Le TER Bourgogne était le réseau de lignes TER de l'ancienne région administrative Bourgogne. La fusion des réseaux TER Bourgogne et TER Franche-Comté en 2017 a eu comme conséquence la création d'une nouvelle entité appelée TER Bourgogne-Franche-Comté.
Il a représenté, en 2010, environ par jour effectués grâce aux et cent autocars TER Bourgogne mis en circulation les jours de pleine semaine, avec une distance de parcours de en moyenne. Pour l'année, la performance du TER Bourgogne a été de et de . Cent-vingt-six gares et points d'arrêt sont ouverts au service de voyageurs. Quatre lignes sont certifiées « NF service » sur la base de la norme EN 13816 délivré par Afnor.
Le Conseil régional de Bourgogne a consacré au TER un budget de en 2011. La moyenne d'âge du matériel est de quinze ans et a diminué de dix ans depuis 2004 ; et . Le nombre de gares est de 131 selon les sources ; il n'y en a que 126 après recomptage..
Histoire Le transport régional avant la décentralisation En 1960, le trafic régional et local est assuré surtout par les trains omnibus, qui incluent les trains directs ou semi-directs. Dans l'actuelle région Bourgogne, ce trafic est alors bien développé autour de Dijon, Chalon-sur-Saône et Paray-le-Monial, avec quatre à neuf aller-retours par jour sur la plupart de lignes, et même dix aller-retours ou plus entre Chagny et Chalon-sur-Saône. Au nord de Cravant - Bazarnes et de Saint-Florentin - Vergigny, la desserte est également relativement bien fournie avec trois à cinq aller-retours par jour selon les sections, et même davantage entre Laroche-Migennes et Auxerre. Par contre, au sud de cette dernière gare jusqu'à Autun et Cercy-la-Tour (lignes aujourd'hui fermées au-delà de Corbigny et Avallon), ainsi que sur deux sections de la ligne de Paris à Lyon, ne circulent qu'un à deux aller-retours omnibus par jour. C'est le cas de Saint-Florentin - Dijon-Ville et de Chalon-sur-Saône - Mâcon. À la limite avec la Franche-Comté, les lignes depuis Is-sur-Tille vers Châtillon-sur-Seine, Culmont-Chalindrey et Gray ne sont quant à eux fréquentés que par un seul omnibus par sens et par jour458..
La SNCF n'ayant pu atteindre l'équilibre financier à la fin de l'exercice 1973, le ministère des Finances fixe l'objectif de reporter les services omnibus sur de voies ferrées sur la route, chiffre bientôt porté à . Quand Jacques Chirac devient Premier ministre le , il décrète rapidement l'arrêt des transferts sur route autoritaires et propose d'attendre tout d'abord l'élaboration des premiers schémas régionaux de transport (SRT) décidée le . Six régions sont choisies comme régions pilotes, dont la région Bourgogne ne fait pas partie, mais le principe est progressivement étendu sur toutes les régions jusqu'en 1977. La Bourgogne entame l'élaboration de son SRT en 1976. Les régions vont se voir se confier l'organisation des services omnibus, avec l'idée sous-jacente qu'elles vont fermer des lignes rurales pour utiliser les économies réalisées pour l'amélioration des dessertes déclarées d'intérêt régional par le SRT. Le but global est l'amélioration des transports collectifs sans coûts supplémentaires pour la collectivité. Mais le SRT Bourgogne reste sans suite 150-152.. Ensuite, l'État ayant été déçu par les SRT et le peu de fermetures enclenchées, le nouveau contrat d'entreprise entre État et SNCF de donne à la SNCF les moyens de décider d'elle-même de la fermeture de lignes. C'est ce qu'elle fait d'abord le avec la ligne de Clamecy à Corbigny (), où les trains ne sont occupés que par onze personnes en moyenne. Puis, le , la ligne de Dracy-Saint-Loup (près d'Autun) à Santenay-les-Bains (près de Chagny) () est interceptée par la nouvelle LGV Sud-Est et de ce fait fermée au trafic voyageurs 187-195..
Alors que la Région s'est vu rejeter son SRT car voulant rouvrir deux lignes, le changement de politique après l'élection de François Mitterrand comme Président de la République apporte, en 1982, les « réouvertures Fiterman ». Est concernée en Bourgogne, la ligne de Clamecy à Corbigny, fermée seulement depuis un an et demi à sa réouverture le pour les express en début et fin de semaine. Une desserte quotidienne est même rétablie avec l'horaire d'été 1982, entrant en vigueur le . Mais n'est créé qu'un seul aller-retour circulant dans la mi-journée, et apparemment mal placé pour la clientèle potentielle qui le boude : ces trains ne sont fréquentés que par dix personnes en moyenne, ce qui est le plus mauvais résultat pour les réouvertures de cette ère. À partir de l'horaire d'hiver 1983/84, le train part de Corbigny le matin et rentre le soir, mais cette circulation sera rapidement abandonnée également182 et 203-204.. Par ailleurs, au début des années 1980, la SNCF est pour la première fois encouragée d'augmenter l'offre omnibus de sa propre initiative, ce qu'elle fait à chaque changement d'horaire d'été 1981 jusqu'à hiver 1983/84226..
La LOTI, promulguée le , encourage la décentralisation des transports, sans pour autant définir un cadre précis. Puis, la loi du sur la répartition des compétences entre les communes, les départements, les régions et l'État donne le coup d'envoi à la décentralisation sur un plan plus général, avec, entre autres, l'instauration du suffrage universel des Conseillers régionaux. Sur le plan des transports ferroviaires régionaux, l'attitude de l'État reste ambivalente. En effet, il ne veut pas doter les régions des budgets nécessaires leur permettant de se substituer à l'État pour le versement de la contribution d'équilibre des services SNCF d'intérêt régional. Il craint que les régions puissent détourner ces fonds de leur destination initiale et ne réduisent les services ferroviaires, ce qui n'est plus souhaité, contrairement aux années 1970. De ce fait, la décentralisation des services ferroviaires ne peut être que facultative, l'État l'encourageant toutefois et souhaite que les régions s'investissent dans leur amélioration228-231 et 236..
De la naissance du TER jusqu'à la régionalisation Le TER Bourgogne est lancé en 1986 à la suite de la mise en place d'une nouvelle politique commerciale de la SNCF sur le plan des transports régionaux, souhaitant affirmer davantage sa propre identité d'entreprise en mettant fin, notamment, aux décorations des trains suivant les souhaits des régions. « TER » traduit une stratégie commerciale reposant sur la marque TER avec son logo et sa décoration, sorte de label de qualité ; la charte TER signée entre la SNCF et les régions qui le souhaitent ; et la gamme commerciale TER. Elle s'exprime à travers l'information voyageurs, la promotion et la communication institutionnelle. Parmi les quatre coloris que la SNCF propose pour la livrée du matériel TER, la région Bourgogne choisit le jaune. Le TER veut rajeunir l'image des transports ferroviaires régionaux, jusque-là négligés et souffrant d'une mauvaise image. Pour la première fois, une telle initiative est mise en œuvre sur le plan national et s'accompagne de conventions avec toutes les régions (sauf trois, retardataires). En , la région signe donc sa convention d'exploitation avec la SNCF pour une durée de cinq ans, remplacée toutefois par une nouvelle convention dès . Il s'agit d'une convention dite « à la marge », c'est-à-dire la Région ne doit assumer que les charges supplémentaires engendrées par les modifications du service de l'année de référence effectuées à sa demande. Autrement dit, les trains régionaux ne coûtent rien à la Région tant qu'elle ne demande pas des aménagements de l'offre. La Région a droit au versement d'un bonus si la fréquentation augmente à la suite des modifications qu'elle a apportées à la desserte232-237, 242 et 288.. Ce début de conventionnement global coïncide à peu près avec l'instauration du TER, mais est en fait un développement indépendant issu de la politique de décentralisation.
Entre 1985 et 1992, la région consacre au total aux investissements dans le matériel et se classe à la dixième place des régions françaises. Par contre, elle ne dépense que pour les investissements d'infrastructure et se retrouve en queue de classement avec trois autres régions. Globalement, elle n'atteint donc que le dix-septième place sur les vingt régions de la France continentale hors Île-de-France292-293 et 391-392.. Ce n'est qu'en 1996 que la Région effectue son premier investissement d'infrastructure, portant sur l'aménagement de quelques gares avec rehaussement des quais, installation de distributeurs automatiques et de panneaux électroniques d'affichage. Avec la Franche-Comté, le Limousin et la Picardie, la Bourgogne est l'une des dernières régions à se lancer dans la modernisation des infrastructures ferroviaires, sans pour autant développer de projets majeurs. Le Contrat de plan État - Région 2000-2006 prévoit quatre fois plus d'investissements routiers que ferroviaires en Bourgogne, avec une participation régionale de pour l'infrastructure ferroviaire. La moitié de cette somme est affectée à la modernisation de la ligne de Nevers à Chagny. Sont ensuite programmées des améliorations des plans des voies à Gare de Laroche - Migennes, Seurre (création d'une voie terminus à quai) et Dijon380-381 369-427..
Le TER Bourgogne est à la limite déficitaire pendant les quatre premières années, avec des résultats comptables variant entre pour l'exercice 1988 et pour l'exercice 1989. Le résultat devient encourageant en 1990 avec un bénéfice de pour la SNCF, tenant compte, bien entendu, de la contribution versée par l'État au titre de l'exploitation du service public de transport régional de voyageurs. Cette tendance ne se confirme pas, car la Bourgogne fait partie des dix régions connaissant une baisse du trafic entre 1991 et 1996. Elle est toutefois plus faible que dans les autres régions concernées et ne porte que sur et sur 2 % du nombre de voyageurs transportés. Dès l'exercice 1992, apparaît de nouveau un solde négatif de alors que le solde provisionnel avait été de . Après cette mauvaise surprise pour la Région, l'exercice 1993 est une fois de plus déficitaire avec , alors que d'autres régions ayant subi une baisse de trafic depuis 1990 restent bénéficiaires. Ces résultats ne sont publiés, avec des chiffres provisoires qui plus est, qu'en . Les responsables de la SNCF ne parviennent pas à justifier de façon satisfaisante ces mauvais résultats, tout en demandant aux régions concernées de lui verser des contributions à concurrence des déficits, alors que c'est la SNCF elle-même qui distribue la contribution de l'État parmi les régions. Cette expérience instille donc la méfiance des régions à l'égard de la SNCF, l'opacité des chiffres ne permettant pas d'exclure que cette dernière répercute les charges financières du réseau à grande vitesse sur les dessertes régionales. La Bourgogne est par ailleurs la seule région à réussir l'exploit de ne rien verser à la SNCF au titre de la couverture des déficits306-310 et 381..
En effet, à partir de l'exercice 1993, la SNCF essaie de décharger sur les régions les déficits de ses express d'intérêt régional (EIR), catégorie récemment définie par la société nationale. Elle demande aux régions de les intégrer dans le conventionnement des TER et réduit en même temps l'offre de ce type de trains pour donner plus d'ampleur à sa requête, si bien que les régions cèdent devant la crainte de voir disparaître ces services. En Bourgogne, les EIR représentent 11,52 % des trains-km TER+EIR, contre 14,01 % sur le plan national. Avec une occupation moyenne de cent-quatre personnes, elles représentent toutefois 27,92 % des voyageurs-km TER+EIR, contre 19,75 % sur le plan national. Bien que l'occupation soit parmi les meilleures en France, les EIR bourguignons n'atteignent qu'un taux de couverture de 67 %. Chaque voyageur-km produit, selon la comptabilité de la SNCF, un déficit de 314-320..