Au début de la conquête musulmane de l'Égypte, celle-ci fait partie de l'Empire romain d'Orient (également appelé l'Empire byzantin par les historiens). Cependant, elle a été occupée à peine dix ans plus tôt par la Perse sassanide sous le règne du roi (616-629), bien que l'empereur d'Orient Héraclius soit parvenu plus tard à libérer l'Égypte des envahisseurs perses.
L'Égypte chrétienne à l'époque est divisée religieusement. Alors que les Byzantins soutiennent le dogme chalcédonien, selon lequel Jésus a deux natures, l'une divine et l'autre humaine, en Égypte le miaphysisme prévaut, soutenant que Jésus n'a qu'une seule nature : la partie divine et la partie humaine étant inséparablement unies. Bien que le concile de Chalcédoine, tenu en 451, se soit prononcé en faveur du dyophysisme, l'Égypte est restée miaphysite. Par conséquent, lorsque Héraclius réussit à chasser les Perses d'Égypte en 629, il nomme Cyrus de Phase comme patriarche chalcédonien et préfet d’Égypte. Ce dernier persécute les Coptes miaphysites dans le but d'unifier l'Église en imposant le dogme chalcédonien, contraignant le patriarche miaphysite à s'enfuir.
Alors que les conflits religieux se poursuivent en Égypte, une armée d'environ Arabes, dirigée par Amr ibn al-As, est envoyée par le calife Omar ibn al-Khattâb pour répandre l'Islam dans le pays des anciens pharaons. Les Arabes arrivent en Égypte depuis la Palestine en , et avancent rapidement jusqu'à atteindre le delta du Nil. Les garnisons impériales se retirent dans les villes fortifiées, où elles résistent avec succès pendant un an ou plus ; mais les Arabes demandent des renforts et soldats supplémentaires qui arrivent en Égypte en 640. Renforcés, ils battent les Byzantins à la bataille d'Héliopolis.
Amr se dirige ensuite vers Alexandrie, qui se rend, grâce à un accord signé le . Il semble que la Thébaïde se soient rendus sans résistance en échange de nombreuses concessions de la part des musulmans. vignette| L'ère des califes La facilité avec laquelle l'Égypte est conquise par les Arabes est souvent attribuée par les historiens à la trahison de Cyrus, l'arabe Muqawqis, qui était le patriarche melkite d'Alexandrie (c'est-à-dire chrétien chalcédonien, donc non copte), et à l'incompétence des généraux de l'armée byzantine. Cyrus avait persécuté les chrétiens coptes locaux. Il était l'un des architectes du monothélisme et certains ont supposé qu'il s'était secrètement converti à l'islam.
Une tentative de reconquête d'Alexandrie est lancée par les Byzantins en 645 mais la ville est reprise par Amr en 646. En 654, l'empereur Héraclius envoie la flotte byzantine envahir l'Égypte, mais cette attaque est repoussée par les Arabes. Depuis lors, les Byzantins ne font aucune autre tentative sérieuse pour reprendre l'Égypte jusqu'à l'époque des croisades.
En échange d'un tribut en argent et en nourriture pour les troupes d'occupation, les habitants chrétiens d'Égypte ne sont pas forcés de se convertir à l'islam et dans cette région, ils ne sont pas astreints au service militaire, autorisé uniquement aux musulmans. Les Arabes continuent à régner sur le pays jusqu'à la chute du califat fatimide au , avant d'être remplacés par la dynastie kurde ayyoubide, puis par les Mamelouks turcs et circassiens et enfin par l'Empire ottoman à partir de 1517.
Invasion de l'armée rashidoune
L'armée rashidoune traverse la frontière égyptienne vignette|Les Pyramides de Gizeh dans leur état actuel. En Amr ibn al-Aṣ quitte la Palestine, qu'il occupe, pour envahir l'Égypte, forte de . La plupart d'entre eux appartiennent à la tribu arabe de Akk, bien qu'Al-Kindi mentionne qu'un tiers des soldats appartenaient à la tribu arabe de Ghāfiq. Les guerriers arabes sont également renforcés par l'enrôlement de certains Byzantins et Perses qui se sont convertis à l'islam. Cependant, Omar ibn al-Khattâb, le calife musulman, jugeant imprudent de s'attendre à pouvoir conquérir une région aussi vaste que l'Égypte avec seulement , écrit une lettre à Amr, lui enjoignant de ne pas mettre la mer entre eux. Il ajoute un post-scriptum, dans lequel il déclare :
Le messager, Uqba ibn Amr, rejoint Amr à Rafah, non loin de la frontière égyptienne. Assumant le contenu de la lettre, Amr ordonne à l'armée d'accélérer sa marche. S'adressant à ʿUqba, Amr déclare qu'il recevrait la lettre du calife à la fin de la journée de mars. ʿUqba, ne connaissant pas le contenu de la lettre, accepte et marche avec l'armée. Elle s'arrête pour la nuit à Shajaratayn, une petite vallée près de la ville d' al-ʿArīsh, dont Amr savait qu'elle se trouvait au-delà de la frontière égyptienneal-Maqrīzī, al-Mawāʿiẓ wa al-iʿtibār bi-dhikr al-khiṭaṭ wa l-athār,. Amr, après avoir reçu et lu la lettre de Omar, consulte ses compagnons sur les mesures à prendre. Ils décident à l'unanimité que, puisqu'ils avaient reçu la lettre sur le territoire égyptien, ils étaient autorisés à continuer l'expédition. Au calife, Amr a écrit :
Lorsque Omar reçoit la réponse, il décide d'attendre la suite des événements et entre-temps commence à concentrer de nouvelles troupes à Médine en vue d'être envoyées en Égypte en renfort. Le jour d'Aïd al-Adha, l'armée musulmane marche de Shajaratayn à al-ʿArīsh une ville sans garnison. La ville n'oppose aucune résistance et les citoyens offre leur loyauté au calife dans les conditions habituelles. Les soldats musulmans célèbrent la fête de d'al-Aḍḥā à cet endroit.
Chute de Péluse et Bilbéis Fin ou début , l'armée musulmane atteint Péluse, une ville de garnison byzantine considérée comme la porte orientale de l'Égypte de l'époque. Après un siège de deux mois, en , un assaut mené par le commandant Hudhayfa ibn Wala s'empare avec succès de la villeIbn al-Athīr, al-Kāmil fi taʾrīkh, pp. 451-452Ibn al-Jawzī, al-Muntaẓam, pp. 532-534al-Ṭabarī, Taʾrīkh al rusul wa l-mulūk, p. 862Abū Ṣāliḥ l'Armeno, The churches and monasteries of Egypt and some neighbouring countries, trad. B.T.A. Evetts, p. 168Kamil Salih, Pope Benjamin the First and the Arab invasion of Egypt, p. 65. Armanousa, fille de Cyrus, qui résiste fièrement aux musulmans à Péluse et tombe entre leurs mains, est envoyée vers son père qui se trouve dans la forteresse de Babyloneal-Maqrīzī, al-Mawāʿiẓ wa al-iʿtibār bi-dhikr al-khiṭaṭ wa l-athār, p. 231.
Les pertes subies par l'armée arabe sont compensées par l'agrégation à l'armée musulmane de plusieurs Bédouins du Sinaï, appartenant aux tribus Rashida et Lakhmal-Maqrīzī, al-Mawāʿiẓ wa al-iʿtibār bi-dhikr al-khiṭaṭ wa l-athār., qui, prenant l'initiative, ont rejoint les envahisseurs dans la conquête de l'Égypte. La facilité avec laquelle Péluse tombe entre les mains des musulmans et le manque de renforts byzantins pour libérer la ville pendant le long siège est souvent attribués à la trahison du patriarche-gouverneur égyptien, Cyrus d'Alexandrie.
Après la chute de Péluse, les musulmans marchent en direction de Bilbéis, à 40 milles de Memphis, en suivant les routes du désert, et l'assiègent. Bilbéis est la première forteresse égyptienne où les Byzantins opposent une certaine résistance aux envahisseurs arabes musulmans.
Deux moines chrétiens, accompagnés de Cyrus et du général byzantin Aretion, sortent pour négocier avec 'Amr ibn al-'As. Aretion est auparavant gouverneur byzantin de Jérusalem et s'enfuit en Égypte lorsque la Ville sainte tombe aux mains des musulmans. Amr lui donne trois alternatives : se convertir à l'islam, payer le Jizya ou combattre les musulmans. On lui donne trois jours pour réfléchir, mais il - comme le rappelle al-Ṭabarī - demande et obtient deux jours de plus. Au bout de cinq jours, les deux moines et le général byzantin, désobéissant à Cyrus d'Alexandrie, qui préférait la reddition et le paiement de la Jizya, décident de continuer à résister aux Arabes. En conséquence, Cyrus quitte la ville pour fuir à Babylone, une forteresse en Égypte, tandis que les deux moines et Arétion décident de se défendre contre les Arabes. La bataille qui s'ensuit se termine par la victoire arabe et le meurtre d'Arétion. Amr ibn al-ʿĀṣ tente alors de convaincre les habitants de la ville de se rendre, rappelant le lien entre Égyptiens et Arabes dû au personnage biblique Agar. Devant le refus des Égyptiens, le siège de Bilbéis se poursuit pendant un mois jusqu'à la chute de la ville, qui survient vers la fin du mois de . Avec la chute de Bilbéis, les Arabes ne sont plus qu'à une journée de marche du delta .
Siège de Babylone Amr pense que la conquête de l'Égypte se produira en peu de temps, mais il réalise alors que ses prédictions sont fausses. Même à Péluse et à Bilbéis, les musulmans ont rencontré une certaine résistance : le siège de Péluse dure deux mois et celui de Bilbéis un mois. À Babylone, certainement plus grande et plus importante que les deux précédemment citées, il faut s'attendre à une résistance à plus grande échelle. Après la chute de Bilbéis, les musulmans avancent jusqu'à Babylone, près du Caire actuel, qu'ils commencent à assiéger vers . Babylone est une ville fortifiée, dont les défenses ont été renforcées par les Byzantins en prévision du siège. En dehors de la ville, un fossé a été creusé, tandis qu'une grande force est placée dans la zone située entre le fossé et les murs de la ville. Le fort est une structure massive de 60 pieds de haut avec des murs de plus de 6 pieds d'épaisseur et constellé de nombreuses tours et remparts. Les musulmans assaillent la ville pendant deux mois, mais tous leurs assauts sont repoussés, également en raison de la supériorité numérique byzantine (certaines sources islamiques rapportent que l'armée byzantine défendant Babylone était environ six fois plus nombreuse que l'armée musulmane).
Vers , Amr avait envoyé un détachement pour s'emparer de la ville du Fayoum. Les Byzantins avaient anticipé ce mouvement et avaient fortement garni les routes menant à la ville. Ils ont également fortifié leur garnison dans la ville voisine d' el-Lahun . Lorsque les musulmans ont réalisé que le Fayoum était trop bien défendu pour être facilement conquis, ils se sont dirigés vers le désert occidental où ils ont saisi tout le bétail et les animaux qu'ils pouvaient attraper. Ils se sont ensuite dirigés vers Oxyrhynque (Per-Medjed), qui a été battu. Les Arabes retournèrent alors en Basse-Égypte en suivant le cours du Nil.
Renforts de Médine En juillet, Amr écrit à Umar pour lui demander des renforts. Mais avant que la lettre ne lui parvienne, le calife a déjà envoyé les premiers renforts de . Les renforts se composent principalement d'anciens combattants qui avaient conquis la Syrie. Même avec ces renforts, Amr ne réussit pas. En , les préparatifs de Omar pour envoyer la force d'élite de en Égypte sont terminés. Elle se compose de quatre colonnes, chacune de et sous un commandant spécifique, tandis que le commandement suprême de l'armée est confié à Zubayr ibn al-Awwam, un guerrier et commandant renommé qui avait fait partie de la force d'élite de Khalid ibn al-Walid et avait combattu lors de la bataille du Yarmouk. Omar a en effet offert à Zubayr le commandement suprême et le poste de gouverneur d'Égypte, mais Zubayr avait refusé l'offre. Les autres commandants sont Miqdad ibn Aswad, ʿUbāda b. al-Sāmit et Khārija b. Hudhayfa . Ces renforts arrivent à Babylone vers , portant l'effectif des forces musulmanes à , assez de force pour reprendre l'offensive.
Bataille d'Héliopolis