La préhistoire des îles Baléares demeure mal connue et comporte encore de nombreuses interrogations. En l'état actuel des connaissances, les plus anciennes traces attestées d'une présence humaine ans les îles de l'archipel des Baléares ne remontent pas avant le Néolithique récent (). Les suspicions d'une présence plus précoce, au début du voire dès le milieu du , demeurent controversées. Le peuplement des îles se serait fait depuis la péninsule ibérique à Ibiza, puis dans les autres îles par sauts maritimes successifs. Dans un premier temps, le niveau de développement des activités humaines dans l'archipel paraît en net retrait par rapport à celui qui caractérise alors le continent, ce qui a conduit à qualifier le Néolithique des Baléares de « Mésolithique tardif ». Dans un second temps, les îles de Majorque et de Minorque s'illustrent par un développement culturel original qui se traduit par des constructions monumentales spécifiques à l'archipel ainsi que par l'essor d'une culture préhistorique et protohistorique propre : la culture talayotique.
Premières présences humaines
Jusqu'au milieu du siècle, il était admis que les premières occupations humaines dans les îles Baléares dataient des débuts du , durant la période d'El Argar. L'étude des céramiques découvertes dans les années 1960, dans les grottes majorquines de Vernisssa et Sa Canova, a conduit à repousser cette chronologie légèrement à la hausse vers l'extrême fin du . Des fouilles plus récentes, à Majorque comme à Minorque, de plusieurs grottes et d'abris sous roche tendent à indiquer une présence humaine dans ces îles encore plus précoce, au début du voire dès le milieu du . La qualité des échantillons utilisés n'est pas totalement satisfaisante et les datations obtenues comportent des marges d'incertitude assez importantes.
À Majorque vignette|Myotragus balearicus (reconstitution). vignette|Abri de Son Matge (Majorque). La fouille de la grotte de la Muleta en 1962 a fourni une stratigraphie continue durant près de 100 000 ans, étudiée par et par . L'essentiel des dépôts est de nature paléontologique et correspond à des ossements de Myotragus balearicus. Les restes osseux de quatre ou cinq individus, datés au radiocarbone de - 3985 av. J. -C. +/- 109, y ont aussi été recueillis. Ces individus n'ont pas été inhumés, ils sont tombés accidentellement dans une cheminée, masquée par l'obscurité, reliant les deux niveaux de la grotte. Malgré de bonnes conditions naturelles de conservation, aucun crâne et aucun os long n'ont été découverts. Le matériel archéologique d'accompagnement découvert est aussi faible : des éclats de silex retouchés, onze aiguilles en os et des pierres calcaires oblongues ayant pu servir de percuteur ou de polissoir. Quant aux ossements de Myotragus (datés de 5185 av. J-C. +/- 80 et 6620 av.J.-C. +/- 350), ils ne comportent aucun indice laissant supposer qu'ils correspondent à des animaux ayant pu être chassés et consommés par l'homme.
L'abri sous roche de , fouillé entre 1968 et 1975 par Waldren, a livré trois couches archéologiques d'environ d'épaisseur composées de coprolithes et de restes osseux de Myotragus balearicus comportant des marques d'origine anthropique : les cornes ont été sciées en « V » et les os longs comportent des marques de boucherie dues à des outils en silex aux points d'attache des muscles et des tendons. Deux datations au radiocarbone effectuées sur ces échantillons osseux correspondent à une première date de 4730 av. J-C. +/- 120 et à une seconde date calibrée de 5591 av. J.-C. Selon Waldren, le site pourrait correspondre à un enclos où les animaux étaient parqués, d'où la nécessité de leur couper les cornes pour éviter qu'ils se blessent dans cet espace étroit. Selon Waldren, l'absence de squelettes complets indique peut-être que certains quartiers de viande ont été découpés sur place puis emportés ailleurs. Selon V. Lull, les marques observées sur les cornes et sur les os ne seraient pas de nature anthropique, elles auraient été produites par d'autres animauxEn l'absence de tout prédateur connu dans l'île de Majorque à cette époque, cette affirmation demeure douteuse. Plus tardivement, vers 4700 av. J.-C. (- 3870 +/- 360), le site fut utilisé comme abri par des hommes. Six couches d'occupation ont été découvertes. Elles renfermaient des traces de foyers, un nucléus et quelques éclats de silex et des ossements de Myotragus brûlés avec des traces de boucherie. La datation d'un charbon de bois (- 3800 +/- 115) correspond à celle obtenue à la Muleta.
La grotte d'Es Canet a livré une couche sédimentaire de plusieurs mètres incluant deux couches charbonneuses, datées au radiocarbone de 9130 BP +/- 570, auxquelles seraient associées des ossements de Myotragus balearicus portant des traces d'origine anthropique et des pierres comportant des traces de feu. Ces résultats ont été contestés car l'accumulation sédimentaire pourrait être d'origine naturelle (érosion) et les charbons pourraient correspondre à des traces d'un incendie naturel tandis que le caractère anthropique des marques sur les ossements demeure incertain. La marge d'erreur de la datation est suffisamment grande pour inciter à la prudence.
Les données recueillies dans l'abri de Son GallardConnu aussi sous les dénominations de Cave of Muertos Gallard ou abri sous roche de Muertos Gallard. sur des charbons de bois sont confuses. Il s'agit d'un abri utilisé comme refuge par des bergers qui y allumaient du feu. Un charbon de bois recueilli anciennement sur le site par Waldren a été daté au radiocarbone de 4230 à 3700 av. J.-C. Les datations, consécutives aux nouvelles fouilles, effectuées sur place en 2003, correspondent à une série chronologique comprise dans l'intervalle 2870-2500 av. J.-C..
En 1984, J. Pons-Moya a proposé de dater du Mésolithique une industrie lithique, d'un style inconnu, composée d'outils en silex (denticulés, racloirs, grattoirs, burins, perçoirs) et de déchets de taille, découverte lors de ramassages de surface, sans les sites d'Es Rafl des Porcs, d'Es Pont de Sa Plana et de Son Danŭs. Ces découvertes, difficilement datables, font encore l'objet d'une controverse.
À Minorque
En l'absence d'un contexte stratigraphique certain (ramassages de surface), il n'a pas été possible de proposer une datation satisfaisante de la petite industrie lithique découverte dans les sites de Binimel Là et à Ciutadella de Menorca alors même que les quelques objets lithiques en question présentent des caractéristiques archaïques et des différences substantielles avec les objets du même type trouvés jusqu'à présent. Il n'est d'ailleurs pas exclu que ces découvertes correspondent en fait aux traces d'une présence humaine sporadique de passage dans l'île, donc sans établissement stable.
La Cova dels Morts sur la côte nord de Minorque est un abri similaire à celui de Son Matge qui a été utilisé pour héberger du bétail (ovins et bovins) dont les excréments ont été retrouvés dans la couche sédimentaire. L'analyse des cendres retrouvées compactées dans la strate III du site correspond à une date comprise dans l'intervalle 3520-3090 av. J.-C. La qualité de l'échantillon prélevé n'est pas totalement satisfaisante.
Problématique du peuplement des îles
Les îles Baléares n'ayant jamais été accessibles à pied sec même au plus fort de la période des glaciations, le peuplement de l'archipel ne peut donc résulter que de l'arrivée d'habitants par la voie maritime. Ibiza est l'île la plus proche de la péninsule ibérique (92 km) et elle est elle-même distante de seulement 4 km de Formentera. La côte nord-ouest montagneuse de Majorque est visible d'Ibiza dans des conditions météorologiques très favorables. Majorque, la plus grande des îles de l'archipel, n'est distante de Minorque que de 48 km. Toutefois, jusqu'à une période récente, les traces humaines les plus anciennes connues sur ces deux îles (Ibiza et Formentera) étaient les tombes mégalithiques de Can Sergent (Ibiza) et de Ca Na Costa (Formentera), toutes deux datées des débuts du . En 1989, la fouille du site d'Es Pouàs au nord-ouest d'Ibiza a livré les restes d'animaux domestiques (ovidés et capridés) datés au radiocarbone d'une période comprise entre 4859 et 4449 av. J. C. L'idée selon laquelle le peuplement des îles se serait fait depuis la péninsule ibérique vers Ibiza, puis vers les autres îles par sauts maritimes successifs, à partir du , apparaît alors comme possible, quand bien même le type d’embarcation utilisé demeure inconnu. Selon V. Guerrero, l'ensemble du territoire de l'archipel était occupé entre le et le .
Pour autant, plusieurs interrogations demeurent. En premier lieu, les plus anciennes céramiques retrouvées sur l'archipel datent du deuxième tiers du (Son Matge) alors que son usage par les cultures néolithiques de la côte ibérique (culture de la céramique cardiale) est déjà solidement établi depuis un certain temps. En second lieu, alors que la révolution néolithique bat son plein sur le continent comment expliquer que la population des Baléares utilisent encore au milieu du des grottes et des abris sous roche comme habitats et que l’agriculture s'y développe si tardivement ? A Majorque, il est probable que l'abondance des troupeaux naturels de Myotragus balearicus ait retardé l'introduction du bétail domestique, qui est intervenue plus tôt à Ibiza (où Myotragus balearicus était absent), et expliquerait a contrario l'extinction de cette espèce, au , en raison de sa chasse abusive par l'homme. Ces interrogations ont ainsi pu conduire à parler de « Mésolithique tardif » ou de « Néolithique sans céramique » pour décrire la Préhistoire des Baléares.
Historiographie
A la suite des travaux de J. Colominas en 1920, l'historiographie ne distinguait, durant la première moitié du , que deux périodes distinctes pour décrire le Néolithique dans les îles Baléares : la « culture des grottes » et la « culture talayotique ». La « culture des grottes » était caractérisée par l'usage de grottes naturelles et artificielles comme habitat et comme espaces funéraires alors que la « culture talayotique » s'en serait distinguée par la construction de grands villages incluant un type d'édifice emblématique, le talayot. En 1965, G. Rosseló Bordoy et G. Llompart ont repris cette bipartition chronologique et rebaptisés ces deux périodes « pré-talayotique » et « talayotique ». Selon cette classification, qui deviendra la chronologie communément admise, le basculement d'une période à l'autre s'opère avec la construction des talayots, dont on fixe alors les premières apparitions autour de 1500 av. J.-C., résultant de l'arrivée dans l'archipel d'une nouvelle population. Toutes les constructions préhistoriques sont alors classées selon cette chronologie : les dolmens, les navetas et constructions naviformes, et quelques hypogées sont attribués au « pré-talayotique », tandis que les talayots, taulas, habitats en cercles et les grandes nécropoles à hypogées sont attribués au « talayotique ».