thumb|Un AGC (X76500) arrive en gare de Besançon-Mouillère. thumb|Une ZGC (Z27590) en gare d'Arc-et-Senans.
Le TER Franche-Comté était le réseau de Transports express régionaux (TER) de l'ancienne région administrative Franche-Comté. Depuis la fusion des régions en 2017, ses services sont délivrés depuis par le réseau TER Bourgogne-Franche-Comté.
Il a représenté, en 2010, environ 180 circulations de trains et 100 circulations d'autocars par jour de pleine semaine, utilisées par plus de par jour en moyenne. Le réseau ferroviaire de Franche-Comté ouvert au trafic TER et Intercités atteint une longueur de , et compte 66 gares et points d'arrêt au sein de la région. Les trains affectés au TER Franche-Comté ont réalisé pendant l'année 2010. La fréquentation du TER Franche-Comté a augmenté de 27,2 % entre 2004 et 2008, dont 9,5 % rien qu'entre 2007 et 2008 (soit plus de par jour). L'axe Belfort - Montbéliard - Besançon - Dole - Dijon représente à lui seul 63,6 % de la fréquentation.
Le budget transport de la région Franche-Comté a été de en 2010, ce qui représente 24 % de son budget. Environ la moitié de cette somme est consacrée aux transports express régionaux. Trois lignes sont certifiées « NF service » sur la base de la norme EN 13816 délivré par Afnor : Besançon - Dijon, Besançon - Belfort et Besançon - Morteau.
Histoire Le transport régional avant la décentralisation
En 1960, le trafic régional et local est assuré surtout par les trains omnibus, qui incluent les trains directs ou semi-directs. Dans l'actuelle région Franche-Comté, ce trafic porte sur trois à cinq allers-retours par jour et par sens sur la plupart des lignes, comme c'est le cas de la majorité des zones rurales de la France de l'époque. Concrètement, quatre ou cinq aller-retours circulent sur la ligne de Culmont - Chalindrey à Vesoul, la ligne de Dole à Belfort, la ligne de Dijon à Andelot par Dole, et sur la ligne de Franois à Arc-et-Senans (relation Besançon - Mouchard). Entre Besançon et Franois, où les lignes de Dijon et Mouchard sont établies en tronc commun, la densité du trafic est supérieure, ce qui est également le cas sur la section de Montbéliard à Belfort. Mais d'autres sections de lignes principales ne voient circuler que trois omnibus par jour et par sens : Lure - Vesoul, Andelot - Vallorbe / Pontarlier. La section occidentale de la ligne de Besançon au Locle (jusqu'au Valdahon) est également dans ce cas. Toutes les autres lignes ne disposent que de deux allers-retours omnibus, voire que d'un seul sur la ligne de Belfort à Delle et sur la section Mouchard - Saint-Amour de la relation Strasbourg - Lyon-Perrache. Pire, les lignes de Lure à Épinal et la ligne d'Aillevillers à Port-d'Atelier-Amance sont d'ores et déjà dépourvues de trafic omnibus458.. Plusieurs lignes sont fermées pendant le programme d'économies de 1967/1973, à savoir les trois dernières lignes desservant Gray (Is-sur-Tille - Gray le , Gray - Vesoul et Culmont-Chalindrey - Gray le ) et la ligne de Saint-Jean-de-Losne à Lons-le-Saunier, le 122..
La SNCF n'ayant pu atteindre l'équilibre financier à la fin de l'exercice 1973, le ministère des Finances fixe l'objectif de reporter les services omnibus sur de voies ferrées sur la route, chiffre bientôt porté à . Quand Jacques Chirac devient Premier ministre le , il décrète rapidement l'arrêt des transferts sur route autoritaires et propose d'attendre tout d'abord l'élaboration des premiers schémas régionaux de transport (SRT) décidée le . Six régions sont choisies comme régions pilotes, dont la région Franche-Comté ne fait pas partie, mais le principe est progressivement étendu sur toutes les régions jusqu'en 1977. La Franche-Comté entame l'élaboration de son SRT dès 1975. Les régions vont se voir confier l'organisation des services omnibus, avec l'idée sous-jacente qu'elles vont fermer des lignes rurales pour utiliser les économies réalisées pour l'amélioration des dessertes déclarées d'intérêt régional par le SRT. Le but global est l'amélioration des transports collectifs sans coûts supplémentaires pour la collectivité 150-152.. La Franche-Comté sera la huitième et dernière région à adopter un SRT dans le cadre du décret du , en 180..
Globalement, les SRT n'ont pas eu les effets escomptés, bien peu de lignes ayant été fermées. Pour les pouvoirs publics, cette première tentative de régionalisation est vécue comme un échec. Le décret du relatif aux SRT est donc abrogé et remplacé par un nouveau décret publié le , en gardant le dispositif des SRT. En mars de la même année déjà, un nouveau contrat d'entreprise a été conclu entre l'État et la SNCF, qui retrouve la responsabilité de la gestion des omnibus. Avec le nouveau décret, les départements et groupements de communes sont dotés officiellement de la compétence de conclure des contrats avec la SNCF, à l'instar des régions. L'article 3 les encourage de proposer des fermetures de lignes et des transferts sur route jusqu'au , pour ensuite se faire reverser les économies réalisées par l'État pour une durée de sept ans, pour toute mesure mise en œuvre avant le . Contrairement au décret précédent, ces économies ne doivent plus être obligatoirement réinvesties dans les transports collectifs, mais peuvent être affectées librement. Mais la région Franche-Comté ne suit pas la logique des transferts sur route et s'efforce de maintenir les lignes Besançon - Le Locle et Andelot - La Cluse. Elle ne propose pas non plus de réorganiser la desserte ferroviaire sur une ligne choisie, mais envisage d'améliorer la desserte par autocar le long des lignes fermées antérieurement au trafic voyageurs (Besançon - Vesoul, Gray - Vesoul et Besançon - Pontarlier), et de créer des lignes régionales entre Lons-le-Saunier, Morez et Saint-Claude 180 et 187-195..
La LOTI, promulguée le , encourage la décentralisation des transports, sans pour autant définir un cadre précis. Puis, la loi du sur la répartition des compétences entre les communes, les départements, les régions et l'État donne le coup d'envoi à la décentralisation sur un plan plus général, avec, entre autres, l'instauration du suffrage universel des Conseillers régionaux. Sur le plan des transports ferroviaires régionaux, l'attitude de l'État reste ambivalente. En effet, il ne veut pas doter les régions des budgets nécessaires leur permettant de se substituer à l'État pour le versement de la contribution d'équilibre des services SNCF d'intérêt régional. Il craint que les régions puissent détourner ces fonds de leur destination initiale et ne réduisent les services ferroviaires, ce qui n'est plus souhaité, contrairement aux années 1970. De ce fait, la décentralisation des services ferroviaires ne peut être que facultative, l'État l'encourageant toutefois et souhaite que les régions s'investissent dans leur amélioration228-231 et 236..
De la naissance du TER jusqu'à la régionalisation
Le TER Franche-Comté est lancé en 1986 à la suite de la mise en place d'une nouvelle politique commerciale de la SNCF sur le plan des transports régionaux, souhaitant affirmer davantage sa propre identité d'entreprise en mettant fin, notamment, aux décorations des trains suivant les souhaits des régions. « TER » traduit une stratégie commerciale reposant sur la marque TER avec son logo et sa décoration, sorte de label de qualité ; la charte TER signée entre la SNCF et les régions qui le souhaitent ; et la gamme commerciale TER. Elle s'exprime à travers l'information voyageurs, la promotion et la communication institutionnelle. Parmi les quatre coloris que la SNCF propose pour la livrée du matériel TER, la Franche-Comté choisit le bleu. Le TER veut rajeunir l'image des transports ferroviaires régionaux, jusque-là négligés et souffrant d'une mauvaise image. Pour la première fois, une telle initiative est mise en œuvre sur le plan national et s'accompagne de conventions avec toutes les régions (sauf trois, retardataires). Dès , la région signe sa convention d'exploitation avec la SNCF pour une durée de quatre ans, alors que la durée usuelle est de cinq ans. Il s'agit d'une convention dite « à la marge », c'est-à-dire la Région ne doit assumer que les charges supplémentaires engendrées par les modifications du service de l'année de référence effectuées à sa demande. Autrement dit, les trains régionaux ne coûtent rien à la Région tant qu'elle ne demande pas des aménagements de l'offre. La Région a droit au versement d'un bonus si la fréquentation augmente à la suite des modifications qu'elle a apportées à la desserte232-237, 242 et 288.. Ce début de conventionnement global coïncide à peu près avec l'instauration du TER, mais est en fait un développement indépendant issu de la politique de décentralisation.
Le premier matériel électrique moderne conçu pour le trafic régional en dehors de l'Île-de-France sont les automotrices électriques de la famille des Z2. La Région commande deux Z 9500 bicourant, numérotées Z 99501 et Z 99502, mises en service en 1983. En plus, des rares roulements conduisent quelques-unes de dix-huit Z 9500 basées à Marseille jusqu'à Besançon et Belfort. Mais ce n'est qu'à partir de 1986 que les Z2 s'imposent en Franche-Comté. Le dépôt de Vénissieux reçoit alors quinze Z 9600 dont plusieurs sillonnent la région. Elles remplacent, sur la ligne du Haut-Bugey, les EAD X 4630 de Nevers peu adaptées à cette ligne de montagne. En même temps, le dépôt de Thionville reçoit vingt-deux Z 11500 majoritairement employées en Lorraine et Alsace, mais allant régulièrement à Belfort et Besançon également263-264..
Au début du TER Franche-Comté, environ 20 % des services TER portent sur des lignes purement routières. Des autocars complémentaires existent sur 42 % des voies ferrées ouvertes au service voyageurs. Jusqu'à l'échéance de la première convention, ce taux passe à 51 %257-260.. Pendant la même période, la plupart des régions commencent à investir dans la modernisation de l'infrastructure ferroviaire ou des gares. La Franche-Comté par contre fait partie des trois régions qui n'investissent quasiment rien en ce domaine, soit pour la période de 1985 à 1992 (allongement d'un quai, abribus et poteaux d'arrêt pour des lignes routières). Pendant cette même période, le Conseil régional consacre un budget plus important aux investissements dans le matériel roulant, à savoir . Mais c'est le cinquième montant le plus petit des vingt régions de la France continentale hors Île-de-France ; il ne représente que 1,425 % des investissements en matériel roulant de l'ensemble de ces vingt régions. Sur le plan des investissements ferroviaires, la Franche-Comté se classe donc à la des régions françaises292-294..