De nouvelles espèces vivantes sont régulièrement définies chaque année. L'apparition d'une nouvelle espèce dans la nomenclature peut se faire de trois manières principales : découverte dans la nature d'une espèce totalement différente de ce qui est connu jusqu'alors, nouvelle interprétation d'une espèce connue qui s'avère en réalité être composée de plusieurs espèces proches mais cependant bien distinctes. Ce mode d'apparition d'espèce est en augmentation depuis qu'il est possible d'analyser très finement le génome par des méthodes d'étude et de comparaison des ADN, ces méthodes aboutissant par ailleurs à des remaniements de la classification par une meilleure compréhension de la parenté des taxons (phylogénie). Pour ce type de création de nouvelles espèces, deux circonstances sont possibles : soit une sous-espèce déjà définie est élevée au statut d'espèce, auquel cas le nom, l'auteur et la date sont conservés, soit il est nécessaire de donner un nouveau nom à une partie de la population de l'ancienne espèce, découverte d'une nouvelle espèce par l'étude plus approfondie des spécimens conservés dans les musées et les collections.
Ces trois circonstances ont en commun d'être soumises au problème du nombre de spécialistes mondiaux compétents capables de reconnaître le caractère nouveau d'un spécimen. C'est une des raisons pour lesquelles le nombre d'espèces nouvelle chaque année, dans une catégorie taxinomique donnée, est à peu près constant.
Pour bien préciser le nom complet d'une espèce, le (ou les) auteur(s) de la description doivent être indiqués à la suite du nom scientifique, ainsi que l'année de parution dans la publication scientifique. Le nom donné dans la description initiale d'une espèce est appelé le basionyme. Ce nom peut être amené à changer par la suite pour différentes raisons.
Dans la mesure du possible, ce sont les noms actuellement valides qui sont indiqués, ainsi que les découvreurs, les pays d'origine et les publications dans lesquelles les descriptions ont été faites.
1996 Espèces décrites en 1996 Insectivores Crocidura ramona Ivanitskaya, Shenbrot et Nevo, 1996 Soricidé découvert dans le Neguev en IsraëlZeitschrift für Säugetierkunde 61 : 93-103 (1996).. Chiroptères Rhogeessa hussoni Genoways et Baker, 1996 Vespertilionidé.
Primates Pseudopotto martini Schwartz, 1996 Lorisidé découvert au Cameroun. L'épithète spécifique est dédiée à Robert Martin, de l'Université de Zurich. La validité de cette espèce (et de ce genre) est mise en doute par certains auteursAnthropological Papers of the American Museum of Natural History, 78. (►Wikispecies). Rongeurs Andalgalomys roigi Mares et Braun, 1996 Rongeur découvert en ArgentineJ. Mamm., 77 : 929.. Isothrix sinnamariensis Vié, Volobouev, Patton et Granjon, 1996 Rongeur échimyidé découvert en Guyane française. Crateromys heaneyi Gonzales et Kennedy, 1996 Rongeur découvert dans l'île de Panay, aux Philippines. Cetartiodactyles Mazama bororo Duarte et Gianonni, 1996 Cervidé découvert au Brésil.
Lagomorphes Ochotona hoffmanni Formozov, Yakhontov et Dmitriev, 1996 Ochotonidé.
Espèces fossiles (1996) Primates Australopithecus bahrelghazali Brunet, Beauvilain, Coppens, Heintz, Moutaye et Pilbeam, 1996 Hominidé découvert au TchadAustralopithecus bahrelghazali, une nouvelle espèce d'Hominidé ancien de la région de Koro-Toro (Tchad), Compres-rendus de l'Acadélie des Sciences, 322 (II a) : 907-913.. Cétartiodactyles Ambulocetus natans Thewissen & al., 1996 Ambulocétidé découvert au Pakistan.
1997 Espèces vivantes décrites en 1997 Microgale fotsifotsy Jenkins, Raxworthy et Nussbaum, 1997 Afrosoricidé découvert à Madagascar. Cryptotis peruviensis Vivar, Pacheco et Valqui, 1997 Soricidé découvert au PérouAmerican Museum Novitates 3202 : 1-15.. Sorex yukonicus Dokuchaev, 1997 Soricidé. Viverra tainguensis Civette découverte au Vietnam et décrite en 1997 (►Wikispecies) Galagoides rondoensis Honess et Bearder, 1997 Découvert en Tanzanie (►Wikispecies) Galagoides udzungwensis Honess et Bearder, 1997 Découvert en Tanzanie. Synonyme Galago udzungwensis. Myotis (Leuconoe) csorbai Topal, 1997 (►Wikispecies) Miopithecus ogouensis Kingdon, 1997 (►Wikispecies) Lophuromys roseveari Verheyen, Huselmans, Colyn et Hutterer, 1997 Rongeur. Sus oliveri Groves, 1997 Espèce de sanglier découvert à Mindoro (Philippines).
Sous-espèces nouvelles (1997) Pygathrix nemaeus cinerea Nadler, 1997 Cercopithécidé (►Wikispecies) Prionailurus bengalensis rabori Groves, 1997 Félidé découvert aux PhilippinesZeitschrift für Säugetierkunde 62 : 330-338.</ref>.
Espèces fossiles (1997) MarsupiauxPerameles bowensis Muirhead, Dawson et Archer, 1997 Péramélidé découvert en Nouvelle-Galles du Sud.Nimiokoala greystanesi Black & Archer, 1997 Phascolarctidé découvert dans le Miocène du Queensland.Burramys brutyi Brammall et Archer, 1997 Marsupial découvert en Australie.
CétartiodactylesParabalaenoptera baulinensis Zeigler et al., 1997 Cétacé mysticète découvert en Californie.
1998 Espèces décrites en 1998 MarsupiauxAntechinus agilis Dickman, Parnaby, Crowther et King, 1998 CarnivoresMustela formosana Lin et Harada, 1998 Mustélidé découvert en 1991 à Taiwan. InsectivoresSorex arunchi Lapini et Testone, 1998 Soricidé découvert en Italie.
PrimatesCallithrix saterei José de Sousa e Silva Júnior et Mauricío de Almeida Noronha, 1998 Primate découvert dans la région située entre les rivières Tapajos et Madeira, en Amazonie centrale brésilienne. Le nom spécifique rappelle le peuple Sateri, sur les terres duquel vit l'espèceGoeldiana Zoologia 21 : 1-27..Callithrix (Callibella) humilis van Roosmalen, van Roosmalen, Mittermeier et Fonseca, 1998 Callitrichidé découvert au Brésil (►Wikispecies)Microcebus ravelobensis Zimmermann, Cepok, Rakotoarison, Zietemann et Radespiel, 1998 Cheirogaleidé découvert près du lac Ravelobe à Madagascar (►Wikispecies).
CétartiodactylesMuntiacus vuquangensis Wemmer et al., 1998 Muntjac (Cervidés) découvert au Vietnam Muntjac de Truong Son (Muntiacus truongsonensis Giao, Tuoc, Dung, Wikramanayake, Amato, Arctander et MacKinnon, 1998) Cervidé découvert dans le massif de Truong Son en Annam (Vietnam) et décrit d'après 17 crânes et deux queues obtenues auprès de chasseurs. MonotrèmesZaglossus attenboroughi Flannery et Groves, 1998 Échidné (Tachyglossidés) découvert dans l'île de Nouvelle-Guinée, en Irian Jaya (Indonésie) L'épithète spécifique est dédiée à David F. Attenborough, journaliste et écrivain.
ChiroptèresMyotis (Selysius) gomantongensis Francis et Hill, 1998 Vespertilionidé découvert dans la grotte de Gomantong au Sabah (île de Bornéo) Oryx 33 (1) : 9-19.. Myotis (Selysius) yanbarensis Maeda et Matsumura, 1998 Vespertilionidé.Murina (Murina) ryukyuana Maeda et Matsumura, 1998
RongeursProechimys echinothrix da Silva, 1998Proechimys gardneri da Silva, 1998Proechimys kulinae da Silva, 1998 Échimyidés découvert au Brésil et au Pérou.Proechimys pattoni da Silva, 1998Brucepattersonius albinasus Hershkovitz, 1998 Rongeur Sigmodontiné découvert au Brésil. Source : Bonner Zoologische Beiträge, 47 : 193-256. Brucepattersonius griserufescens Hershkovitz, 1998 Rongeur Sigmodontiné découvert au Brésil. Source : Bonner Zoologische Beiträge, 47 : 193-256.Brucepattersonius igniventris Hershkovitz, 1998 Rongeur Sigmodontiné découvert au Brésil. Source : Bonner Zoologische Beiträge, 47 : 193-256.Brucepattersonius soricinus Hershkovitz, 1998 Rongeur Sigmodontiné découvert au BrésilBonner Zoologische Beiträge, 47 : 193-256..Archboldomys musseri Rickart et al., 1998 Muridé.Crunomys suncoides Rickart et al., 1998 Découvert aux Philippines.Batomys russatus Musser et al., 1998 Muridé découvert à Mindanao (Philippines).Euryoryzomys emmonsae (Musser, Carleton, Brothers et Gardner, 1998) Cricétidé découvert au Brésil. Décrit initialement sous le nom d'''Oryzomys emmonsae. Oligoryzomys brendae Massoia, 1998 Cricétidé découvert en Argentine.
Sous-espèces nouvelles (1998) Monotrèmes Zaglossus bartoni diamondi Flannery et Grover, 1998 Tachyglossidé (►Wikispecies). Zaglossus bartoni smeenki Flannery et Grover, 1998 Tachyglossidé (►Wikispecies).
Marsupiaux Antechinus agilis Dickman, Parnaby, Crowther et King, 1998 Dasyuridé. Primates Rhinopithecus roxellana hubeiensis Wang, Jiang et Li, 1998 Rhinopithecus roxellana qinlingensis Wang, Jiang et Li, 1998 Carnivores Genetta servalina archeri Van Rompaey & Colyn, 1998 Genette découverte dans l'île d'Unguja (archipel de Zanzibar, Tanzanie).
Espèces fossiles et subfossiles (1998) Marsupiaux Ganbulanyi djadjinguli Wroe, 1998 Dasyuridé découvert dans le Miocène du Queensland (Australie). Badjcinus turnbulli Muirhead et Wroe, 1998 Thylacinidé découvert en AustralieJournal of Vertebrate Paleontology 18 (3) : 612-626..
Chiroptères Icarops breviceps Hand, Murray, Megirian, Archer et Godthelp, 1998 Mystacinidé découvert dans le Tertiaire du Queensland (Australie) Journal of Paleontology (mai 1998).. Icarops aenae Hand, Murray, Megirian, Archer et Godthelp, 1998 Mystacinidé découvert dans le Tertiaire du Queensland (Australie) . Icarops paradox Hand, Murray, Megirian, Archer et Godthelp, 1998 Mystacinidé découvert dans le Tertiaire du Queensland (Australie) .
Multituberculés Microcosmodon harleyi Weil, 1998 Multituberculé Microcosmodontidé découvert dans le Montana aux États-Unis PaleoBios, 18.. Cétartiodactyles Georgiacetus vogtlensis Hulbert & al., 1998 Protocétidé découvert dans l(Éocène des États-Unis. Himalayacetus subathuensis Monastersky, 1998 Ambulocétidé. Nalacetus ratimitus Thewissen & Hussain, 1998 Pakicétidé. Gazella psolea Geraads et Amani, 1998 Gazelle découverte au Maroc. Samotragus pilgrimi Azanza, Nieto et Morales, 1998 Bovidé découvert en EspagneComptes-rendus de l'Académie des Sciences (II A) 326 (5) : 377-382 (1998)..
1999 Espèces vivantes décrites en 1999 Sminthopsis boullangerensis Crowther, Dickman et Lynam, 1999 Marsupial dasyuridé découvert dans l'île Boullanger (Australie). Microgale nasoloi Jenkins et Goodman, 1999 Afrosoricidé découvert à Madagascar. Muntiacus putaoensis Amato, Egan et Rabinowitz, 1999 Muntjac (Cervidés) découvert en 1997 au Myanmar puis observé également dans l'Arunchal Pradesh en Inde. Cuscomys ashaninka Emmons, 1999 Abrocomidé découvert au Pérou et décrit en 1999 Akodon aliquantulus Díaz et al., 1999 Rongeur découvert en Argentine. Décrit d'après deux spécimens collectés en 1991. Oryzomys seuanezi Weksler et al., 1999 Cricétidé découvert au Brésil.Callicebus coimbrai Kobayashi et Langguth, 1999 Pithéciidé découvert au Brésil
Accès au rang d'espèce (1999) Grand dauphin de l'océan Indien (Tursiops aduncus (Ehrenberg, 1833)) (►Wikispecies) Passage de Tursiops truncatus aduncus au statut d'espèce (travaux de Wang) Nouvelles sous-espèces (1999) MarsupiauxSminthopsis griseoventer boullangerensis Crowther, Dickman et Lynam, 1999 Dasyuridé. PrimatesCercopithecus cephus ngottoensis Colyn, 1999 Cercopithécidé découvert dans l'enclave forestière Sangha-Oubangui. Répartition limitée au bassin de la LobayeMammalia, 63 (2) : 137-147..Cercopithecus erythrogaster pococki Grubb, Lernould et Oates, 1999Piliocolobus badius epieni Grubb et Powell, 1999 Découvert dans le delta du Niger (►Wikispecies)
Espèces fossiles et subfossiles (1999) MarsupiauxBarinya wangala Wroe, 1999 Dasyuridé découvert dans le Miocène du Queensland. PrimatesAustralopithecus garhi Asfaw et al., 1999 Hominidé. CréodontesLesmesodon behnkeae Morlo et Habersetzer, 1999 Hyaenodontidé. Rongeurs Rat de Fernando de Noronha (Noronhomys vespuccii Carleton et Olson, 1999)