vignette|350px|Gravure de 1849, où Melilla est figurée avec ses anciennes murailles, composant la Première Enceinte (Primer Recinto, à droite) et les Deuxième, Troisième et Quatrième Enceintes (plus réduites, à gauche), reliées à la Première par la porte Saint-Jacques (Puerta de Santiago). L'histoire de Melilla remonte au premier millénaire avant J.-C., lorsque les Phéniciens s’installèrent sur un promontoire rocheux du cap des Trois Fourches, y fondant un foyer de peuplement qu’ils nommèrent Rusadir, signifiant en punique « cap imposant ». Au av. J.-C., Rusadir faisait partie de l’Empire carthaginois. Après la chute de Carthage, la région passa sous domination romaine en 42 av. J.-C., devenant une partie de la province romaine de Maurétanie tingitane, intégrée plus tard dans la Hispania Transfretana. Après la chute de l’Empire romain d'Occident, la ville tomba sous la coupe des Wisigoths, faisant ainsi partie de l’Hispania visigothica.
En 534, Melilla fut conquise par l’empereur byzantin et incorporé dans l’Empire byzantin. Toutefois, en 615, la ville fut reprise par le roi wisigoth Sisebut. En 700, l’armée musulmane dirigée par Moussa Ibn Noçaïr s’empara de Rusadir, marquant le début de l’occupation islamique de la région. Ensuite, révolue la domination omeyyade, la cité se trouva tour à tour sous la tutelle du califat de Cordoue (à partir de 931), des Almoravides (à partir de 1076), des Almohades (à partir de 1142) et des Mérinides (1272-1382). Il y eut aussi une éphémère taïfa de Melilla de 1030 à 1079. Les périodes de prospérité (grâce notamment à la production de miel, de céréales et de perles) alternaient avec des périodes de décadence.
En 1497, Melilla qui, à la suite de conflits avec le sultanat de Fès, n’était plus qu’une ville-fantôme abandonnée, fut occupée par l’Espagnol Pedro de Estopiñán y Virués. Cette prise de possession, effectuée au nom du duc de Medina Sidonia et avec le soutien des Rois catholiques, inaugura l’ère espagnole de la ville. Dans la suite, la situation de Melilla allait dépendre, d’une part, de l’attitude tantôt hostile tantôt accommodante du sultan marocain, d’autre part, de la perception que la Couronne espagnole se faisait de cette place forte. L’attitude marocaine oscillait entre rejet intransigeant de toute présence chrétienne en Afrique du Nord, se traduisant par des assauts répétés, voire par un véritable blocus de Melilla, et propension à prendre son parti de la présence espagnole, souvent jugée préférable à la tutelle ottomane, et à autoriser les tribus rifaines circonvoisines à commercer avec la ville. En 1774 encore, le sultan alaouite Mohammed III, soutenu par les Britanniques, mettait le siège devant Melilla, mais échoua face à la résistance de la place dirigée par le commandant général Juan Sherlock.
Quant aux autorités de Madrid, harassés par la guerre européenne et les crises internes, ils ne voyaient dans Melilla tout au long du qu’un poste d’observation de faible valeur géostratégique. En revanche, avec l’avènement de la dynastie bourbonnienne en 1715, le gouvernement de Madrid, désormais conscient de la position favorable de Melilla en Méditerranée, était résolue à la garder coûte que coûte, affectant à sa défense les moyens financiers et matériels nécessaires et dépêchant sur les lieux des officiers du génie avec mission de moderniser les murailles défensives et d’étendre le périmètre original (la Première Enceinte, Primer Recinto) par une Deuxième et Troisième Enceinte. Une étape significative dans cette période relativement faste fut la mise en place à partir de 1734, au nord-ouest du promontoire, d’une chaîne de forts raccordés entre eux, constitutive d’une Quatrième Enceinte.
Le Traité de paix, d’amitié, de navigation, de commerce et de pêche de 1799, dans lequel avaient été intégrés les différents accords antérieurs conclus entre le Maroc et l’Espagne en 1767, 1780 et 1785, reconnaissait la souveraineté espagnole sur Ceuta, Melilla, le peñón (promontoire) de Vélez de la Gomera et sur l’îlot rocheux d’Al Hoceïma. En 1863, conformément au traité de Oued-Ras, signé en 1860 à l’issue de la bataille de même nom, le territoire espagnol de Melilla fut officiellement délimité, en fonction du rayon de tir d’un canon tirant depuis l’un de ses forts. Ce nouveau périmètre, nettement plus vaste, permit l’essor urbain de Melilla, par la construction de nouveaux quartiers en dehors des anciennes enceintes, selon un plan rationnel, en damier, où allait se déployer vers la fin du le style architectural Art nouveau mélillien.
Après que le Protectorat espagnol au Maroc eut été instauré lors de la conférence d'Algésiras de 1906, la place de Melilla, siège du commandement militaire de la partie orientale dudit Protectorat, était l’un des centres opérationnels à partir desquels l’Espagne entendait mettre la totalité du territoire sous son autorité effective. Une tentative hardie, engagée à cet effet au printemps 1921, se solda, face à la résistance des troupes d’Abdelkrim, par une retentissante débâcle militaire, appelée en Espagne « Désastre d’Anoual », se manifestant par une retraite désordonnée et un déferlement sur Melilla de soldats espagnols dépenaillés. C’est au départ de Melilla qui fut lancée en septembre de la même année une première contre-offensive espagnole.
Vu que Melilla, ainsi que les autres présides espagnols en Afrique du Nord, constituait une zone relevant pleinement de la souveraineté de l’État espagnol et ne faisait pas partie du Protectorat, elle n’était pas concernée en 1956 par la rétrocession de ce territoire au royaume du Maroc devenu indépendant.
Antiquité Dominations phénicienne, grecque et carthaginoise vignette|300px|Principales implantations phéniciennes, avant J.-C. La colonisation par des Phéniciens venus de Tir au av. J.-C. est à l’origine du peuplement du cap des Trois Fourches. Le nom de lieu Rusadir (écrit aussi Russadir), qui signifie en langue punique « cap imposant » et désignait un foyer de peuplement sur l’emplacement de l’actuelle Melilla, allait perdurer tout au long des ères punique et romaine, jusqu’au début du . Vers la fin du av. J.-C., le Grec Hécatée de Milet nomma cette localité Metagonium, qui est de même sens. Dans le Périple du Pseudo-Scylax, ouvrage géographique grec du av. J.-C., la ville est désignée par le nom Akros et l’île d’Alborán (en mer Méditerranée, à à vol d’oiseau au nord de Melilla) par celui de Drinaupa.
Ce premier foyer de peuplement vit le jour sur l’emplacement de l’actuelle Melilla la Vieja, vieille cité occupant une petite péninsule et dotée d’une enceinte. Au , il est décrit comme cerné d’une muraille, encore qu’il ait sans doute compté aussi une population extra-muros. Au av. J.-C., la population de Rusadir était placée sous l’autorité de l’État de Carthage. Ainsi, en l’an 237 av. JC, les troupes carthaginoises du général Hamilcar Barca, qui avaient mis à la voile au départ de Carthage, firent-elles escale à Rusadir avant de débarquer à Gadir, l’actuelle Cadix, dans le but de consolider la domination punique dans le Nord de l’Afrique et en Ibérie. La fondation de Carthago Nova, actuelle Carthagène, vers 227 av. J.-C., par le général Hasdrubal, allait donner une importance accrue à Rusadir. Hannibal Barca dépêcha d’Ibérie vers le Nord de l’Afrique avec mission de défendre Carthage, Rusadir et les villes avoisinantes. C’est de cette époque que datent les pièces de monnaie hispano-puniques découvertes en 1953 à l’occasion de travaux de drainage dans le port de Melilla. En 1981, lors d’une nouvelle opération de drainage dans le port, furent mises au jour du bois, des clous et des monnaies, la plupart desquelles étaient d’origine carthaginoise, provenant en effet d’un navire carthaginois transportant la solde de mercenaires et coulé entre les années 220 et 210 av. J.-C..
vignette|Carthage et les territoires sous son influence politique et commerciale vers 265 av. J.-C., c’est-à-dire avant le début des guerres puniques. Les mines de plomb du mont Afra près de Melilla, situé dans l’actuelle commune marocaine de Beni Bouifrour, étaient exploitées dès l’Antiquité. Une idole en plomb figurant la déesse phénicienne Astarté, ainsi qu’une autre représentant le dieu carthaginois Tanit, façonnées toutes deux à l’aide de plomb extrait de ces gisements, ont été découvertes. Ce site minier comprend une grande excavation nommée « Chambre de l’Éléphant d’Hannibal ». Outre le plomb, les civilisations ayant peuplé cette zone dans l’Antiquité exploitaient également le cuivre, l’argent et l’or.
Il apparaît donc établi que la situation géographique du lieu incita les Puniques à y créer d’abord une implantation de refuge et de ravitaillement, qui allait évoluer ensuite en un port-jalon, plus opérationnel, puis, plus tard, en considération de la production agricole des environs et des gisements de métaux, à y implanter une colonie durable, dont l’apogée est à situer à partir du av. J.-C., comme l’indiquent les vestiges archéologiques les plus anciens. Dans l’antiquité préromaine, puis dans l’antiquité tardive, la punicité constitue aussi le principal trait d’union entre Ceuta et Melilla et la Bétique.
Époque romaine Sur quelques monnaies frappées dans la ville au av. J.-C. figure un épi de blé, indice de l’existence de cultures de cette céréale, et sur d’autres une grappe de raisins, indice d’une production de vin. Des oliviers étaient également cultivés, en vue de produire de l’huile. En outre, des monnaies de Rusadir datant de la même époque ont été trouvées où est représentée une abeille, suggérant l’élaboration de miel et établissant une relation avec la probable étymologie du nom Melilla. La ville était aussi exportatrice de perles..
Au milieu du av. J.-C., sous la République romaine, Rusadir fut assiégée, en vain toutefois, par le général romain Pompée le Jeune. Avec la fin de l’Empire carthaginois, en conséquence des guerres puniques, Carthage fut annexée par la Rome alors républicaine, et son ancien territoire devint la province d’Afrique proconsulaire, pendant que le reste de l’Afrique du Nord restait sous une discrète autorité militaire romaine. La région finit par tomber sous la domination du royaume de Maurétanie, mais le roi Bocchus II, privé de descendance, légua à sa mort, en l’an 33 av. J.-C., son royaume à Rome. En 25 av. J.-C., Auguste incorpora la Numidie dans l’Empire romain, mais laissa à Juba II une certaine indépendance dans la gestion du territoire, tout en maintenant celui-ci sous tutelle de Rome.
vignette|350px|Carte des provinces de Maurétanie, de Numidie et d’Africa, avec villes et liaisons routières (vers l’an 150). Rusadir y est indiqué. Vers l’an 24 apr. J.-C., Ptolémée, fils de et de Cléopâtre Séléné, monta sur le trône maurétanien. Lorsque, sous le règne de l’empereur Tibère, les Numides, emmenés par Tacfarinas, se soulevèrent contre Rome, Ptolémée aida à réprimer la révolte. Ce nonobstant, en l’an 40 apr. J.-C., le nouvel empereur romain Caligula fit assassiner Ptolémée, ce qui déclencha une insurrection en Maurétanie, conduite par son esclave affranchi Aedemon, mais écrasée par les troupes romaines. En 42 apr. J.-C., l’empereur Claude annexa le royaume de Maurétanie à l’Empire romain et le subdivisa en deux provinces, la Maurétanie tingitane (dérivé de Tingi, forme ancienne de Tanger), où se retrouva Melilla, et la Maurétanie césarienne (avec pour capitale Cherchell, dans l’actuelle Algérie). Les historiens divergent quant au tracé de la ligne de démarcation entre ces deux provinces, mais il apparaît plausible que le fleuve Moulouya en ait tenu lieu.