thumb|Blason de Lille
L'histoire de Lille est connue à partir du par la Charte de 1066 par laquelle Baudouin V de Flandre dote la collégiale Saint-Pierre récemment fondée.
La ville, capitale des Pays-Bas Bourguignons, connaît une période de rayonnement et de grande prospérité au . Rattachée au royaume de France à partir de la conquête de Louis XIV en 1667 et agrandie par Vauban, la ville étouffe au milieu du à l'intérieur de remparts datant de deux siècles, inadaptés au développement de la grande industrie textile. En 1858, Napoléon III décide de rattacher les communes limitrophes et d'étendre l'enceinte de la ville. Les deux guerres mondiales sont des épreuves particulièrement douloureuses. Les Trente Glorieuses sont une période de désindustrialisation et de reconversion dans des activités tertiaires. Le patrimoine historique, malmené jusque dans les années 1960, est mis en valeur à la fin du .
Une légende aux origines de la ville Une légende, celle de Lydéric et Phinaert, situe la fondation de la cité de L'Isle en 640. La première mention écrite de la ville (Castrum Illense = château de l'île) figure dans la relation d'une expédition en 1054 de l'empereur Henri III contre le Comte de Flandre Baudouin V, traditionnellement considérée comme le premier siège de Lille.
Le peuplement ancien Préhistoire Des éléments archéologiques trouvés dans le sous-sol de la ville indiquent un peuplement ancien de la vallée, au moins depuis le Mésolithique.
Antiquité romaine En Gaule belgique, le site de la future ville se situe aux confins des territoires des Ménapiens et des Nerviens. Quelques fouilles anciennes d'Henri Rigaux au ont révélé une présence gallo-romaine sur les rives de la Deûle (Palais Rameau) et un cimetière mérovingien à Esquermes. Plus récemment, des fouilles menées rue des Poissonceaux et sur l'îlot des Tanneurs, ont mis au jour des vestiges romains.
Haut Moyen Âge Un édifice rural de la fin du a été fouillé rue Virginie Ghesquière, dans l'ancienne paroisse d'Esquermes, non loin de la chapelle Notre-Dame-de-Réconciliation sous laquelle ont été également découverts des vestiges de la même période. Une maison carolingienne a été fouillée par le service municipal d'archéologie sous l'actuel conservatoire de musique, place du Concert.
Enfin au début de la rue Pierre Mauroy à 6 mètres sous l'actuelle voirie furent mis au jour un pavement de bois datant du sur une longueur de 20 mètres et dans un autre secteur de la vieille ville un quai en bois datant lui aussi du .
Aucun élément archéologique ne permet toutefois de faire remonter le fait urbain avant l’émergence tardive de Lille dans les textes au .
Aux alentours de Lille Des découvertes archéologiques récentes (2008 et 2009) ont révélé ou précisé l'existence d'une continuité urbaine ou néo-urbaine remontant aux temps très anciens, avant même l'occupation romaine, dans les environs immédiats de Lille. En particulier au sud d'une ligne Ouest-Est constituée par un repli crayeux (depuis Loos-epi de soil jusqu'à Wattignies-arbrisseau) avec une descente en pente douce vers le sud. Plusieurs fermes gallo-romaines ont également été trouvées à Wattignies, Seclin, Noyelles-lès-Seclin, Wavrin, constituant une densité d'occupation inhabituelle. De même, en , lors des creusements préparatoires d'un lotissement à Houplin-Ancoisne, on a mis au jour un cimetière mérovingien contenant plus de 500 tombes, le plus grand cimetière connu à ce jour au nord de Paris.
Le site et l'émergence de la ville 250px|thumb|Le site de Lille et les premiers lieux de peuplements attestés par les textes Le nom de la ville provient d’un passage de la Charte de dotation de la Collégiale Saint-Pierre de 1066 « in loco progenitoribus Illa nominoto », en français « le lieu que nos aïeux appelaient Illa », nos aïeux se référant à la période probable de formation du premier noyau urbain, le castrum vers l’an 1000La signification d’Illa, site insulaire, est mise en doute par Nicolas Dessaux. Ce nom pourrait être la transcription ou la déformation par le rédacteur de la charte d’un toponyme d’origine germanique ayant un autre sens. Cette thèse de plusieurs linguistes est rappelée par Nicolas Dessaux qui observe que cette île originelle n’est pas localisée et estime incertaine son existence. Avant la création d'une première enceinte, le castrum aurait été situé dans une presqu'île bordée par deux bras de la Deûle, le Bucquet et la Basse Deûle, non dans une île.
Ce nom a été ensuite repris dans le sens de site insulaire sous la forme d'« insula », « l'Isla ».
La ville est construite dans un élargissement de la vallée de la Deûle entre trois régions de relief modéré : le Barœul au nord-est, les Weppes à l’ouest et le Mélantois au sud. Dans le détail, le site originel de la ville est difficile à reconstituer car le réseau hydrographique, peu contraint par le relief, a très tôt été modifié.
À l'emplacement de Lille, plusieurs petits cours d’eau convergeaient vers la Deûle : le Bucquet, qui était un bras de la rive gauche de la DeûleLe Bucquet provenait des marais de la Citadelle et contournait la zone haute lœssique de la place aux Oignons en passant approximativement vers ce qui deviendra la rue Royale. Il a été précocement détourné vers la Basse Deûle via les fossés d’enceintes au nord-ouest de la ville. Il a laissé peu de traces dans la topographie urbaine. Elie Brun-Lavainne, dans son Atlas en propose un tracé précis qui contraste avec ceux des autres cours d’eau représentés, calqués sur les réseaux de fossé et parfois entachés d’anachronismes (E. Brun-Lavainne, Atlas topographique et historique de la ville de Lille, accompagné d'une histoire abrégée de cette ville, de notes explicatives, de cartes et de vues, Lille, 1830). Nous ne connaissons pas, hélas, ses sources. À noter la proximité du toponyme du Bucquet avec le légendaire château du Buc, parfois identifié comme la motte féodale proche (à l’emplacement de l’église de la Treille)., la RiviéretteApproximativement rue Lydéric, rue du Plat, rue de la Riviérette., le Becquerel ou ruisseau de Fives »Le ruisseau provenant de Fives est également appelé « Becquerel » et plus tardivement « Chaude Rivière ». Il passait approximativement entre les deux gares. Le canal du Becquerel y prenait son eau mais aboutissait plus au Sud (vers la rue de Paris).. L’ensemble formait un lacis de zones humides. Des zones d’alluvions lœssiques, légèrement plus élevées, en émergeaient, formant autant de rives marquées ou d’îlots exondés. Vers l’aval, la Deûle s’encaissait en un lit plus étroit et régulier (avenue du Peuple Belge).
En 1325, les « rentes» (redevances) les plus chères payées par les Lillois à la (hospice) pour leur habitation se localisent principalement près du « Marché » (ou forum ou Grand Place) au début de la rue Grande-Chaussée. Les prix baissent quand on s'approche du Rivage ou portus, lieu d'embarquement sur la Basse-Deûle sans doute car les terrains, plus humides ou inondables, sont plus difficiles pour la construction. Les plus riches choisissent d'habiter plus en hauteur et sur la craie plus saine près du « Marché », et près de la route Paris-FlandreSivery G (2002) Un «triangle d'or» lillois vers 1325 ?. Revue du Nord, 84(344). (résumé).
Jusqu’au creusement du (ou ) en 1750, les marchandises transportées par voie d’eau devaient transiter par voie de terre entre la « Haute » et la « Basse » Deûle. Historiens et géographes ont considéré cette rupture de pente longitudinale, induisant une activité portuaire, comme un facteur primordial du développement de la villeR. Dion, "La géographie de la circulation dans la partie centrale de la région du Nord", Annales de la Société de géographie du Nord, n° 64, 1939, p 97-129.
En outre, la configuration du fond de vallée permet, à cet endroit, un franchissement relativement aisé, entre la motte castrale et le lieu-dit Fins (future paroisse Saint-Maurice), où s'est tenue une session du tribunal comtal itinérant en 875 et où la présence d'une église, attestant de la présence d'un peuplement, est mentionnée dans la Charte de fondation de la collégiale Saint-Pierre de 1066. Les deux bas de versants opposés constituent d’ailleurs les premiers noyaux de peuplementÀ l’est, Fins (à l'emplacement de la paroisse Saint-Maurice), toponyme ancien désignant une frontière. Ce lieu de peuplement jouxtait le lit mineur de la Deûle (rue des Ponts de Comines). À l’ouest, le complexe castral du comte de Flandres composé d'une motte féodale (arasée en 1848), de la collégiale Saint-Pierre (disparue, aujourd’hui en partie sous le Palais de Justice) et, vraisemblablement, d’un petit lieu de peuplement centré sur la place aux Oignons. Ce dernier élément n’a pas été vérifié par l’archéologie. Il est toutefois plausible au vu de la géomorphologie (extrémité du versant « sec ») et de l’extrême densité des parcelles cadastrales cités dans les textes médiévaux au . Le toponyme insula (l’île) est né dans ce contexte. Il désigne : soit la motte féodale entourée par le canal Saint-Pierre et le canal du Cirque, soit un îlot plus haut et plus sec au centre de la vallée, utilisé pour la traversée de la vallée (approximativement à emplacement de l’Opéra).
Ces deux axes de circulation ont favorisé, au Moyen Âge, l’urbanisation de « l’île » et de ses abords. La ville médiévale était traversée de nombreux canaux. Ils reprennent partiellement les anciens cours d’eau à l’origine de la ville mais beaucoup sont totalement artificiels, issus des fossés des enceintes successives ou creusés pour des besoins spécifiques. Soumis à un fort envasement et considérés comme des agents infectieux, ils ont été comblés ou recouverts au cours du .
La charte de consécration de la collégiale Saint-Pierre, en 1066, est le plus ancien document historique complet. Elle a fait l'objet d'une récente traduction par le professeur Stéphane Lebecq. Ce document atteste l'existence d'une ville constituée dont l'origine remontait au moins aux environs de l'an 1000.
Moyen Âge 314px|thumb|Carte des Pays-Bas bourguignons en 1477 En orange, les acquisitions des Ducs de Bourgogne et de Charles Quint. - 1384 : Artois (5), Flandre (9), Malines (15) - 1427 : Namur (8) - 1428 : Hainaut (6), Zélande (10), Hollande (7) - 1430 : Brabant (1), Limbourg (3) - 1443 : Luxembourg (4) - Sous Charles Quint - Utrecht (17), Frise occidentale et orientale (14), Gueldre (2) - provinces perdues et reprises : Groningue (14), Overijssel (16), Zutphen (11) - la Picardie va à la France en 1477. En vert, La principauté de Liège indépendante En rouge, l'Angleterre En bleu, la France En gris, d'autres États du Saint-Empire romain germanique
Les 17 provinces 1. le duché de Brabant 2. le duché de Gueldre 3. le duché de Limbourg 4 le duché de Luxembourg 5. le comté d'Artois 6. le comté de Hainaut 7. le comté de Hollande 8. le comté de Namur 9. le comté de Flandre 10. le comté de Zélande 11. le comté de Zutphen 12. le marquisat d'Anvers 13. la seigneurie de Frise 14. la seigneurie de Groningue 15. la seigneurie de Malines 16. la seigneurie d'Overijssel 17. la seigneurie d'Utrecht
Au moment de son émergence dans l'histoire, Lille appartient au comté de Flandre, alors une des régions les plus prospères d'Europe. Lille intègre un réseau de villes dont certaines sont héritées de l’urbanisme antique (Boulogne, Arras, Cambrai) tandis que d'autres sont de développement plus tardif, à l'époque carolingienne (Valenciennes, Saint-Omer, Gand, Bruges, Anvers, Douai). L’essor ou le renouveau urbain repose alors sur la fabrication, la diffusion de draps de laine et sur le commerce.
Dès le , la renommée de la foire aux draps de Lille s'accroît. En 1144 apparaît dans les sources la « paroisse Saint-Sauveur » qui donna son nom au quartier « Saint-Sauveur ».
En 1213, la ville subit des sièges et une mise à sac par Philippe Auguste pour punir les lillois de leur trahison en faveur du Comte de Flandre Ferrand.