La Croisade prussienne est constituée d'une série de campagnes menées par des croisés catholiques, et principalement les chevaliers de l'ordre teutonique, pour christianiser sous la contrainte les vieux Prussiens païens et prendre le contrôle de leur territoire.
Invités après des expéditions infructueuses contre les Prussiens, les chevaliers teutoniques commencèrent leur campagne. À la fin du , après avoir réprimé plusieurs soulèvements prussiens, les Chevaliers avaient établi leur contrôle sur la Prusse et administraient les Prussiens conquis à travers leur État monastique.
Certains vieux Prussiens fuient vers la Lituanie.
Premières missions et raids prussiens
gauche|vignette| Tribus baltes et clans prussiens c. 1200 Les premières tentatives d'évangéliser les Prussiens sont infructueuses. Aux alentours de l'an mil, les évêques Adlabert de Prague et Bruno de Querfurt ont payé de leur vie leurs activités missionnaires sur le territoire des Prussiens. Durant le , des incursions réciproques ont eu lieu entre Prussiens et Polonais, notamment en Mazovie et dans le pays de Chełmno. Malgré la tentative de d'évangéliser la Poméranie avec le concours de l'évêque Othon de Bamberg, la Prusse est toujours une terre non christianisée au début du .
Au terme de la troisième croisade (1189-1192), la chrétienté accroit ses efforts de conversion au christianisme des peuples païens habitant au Nord-Est de l'Europe, le long de la Mer Baltique. Les Prussiens sont l'un des peuples baltes païens contre lesquels une croisade est décidée. En 1206, une bulle du pape Innocent III place une nouvelle campagne d'évangélisation sous l'autorité de l'archevêque de Gniezno Wincenty Niałek, en citant parmi les missionnaires Christian d'Oliva, moine cistercien du monastère de Kolblatz en Poméranie . Ce dernier est élu évêque des Prussiens en 1215, bien que ces terres de mission se limitent de fait aux terres des Pogésaniens et Pomésaniens. Christian d'Oliva est un évêque, mais aussi un seigneur territorial; à ce titre, il impose aux nouveaux convertis non seulement la dîme, mais également des corvées pour construire des bourgs et des forteresses. Cette volonté de pouvoir terrestre est très mal acceptée par les Prussiens. Les Prussiens persistent à refuser à devenir chrétiens et continuent leurs raids sur les terres du duc Conrad de Mazovie, sur Płock et sur Chełmno.
En 1228, Conrad de Mazovie, l'évêque de Plock Gunter Prus et Christian d'Oliva fondent l'ordre de Dobrin afin de contraindre les Prussiens à se convertir au catholicisme. L'ordre de Dobrin est un ordre militaro-religieux à l'instar de celui des Chevaliers Porte-Glaive (actif en Livonie). Sa taille est cependant beaucoup plus réduite, il ne se compose que de et ne parvient pas à recruter davantage de combattants. De ce fait, l'Ordre de parvient tout juste à contrôler le bourg de Dobrin, qui leur a été confié par Conrad. En 1233, Christian d'Oliva est fait prisonnier par les Prussiens et le reste jusqu'en 1238. Entre-temps, l'évêque Gunter de Plock convainc le pape de la nécessité d'incorporer l'ordre de Dobrin à l'ordre Teutonique.
Durant la majeure partie du , c'est l'ordre Teutonique, dont les rangs de chevaliers sont renforcés par de nombreux croisés, qui vont mener une croisade contre les Prussiens afin de les christianiser de force.
Invitation de l'ordre Teutonique À Rome, Christian d'Oliva avait fait la connaissance d'Hermann von Salza, Grand Maître de l'Ordre Teutonique de 1209 à 1239. Avec la permission du duc Conrad de Mazovie et de la noblesse de Mazovie, Christian demanda l'aide de l'Ordre Teutonique contre les Prussiens en 1226. La stabilité avec les Prussiens permettrait alors à Conrad de devenir grand-duc de PologneChristiansen, p. 82. Bien qu'intéressé par l'offre polonaise, Hermann von Salza avait pour priorité de soutenir Frédéric II, empereur du Saint-Empire romain germanique, dans sa cinquième croisade. Par ailleurs, l'Ordre Teutonique d'être été expulsé du Pays de la Bârsa (Royaume de Hongrie) par les troupes d'Hadrien II, Hermann von Salza est décidé à obtenir des garanties solides d'implantation durable et de souveraineté en compensation de l'engagement militaire de l'ordre teutonique dans la région. Avant la conquête, l'Ordre teutonique possédait déjà de vastes terres en Bohême et en Moravie. Déroulement de la croisade dirigée par l'Ordre teutonique La croisade contre les Prussiens commence en 1231, lorsque l'Ordre teutonique traverse la Vistule à la hauteur de Nieszawa (Nessau). La même année, l'ordre construit un premier fort en bois à Torun (allemand: Thorn), située sur le cours inférieur de la Vistule. À partir de là, l'Ordre teutonique conquiert progressivement le territoire au nord de la Vistule. Les combats ont généralement lieu en hiver, la Vistule gelée permettant aux chevaliers d'avancer rapidement. Le but est de convertir l'ennemi et de l'écraser en cas de refus. Au fur et à mesure de leur avance, les chevaliers cherchent à se rendre maître du terrain en établissant toute une série de forteresses le long de la Vistule. Pour ce faire, ils construisent des forts en bois, protégés par des remparts. Ces forteresses se trouvent parfois sur l'emplacement d'anciens châteaux-forts (souvent abandonnés ou en mauvais état).
En 1232, l'ordre teutonique se rend maître de la ville de Chełmno . En 1234, les croisés, secondés par les ducs polonais, entament la conquête du territoire des Pomésaniens, au nord de la région de Chełmno et établissent la ville de Kwidzyn (Marienwerder), également située sur le cours de la Vistule. En 1237, ils fondent la ville d'Elbing, atteignant ainsi la côte de la Mer Baltique.
Premier soulèvement prussien (1242-1249)
En 1242, l'avancée des chevaliers teutoniques dans le territoire des Prussiens s'arrête net à la suite du déclenchement du premier soulèvement prussien en 1242. Alarmé par l'expansion rapide des croisés sur le territoire limitrophe de ses terres, le duc chrétien Swantopolk de Pomérélie s'allie aux Prussiens. Swantopolk attaque la région de Chełmno et progresse jusqu'à Torun. L'ordre teutonique est quant à lui soutenu militairement par des chevaliers venus participer à la croisade à titre individuel ainsi que par les ducs de Grande-Pologne et de Masovie. En 1242, l'Ordre fait le siège de la forteresse de Sartowitz (polonais: Sarnowice) et y découvre les reliques de Sainte Barbara. En 1243, une grande partie des terres conquises par l'ordre repasse sous le contrôle des Prussiens. Les différents forts en bois s'avèrent constituer de trop fragiles défenses, les Prussiens parvenant à les prendre d'assaut et les piller. L'ordre teutonique ne contrôle plus alors que les villes fortifiées de Torun, Culm et Rehden. Par la suite cependant, l'Ordre teutonique parvient à reconquérir le terrain perdu et à s'enfoncer à nouveau dans le territoire des Prussiens, notamment à la suite de l'arrivée d'importants renforts arrivés en Prusse en 1247. Fin 1247, les chevaliers assiègent et prennent d'assaut une forteresse majeure des Pomésaniens, que ces derniers rebaptisent « Christburg » (Dzierzgoń), tandis que Henri III le Blanc, Margrave de Meißen, soumet les Pogésaniens. Świętopełk réagit en détruisant Christburg, que les chevaliers reconstruisent à un autre emplacement. Les armées des Prussiens et de Swantopolk ne réussirent pas à capturer ce nouveau fort. Othon III de Brandebourg attaque pour sa part la Warmie et la Natangie, obligeant les habitants à se rendre.
En 1248, Swantopelk signe la paix avec l'Ordre teutonique. Selon les termes de cet accord, il doit rendre des terres à ses frères, autoriser les chevaliers teutoniques à traverser ses domaines, arrêter de taxer les navires sur la Vistule et cesser toute aide aux Prussiens. Début 1249, les clans prussiens décident à leur tour de se rendre et signent le traité de Christburg.
Traité de Christburg
Le , un traité de paix, le traité de Christburg est signé entre les clans prussiens pomésaniens, pogésaniens et natangiens, représentés par le légat du Pape Jacob de Liège, et l'Ordre teutonique. Le traité met sur un pied d'égalité juridique ordre teutonique et clans prussiens, sans tenir compte ni même mentionner le statut d'apostasie de ces derniers.Le traité offre aux Prussiens deux possibilités : soit embrasser définitivement la foi catholique et bénéficier des libertés qui leur seront accordées en tant qu'«enfants de DieuExpression utilisée dans le traité, citée par Sarnowsky, p. 40» ou quitter leur territoire. La majorité des Prussiens choisissent de rester sur leurs terres, mais certains décident de migrer vers des terres non contrôlées par l'Ordre teutonique. En acceptant ce traité, les Prussiens perdent leur souveraineté politique. Ils doivent dorénavant allégeance à l'Ordre teutonique ainsi qu'à la papauté. Ils s'engagent à cesser de pratiquer la polygamie, à ne plus pratiquer leurs anciens cultes et à s'abstenir de toute pratique contraire à la morale chrétienne. Ils s'engagent également à faire baptiser leurs enfants, à se marier religieusement selon le rite catholique et à construire rapidement une série d'églises pour lesquelles l'Ordre teutonique se voit confier la charge de leur fournir un clergé. Enfin, le traité de Christbourg prévoit également qu'en cas d'apostasie ou de révolte contre l'Ordre teutonique, les Prussiens ne pourront plus se prévaloir des libertés qui leur ont été concédées par le traité. En comparaison d'autres traités de la même période, les historiens considèrent que les conditions de ce traité sont particulièrement favorables aux Prussiens. En effet, les libertés garanties par le traité de Christburg sont les mêmes que celles que possèdent déjà les personnes ayant émigré dans ces contrées depuis le Saint-Empire romain germanique.
Alors que la majorité des clans respectent les termes du traité, des combats intermittents se poursuivirent néanmoins jusqu'en 1253, les Natangiens battant même l'Ordre à Krücken en .
Poursuite de la conquête Après que les Prussiens occidentaux sont passés sous le contrôle de l'ordre teutonique dès les années 1250, les chevaliers teutoniques poursuivirent leur croisade en direction du nord et de l'est. Ils affrontent le clan des Sambiens avec l'appui du roi de Bohême Ottokar II et le magrave Othon de Brandebourg. Le territoire concerné se situe sur la péninsule de Sambie et dès 1255, l'Ordre teutonique contrôle l'ensemble de sa côte. Königsberg est fondée en 1258. La région est déjà connue pour son commerce d'ambre et est densément peuplée. Deuxième soulèvement prussien (1260-1274) thumb|left|upright=1.6|2ème soulèvement prussien. Délimité en orange, le territoire de l’État teutonique en 1260 Le deuxième soulèvement prussien commence en 1260 à la suite de la défaite de l'Ordre teutonique à la bataille de Durbe en Livonie, où l'Ordre combattait les Samogètes. Le soulèvement est d'une considérable ampleur, bien que tous les clans prussiens n'y prennent pas part. Tactiques militaires La stratégie de l'Ordre teutonique consiste à conquérir le terrain progressivement, en s'appuyant sur la création successive de places fortes faciles à protéger et favorables au commerce . Les campagnes militaires se déroulent ainsi par à-coups, les avancées étant tributaires du nombre de croisés disponibles, que ces derniers fassent partie de l'Ordre teutonique ou non. Entre-temps, de petits groupes de moines-soldats sont chargés de tenir ces places fortes, face à des adversaires potentiellement plus nombreux. L'approvisionnement continu de ces troupes constitue ainsi un enjeu majeur. L'installation de ces places fortes le long de voies d'eau permet à la fois d'assurer cet approvisionnement et de permettre la fuite en cas de besoin . thumb|right|upright=1.2|Sceau de la ville de Lübeck comportant le dessin d'une cogue, 1280