Cet article présente les différentes campagnes européennes réalisées par le Panathinaïkós.
Le Panathinaïkós fait ses débuts au niveau européen en 1960 dans le cadre de la Coupe des clubs champions. Il découvre la Coupe des vainqueurs de coupe en 1960 puis la Coupe UEFA en 1973.
Présent régulièrement dans les compétitions européennes dès les années 1960, le club réalise sa meilleure performance en 1971 en atteignant la finale de la Coupe des clubs champions, où il s'incline face à l'Ajax Amsterdam. Il dispute la même année la Coupe intercontinentale face aux Uruguayens du Nacional, l'Ajax ayant refusé de participer. Les Grecs sont là aussi battus à l'issue de la confrontation.
Les Verts atteignent une nouvelle demi-finale de Coupe des clubs champions en 1985, perdue cette fois face à Liverpool. Ils réitèrent cette performance en 1996 dans la même compétition, renommée Ligue des champions entre temps, où ils échouent à nouveau contre le vainqueur de 1971, l'Ajax. Ils sont également quart de finalistes en 2002.
Dans les autres compétitions européennes, le Pana atteint notamment les quarts de finale de la Coupe UEFA en 1988 et 2003. Il est par ailleurs un acteur régulier des phases de groupes européennes au cours du , autant en Ligue des champions qu'en Ligue Europa (nom de la Coupe UEFA à partir de 2009).
Historique Débuts européens et finale de C1 (1960-1971) Le Panathinaïkós fait ses débuts au niveau européen en 1960 en prenant part à la Coupe des clubs champions. Il devient à cette occasion le deuxième club grec à prendre part à une compétition de l'UEFA après l'Olympiakós l'année précédente. Exempt du tour préliminaire, les Verts démarrent ainsi au stade des huitièmes de finale. Leur parcours tourne cependant court, avec une défaite d'entrée face aux Tchécoslovaques du Spartak Hradec Králové, un match nul et vierge à domicile faisant suite à une défaite 1-0 à l'extérieur au match aller.
thumb|upright=0.5|left|Antónis Antoniádis termine meilleur buteur de la Coupe des clubs champions 1970-1971 avec dix buts marqués. Le club dispute la Coupe des clubs champions à cinq reprises entre 1960 et 1965, n'allant jamais plus loin que les huitièmes de finale. Il enregistre son premier succès en 1964 face au club nord-irlandais de Glentoran (5-4 en cumulé), mais échoue dans la foulée face à Cologne. De même l'année suivante où il s'impose face aux Maltais des Sliema Wanderers avant de perdre face à Ferencváros. Il dispute sa Coupe des vainqueurs de coupe en 1967, où il est sèchement battu d'entrée par le Bayern Munich (1-7 en cumulé).
Après un nouveau parcours anecdotique en Coupe des clubs champions en 1969, le Pana, entraîné par Ferenc Puskás, réalise sa meilleure performance européenne lors de la saison 1970-1971. Portés par des joueurs tels que Antónis Antoniádis, Dimitrios Domazos et Tákis Ikonomópoulos, les Grecs passent facilement les Luxembourgeois de la Jeunesse d'Esch (7-1 en cumulé), avant de s'imposer successivement face au Slovan Bratislava (4-2), le club anglais d'Everton (1-1, victoire aux buts à l'extérieur) et enfin l'Étoile rouge de Belgrade. Cette dernière confrontation voit notamment le Panathinaïkós s'incliner largement à l'extérieur sur le score de 4 buts à 1 avant de l'emporter à domicile 3-0 pour une nouvelle qualification aux buts marqués à l'extérieur pour accéder à la finale. Il s'agît de la première finale européenne d'un club grec, et la seule à ce jour dans la principale compétition de l'UEFA.
La finale, disputée au stade de Wembley face à l'Ajax Amsterdam, voit finalement les Verts s'incliner, Dick van Dijk ouvrant la marque dès la cinquième minute de jeu tandis qu'un but d'Arie Haan en fin de rencontre parachève la victoire des Néerlandais sur le score de 2-0. Antónis Antoniádis termine par ailleurs meilleur buteur de la compétition avec dix buts inscrits.
Malgré sa défaite, le Panathinaïkós est par la suite invité à disputer la Coupe intercontinentale en fin d'année 1971, l'Ajax refusant d'y participer. Opposés au club uruguayen du Nacional, vainqueur de la Copa Libertadores, les Grecs décrochent dans un premier temps le match nul 1-1 à domicile mais s'inclinent par la suite 2-1 en Uruguay, échouant à remporter le moindre titre, européen ou domestique, cette année-là.
Performances ponctuelles (1972-1996) L'exploit de 1971 s'avère sans lendemain. Non-qualifié en Europe pour la saison 1971-1972, le Panathinaïkós fait son retour en Coupe des clubs champions en 1972, mais est éliminé d'entrée par le CSKA Sofia (1-4 en cumulé). Il dispute pour la première fois la Coupe UEFA l'année suivante, mais est là aussi battu d'entrée par l'OFK Belgrade (2-2, défaite aux buts à l'extérieur). Ses participations ultérieures durant le restant des années 1970 et le début des années 1980 sont anecdotiques, le club ne disputant notamment la principale compétition européenne qu'une seule fois entre 1972 et 1984, en 1977, pour une élimination en huitièmes de finale.
Il faut attendre la saison 1984-1985 pour voir le Pana se remettre en valeur en Coupe des clubs champions européens. Vainqueurs du Feyenoord Rotterdam, les Verts s'imposent dans la foulée face à Linfield et Göteborg mais est largement battu en demi-finales par les Anglais de Liverpool, tenants du titre (0-5). En 1988, les Grecs atteignent les quarts de finale de la Coupe UEFA, battant successivement l'AJ Auxerre, la Juventus et Budapest Honvéd avant d'être éliminés par le Club Bruges (2-3) tandis que Dimítrios Saravákos termine meilleur buteur du tournoi avec six buts marqués.
En 1991, le club prend part à la première phase de groupes de l'histoire de la Coupe des clubs champions (qui devient la Ligue des champions dès l'année suivante). Inclus dans la poule A aux côtés de l'Étoile rouge de Belgrade, tenante du titre, la Sampdoria et Anderlecht, les Grecs finissent dernier avec quatre matchs nuls pour deux défaites.
Lors de la saison 1995-1996, le Panathinaïkós atteint à nouveau la phase de groupes de la Ligue des champions. Tirés dans le groupe A en compagnie de l'Aalborg BK, du FC Nantes et du FC Porto, les Verts parviennent cette fois à sortir premiers avec un total de onze points pour accéder aux quarts de finale, où ils s'imposent dans la foulée face au Legia Varsovie (3-0). Confronté à l'Ajax Amsterdam, tenante du titre, le Pana réussit dans un premier temps l'exploit de s'imposer 1-0 aux Pays-Bas à la faveur d'un but de Krzysztof Warzycha en fin de rencontre. Une large défaite 3-0 à domicile anéantit cependant tout espoir de disputer une nouvelle finale.
Présence régulière dans les phases de groupes (depuis 1997) Le Panathinaïkós dispute une nouvelle phase de groupes de Ligue des champions en 1998, mais termine dernier de son groupe. Lors de la saison 2000-2001, le club sort cette fois deuxième du groupe E, composé de la Juventus, du Deportivo La Corogne et Hambourg, et accède à la deuxième phase de groupes. Intégré cette fois à la poule A, comprenant Valence, finaliste de l'édition précédente, Manchester United, vainqueur deux saison auparavant, ainsi que le Sturm Graz, il termine cette fois largement dernier avec deux points en six matchs.
thumb|upright=1|right|Samsunspor-Panathinaïkós lors des barrages de qualification de la Ligue Europa 2025-2026. Les Verts réitèrent cette performance dès la saison suivante, terminant cette fois premier du groupe C aux dépens d'Arsenal, Schalke 04 et Majorque, décrochant douze points en six matchs. Ils terminent ensuite deuxièmes de la poule C lors de la deuxième phase de groupes, derrière le Real Madrid, futur vainqueur, et devant le Sparta Prague et le FC Porto. Leur parcours s'achève cependant en quarts de finale face au FC Barcelone, un succès 1-0 à domicile sur un penalty d'Ángelos Basinás ne suffisant pas à éviter l'élimination au match retour après un revers 3-1 au Camp Nou. Ils enchaînent un deuxième quart de finale européen d'affilée lors de la saison 2002-2003, cette fois en Coupe UEFA, mais s'inclinent à ce stade face au futur vainqueur Porto.
Durant le restant des années 2000 et les années 2010, le Pana reste une figure régulière des phases de groupes, soit de Ligue des champions, soit de Coupe UEFA (qui devient la Ligue Europa en 2009). Sur la période 2003-2016, il ne rate que trois fois la participation à une phase de groupes, en 2011, 2013 et 2015. Il termine notamment premier de son groupe de Ligue des champions en 2008 devant l'Inter Milan, le Werder Brême et l'Anórthosis Famagouste avant d'être éliminé en huitièmes de finale par Villarreal.
Ses participations européennes se font plus rares sur la fin des années 2010 et le début des années 2020 tandis que le club est en difficulté sur le plan domestique. Il faut ainsi attendre 2023 pour le voir retrouver les groupes de la Ligue Europa à la suite d'une défaite dans les barrages qualificatifs de la Ligue des champions. Il atteint par la suite la phase de ligue de la Ligue Conférence lors de la saison 2024-2025, disputant dans la foulée son premier huitième de finale européen depuis 2010, une performance qu'il réitère la saison suivante, cette fois en Ligue Europa.
Résultats en compétitions européennes Légende du tableau Vainqueur de la compétitionVictoire ou qualification Match nulDéfaite ou élimination
ap : Prolongation disputée. pf : Confrontation décidée à pile ou face. E : Confrontation décidée par la règle des buts marqués à l'extérieur. tab : Confrontation décidée aux tirs au but.
Résultats Note : dans les résultats ci-dessous, le score du club est toujours donné en premier.