Le deuxième concile de Constantinople s'est tenu du au . Ce fut le cinquième des sept conciles œcuméniques reconnus à la fois par l'Église catholique et l'Église orthodoxe. Convoqué par l'empereur Justinien, il fut présidé par le patriarche Eutychius de Constantinople et réunit 152 évêques venant principalement d'Orient. Seuls seize évêques d'Occident étaient présents, dont neuf d'Illyrie et sept d'Afrique, mais aucun d'ItalieNPNF2-14. "The Seven Ecumenical Councils, Introduction"Shahan (1913) « Councils of Constantinople », Catholic Encyclopedia..
Par ce concile, Justinien voulait faire confirmer par l'Église sa condamnation édictée en 553 contre les écrits de trois évêques se rattachant à l'école théologique d'Antioche : Théodore de Mopsueste (†428), Théodoret de Cyr († vers 466) et Ibas d’Édesse († 457). On se réfère généralement à ces écrits comme à la question des Trois Chapitres. Dans un premier temps, le pape Vigile refusa de s'associer aux condamnations formulées par le concile. Après de nombreuses péripéties, il revint sur sa décision et son successeur Pélage fit de même. Toutefois, le but poursuivi par Justinien qui était de réconcilier chrétiens chalcédoniens et miaphysites dans la partie orientale de l'empire tout en demeurant en bons termes avec l'Église de Rome ne fut pas atteint. On assista plutôt à un durcissement des positions respectives : l'orthodoxie occidentale représentée par Rome, l'orthodoxie miaphysite orientale et, entre les deux, l'orthodoxie orthodoxe définie par l'empereurEvans (1996) .
Ce cinquième concile œcuménique a également qualifié Marie d′aeiparthenos (de toujours vierge) et a établi sa deuxième déclaration d'anathème à l'encontre de tous ceux qui nieraient les Trois Chapitres de la doctrine mariale.
Contexte historique thumb|right|Justinien représenté sur une mosaïque de la basilique Saint-Vital de Ravenne entre ses généraux et le clergé.
Justinien (r. 527-565) se considérait non seulement comme maître de l'empire temporel, mais aussi comme responsable du salut de ses sujets, ce qui impliquait la rectitude des croyances religieuses. Or une question théologique divisait à ce moment l'Église et l'État : le Christ possédait-il deux natures, divine et humaine, indissolublement unie dans sa personne, comme l'avait proclamé le concile de Chalcédoine en 451, ou sa nature divine était-elle si prédominante qu'il était davantage Dieu que homme, comme le prétendaient les monophysitesDoctrine christologique apparue au dans l'Empire romain d'Orient en réaction au nestorianisme, laquelle affirmait que Dieu le Fils n'avait qu'une seule nature et qu'elle était divine, cette dernière ayant absorbé sa nature humaine.« Monophysisme, monothélisme, orthodoxie » (dans) Le dictionnaire de l’Histoire..
Cette question religieuse avait de profondes répercussions politiques : les provinces du sud-est de l'empire étaient profondément monophysites. Sauf pour la cité grecque d'Alexandrie, l'Égypte rurale avait sa propre Église monophysite dont la liturgie et la littérature religieuse s'exprimaient en copte et étaient à la base d'une identité profonde s'exprimant par des tendances séparatistes. La Syrie possédait également une littérature propre en syriaque qui traduisait une aliénation pouvant aussi dégénérer en sentiments séparatistes. Or l'Égypte fournissait l'alimentation en blé de Constantinople, alors que la Syrie faisait face à la frontière perse.. Quant à la Palestine, les monastères étaient divisés entre tenants et opposants de la doctrine d'Origène (vers 185-vers 254) qui avait importé des idées néoplatoniciennes dans le christianismeEvans (1996) .
En Occident, Justinien devait aussi tenir compte des problèmes que posaient les anciennes provinces d'Italie, d'Afrique du nord et d'Espagne où la population profondément chalcédonienne était sous la gouverne de conquérants goths de confession arienne. Si Justinien voulait reprendre ces provinces, il devait se présenter comme le défenseur des thèses chalcédoniennes et l'allié fidèle du pape..
L'empereur devait ainsi composer avec trois forces opposées. D'un côté, il devait éviter de s'opposer trop ouvertement aux monophysites d'Orient pour ne pas offenser l'Égypte et mettre en danger l'approvisionnement de sa capitale ou de risquer de voir les provinces de Syrie et de Mésopotamie s'allier avec la Perse voisine. D'un autre, il devait se rallier le pape qui lui reprochait son inaction devant le schisme et l'Italie où Totila risquait de remettre en question les gains de Bélisaire. Enfin, il devait contenter la population de Constantinople où certaines grandes familles étaient profondément attachées à Chalcédoine alors que d'autres, comme celles de l'ancien empereur Anastase et l'impératrice elle-même, étaient monophysitesMoorhead (1994), Norwich (1989), ..
Les années précédant le concile thumb|left|Le pape Vigile.
Au début de 544, Justinien fit émettre un décret condamnant les Trois Chapitres dans l'espoir que cette condamnation apaiserait les monophysites. Le résultat ne fut pas celui escompté, ces derniers le jugeant non pertinent, alors que l'Occident y vit une attaque contre les doctrines du concile de Chalcédoine. L'Afrique en particulier se montra intraitable et le pape refusa d'y souscrireEvans (1996) ..
À l'automne de 545, le chef goth Totila se préparait à mettre le siège devant Rome. Ne voulant pas laisser un tel otage entre les mains des Goths, Justinien fit enlever le pape Vigile le . Ce dernier ne voyait probablement pas cet enlèvement d'un mauvais œil craignant d'être livré aux mains des hérétiques ariens. Ce n'est toutefois qu'en qu'il arriva à Constantinople où il fut accueilli par l'empereur lui-même, lequel commença immédiatement à faire pression sur lui pour qu'il condamne également les Trois Chapitres. Le , après avoir tenu un synode destiné à mettre dans le rang certains évêques occidentaux opposés à l'édit de Justinien, le pape fit remettre au patriarche de Constantinople, Mennas, un document appelé Judicatum qui tout en condamnant les Trois Chapitres proclamait l'attachement inébranlable du pape à la doctrine de Chalcédoine..
Le document papal fut mal reçu en Occident, principalement en Dalmatie et en Gaule, alors que les évêques d'Afrique du nord rompirent les relations et qu'une opposition s'organisait à Constantinople. Résolu à mater la confrontation, Justinien décida en de publier un nouveau décret donnant force de loi à sa condamnation des Trois Chapitres .Evans (1996) . Les relations devinrent de plus en plus tendues entre le pape et l'empereur au point où Vigile, n'osant s'attaquer directement à l'empereur, excommunia le patriarche Mennas dans un document qui ne fut pas publié mais fut porté à l'attention de l'empereur..
Le concile et ses suites thumb|right|Le pape Pélage .
Justinien jugea le moment favorable pour reprendre l’idée d’un concile œcuménique qui condamnerait les Trois Chapitres. Le concile débuta le dans une grande salle attenant à la cathédrale Hagia Sophia de Constantinople ; il devait durer jusqu'au . Le pape ayant décliné l’invitation d’y assister, il fut présidé par le patriarche Eutyche de Constantinople assisté des patriarches d’Alexandrie, Apollinaris, et d’Antioche, Domninus. Le patriarche de Jérusalem, Eustochius, était représenté par trois évêques. Au total, cent-quarante-cinq métropolites et évêques étaient présents venant essentiellement de la partie orientale de l’empire ; seuls seize évêques d’Occident étaient présents, dont neuf d’Illyrie et sept d’Afrique, mais aucun d’ItalieNPNF2-14, IntroductionDictionnaire universel et complet des conciles, tome I, colonnes 721 à 732Meyendorff (1989).
Justinien lui-même s’abstint de paraître, voulant montrer qu'il laissait les évêques libres de leur choix. Toutefois, ceux qui étaient présents étaient déjà acquis à ses idées et, pour plus de sûreté, il fit lire une lettre lors de l’ouverture des travaux, rappelant aux prélats qu’ils avaient déjà condamné les Trois Chapitres..
Au cours de la septième session du concile, les évêques rayèrent le nom de Vigile des diptyquesTablettes sur lesquelles étaient inscrits les noms des personnalités de l’Église et de l’État ainsi que les bienfaiteurs de l’Église dont les noms étaient lus pendant la liturgie et pour le salut desquels on priait, excommuniant de fait celui-ci. Les travaux du concile se terminèrent le par la publication de quatorze condamnations concernant les Trois Chapitres et diverses autres hérésies.
En (555 selon Browning), le pape promulgua un deuxième Constitutum dans lequel il condamnait les Trois Chapitres, mais sous sa propre autorité et non sous celle du concile auquel il ne fit aucune référenceShahan (1913) « Councils of Constantinople »Hefele (2014) .
Un nouveau pape devait être trouvé. La chose s’annonçait difficile, la plupart des évêques d’Occident étant opposés à la condamnation des Trois Chapitres, alors que la nomination d’un pape venant d’Orient aurait probablement causé un schisme dans l’Église. Jouant d’audace, Justinien offrit le trône de Saint-Pierre à un représentant de la noblesse romaine jusque-là fortement opposé à sa politique religieuse, le diacre Pélage qui avait déjà été nonce apostolique à Constantinople et connaissait dès lors la mentalité byzantine« Pope Pelagius I » (dans) newadvent.org. La condition implicite était évidemment que celui-ci cesserait son opposition..
Ce n’est que sous la protection des troupes du général byzantin Narsès que Pélage put faire son entrée à Rome et, pour sa consécration, le jour de Pâques 556, ne trouvant pas les trois évêques requis par la tradition, on dut faire appel à deux évêques et à un diacreEvans (1996) . Petit à petit, Pélage parvint à imposer son autorité au sud du Pô. Mais dans le nord de l’Italie, les provinces ecclésiastiques de Milan et d’Aquilée rompirent la communion avec Rome. Milan ne devait revenir dans le giron de Rome que vers la fin du sixième siècle et Aquilée au début du huitièmeHefele (2014) . Le reste des Églises occidentales acceptèrent les décrets du concile, mais sans grand enthousiasme; bien que considéré comme « œcuménique », ce concile n’aura jamais la même notoriété que celui de Nicée ou de Chalcédoine. À l’extérieur de l’Italie, la Gaule demeura en communion avec Rome, mais sans briser avec les districts rebelles au nord du Po. En Afrique, Justinien utilisa la méthode forte : les évêques récalcitrant furent exilés ou emprisonnés. Ce n’est qu’avec l’avènement de Justin II (r. 565 -578) que ceux-ci pourront réintégrer leur siège. Dans l’Espagne des Visigoths où Récarède (r. 586 - 601) venait de se convertir au catholicisme, les églises n’acceptèrent pas ce concileHerrin (1989), et Isidore de Séville, dans ses Chroniques et De Viris Illustribus, considère Justinien comme un tyran, un persécuteur de la foi orthodoxe et un tenant de l’hérésie Herrin (1989), Isidore de Séville, Chronica Maiora, no. 397a..
thumb|left|Justin II, neveu et successeur de Justinien, tenta de continuer la politique de réconciliation de son prédécesseur. Il en vint progressivement à se retourner contre les monophysites.
Pour les monophysites, ces disputes importaient peu. Une hiérarchie ecclésiastique monophysite continua à se développer lentement mais de façon irréversible. Théodose, patriarche d’Alexandrie, reconnu par le gouvernement byzantin jusqu’en 537, continua à diriger son Église, recevant de ses suffragants le titre de « patriarche œcuménique ». Interdit de séjour à Alexandrie, il se réfugia discrètement dans le palais d'Hormisdas, protégé par l’impératrice Theodora, alors que les grands monastères du nord-est de la Syrie et de l’Égypte devenaient des centres de diffusion de la doctrine et d’opposition au régime de JustinienEvans (1991) .