vignette|Image d'un spécimen de SARS-CoV-2. Le variant Omicron présente plusieurs mutations sur le péplomère (spicules en vert sur l'image).

Le variant Omicron (.Le Petit Robert (2022).) du SARS-CoV-2, aussi appelé B.1.1.529 (synonyme BA.1) selon les lignées Pango, du clade GISAID GR/484A., est un variant du coronavirus responsable de la Covid-19. Nommé d'après la lettre grecque Omicron, le premier cas de ce variant est détecté le au Botswana. Le , il est classé comme variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la santé (OMS).

Le , l'OMS publie la lignée Pango BA.2 comme étant une sous-lignée de Omicron, définissant alors BA.1 comme alias de B.1.1.529. Le , l'OMS publie les lignées Pango BA.3, BA.4 et BA.5 comme étant des sous-lignées de Omicron.

Un nombre inhabituel de mutations, dont plusieurs inédites ou affectant le péplomère l'ont rendu plus transmissible et actif face au système immunitaire ou aux vaccins. Plusieurs restrictions d'entrées de voyageurs venant des pays où il a été détecté ont donc été mises en place au niveau international pour limiter sa propagation. Mi-décembre, il s'était cependant propagé, à une vitesse inédite selon l'OMS. ; ..

Les virologues rappellent que l'apparition de variants en supplantant d'autres est un phénomène classique dans les épidémies ; un variant pouvant avoir une meilleure valeur sélective pour de nombreuses raisons autres qu'une meilleure transmissibilité, notamment à cause de changements dans les habitudes de son hôte humain... Début 2022, une étude n'a pas trouvé de différence significative entre la charge virale d'Omicron et Delta.. Quelques jours plus tard, une étude danoise non revue par les pairs suggère que la transmissibilité des variants d'Omicron et Delta ne semble pas différente, les personnes non vaccinées étant aussi susceptibles de contracter l'un ou l'autre variant, mais qu'Omicron semble échapper un peu plus à la vaccination que Delta.. Une fois propagé, le variant Omicron reste toujours la majorité de contamination. Ainsi, en , plus de 99,6% de détectées dans le monde entier étaient celles d'Omicron, selon l'OMS.

Origine Selon une étude chinoise., le variant Omicron, atypique avec ses multiples mutations, résulterait d'une double transmission zoonotique : de l'humain vers la souris, mi-2020 (transmission d'un virus SARS-CoV-2 de la lignée B.1.1) ; du rongeur vers l'humain, fin 2021, après s'être adapté aux récepteurs cellulaires de l'animal.

Classification Nomenclature L'Organisation mondiale de la santé réserve une désignation en lettres grecques pour les « variants préoccupants ».

Le , le groupe consultatif technique de l'OMS sur l'évolution du virus du SRAS-CoV-2 a déclaré que la lignée PANGO B.1.1.529 était un variant préoccupant et l'a désigné par la lettre grecque omicron.

L'OMS a sauté les lettres précédentes nu et xi dans l'alphabet grec pour éviter toute confusion avec les similitudes du mot anglais « nouveau » et du nom de famille chinois Xi.

Le projet GISAID lui a attribué l'identifiant de clade GR/484A et le projet lui a attribué l'identifiant de clade 21K.

Mutations + Gène Acide aminé Cadre de lecture ORF1ab nsp3 : K38R nsp3 : V1069I nsp3 : Δ1265 nsp3 : L1266I nsp3 : A1892T nsp4 : T492I nsp5 : P132H nsp6 : Δ105-107 nsp6 : A189V nsp12 : P323L nsp14 : I42V Protéine spiculaire A67V Δ69-70 T95I G142D Δ143-145 Δ211 L212I ins214EPE G339D S371L S373P S375F K417N N440K G446S S477N T478K E484A Q493R G496S Q498R N501Y Y505H T547K D614G H655Y N679K P681H N764K D796Y N856K Q954H N969K L981F Protéine enveloppe T9I

D3G Q19E A63T

P13L Δ31-33 R203K G204R Sources : CoVariants

Le variant présente une grande quantité de mutations, dont certaines sont préoccupantes ou non répertoriées dans les autres variants.

Ainsi, affectent le péplomère, principale cible des anticorps et vaccins..

Chronologie vignette|gauche|redresse=1.6|Carte des pays concernés par des cas de variant Omicron confirmés le ..

Le premier spécimen du variant Omicron est recueilli le au Botswana.. Il est également détecté en Afrique du Sud. et à Hong Kong chez un voyageur de retour d'Afrique du Sud... Un autre cas est identifié en Israël chez un voyageur de retour du Malawi.. Un cas est également détecté en Belgique chez un voyageur qui l'aurait éventuellement attrapé en Égypte avant le ..

Les quatre premiers cas rapportés au Botswana, ainsi que les trois confirmés et suspectés en Israël, proviennent de personnes entièrement vaccinées..

Fin , plusieurs États ont pris des mesures envers les voyageurs provenant de pays d'Afrique australe où le variant a été détecté. Certains interdisent les vols en provenance de ces pays, alors que d'autres demandent aux voyageurs de respecter un certain temps de quarantaine...

Des inquiétudes à propos du possible impact économique du variant entraînent, en , une chute globale des marchés boursiers, dont le plus important recul de l'année pour le . Le prix des pétroles de type et chute respectivement de 10 % et 11,7 %..

Épidémiologie Une augmentation exponentielle du nombre de cas partout en Afrique du Sud, constatée à partir du , et principalement dans le Gauteng, serait attribuable à la lignée B.1.1.529....

Le , le variant est également détecté dans quelques pays d'Europe : Royaume-Uni, Allemagne, Italie, Belgique, Tchéquie..

Le même jour, l'Institut national des maladies transmissibles de l'Afrique du Sud publie que effectués ont révélé infections (un quota de 9,2 %) pour un seul jour.. Une semaine plus tard, révèlent infections (un quota de 24,3 % et une croissance de 470 %)...

Mi-, le variant Omicron est à l'origine de 40 % des cas de contamination à Londres., ce qui est qualifié de par Boris Johnson..

À la date du , le variant Omicron ne représente que 0,7 % des cas de Covid-19 aux États-Unis et le variant Delta 99,3 %. À peine deux semaines plus tard, le , il compte pour 73,2 % des cas, le variant Delta ne représentant plus que 26,6 %.. Selon une étude préliminaire de l'université de Hong Kong, le variant Omicron se répliquerait plus vite dans les bronches mais moins dans les poumons que le virus originel. Ce résultat indiquerait un virus nettement plus contagieux mais potentiellement moins dangereux : en fait, ce résultat ne dit pas grand chose autre que le taux de réplication du virus mesuré dans les bronches ou poumons..

Le , un communiqué officiel informe du premier mort aux États-Unis, au Texas, en relation avec le variant Omicron. Il s'agit d'un homme de la cinquantaine, non vacciné et qui avait déjà été affecté par la Covid-19..

Caractéristiques Selon l'OMS, le risque de contracter une forme grave est moins important qu'avec les autres formes du Covid-19, mais sa propagation est plus rapide.. Une étude de sur des pseudovirus estime qu'il est quatre fois plus infectieux (et non pas contagieux) que le type naturel et deux fois plus que le variant Delta..

Les études initiales en Afrique du Sud publiées en , sur un nombre réduit de patients, mettent en évidence que l'échappement immunitaire est plus important que celui observé pour les précédents variants. L'action des anticorps produits par les personnes vaccinées (après deux doses du vaccin de Pfizer.) est quarante fois moins bonne contre le variant omicron que contre la souche historique. Selon les premières études européennes, le même schéma vaccinal entraînerait une perte d'efficacité totale ou seulement sept fois inférieure. Toutefois, une troisième dose de vaccin rétablirait une protection partielle. Christian Drosten, directeur du département de virologie de l’hôpital universitaire berlinois de la Charité, nuance ces premiers résultats, en soulignant qu' et la protection contre les formes graves pourrait être conservée..

Une étude prépubliée en menée sur neuf anticorps monoclonaux utilisés en clinique ou en phase de développement préclinique montre que six d'entre eux sont totalement inefficaces face au variant Omicron, tandis que les trois autres voient leur efficacité diminuée de par rapport à leur action sur le variant Delta. Les tests menés sur des sujets un mois après une troisième dose du vaccin Pfizer montrent son efficacité contre le variant Omicron, mais également que ce variant nécessite une quantité d'anticorps de supérieure à celle nécessaire pour le variant Delta pour être neutralisé. La durée de cette efficacité n'est toujours pas connue. La même étude montre par contre que des patients ayant été symptomatiques il y a plus de ou ayant reçu les deux doses du vaccin Pfizer il y a plus de cinq mois ne sont quasiment pas protégés contre le variant Omicron...

Une prépublication de l' parue le suggère un plus faible risque d'hospitalisation avec le variant Omicron qu'avec le variant Delta, en notant toutefois une population plus jeune touchée par le variant Omicron donc moins à risque..

En ce qui concerne le syndrome dit Covid long, une étude publiée dans le British Medical Journal en présente que l'apparition de syndrome est moins fréquente que celle du variant Delta. La conclusion a été donnée, en comparaison entre testés positifs avec le variant Omicron du au et contaminés par le Delta ainsi que testés du au . Le syndrome Covid long était déclaré par ayant contaminé l'Omicron, soit 4,5%. Parmi les patients de Delta, , soit 10,8%, subissaient ce syndrome.

Certes, en comparaison avec le variant Delta, la tendance est que le symptôme de variant Omicron est moins grave. D'où, en Suisse, des voix s'élevaient pour classifier et traiter le Covid Omicron comme grippe normale. Or, le , une équipe de l'université de Lucerne révélait que la mortalité des personnes hospitalisées à cause du variant Omicron (95% en B.1.1.529) reste 54% supérieure à celle des patients de grippe. La mortalité à cause d'Omicron augmente aussi deux ou trois fois élevée, parmi ceux qui avaient été accueillies par l'admission aux soins intensifs (USI), notamment pour les personnes âgées et celles qui subissaient la démence. L'analyse, à la base des renseignements auprès de quinze hôpitaux en Suisse, suggère que le virus Omicron doit être traité encore sérieux, en raison de sa mortalité élevée lors de l'hospitalisation.

Capacité supérieure du variant Omicron La structure moléculaire d'Omicron, comparée avec celle du SRAS-CoV-2 originel et de ses autres variantes, montre des caractéristiques lui permettant d'échapper à nos défenses immunitaires, tout en maintenant sa capacité infectieuse, mais avec une maladie plus bénigne que pour les variants précédents, peut être parce qu'il semble moins adapté aux poumons qu'à la zone nez-gorge. Plus de 30 des mutations concernent la protéine de pointe qui permet au virus de s'ancrer sur ses cellules hôtes, alors que les variants précédents ne présentaient chacun qu'une dizaine de mutations sur leurs protéines de pointe. Et 15 de ces mutations concernent le domaine de liaison au récepteur de la protéine (RBD), qui permet la liaison avec la protéine ACE2 de l'hôte. Ce nombre de mutations est plus élevé que pour les variants précédents (les variants Delta et Alpha, antérieurs) ; chez les personnes guéries d'une Covid et/ou vaccinées, ces mutations ont remodelé les zones de la protéine reconnues par des anticorps « neutralisants », permettant de nouvelles infections. L'effet net est qu'Omicron se lie à ACE2 plus fortement que la version originale du SRAS-CoV-2, et aussi fortement que le variant Delta. Par sélection naturelle, Omicron a adopté une . (ses interactions entre le RBD d'Omicron et l'ACE2 sont améliorées par rapport aux variants précédents).. Omicron utilise une voie de pénétration de la cellule plus lente, via des bulles (endosomes).