thumb|upright=1.8|Paysage sous-marin typique du lagon de l'Hermitage (en 2014).
L'île de La Réunion est un département d'outre-mer français situé dans le sud-ouest de l'océan Indien. C'est une île volcanique relativement jeune ( d'années.) en forme caractéristique de cône, dont la base se situe directement sur le plancher océanique (et non pas sur un plateau continental), ce qui explique son isolement. Sa jeunesse est la cause de la faible surface occupée par les formations coralliennes, âgées de ., se présentant pour la plupart sous la forme de récifs frangeants.
Ces formations délimitent des « lagons » (il s'agit plus techniquement d'unités géomorphologiques comprenant une dépression d'arrière-récif et un platier) peu profonds dont le plus grand ne dépasse pas de large, pour 1 à de fond environÉtude comparative des récifs coralliens de l’archipel des Mascareignes, Station marine d'Endoume et Centre d’Océanographie, Marseille, et Centre Universitaire de La Réunion, Saint Denis de La Réunion, in : Guézé P. (dir.) Biologie marine et exploitation des ressources de l'océan Indien occidental, Paris : ORSTOM, 1976, (47), . Ces lagons, qui forment une ceinture récifale discontinue de de long (soit 12 % du littoral de l'île) pour une surface totale de , sont situés sur la côte ouest et sud-ouest de l’île. Les plus importants sont ceux de L’Hermitage (Saint-Gilles), Saint-Leu, L'Étang-Salé et Saint-Pierre. Mais il existe aussi des plates-formes récifales attenantes à ces lagons (Grand Fond ou Terre Sainte par exemple) ou isolées. (La Souris Chaude ou Grande Anse, par exemple), de taille plus modeste et dont la barrière est souvent rocailleuse. Les platiers sont étroits et les tombants en arrière des barrières coralliennes plongent rapidement à des profondeurs importantes. S'il existe plusieurs compartiments récifaux de petite taille, le principal se situe dans l'ouest de l'île, dans la région de Saint-Gilles-les-Bains, et a une superficie de quelques kilomètres carrés. Les lagons de L’Hermitage, Saint-Leu et L'Étang-Salé sont protégés par la Réserve naturelle marine de La Réunion (RNMR), d’une surface de , créée en Réserve naturelle marine de La Réunion, Plan de gestion 2012-2016, « Section A, Diagnostic », 2012 lire en ligne..
La température de l'eau des lagons varie entre 22 et ... Au niveau de la faune, les récifs coralliens de la Réunion, aussi bien au niveau des platiers que des barrières, sont dominés par des espèces de coraux branchus à croissance rapide du genre Acropora (famille des Acroporidae). La décomposition de la matière organique des lagons est essentiellement assurée par diverses espèces d'holothuries à fortes densités, comme l'holothurie noire (Holothuria leucospilota). et le cordon mauresque (Synapta maculata) à l'Hermitage, ou l'holothurie verte (Stichopus chloronotus) à l’Étang Salé, par exemple.
upright=1.3|thumb|Idole des Maures (Zanclus cornutus), un des poissons les plus emblématiques des récifs coralliens de l'océan Indien. upright=1.3|thumb|« Cordon mauresque » (Synapta maculata, une holothurie) ingérant des particules de sédiment pour se nourrir des nutriments, déchets et bactéries qu'il contient et assurant ainsi son rôle fondamental de nettoyeur du lagon. thumb|upright=1.3|Cette post-larve de chirurgien-voilier de moins de est encore translucide et porte la livrée du dernier stade larvaire. Elle est donc arrivée dans le lagon très récemment et évoluera rapidement vers sa livrée juvénile. Toutefois, certaines espèces ne fréquentent les lagons qu'au stade juvénile. Malgré la faible surface des récifs coralliens, la biodiversité marine de la Réunion est comparable aux autres îles du secteur, qui vaut à l'archipel des Mascareignes son inscription parmi les « hot spots » de biodiversité mondiale. Les recherches scientifiques récentes font état à la Réunion de plus de de coraux., environ de mollusques., plus de de crustacés, plus de d'échinodermes et plus de de poissons. L'évaluation donnée dans cette étude a depuis été revue légèrement à la hausse (Durville 2011), donnant au moins de poissons., dont quelques espèces endémiques de la région et, dans une moindre mesure, de l’île.
Cependant, près d’un tiers de ces espèces était déjà considéré comme menacé ou vulnérable en 2009. Les causes de cet état de fait sont la pollution, la surpêche et le braconnage ainsi que la pression anthropique, notamment liée à la densification de l’urbanisation des zones côtières et au rejet des eaux usées. En effet, les récifs coralliens comptent parmi les écosystèmes côtiers les plus riches en matière de biodiversité, mais ils sont aussi les plus fragiles.. Par exemple, un phénomène de blanchissement des coraux (susceptible d’entraîner leur forte mortalité) a été observé en . Cette estimation est sans doute très inférieure à la réalité, du fait que de nombreux cadavres sont consommés avant d'atteindre la plage., corrélé à un épisode de mortalité massive des poissons dû à une bactérie pathogène (Streptococcus iniae), dont la prolifération pourrait être due à un surenrichissement des eaux côtières., jusqu’à des profondeurs importantes. Cette épidémie meurtrière s'est résorbée naturellement., mais continue de susciter la perplexité et l'inquiétude des autorités..
Il reste que les lagons se repeuplent continuellement, quoique avec plus ou moins de facilité selon leur état., du fait du « recrutement » continuel de post-larves et juvéniles venus de l’océan. Ils font ainsi largement office de nurserie pour de nombreuses espèces, et sont des lieux privilégiés pour observer le développement et les comportements des stades précoces de très nombreux poissons et invertébrés. Ces recrutements se font soit sur l’année et par petites cohortes, soit massivement et durant des pics correspondant aux pics de ponte précédents pendant la saison chaude.. Comme de nombreuses îles, La Réunion connaît en effet une courantologie telle que des tourbillons océaniques se forment près des côtes, qui sont susceptibles de retenir œufs et larves pélagiques. Les lagons seraient donc en bonne part peuplés sous le régime de « l'autorecrutement ».. Ces recrutements ont souvent lieu les nuits de nouvelle lune, mais peuvent aussi se produire en plein jour.
Cet article, loin d'être exhaustif, se propose d'illustrer quelques-unes des espèces susceptibles d’être rencontrées dans les lagons pour chacun des principaux groupes d'animaux marins macroscopiques. Certaines espèces de poissons ne sont représentées que par leur juvénile, ou, pour celles qui en ont une, leur phase initiale, parce que leurs adultes ou leurs phases terminales n’ont pas été observées dans les récifs réunionnais. Quelques espèces ne sont pas familières des biotopes récifaux et peuvent être introduites provisoirement par la houle ou les courants, ou résider dans la proximité des passes. De nombreux noms scientifiques latins (appelés taxons) sont suivis d’un point d’interrogation "" qui signifie que l’identification de l’animal photographié est vraisemblable mais pas certaine. Un grand nombre d’espèces est en effet difficile, sinon impossible, à déterminer sans un prélèvement de spécimen et des examens de laboratoire..
Vue générale Ces vues mettent en évidence la faible distance entre les barrières récifales et la côte caractéristique des « lagons » réunionnais, qui sont en fait des récifs frangeants. Chacun a ses particularités, morphologiques, hydrologiques, etc., ce qui influe sur la biodiversité de chaque site.
Reptiles Les seuls reptiles marins présents à la Réunion sont des tortues. Le nombre d’espèces de tortues marines connues dans le monde est de sept ou huit, selon les spécialistes.. Leur espérance de vie est de en moyenne, et leur maturité sexuelle est tardive (jusqu’à ).. Leurs aires d’alimentation et de ponte peuvent être éloignées de plusieurs milliers de kilomètres. Toutes les tortues marines sont considérées par l’UICN comme en danger, et la CITES interdit leur chasse et leur commercialisation..
Seules deux espèces ont été observées sur les côtes réunionnaises : la tortue verte (Chelonia mydas), et la tortue imbriquée (Eretmochelys imbricata) ; cependant on peut rencontrer au large la tortue caouanne (Caretta caretta), la tortue olivâtre (Lepidochelys olivacea) et la tortue luth (Dermochelys coriacea). La Réunion, ancienne aire de ponte, avait été désertée par les tortues du fait de la chasse et de l’occupation toujours plus dense du littoral. On observe un retour des pontes en nombre relativement élevé depuis 2004.. Les juvéniles profitent de la nourriture et de la protection que leur offrent les eaux peu profondes des lagons pour terminer leur croissance en sécurité. La tortue verte y broute les herbiers de Syringodium isoetifolium, l’imbriquée se nourrit probablement d’éponges et d’algues. Elles font des allers et retours entre le lagon et les pentes externes, avant de s’installer sur les secondes. Les adultes n’ont jamais été observés dans les lagons. Les tortues sont suivies à La Réunion par un programme de photo-identification. développé par l’Observatoire des tortues marines Kélonia.. Ce programme s’inscrit dans un suivi international des tortues marines du sud-ouest de l’océan Indien. Il existe une charte d’approche des tortues..
Poissons De très nombreuses espèces de poissons trouvent refuge dans les récifs coralliens, qui leur donnent de multiples abris et une nourriture abondante et diversifiée. Certaines espèces ne s'y trouvent cependant que pendant leur stade juvénile, avant de rejoindre des eaux plus profondes à la maturité. D’autres encore font des incursions sporadiques dans les lagons, généralement autour des passes, puis rejoignent les pentes. D'un point de vue scientifique, la classe des Pisces (mot latin signifiant « poissons »), fonctionnelle dans la systématique héritée de Carl von Linné, a été abandonnée par les classifications modernes du vivant : cette classe a été divisée en trois classes de vertébrés marins (Agnathes, Chondrichthyens et Ostéichthyens), et il faut noter que pour la classification phylogénétique le terme de poisson ne peut plus avoir aucun sens. Les populations de poissons ne sont pas également réparties : on estime que 50 % des poissons occupent 17 % des océans.. La Réunion, avec au moins , est d’une richesse enviable de ce point de vue.
Raies et requins Les requins n'entrent que très exceptionnellement dans les lagons réunionnais (grandes marées, houles importantes). Surpris ensuite par la faible profondeur à marée basse ils cherchent à en sortir et, stressés, ne développent pas de comportements alimentaires ni territoriaux, et ne sont donc pas agressifs. Cependant, un jeune requin bouledogue (Carcharhinus leucas) de moins d’un mètre s'est sédentarisé quelques semaines près de la passe dans le lagon de l’Hermitage début 2017, et a été prélevé par les autorités.. Il n’y a jamais eu d’incident à déplorer avec des squales dans les lagons de La Réunion.
Poissons téléostéens L’infra-classe des Téléostéens. (du grec « téléios », achevé, et « osteon », os) regroupe les poissons osseux dont le squelette est entièrement ossifié. Ils sont caractérisés notamment par une nageoire caudale qui n’est qu’apparemment symétrique (la colonne vertébrale s’achève dans le lobe supérieur), et un grand nombre d’entre eux l’est de surcroît par une mâchoire dont l’articulation leur permet de projeter leur bouche vers la proie, créant ainsi un flux aspirant qui la gobe. Les téléostéens regroupent 96 % des espèces de poissons et 47 % des vertébrés actuels..
Poissons serpentiformes (« Elopomorphes » : anguilles, murènes, congres) Comme l’indique l’adjectif, les poissons serpentiformes ont l’aspect morphologique et souvent le type de déplacement d’un serpent, mais là s’arrête leur rapport avec les reptiles ophidiens. Il n’y aucun serpent marin dans les lagons de La Réunion.
Poissons Siluriformes