Le bilan du Soudan en matière de droits humains est largement condamné. Certaines organisations de défense des droits humains documentent une variété d'abus et d'atrocités perpétrés par le gouvernement soudanais au cours des dernières années sous le règne d'Omar el-Bechir. Le rapport 2009 sur les droits de l'homme du département d'État des États-Unis fait état de graves préoccupations concernant les violations des droits de l'homme par le gouvernement et les milices.. La peine capitale, y compris la crucifiement, est utilisée pour de nombreux crimes. En , le gouvernement soudanais a signé un accord avec le Haut-Commissaire des Nations unies aux droits de l'homme en vue de l'ouverture d'un bureau des Nations unies pour les droits de l'homme à Khartoum et de bureaux sur le terrain au Darfour, au Nil Bleu, au Kordofan méridional et au Soudan oriental. En , lors de la , le ministre de la Justice Nasredeen Abdulbari a déclaré que « toutes les lois violant les droits de l'homme au Soudan » devaient être supprimées, et pour cette raison, le Parlement a adopté une série de lois début ..
Abus dans les situations de conflit Les conflits entre le gouvernement et les groupes rebelles - la guerre civile impliquant des tensions nord-sud, le conflit du Darfour impliquant des tensions entre les tribus arabes dans la région du Darfour dans la région occidentale du Soudan - entraînant des viols, des tortures, des meurtres et des déplacements massifs de population (estimés à plus de 2 millions en 2007), ce qui vaut la comparaison entre le Soudan et le Rwanda dans la presse. Il y a aussi plusieurs cas annoncés de crucifixions exécutées au Soudan.
Selon The Christian Science Monitor du :La guerre dans la région du Darfour se résume à cela : Les tribus africaines sont depuis longtemps en conflit avec les groupes arabes de la région pour l'accès aux bonnes terres. L'année dernière, deux groupes armés africains ont entamé une rébellion contre le régime de Khartoum. Le gouvernement a réagi en apportant apparemment un soutien militaire aux milices arabes. Des rapports font état d'avions militaires soudanais bombardant des villages, après quoi les milices arabes se rendent sur place pour violer et tuer les survivants..
Nettoyage ethnique au Darfour Le conflit a été décrit par Mukesh Kapila, coordinateur des Nations unies (ONU) pour le Soudan, comme un nettoyage ethnique, alors que dans la région du Darfour les milices Afro-Arabes se livrent à des massacres systématiques des populations tribales. Selon Kapila, « le gouvernement sait très bien ce qui se passe et peut influencer les milices arabes ». Les Nations unies estiment que civils ont été tués dans la région du Darfour entre 2003 et 2010 .
Détentions arbitraires Le , Human Rights Watch a publié un rapport qui fait état de la détention de centaines de manifestants illégaux par les forces de sécurité soudanaises au motif qu'ils ont exprimé leur opinion, dans le but d'inspirer la peur à ceux qui s'opposent au régime militaire. Le rapport révèle les pratiques violentes des forces de sécurité à l'encontre des manifestants, à savoir des agressions sexuelles et des menaces de viol. Par ailleurs, le Bureau des droits de l'homme des Nations unies au Soudan a indiqué que plus d'un millier de personnes ont été arrêtées en quelques mois, dont 148 enfants.
Esclavage Certaines organisations, en particulier Christian Solidarity Worldwide et des organisations apparentées, soutiennent que l'esclavage existe au Soudan et qu'il est encouragé par le gouvernement soudanais. À titre d'exemple de telles allégations, dans le Wall Street Journal du , Michael Rubin a déclaré :... Le 4 octobre, le vice-président soudanais Ali Uthman Taha a déclaré : « Le djihad est notre voie et nous ne l'abandonnerons pas et garderons haut sa bannière ». Entre le 23 et le , les troupes du gouvernement soudanais ont attaqué des villages près de la ville d'Aweil, dans le sud du pays, tuant 93 hommes et réduisant en esclavage 85 femmes et enfants. Puis, le , l'armée soudanaise a attaqué des villages près de la ville de Nyamlell, enlevant 113 autres femmes et enfants. Un travailleur humanitaire kényan a également été enlevé et n'a pas été revu depuis.À quoi ressemble l'esclavage au Soudan ? Un jeune chrétien de 11 ans m'a raconté ses premiers jours de captivité : « On m'a dit plusieurs fois de devenir musulman et j'ai refusé, c'est pourquoi ils m'ont coupé un doigt ». Alokor Ngor Deng, 12 ans, a été emmenée comme esclave en 1993. Elle n'a pas revu sa mère depuis que les esclavagistes les ont vendues à des maîtres différents. Akon, 13 ans, a été capturée par des militaires soudanais alors qu'elle se trouvait dans son village il y a cinq ans. Elle a été violée par six soldats du gouvernement et a assisté à sept exécutions avant d'être vendue à un Arabe soudanais.De nombreux esclaves libérés portent des traces de passages à tabac, de brûlures et d'autres tortures. Plus des trois quarts des femmes et des filles autrefois réduites en esclavage signalent des viols.Alors que les organisations non gouvernementales se disputent sur la manière de mettre fin à l'esclavage, peu nient l'existence de cette pratique. Les estimations du nombre de Noirs actuellement réduits en esclavage au Soudan varient de dizaines de milliers à des centaines de milliers (sans compter ceux vendus comme travail forcé en Libye)D'un autre côté, la fraude au nom de la « rédemption des esclaves » est déjà documentée.
Droits des femmes Le Soudan est un pays en développement qui fait face à de nombreux défis en matière d'inégalité entre les sexes. Freedom House a donné au Soudan le classement le plus bas possible parmi les régimes répressifs en 2012. Le Soudan du Sud a reçu une note légèrement supérieure, mais il a également été classé comme « non libre ». Dans le rapport de 2013 sur les données de 2012, le Soudan se classe sur 186 pays selon l'indice de développement humain (IDH). Le Soudan est également l'un des rares pays à ne pas avoir signé la Convention sur l'élimination de toutes les formes de discrimination à l'égard des femmes (CEDAW).
Malgré tout cela, il y a eu des changements positifs en ce qui concerne l'égalité des sexes au Soudan. En 2012, les femmes représentaient 24,1 % de l'Assemblée nationale du Soudan. Les femmes soudanaises représentent un plus grand pourcentage du parlement national que de nombreux pays occidentalisés. Malgré cela, les inégalités entre les sexes au Soudan, en particulier en ce qui concerne les mutilations génitales féminines et la disparité entre les femmes et les hommes sur le marché du travail, ont retenu l'attention de la communauté internationale.
Le Soudan a signé le Protocole à la Charte africaine des droits de l'homme et des peuples relatif aux droits des femmes en Afrique (Protocole de Maputo) le , mais en , il ne l'a pas encore ratifié..
Transition démocratique (depuis 2019)
Lorsque la transition démocratique a été initiée en 2019 après des manifestations à grande échelle menées par des femmes soudanaises, une réforme juridique progressive a amélioré le statut des droits des femmes dans le pays. Fin 2019, la loi sur l'ordre public a été abrogée ; il était controversé pour diverses raisons, telles que l'article 152 de la loi, qui stipulait que les femmes qui portaient des pantalons en public devaient être fouettées 40 fois. D'autres restrictions ciblant les femmes qui ont été abrogées comprenaient l'absence de liberté de s'habiller (par le hijab obligatoire et d'autres mesures), de mouvement, d'association, de travail et d'étude. Les violations alléguées (dont beaucoup étaient considérées comme « arbitraires » par les militants) ont été punies par des arrestations, des passages à tabac et la privation de droits civils tels que la liberté d'association et d'expression.. Selon Ihsan Fagiri, leader de l', environ femmes ont été poursuivies en vertu de la loi sur l'ordre public rien qu'en 2016..
En , le Code pénal a été modifié pour criminaliser les mutilations génitales féminines (MGF), qui ont été rendues passibles d'une amende et de 3 ans d'emprisonnement.. En , l'obligation pour les femmes d'obtenir l'autorisation d'un parent masculin pour voyager et la flagellation comme forme de punition ont été abolies. Des militantes des droits des femmes telles que la rédactrice en chef du magazine 500 Words, Ola Diab, et le conseiller juridique de Redress, Charlie Loudon, ont salué l'abolition des mesures répressives et des restrictions imposées aux femmes comme de « grands premiers pas ». Ils ont souligné que les nouvelles lois devaient être appliquées et que les lois abrogées devaient également être abandonnées dans la pratique, ce qui nécessiterait une révision des politiques internes des agences gouvernementales telles que la police, l'armée et les services de renseignement. Plusieurs autres lois dont les militants ont demandé la suppression comprenaient la poursuite des victimes de viol pour « adultère » et des femmes dans des établissements mixtes pour « prostitution », d'autres articles dictant le code vestimentaire des femmes et le démantèlement de l'ordre public. la police et les tribunaux spécialisés qui faisaient partie du « régime d'ordre public ».
Enfants soldats Selon Rory Mungoven, porte-parole de la , le Soudan connaît l'un des pires problèmes d'enfants soldats au monde.. Il y a plus de enfants soldats qui se battent pour le gouvernement ou pour les forces rebelles, même après que anciens enfants soldats ont été démobilisés des groupes rebelles au Sud-Soudan en 2001. Ils transportent des AK-47 et des M-16 sur les lignes de front du combat, tout en servant de détecteurs de mines humaines, en participant à des missions suicides et en agissant comme espions. Nombre d'entre eux sont enlevés ou recrutés de force et souvent contraints d'obéir aux ordres sous peine de mort. D'autres rejoignent des groupes armés en désespoir de cause ou après avoir subi des mensonges et un lavage de cerveau. De nombreux enfants se font promettre qu'ils iront à l'école, qui sont en fait des centres d'entraînement militaire déguisés en école. Les installations, bien qu'elles soient sous la direction des Nations unies et d'organisations internationales, sont l'endroit où les enfants ont subi un lavage de cerveau pour devenir des tueurs impitoyables. Les améliorations technologiques ont fourni des armes qui pèsent moins, coûtent moins cher et peuvent être assemblées, chargées et tirées par un enfant analphabète, ajoutant un attrait supplémentaire aux enfants soldats.
Maltraitance des prisonniers Plusieurs centaines d'adultes et d'enfants ont été emprisonnés après que des membres du Mouvement pour la justice et l'égalité ont attaqué Khartoum en , un nombre disproportionné de la région du Darfour. Human Rights Watch a critiqué le gouvernement soudanais pour avoir refusé de fournir la moindre information sur leur sort. Des preuves de torture et d'abus généralisés ont été trouvées sur des prisonniers libérés et ont été recueillies dans de nombreux entretiens enregistrés par Human Rights Watch.
En , la flagellation en tant que forme de punition a été abolie.
Persécution des défenseurs des droits humains Entre 2003 et 2011, est arrêté à plusieurs reprises pour des accusations liées à son travail en faveur des droits humains au sein du groupe . Ces arrestations provoquent les protestations de groupes tels que Human Rights Watch, Front Line Defenders et Amnesty International, cette dernière l'ayant qualifié de « prisonnier d'opinion ».