le marché de Wuhan. Conformément aux règles de la base de données Gisaid, son équipe contacte les scientifiques chinois qui ont mis en ligne les données génétiques pour leur demander la permission de les analyser, ce qui, selon elle, a été accordé. Un jour plus tard, ils envoient un e-mail pour partager leur découverte de la présence d'ADN de chien viverrin dans les séquences. Le lendemain, les dossiers sont rendus inaccessibles, apparemment à la demande des chercheurs chinois, dont le virologue George Gao Michael Safi et Eli Block, ‘Being truthful is essential’: scientist who stumbled upon Wuhan Covid data speaks out, theguardian.com, 28 mars 2023. Cette découverte, selon The Guardian, suscite plusieurs questions : « Pourquoi les résultats des prélèvements effectués dans les premiers mois de Covid-19 ont-ils été cachés à la communauté scientifique pendant plus de trois ans ? Pourquoi la première version de l'étude chinoise affirmait-elle n'avoir trouvé aucun ADN de chien viverrin ? Et pourquoi les séquences génétiques ont-elles été discrètement téléchargées sur Gisaid puis retirées de la vue du public ? ».
Mutation Le plus proche parent du SARS-CoV2 est le RaTG13 (anciennement appelé Ra4991..) qui a été découvert en 2013 chez les chauves-souris du Yunnan en Chine.. La séquence génomique du RaTG13, issue de l'étude d'un échantillon collecté en 2013 par l'institut de Wuhan, a été publiée en 2020 par Shi Zhengli de l'institut virologique de Wuhan . Une partie du génome du RaTG13 avait déjà été séquencée par l'institut de Wuhan en 2016 sous le nom de Ra4991.. Mais des spécialistes indiquent que RaTG13 a une différence majeure avec Ra4991 au niveau de la partie du génome correspondant à la protéine spike., alors que Shi Zhengli avait affirmé que le RaTG13 était un virus déjà connu sous le nom Ra4991.
Le SARS-CoV-2 contient un site de clivage de furine, cette insertion est récente, puisqu’aucun virus dans le reste de la famille des SARS-CoV., ni aucun virus connu proche de SARS-CoV-2 ne la contient.
Enquêtes La maladie est provoquée par l'infection par le virus appelé du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Le SARS-CoV-2 semble être lié à des coronavirus provenant de chauves-souris. L'hypothèse d'une propagation aux humains par transfert zoonotique est affaiblie par l'absence de preuve qu'un animal ait été contaminé par ce virus. L'hypothèse d'une fuite accidentelle de laboratoire n'est pas à écarter.
Son histoire évolutive, l'identité et la provenance de ses descendants les plus récents, le lieu, le temps et le mécanisme de transmission de la première infection humaine restent à ce jour inconnus..
Les autorités sanitaires en Chine et à l'étranger ont averti que les efforts de recherche sur l'origine de ce coronavirus pourraient prendre des années et que les résultats pourraient ne pas être concluants. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) déclare qu'à l'issue de l'une de ses enquêtes en Chine début 2021 "Enquête en Chine sur le Covid: "toutes les hypothèses" restent sur la table, selon l'OMS" Science et Avenir, le 12/02/2021.
Appels internationaux à des enquêtes En , la ministre australienne des Affaires étrangères, Marise Payne, a appelé à une enquête internationale indépendante sur les origines de la pandémie de coronavirus. Quelques jours plus tard, le premier ministre australien Scott Morrison insiste sur le fait que l'Australie doit rester engagée dans une enquête indépendante sur l'origine du Covid-19 malgré le rejet par la Chine d'une telle perspective..
La chancelière allemande Angela Merkel a également fait pression sur la Chine pour qu'elle fasse preuve de transparence sur l'origine du coronavirus, à la suite de préoccupations similaires soulevées par le président français Emmanuel Macron. Le Royaume-Uni a également apporté son soutien à une enquête, bien que la France et la Grande-Bretagne déclarent que la priorité à l'époque était de lutter d'abord contre le virus....
En , la disparition de Huang Yanling, scientifique à l'Institut de virologie de Wuhan (WIV) et patient zéro supposée de la Covid-19, est citée dans un dossier de 15 pages préparé par les gouvernements occidentaux et publié par le Sunday Telegraph en .
Toujours en , l'Assemblée mondiale de la santé, qui gouverne l'OMS, adopte une motion appelant à une enquête « complète, indépendante et impartiale » sur la pandémie de Covid-19. Un record de , dont l'Australie et la Chine, ont co-parrainé la motion, donnant un appui international écrasant à l'enquête..
En , le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, déclare : , puis il ajoute : . Il a également exhorté les pays à ne pas politiser le processus de recherche de l'origine, affirmant que cela ne ferait que créer des obstacles à la découverte de la vérité..
Enquêtes du gouvernement chinois La première enquête menée en Chine a été menée par la Commission municipale de la santé de Wuhan, répondant aux hôpitaux signalant des cas de pneumonie d'étiologie inconnue, entraînant la fermeture du marché de gros de fruits de mer de Huanan le pour assainissement et désinfection de l'environnement. Les autorités nationales chinoises ont informé le Conseil des affaires de l'État de la république populaire de Chine de ces cas le .
En , la république populaire de Chine a imposé des restrictions à la publication de recherches universitaires sur le nouveau coronavirus sous prétexte que les enquêtes sur l'origine du virus feraient l'objet d'un examen plus approfondi et devraient être approuvés par les responsables du gouvernement central.
Malgré les restrictions, , scientifique américain, a déclaré qu'il travaillait avec une équipe de chercheurs chinois sous les auspices du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies, une agence gouvernementale chinoise, pour enquêter sur l'origine du virus. Lipkin a développé des relations de longue date avec des responsables chinois, y compris le premier ministre Li Keqiang, en raison de sa contribution au dépistage rapide de l'épidémie de SRAS de 2002-2004.