La franc-maçonnerie sous la Deuxième République connaît une période qui va de l'euphorie autour de l'avènement de la République à une rapide désillusion. L'application de plusieurs de ses idéaux, comme l'abolition de l'esclavage, ainsi que l'important effectif des francs-maçons au sein des instances nationales, nourrissent l'espoir d'une qui s'éteint rapidement à la suite des émeutes ouvrières de . La loi de réglemente l'activité des clubs et augmente la pression des autorités, incitant les obédiences à la prudence.
À l'occasion de l'élaboration de sa première constitution, le Grand Orient de France, principale obédience, introduit dans l'article premier la devise républicaine . Il y inscrit également l'existence de Dieu et l'immortalité de l'âme comme base intangible de la franc-maçonnerie. Cette affirmation spiritualiste ouvre une longue période de débat et parfois de dissension sur la liberté de conscience entre les membres de ses loges. De son côté, le Suprême Conseil de France, seconde obédience du pays et occasionnellement rivale de l'obédience principale, reste sur la réserve. De ses rangs naît une proposition de refonte complète de l'ordre maçonnique.
Tentée par le bonapartisme, la franc-maçonnerie française soutient pour partie l'élection du prince Louis-Napoléon. Mise sous tutelle après le coup d'État du 2 décembre 1851, elle se soumet à l'autoritarisme du nouveau régime pour assurer sa survie.
Historique De la monarchie de Juillet… vignette|redresse|Marie-Auguste Desanlis.|alt=Portrait ancien d'un homme blanc imberbe, aux cheveux courts. Le paysage maçonnique sous la monarchie de Juillet se décompose en trois obédiences, toutes libérales : la plus importante, le Grand Orient de France, qui compte symboliques et de hauts grades, le Suprême Conseil de France auquel appartiennent de tous grades et la petite obédience de Misraïm. Les dénombrements des francs-maçons restent estimatifs, aucun décompte n'étant affirmé, le nombre d'initiations et de démissions étant important. Il est estimé par les historiens à environ, toutes obédiences confondues. La franc-maçonnerie française reste au demeurant principalement bourgeoise et conformiste..
Les Trois Glorieuses en 1830 et les émeutes parisiennes et lyonnaises de 1834 amènent à la répression politique mise en œuvre par Louis-Philippe sous la houlette d'Adolphe Thiers, ministre de l'Intérieur, et met un terme à l'espérance portée par la révolution de Juillet. Les loges sont surveillées par la police, la franc-maçonnerie, craignant d'être assimilée à une société secrète politique, est somnolente. Une minorité de membres tente d'obtenir une démocratisation de son fonctionnement.
Le Grand Orient de France est sous la gestion de membres prudents dont le but est de protéger les loges maçonniques qui sont généralement surveillées par les autorités locales et risquent des ennuis si les sujets abordés sont ouvertement politiques ou religieux. Les personnalités de l'obédience sont principalement le philanthrope Horace Bertrand et l'avocat Marie-Auguste Desanlis. Ils ont en commun d'être des opportunistes en politique. Les députés des loges détiennent le pouvoir législatif au convent et les chambres d'administration des ateliers supérieurs font office de sénat maçonnique. Les représentants des organes de direction sont essentiellement parisiens afin qu'ils puissent assister aux nombreuses activités administratives. Le Suprême Conseil de France est dirigé, pour sa part, par de vieux membres de l'Ordre, plutôt monarchistes, sous la direction du libéral duc Decazes et s'accommodant de quelques loges avant-gardistes et activistes.
Dans les années 1840, la contestation progresse au sein du Grand Orient de France, pour plusieurs raisons. La première, outre la désaffection à l'égard du régime des milieux maçonniques, est la faiblesse du recrutement des loges. Depuis la Restauration, l'accroissement du nombre d'ouvriers, d'artisans, de commerçants et autres employés, plus sensibles aux idées républicaines, inquiète la bourgeoisie censitaire, qui ne souhaite pas fraterniser avec ces populations surnommées . La commission permanente réagit alors en proposant en 1847, pour éviter , d'augmenter les capitations et le coût des initiations. La seconde cause est la grande centralisation des pouvoirs maçonniques à Paris. Des loges de province, ignorant le règlement général, organisent des congrès régionaux où sont débattus des projets de réforme de la franc-maçonnerie ou la lutte contre la paupérisation. La troisième est nettement plus politique. En effet, des francs-maçons voient dans la devise de la République un idéal maçonnique qui inviterait ses membres à étudier les questions sociales et à débattre pour rapprocher les peuples. La franc-maçonnerie doit selon eux être philosophique, philanthropique et progressiste et, pour ne pas se satisfaire de convivialité et de moralité, pousser l'institution dans un sens antigouvernemental.
Certaines activités des loges font l'objet de réprobations ou d'interdictions. Ainsi la loge est sommée en 1840 de retirer de l'ordre du jour de la réunion un débat intitulé et la loge est provisoirement fermée à la suite d'un débat en loge sur . Dans les provinces, des loges organisent des cours destinés aux classes populaires ou secourent les plus démunis en distribuant de la nourriture ou du bois de chauffage. En 1847, le maréchal Soult tente d'interdire l'adhésion des militaires aux loges, particulièrement les sous-officiers plus perméables aux propos révolutionnaires.
… À la vignette|redresse|Victor Schœlcher.|alt=Portrait en médaillon et en noir et blanc d'un homme barbu, au crâne dégarni, portant un costume noir à col blanc
La gauche orléaniste et les républicains comprenant plusieurs dizaines de francs-maçons organisent, pour répondre à l'interdiction des réunions politiques, des banquets populaires dans . Celui de Paris, prévu le , est interdit. Armand Marrast incite la population à manifester. La fusillade du déclenche l'insurrection qui aboutit à la chute de la monarchie de Juillet. Le même jour, un gouvernement provisoire républicain est établi, la monarchie est abolie, Alphonse de Lamartine proclame la Deuxième République.. Le gouvernement provisoire comporte cinq francs-maçons, plusieurs commissaires de la République sont également membres de la franc-maçonnerie. Le gouvernement provisoire adopte des mesures qui font partie des souhaits exprimés par les loges maçonniques, la plus emblématique étant celle de l'abolition de l'esclavage, portée par deux francs-maçons, Victor Schœlcher et Cyrille Bissette. Des mesures d'inspiration maçonniques sont prises par le ministre de la Justice Adolphe Crémieux : la suppression de la peine de mort, la fin de l'exposition publique des condamnés et de la contrainte par corps en cas de dette financière. Le rétablissement du divorce est proposé, mais rejeté par les députés pour se préserver des reproches de l'Église catholique.
Une adresse est remise par une délégation des représentants du Grand Orient de France. Elle assure le gouvernement provisoire du soutien de l'ensemble de ses membres. Crémieux répond en mettant en exergue la , face à celle des partis. Le , une circulaire, tout en se félicitant de l'avènement de la République, demande aux loges un travail autour des . Les francs-maçons français sont majoritairement favorables à cet avènement et participent à la ferveur populaire. En 1848, une osmose s'établit entre les aspirations populaires et celles des francs-maçons. Les funérailles des morts pour la révolution sont accompagnées par les loges qui défilent avec leurs bannières.
À Paris, des francs-maçons affichent dans la ville un , invitation le à constituer un comité central maçonnique pour préparer les élections de l'assemblée constituante. Réclamant l'avènement d'une république démocratique, le projet de constitution propose une direction du pays par un comité exécutif élu par l'Assemblée nationale qui garde le pouvoir de le destituer. L'école gratuite pour les pauvres et obligatoire pour tous serait sous la surveillance de l'État. Dans les villes de province comme à Paris, les francs-maçons travaillent et débattent des élections qui se tiennent les 23 et . Ce comité central produit une proposée aux candidats républicains ; certains l'adoptent comme profession de foi de leur candidature. La déclaration contient des propositions avant-gardistes dont une grande partie sera mise en œuvre durant la , lors de laquelle la franc-maçonnerie jouera un rôle important. Plus d'une centaine de francs-maçons sont élus pour représenter le peuple dans la nouvelle Assemblée et plusieurs sont nommés au sein du nouveau gouvernement.
Si le Grand Orient adhère totalement à la nouvelle république et le clame, le Suprême Conseil de France, pour sa part, garde une attitude réservée face aux événements, les dirigeants de l'ordre étant tous des personnalités de la monarchie de Juillet. Le Suprême Conseil suspend ses travaux au lendemain des journées insurrectionnelles de février et ne les reprend qu'avec prudence. Toutefois, en , plusieurs dignitaires et porteur de hauts grades signent un appel à rénover la franc-maçonnerie et à mettre fin aux antagonismes avec le Grand Orient.
Le rêve d'une disparaît rapidement. Les émeutes ouvrières des 23 et , déclenchées par la fermeture des ateliers nationaux, voient le nouveau gouvernement d'Eugène Cavaignac mettre en œuvre une répression de la presse et des clubs. Dans un premier temps, la franc-maçonnerie est relativement épargnée, le Grand Orient ayant pris la précaution d’inviter ses membres et ses loges à la prudence pour maintenir le calme dans l'obédience. Si des francs-maçons sont présents des deux côtés des barricades, une majorité reste silencieuse et attentiste, voire absente des événements. André Dupin, député orléaniste et franc-maçon, propose un texte d'interdiction des sociétés secrètes et des clubs. Celui-ci est discuté et voté en . La question de l'intégration de la franc-maçonnerie dans cette loi est posée. Après des débats alambiqués, la franc-maçonnerie n'est pas affectée par l’application du texte.
Paris est en état de siège à la fin des émeutes et les tenues de loges sont suspendues. Le gouvernement ne compte plus qu'un seul franc-maçon, le ministre de la Justice Eugène Bethmont. Le préfet de Paris accorde aux loges l'autorisation de reprendre leurs réunions en .
Vers le bonapartisme vignette|redresse|Napoléon III par Hippolyte Flandrin.|alt=Tableau peint en couleur de l'Empereur Napoléon trois, en costume d'apparat.
Le Suprême Conseil de France (SCDF), seconde obédience française, connaît une scission. Un manifeste reprenant les aspirations de francs-maçons soucieux d'unification est diffusé avec des propositions assez révolutionnaires : refonte de tous les rites dans un rite national, fin de la reconnaissance des hauts grades, fin des rivalités entre les obédiences, représentation par trois députés par loge, formation d'une assemblée obédientielle qui prend le nom, de . Les du rite écossais expriment calmement leurs propositions de manière publique. Le manifeste est sévère avec tous les dignitaires de tous les ordres, sans distinction. En , le SCDF oppose un refus à ce projet et radie plusieurs membres et loges. Les exclus ne renoncent pas : avec un faible nombre de loges, ils forment la Grande Loge nationale qui se dote d'officiers choisis principalement dans les milieux des artisans et des prolétaires.