Le TER Aquitaine était un des trois réseaux de lignes TER de la région Nouvelle-Aquitaine (avec les TER Limousin et TER Poitou-Charentes) avant la création des TER Nouvelle-Aquitaine. Il portait le nom de l'ancienne région administrative Aquitaine.
Depuis le , les régions sont les autorités organisatrices de transport pour le transport régional de voyageurs, selon l'article L2121-3. du Code des transports. Les trains et autocars du TER Aquitaine transportaient voyageurs, qui avaient à leur disposition 171 gares et points d'arrêt, et 310 trains les jours de pleine semaine. La performance annuelle était de plus de huit millions de véhicule-km. Le réseau ferroviaire concerné par le TER Aquitaine mesurait près de , dont électrifiées ; nombre de gares porté de 158 à 171 après recomptage selon la carte du réseau, qui s'appuie sur les fiches horaires..
Histoire Le transport régional avant la décentralisation
En 1960, le trafic régional et local est assuré surtout par les trains omnibus, qui incluent les trains directs ou semi-directs. Dans l'ancienne région Aquitaine, ce trafic est alors bien développé sur trois lignes partant de Bordeaux, vers Libourne, Langon et Arcachon, uniques lignes où une fréquence de six à neuf aller-retours par jour est atteint, à l'exception toutefois du tronc commun de Périgueux à Niversac. La section terminale de Facture-Biganos à Arcachon atteint même les dix aller-retours, ce qui s'explique par les correspondances avec les trains express établies en gare de Facture-Biganos. En effet, les trains express peuvent être empruntés sans réservation et ne requièrent pas de supplément, si bien qu'ils assument un rôle non négligeable dans le trafic régional, à plus forte raison sur les lignes où les localités intermédiaires se font rares. La section de Facture-Biganos à Dax de la ligne de Bordeaux à Irun, la section de Bordeaux à Jonzac de la ligne de Bordeaux à La Rochelle, la section de Bergerac à Sarlat de la ligne de Libourne à Souillac, la section du Buisson à Monsempron-Libos de la ligne de Niversac à Agen et la section finale de la ligne du Médoc à partir de Lesparre ne sont donc desservies que par deux omnibus par jour et par sens. Sinon, sur tout le réseau, l'offre varie entre trois et cinq aller-retours quotidiens. La section aujourd'hui fermée de Sarlat à Souillac ne compte par contre plus aucun train omnibus458..
Dans un contexte de motorisation individuelle galopante et d'investissements limités dans les transports en commun, le « contrat de programme » État - SNCF d' vise, entre autres, à décharger la SNCF des services déficitaires sans mettre officiellement en question l'obligation de service public. Moyennant, notamment, le transfert de services omnibus sur la route, la suppression de lignes déficitaires parcourues uniquement par des omnibus et la réorganisation des services subsistants, l'équilibre budgétaire de la SNCF devra ainsi être atteint de nouveau en 1974. Un programme de fermeture portant à l'origine sur de relations omnibus est élaboré. Bientôt, l'objectif sera porté à , mais nombre de fermetures ne seront finalement pas mises en œuvre ou le seront beaucoup plus tard, jusque dans les années 1990. Finalement, entre et de lignes sont fermées au service voyageurs, avec le plus souvent avec substitution par un service routier sous responsabilité de la SNCF101-123.. Dans l'actuelle région Aquitaine, ces fermetures concernent tout d'abord les antennes pyrénéennes de Puyôo à Mauléon () et de Buzy à Laruns-Eaux-Bonnes (), le . La gare de Mont-de-Marsan devient un terminus avec la suppression des lignes de Peyrouton (Dax) () le et de Tarbes () le . Deux autres lignes suivent le : Monsempron-Libos - Cahors () et Cabariot - Le Chapus (pour correspondance vers l'île d'Oléron, ) ; .. Quant à l'exploitation de la ligne de Bedous à Canfranc, elle est suspendue « provisoirement » à la même époque, le , à la suite d'un incident d'exploitation mineur.. Alors que le contexte politique est défavorable aux dessertes régionales par le rail, une partie de la direction de la SNCF ne veut pas baisser les bras et pense qu'en sortant son offre omnibus de l'immobilisme, il serait possible de la pérenniser. Dans ce sens, une expérimentation est menée en 1971 dans les zones de Bordeaux et Chambéry, consistant en une suppression de trains omnibus avec remplacement par un nombre légèrement diminué de trains plus rapides. Cette politique s'inscrit dans la décentralisation de l'organisation des dessertes au sein de la SNCF et ne bénéficie pas d'un soutien des services de l'État118..
La SNCF n'ayant pu atteindre l'équilibre financier à la fin de l'exercice 1973, le ministère des Finances fixe l'objectif de reporter les services omnibus sur de voies ferrées sur la route, chiffre bientôt porté à . Quand Jacques Chirac devient Premier ministre le , il décrète rapidement l'arrêt des transferts sur route autoritaires et propose d'attendre tout d'abord l'élaboration des premiers schémas régionaux de transport (SRT) décidée le . Six régions sont choisies comme régions pilotes, dont l'Aquitaine ne fait pas partie, mais le principe est progressivement étendu sur toutes les régions jusqu'en 1977. L'Aquitaine entame l'élaboration de son SRT en 1976. Les régions vont se voir se confier l'organisation des services omnibus, avec l'idée sous-jacente qu'elles vont fermer des lignes rurales pour utiliser les économies réalisées pour l'amélioration des dessertes déclarées d'intérêt régional par le SRT. Le but global est l'amélioration des transports collectifs sans coûts supplémentaires pour la collectivité. Mais le SRT Aquitaine reste sans suites 150-152.. Ensuite, l'État ayant été déçu par les SRT et le peu de fermetures enclenchées, le nouveau contrat d'entreprise entre État et SNCF de donne à la SNCF les moyens de décider d'elle-même de la fermeture de lignes. C'est ce qu'elle fait le avec les lignes de Sarlat à Souillac et de Souillac à Saint-Denis-près-Martel ( au total), et la section de Gare d'Oloron-Sainte-Marie à Bedous de la ligne de Pau à Canfranc (frontière) (). Les rares trains sur ces lignes n'étaient occupées que par respectivement onze et quinze voyageurs en moyenne, et les dépenses dépassaient respectivement vingt-huit fois et quinze fois les recettes. La courte antenne de Gare de Biarritz à Biarritz-Ville () suit le , sur l'insistance de la municipalité qui convoitait les terrains de la gare depuis plusieurs années 187-195..
Au début des années 1980, le matériel affecté aux trains omnibus sur les lignes électrifiées de l'Aquitaine est surannée. Le service est assuré avec vingt-six automotrices électriques Z 4100 en provenance de la banlieue parisienne et construites pendant la seconde moitié des années 1920134., quatorze Z 4400 de 1935, et des rames tractées formées de voitures anciennes remétallisées. Par contre, le dépôt de Bordeaux est le premier à bénéficier des automotrices modernes de la série des Z2, très innovantes pour l'époque et aptes à assurer un service rapide grâce à leur vitesse de pointe de . Entre 1980 et 1984, quarante-sept Z 7300 et Z 7500 sont réceptionnées à Bordeaux, puis engagées sur la totalité du réseau électrifiée de la région, y compris la ligne nouvellement électrifiée de Montauban. Ce renouvellement du parc s'effectue sur les fonds propres de la SNCF. Pendant les vacances d'été 1984 et 1985, les Z2 prennent en charge une desserte renforcée sur la section de entre Bayonne et Hendaye, instaurée à la demande du Conseil régional d'Aquitaine et commercialisée sous le nom de Métrobasque. Cette appellation disparaît avec le lancement du TER 261-263..
La LOTI, promulguée le , encourage la décentralisation des transports, sans pour autant définir un cadre précis. Puis, la loi du sur la répartition des compétences entre les communes, les départements, les régions et l'État donne le coup d'envoi à la décentralisation sur un plan plus général, avec, entre autres, l'instauration du suffrage universel des Conseillers régionaux. Sur le plan des transports ferroviaires régionaux, l'attitude de l'État reste ambivalente. En effet, il ne veut pas doter les régions des budgets nécessaires leur permettant de se substituer à l'État pour le versement de la contribution d'équilibre des services SNCF d'intérêt régional. Il craint que les régions puissent détourner ces fonds de leur destination initiale et ne réduisent les services ferroviaires, ce qui n'est plus souhaité, contrairement aux années 1970. De ce fait, la décentralisation des services ferroviaires ne peut être que facultative, l'État l'encourageant toutefois et souhaitant que les régions s'investissent dans leur amélioration228-231 et 236..
De la naissance du TER jusqu'à la régionalisation
Le TER Aquitaine est lancé en 1986 à la suite de la mise en place d'une nouvelle politique commerciale de la SNCF sur le plan des transports régionaux, souhaitant affirmer davantage sa propre identité d'entreprise en mettant fin, notamment, aux décorations des trains suivant les souhaits des régions. « TER » traduit une stratégie commerciale reposant sur la marque TER avec son logo et sa décoration, sorte de label de qualité ; la charte TER signée entre la SNCF et les régions qui le souhaitent ; et la gamme commerciale TER. Elle s'exprime à travers l'information voyageurs, la promotion et la communication institutionnelle. Parmi les quatre coloris que la SNCF propose pour la livrée du matériel TER, la région Aquitaine choisit le rouge. Le TER veut rajeunir l'image des transports ferroviaires régionaux, jusque-là négligés et souffrant d'une mauvaise image. Pour la première fois, une telle initiative est mise en œuvre sur le plan national et s'accompagne de conventions avec toutes les régions (sauf trois, retardataires). En , la région signe donc sa convention d'exploitation avec la SNCF pour une durée de cinq ans. Il s'agit d'une convention dite « à la marge », c'est-à-dire la Région ne doit assumer que les charges supplémentaires engendrées par les modifications du service de l'année de référence effectuées à sa demande. Autrement dit, les trains régionaux ne coûtent rien à la Région tant qu'elle ne demande pas des aménagements de l'offre. La Région a droit au versement d'un bonus si la fréquentation augmente à la suite des modifications qu'elle a apportées à la desserte232-237, 242 et 288.. Ce début de conventionnement global coïncide à peu près avec l'instauration du TER, mais est en fait un développement indépendant issu de la politique de décentralisation.
Au début, le TER Aquitaine compte 7,5 % de lignes routières, et parmi les liaisons ferroviaires, et 10,8 % ont une desserte mixte par train et autocars. Ce taux n'augmente que de 3,2 % pendant la première convention TER258.. Pendant la même période, la Région entame son engagement financier dans le renouvellement du matériel roulant et la modernisation de l'infrastructure ferroviaire. Elle consacre respectivement et à ces domaines d'intervention, ce qui la place en douzième rang des vingt régions françaises concernées par le TER (France continentale hors Île-de-France). Cette somme de investis entre 1985 et 1992 ne représente toutefois que 2,33 % du montant total des investissements des vingt régions. L'Aquitaine est la seule région à investir dans la suppression des passages à niveau en se substituant ainsi aux départements (38,7 % des investissements d'infrastructure). Le principal projet cofinancé porte sur le relèvement de la vitesse sur la ligne du Médoc (59,3 %)292-294 et 374..